chime.h

   1 //uchime by Robert C. Edgar http://drive5.com/uchime This code is donated to the public domain.\r
   2 \r
   3 #ifndef chime_h\r
   4 #define chime_h\r
   5 \r
   6 #include "seq.h"\r
   7 \r
   8 struct ChimeHit2\r
   9         {\r
  10         string QLabel;\r
  11         string ALabel;\r
  12         string BLabel;\r
  13         string Q3;\r
  14         string A3;\r
  15         string B3;\r
  16 \r
  17         //unsigned LY, LN, LA, LD;\r
  18         //unsigned RY, RN, RA, RD;\r
  19         double PctIdQT, PctIdQA, PctIdQB, PctIdQM, PctIdAB;\r
  20 \r
  21         unsigned ColLo;\r
  22         unsigned ColXLo;\r
  23         unsigned ColXHi;\r
  24         unsigned ColHi;\r
  25         unsigned QXLo;\r
  26         unsigned QXHi;\r
  27 \r
  28         double Div;\r
  29         double Score;\r
  30         double H;\r
  31 \r
  32         unsigned CS_LY, CS_LN, CS_LA, CS_RY, CS_RN, CS_RA;\r
  33 \r
  34         float AbQ;\r
  35         float AbA;\r
  36         float AbB;\r
  37 \r
  38         ChimeHit2()\r
  39                 {\r
  40                 Clear();\r
  41                 }\r
  42 \r
  43         void Clear()\r
  44                 {\r
  45                 Q3.clear();\r
  46                 A3.clear();\r
  47                 B3.clear();\r
  48                 QLabel.clear();\r
  49                 ALabel.clear();\r
  50                 BLabel.clear();\r
  51 \r
  52                 //LY = LN = LA = LD = UINT_MAX;\r
  53                 //RY = RN = RA = RD = UINT_MAX;\r
  54                 ColLo = ColHi = QXLo = QXHi = ColXLo = ColXHi = UINT_MAX;\r
  55                 CS_LY = CS_LN = CS_LA = CS_RY = CS_RN = CS_RA = UINT_MAX;\r
  56                 PctIdQT = PctIdQA = PctIdQB = PctIdQM = PctIdAB = -1.0;\r
  57                 Div = -1.0;\r
  58                 H = -1.0;\r
  59                 Score = -1.0;\r
  60                 AbQ = AbA = AbB = -1.0f;\r
  61                 };\r
  62 \r
  63         bool Accept() const\r
  64                 {\r
  65                 return Score >= opt_minh && Div >= opt_mindiv && CS_LY >= opt_mindiffs && CS_RY >= opt_mindiffs;\r
  66                 }\r
  67 \r
  68         void LogMe() const\r
  69                 {\r
  70                 Log("@L %c ", yon(Score >= 1.0 && Div >= 1.0));\r
  71                 Log(" %.4f", Score);\r
  72                 Log(" LY %u LN %u LA %u", CS_LY, CS_LN, CS_LA);\r
  73                 Log(" RY %u RN %u RA %u", CS_RY, CS_RN, CS_RA);\r
  74                 Log(" Div %.1f%%", Div);\r
  75                 Log(" Q=%s", QLabel.c_str());\r
  76                 Log(" A=%s", ALabel.c_str());\r
  77                 Log(" B=%s", BLabel.c_str());\r
  78                 Log(" QA %.1f%% QB=%.1f%% AB=%.1f%% QM=%.1f%%", PctIdQA, PctIdQB, PctIdAB, PctIdQM);\r
  79                 Log("\n");\r
  80                 }\r
  81 \r
  82         bool operator<(const ChimeHit2 &rhs) const\r
  83                 {\r
  84                 if (Score == rhs.Score)\r
  85                         return Div > rhs.Div;\r
  86                 return Score > rhs.Score;\r
  87                 }\r
  88         };\r
  89 \r
  90 static inline bool isacgt(char c)\r
  91         {\r
  92         return c == 'A' || c == 'C' || c == 'G' || c == 'T';\r
  93         }\r
  94 \r
  95 static bool inline isgap(char c)\r
  96         {\r
  97         return c == '-' || c == '.';\r
  98         }\r
  99 \r
 100 void GetChunkInfo(unsigned L, unsigned &Length, vector<unsigned> &Los);\r
 101 float GetAbFromLabel(const string &Label);\r
 102 void WriteChimeHitCS(FILE *f, const ChimeHit2 &Hit);\r
 103 void WriteChimeHit(FILE *f, const ChimeHit2 &Hit);\r
 104 void WriteChimeFileHdr(FILE *f);\r
 105 \r
 106 #endif // chime_h\r