alnheuristics.h

   1 //uchime by Robert C. Edgar http://drive5.com/uchime This code is donated to the public domain.\r
   2 \r
   3 #ifndef alnheuristics_h\r
   4 #define alnheuristics_h\r
   5 \r
   6 struct AlnParams;\r
   7 \r
   8 struct AlnHeuristics\r
   9         {\r
  10         unsigned BandRadius;\r
  11         unsigned HSPFinderWordLength;\r
  12         float SeedT;\r
  13 \r
  14         float XDropG;                   //  GappedBlast default\r
  15         float XDropU;                   //  UngappedBlast default\r
  16         float XDropUG;                  //  UngappedBlast called by GappedBlast\r
  17 \r
  18         unsigned MinGlobalHSPLength;\r
  19 \r
  20         AlnHeuristics();\r
  21         void InitFromCmdLine(const AlnParams &AP);\r
  22         void InitGlobalFull();\r
  23 \r
  24         bool IsGlobalFull() const\r
  25                 {\r
  26                 return MinGlobalHSPLength == 0 && BandRadius == 0;\r
  27                 }\r
  28 \r
  29         };\r
  30 \r
  31 #endif // alnheuristics_h\r