chimerauchimecommand.h

   1 #ifndef CHIMERAUCHIMECOMMAND_H
   2 #define CHIMERAUCHIMECOMMAND_H
   3
   4
   5 /*
   6  *  chimerauchimecommand.h
   7  *  Mothur
   8  *
   9  *  Created by westcott on 5/13/11.
  10  *  Copyright 2011 Schloss Lab. All rights reserved.
  11  *
  12  */
  13
  14 #include "mothur.h"
  15 #include "command.hpp"
  16 #include "sequenceparser.h"
  17
  18 /***********************************************************/
  19
  20 class ChimeraUchimeCommand : public Command {
  21 public:
  22         ChimeraUchimeCommand(string);
  23         ChimeraUchimeCommand();
  24         ~ChimeraUchimeCommand() {}
  25
  26         vector<string> setParameters();
  27         string getCommandName()                 { return "chimera.uchime";              }
  28         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing"; }
  29         string getHelpString();
  30         string getCitation() { return "uchime by Robert C. Edgar\nhttp://drive5.com/uchime\nThis code is donated to the public domain.\nhttp://www.mothur.org/wiki/Chimera.uchime\nEdgar,R.C., Haas,B.J., Clemente,J.C., Quince,C. and Knight,R. (2011), UCHIME improves sensitivity and speed of chimera detection, Bioinformatics, in press.\n"; }
  31         string getDescription()         { return "detect chimeric sequences"; }
  32
  33         int execute();
  34         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  35
  36 private:
  37         struct linePair {
  38                 int start;
  39                 int end;
  40                 linePair(int i, int j) : start(i), end(j) {}
  41         };
  42
  43         vector<int> processIDS;   //processid
  44         int driver(string, string, string, string, int&);
  45         int createProcesses(string, string, string, string, int&);
  46
  47         bool abort, useAbskew, chimealns, useMinH, useMindiv, useXn, useDn, useXa, useChunks, useMinchunk, useIdsmoothwindow, useMinsmoothid, useMaxp, skipgaps, skipgaps2, useMinlen, useMaxlen, ucl, useQueryfract;
  48         string fastafile, groupfile, templatefile, outputDir, namefile, abskew, minh, mindiv, xn, dn, xa, chunks, minchunk, idsmoothwindow, minsmoothid, maxp, minlen, maxlen, queryfract;
  49         int processors;
  50
  51         vector<string> outputNames;
  52         vector<string> fastaFileNames;
  53         vector<string> nameFileNames;
  54         vector<string> groupFileNames;
  55
  56         string getNamesFile(string&);
  57         int readFasta(string, map<string, string>&);
  58         int printFile(vector<seqPriorityNode>&, string);
  59         int deconvoluteResults(SequenceParser&, string, string, string);
  60         int driverGroups(SequenceParser&, string, string, string, string, int, int, vector<string>);
  61         int createProcessesGroups(SequenceParser&, string, string, string, string, vector<string>);
  62
  63
  64 };
  65
  66 /***********************************************************/
  67
  68 #endif
  69
  70