chimeraseqscommand.h

   1 #ifndef CHIMERACOMMAND_H
   2 #define CHIMERACOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  chimeraseqscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 6/29/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "chimera.h"
  16
  17
  18 /***********************************************************/
  19
  20 class ChimeraSeqsCommand : public Command {
  21 public:
  22         ChimeraSeqsCommand(string);
  23         ~ChimeraSeqsCommand();
  24         int execute();
  25         void help();
  26
  27
  28 private:
  29
  30         struct linePair {
  31                 int start;
  32                 int numSeqs;
  33                 linePair(long int i, int j) : start(i), numSeqs(j) {}
  34         };
  35         vector<int> processIDS;   //processid
  36         vector<linePair*> lines;
  37
  38         int driver(linePair*, string, string, string);
  39         void createProcesses(string, string, string);
  40         void appendOutputFiles(string, string);
  41
  42         bool abort;
  43         string method, fastafile, templatefile, consfile, quanfile, maskfile, namefile, outputDir, search;
  44         bool filter, correction, svg, printAll, realign;
  45         int processors, midpoint, averageLeft, averageRight, window, iters, increment, numwanted, ksize, match, mismatch, parents, minSimilarity, minCoverage, minBS, minSNP, numSeqs, templateSeqsLength;
  46         float divR;
  47         Chimera* chimera;
  48
  49
  50 };
  51
  52 /***********************************************************/
  53
  54 #endif
  55