chainer.h

   1 //uchime by Robert C. Edgar http://drive5.com/uchime This code is donated to the public domain.\r
   2 \r
   3 #ifndef chainer_h\r
   4 #define chainer_h\r
   5 \r
   6 #include "hsp.h"\r
   7 #include "seq.h"\r
   8 #include <list>\r
   9 \r
  10 const float BAD_SCORE = -9e9f;\r
  11 \r
  12 struct TargetHit\r
  13         {\r
  14         unsigned TargetIndex;\r
  15         unsigned TargetLo;\r
  16         unsigned TargetHi;\r
  17         int QueryFrame;\r
  18         float RawScore; // SOMETIMES USED FOR BIT SCORE!!!\r
  19 //      unsigned TargetLength;\r
  20 \r
  21         void LogMe() const\r
  22                 {\r
  23                 Log("lo %u, hi %u, frame %d, score %.1f\n",\r
  24                   TargetLo, TargetHi, QueryFrame, RawScore);\r
  25                 }\r
  26         };\r
  27 \r
  28 struct ChainData\r
  29         {\r
  30         unsigned LastHSPIndex;\r
  31         unsigned Ahi;\r
  32         unsigned Bhi;\r
  33         float Score;\r
  34         };\r
  35 \r
  36 class Chainer\r
  37         {\r
  38 public:\r
  39         HSPData **m_HSPs; // memory owned elsewhere\r
  40         unsigned m_HSPCount;\r
  41         unsigned m_MaxHSPCount;\r
  42 \r
  43         BPData *m_BPs;\r
  44 \r
  45         unsigned *m_PrevHSPIndexes;             // Predecessor in chain\r
  46         float *m_HSPIndexToChainScore;\r
  47 \r
  48         list<unsigned> m_Chains;                // Live HSP indexes\r
  49 \r
  50 public:\r
  51         Chainer();\r
  52         ~Chainer();\r
  53         void Reset();\r
  54         void Clear(bool ctor = false);\r
  55         float Chain(HSPData **HSPs, unsigned HSPCount, HSPData **OptChain,\r
  56           unsigned &OptChainLength);\r
  57         bool ResolveOverlaps(const SeqData &SA, const SeqData &SB, double MinScore,\r
  58           const float * const *SubstMx, HSPData **InHSPs, unsigned InHSPCount,\r
  59           HSPData **OutHSPs, unsigned &OutHSPCount);\r
  60         void ResolveOverlap(HSPData &HSP1, HSPData &HSP2);\r
  61 \r
  62         float ChainBrute(HSPData **HSPs, unsigned HSPCount, HSPData **OptChain,\r
  63           unsigned &OptChainLength);\r
  64         void LogMe() const;\r
  65         void LogHSPs(HSPData **HSPs, unsigned HSPCount) const;\r
  66         void LogBPs() const;\r
  67 \r
  68         static bool IsValidChain(HSPData **HSPs, unsigned HSPCount);\r
  69         static void AssertValidChain(HSPData **HSPs, unsigned HSPCount);\r
  70         static void LogChain(HSPData **HSPs, unsigned HSPCount);\r
  71         static void LogChain2(HSPData **HSPs, unsigned HSPCount);\r
  72         static float GetChainScore(HSPData **HSPs, unsigned HSPCount);\r
  73 \r
  74 private:\r
  75         void AllocHSPCount(unsigned MaxHSPCount);\r
  76         void SetBPs();\r
  77         void SortBPs();\r
  78         unsigned FindBestChainLT(unsigned Ahi, unsigned Bhi);\r
  79         };\r
  80 \r
  81 #endif // chainer_h\r