alpha.h

   1 //uchime by Robert C. Edgar http://drive5.com/uchime This code is donated to the public domain.\r
   2 \r
   3 #ifndef alpha_h\r
   4 #define alpha_h\r
   5 \r
   6 #include <limits.h>\r
   7 #include <string>\r
   8 \r
   9 using namespace std;\r
  10 \r
  11 const unsigned INVALID_LETTER = 0;\r
  12 const unsigned char INVALID_CHAR = '?';\r
  13 \r
  14 extern unsigned g_CharToLetterAmino[];\r
  15 extern unsigned g_CharToLetterAminoStop[];\r
  16 extern unsigned char g_LetterToCharAmino[];\r
  17 extern unsigned g_CharToLetterNucleo[];\r
  18 extern unsigned char g_LetterToCharNucleo[];\r
  19 extern unsigned g_CodonWordToAminoLetter[];\r
  20 extern char g_CodonWordToAminoChar[];\r
  21 extern unsigned char g_CharToCompChar[];\r
  22 extern unsigned g_CharToCompLetter[];\r
  23 extern bool g_IsAminoChar[];\r
  24 extern bool g_IsNucleoChar[];\r
  25 extern bool g_IsACGTU[];\r
  26 extern float g_AminoFreqs[];\r
  27 \r
  28 extern unsigned g_CharToLetterRed[];\r
  29 extern unsigned char g_LetterToCharRed[];\r
  30 extern unsigned g_RedAlphaSize;\r
  31 \r
  32 void LogRedAlphaRed();\r
  33 void ReadRedAlphaFromFile(const string &FileName);\r
  34 unsigned char GetAminoCharFrom3NucChars(unsigned char c1, unsigned char c2,\r
  35   unsigned char c3);\r
  36 \r
  37 static inline bool AminoLetterIsStartCodon(unsigned char Letter)\r
  38         {\r
  39         return Letter == 10;\r
  40         }\r
  41 \r
  42 static inline bool AminoLetterIsStopCodon(unsigned char Letter)\r
  43         {\r
  44         return Letter == 20;\r
  45         }\r
  46 \r
  47 const char *WordToStr(unsigned Word, unsigned WordLength, bool Nucleo);\r
  48 const char *WordToStrNucleo(unsigned Word, unsigned WordLength);\r
  49 const char *WordToStrAmino(unsigned Word, unsigned WordLength);\r
  50 const char *WordToStrAmino2(unsigned Word, unsigned WordLength, char *Str);\r
  51 \r
  52 #endif // alpha_h\r