alnparams.h

   1 //uchime by Robert C. Edgar http://drive5.com/uchime This code is donated to the public domain.\r
   2 \r
   3 #ifndef alnparams_h\r
   4 #define alnparams_h\r
   5 \r
   6 struct HSPData;\r
   7 \r
   8 // Gap penalty scores are negative\r
   9 // (i.e., are scores, not penalties).\r
  10 struct AlnParams\r
  11         {\r
  12         const char *SubstMxName;\r
  13         const float * const *SubstMx;\r
  14 \r
  15         bool Nucleo;\r
  16         bool NucleoSet;\r
  17 \r
  18 // Local gaps\r
  19         float LocalOpen;\r
  20         float LocalExt;\r
  21 \r
  22 // Global internal gaps\r
  23         float OpenA;\r
  24         float OpenB;\r
  25 \r
  26         float ExtA;\r
  27         float ExtB;\r
  28 \r
  29 // Global terminal gaps\r
  30         float LOpenA;\r
  31         float LOpenB;\r
  32         float ROpenA;\r
  33         float ROpenB;\r
  34 \r
  35         float LExtA;\r
  36         float LExtB;\r
  37         float RExtA;\r
  38         float RExtB;\r
  39 \r
  40         void Clear();\r
  41         void SetLocal(float Open, float Ext);\r
  42         void Init2(const float * const *Mx, float Open, float Ext);\r
  43         void Init4(const float * const *Mx, float Open, float Ext, float TermOpen, float TermExt);\r
  44         void Init(const AlnParams &AP, const HSPData &HSP, unsigned LA, unsigned LB);\r
  45         void InitFromCmdLine(bool Nucleo);\r
  46         void SetMxFromCmdLine(bool Nucleo);\r
  47         void SetPenalties(const string &OpenStr, const string &ExtStr);\r
  48         float GetLocalOpen() const;\r
  49         float GetLocalExt() const;\r
  50         bool GetIsNucleo() const;\r
  51 \r
  52         bool Is2() const;\r
  53         bool Is4() const;\r
  54         const char *GetType() const;\r
  55 \r
  56         void LogMe() const;\r
  57         };\r
  58 \r
  59 const float OBVIOUSLY_WRONG_PENALTY = 1000.0;\r
  60 \r
  61 #endif // alnparams_h\r