classifyotucommand.h

   1 #ifndef CLASSIFYOTUSCOMMAND_H
   2 #define CLASSIFYOTUSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  classifyotucommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 6/1/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "listvector.hpp"
  15 #include "inputdata.h"
  16 #include "counttable.h"
  17
  18
  19 class ClassifyOtuCommand : public Command {
  20
  21 public:
  22         ClassifyOtuCommand(string);
  23         ClassifyOtuCommand();
  24         ~ClassifyOtuCommand() {}
  25
  26         vector<string> setParameters();
  27         string getCommandName()                 { return "classify.otu";                }
  28         string getCommandCategory()             { return "Phylotype Analysis";  }
  29         string getOutputFileNameTag(string, string);
  30         string getHelpString();
  31         string getCitation() { return "Schloss PD, Westcott SL (2011). Assessing and improving methods used in OTU-based approaches for 16S rRNA gene sequence analysis. Appl Environ Microbiol 77:3219.\nhttp://www.mothur.org/wiki/Classify.otu"; }
  32         string getDescription()         { return "find the concensus taxonomy for each OTU"; }
  33
  34         int execute();
  35         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  36
  37 private:
  38     GroupMap* groupMap;
  39     CountTable* ct;
  40         ListVector* list;
  41         InputData* input;
  42         string listfile, namefile, taxfile, label, outputDir, refTaxonomy, groupfile, basis, countfile;
  43         bool abort, allLines, probs;
  44         int cutoff;
  45         set<string> labels; //holds labels to be used
  46         vector<string> outputNames;
  47         map<string, string> nameMap;
  48         map<string, string> taxMap;
  49
  50         int process(ListVector*);
  51         string addUnclassifieds(string, int);
  52         vector<string> findConsensusTaxonomy(int, ListVector*, int&, string&);  // returns the name of the "representative" taxonomy of given bin
  53
  54
  55 };
  56
  57 #endif
  58
  59