chimerauchimecommand.h

   1 #ifndef CHIMERAUCHIMECOMMAND_H
   2 #define CHIMERAUCHIMECOMMAND_H
   3
   4
   5 /*
   6  *  chimerauchimecommand.h
   7  *  Mothur
   8  *
   9  *  Created by westcott on 5/13/11.
  10  *  Copyright 2011 Schloss Lab. All rights reserved.
  11  *
  12  */
  13
  14 #include "mothur.h"
  15 #include "command.hpp"
  16
  17 /***********************************************************/
  18
  19 class ChimeraUchimeCommand : public Command {
  20 public:
  21         ChimeraUchimeCommand(string);
  22         ChimeraUchimeCommand();
  23         ~ChimeraUchimeCommand() {}
  24
  25         vector<string> setParameters();
  26         string getCommandName()                 { return "chimera.uchime";              }
  27         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing"; }
  28         string getHelpString();
  29         string getCitation() { return "uchime by Robert C. Edgar\nhttp://drive5.com/uchime\nThis code is donated to the public domain.\nhttp://www.mothur.org/wiki/Chimera.uchime"; }
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  32         int execute();
  33         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  34
  35 private:
  36         vector<int> processIDS;   //processid
  37         int driver(string, string, string, string);
  38         int createProcesses(string, string, string, string);
  39
  40         bool abort, useAbskew, chimealns, useMinH, useMindiv, useXn, useDn, useXa, useChunks, useMinchunk, useIdsmoothwindow, useMinsmoothid, useMaxp, skipgaps, skipgaps2, useMinlen, useMaxlen, ucl, useQueryfract;
  41         string fastafile, templatefile, outputDir, namefile, abskew, minh, mindiv, xn, dn, xa, chunks, minchunk, idsmoothwindow, minsmoothid, maxp, minlen, maxlen, queryfract;
  42         int processors;
  43
  44         vector<string> outputNames;
  45         vector<string> fastaFileNames;
  46         vector<string> nameFileNames;
  47
  48 };
  49
  50 /***********************************************************/
  51
  52 #endif
  53
  54