alpha2.cpp

   1 //uchime by Robert C. Edgar http://drive5.com/uchime This code is donated to the public domain.\r
   2 \r
   3 #include "myutils.h"\r
   4 #include "alpha.h"\r
   5 #include "timing.h"\r
   6 \r
   7 bool isgap(byte c)\r
   8         {\r
   9         return c == '-' || c == '.';\r
  10         }\r
  11 \r
  12 const char *WordToStrAmino(unsigned Word, unsigned WordLength)\r
  13         {\r
  14         static char Str[32];\r
  15         for (unsigned i = 0; i < WordLength; ++i)\r
  16                 {\r
  17                 unsigned Letter = Word%20;\r
  18                 Str[WordLength-i-1] = g_LetterToCharAmino[Letter];\r
  19                 Word /= 20;\r
  20                 }\r
  21         Str[WordLength] = 0;\r
  22         return Str;\r
  23         }\r
  24 \r
  25 const char *WordToStrAmino2(unsigned Word, unsigned WordLength, char *Str)\r
  26         {\r
  27         for (unsigned i = 0; i < WordLength; ++i)\r
  28                 {\r
  29                 unsigned Letter = Word%20;\r
  30                 Str[WordLength-i-1] = g_LetterToCharAmino[Letter];\r
  31                 Word /= 20;\r
  32                 }\r
  33         Str[WordLength] = 0;\r
  34         return Str;\r
  35         }\r
  36 \r
  37 const char *WordToStrNucleo(unsigned Word, unsigned WordLength)\r
  38         {\r
  39         static char Str[32];\r
  40         for (unsigned i = 0; i < WordLength; ++i)\r
  41                 {\r
  42                 unsigned Letter = Word%4;\r
  43                 Str[WordLength-i-1] = g_LetterToCharNucleo[Letter];\r
  44                 Word /= 4;\r
  45                 }\r
  46         Str[WordLength] = 0;\r
  47         return Str;\r
  48         }\r
  49 \r
  50 const char *WordToStr(unsigned Word, unsigned WordLength, bool Nucleo)\r
  51         {\r
  52         return (Nucleo ? WordToStrNucleo : WordToStrAmino)(Word, WordLength);\r
  53         }\r
  54 \r
  55 byte *RevCompAlloc(const byte *Seq, unsigned L)\r
  56         {\r
  57         byte *RCSeq = MYALLOC(byte, L, Alpha);\r
  58 \r
  59         for (unsigned i = 0; i < L; ++i)\r
  60                 RCSeq[L-i-1] = g_CharToCompChar[Seq[i]];\r
  61 \r
  62         return RCSeq;\r
  63         }\r
  64 \r
  65 void RevCompInPlace(byte *Seq, unsigned L)\r
  66         {\r
  67         unsigned L1 = L - 1;\r
  68         unsigned L2 = L/2;\r
  69         for (unsigned i = 0; i < L2; ++i)\r
  70                 {\r
  71                 unsigned j = L1 - i;\r
  72                 unsigned ci = Seq[i];\r
  73                 unsigned cj = Seq[j];\r
  74 \r
  75                 unsigned ri = g_CharToCompChar[ci];\r
  76                 unsigned rj = g_CharToCompChar[cj];\r
  77 \r
  78                 Seq[i] = rj;\r
  79                 Seq[j] = ri;\r
  80                 }\r
  81 \r
  82         if (L%2 == 1)\r
  83                 Seq[L2] = g_CharToCompChar[Seq[L2]];\r
  84         }\r
  85 \r
  86 void RevComp(const byte *Seq, unsigned L, byte *RCSeq)\r
  87         {\r
  88         for (unsigned i = 0; i < L; ++i)\r
  89                 RCSeq[L-i-1] = g_CharToCompChar[Seq[i]];\r
  90         }\r
  91 \r
  92 unsigned char GetAminoCharFrom3NucChars(unsigned char c1, unsigned char c2,\r
  93   unsigned char c3)\r
  94         {\r
  95         unsigned Letter1 = g_CharToLetterNucleo[c1];\r
  96         unsigned Letter2 = g_CharToLetterNucleo[c2];\r
  97         unsigned Letter3 = g_CharToLetterNucleo[c3];\r
  98         unsigned Word = Letter1*(4*4) + Letter2*4 + Letter3;\r
  99 \r
 100         unsigned Letter = g_CodonWordToAminoLetter[Word];\r
 101         return g_LetterToCharAmino[Letter];\r
 102         }\r