parse_parent_of_origin.pl

   1 #!/usr/bin/perl
   2 # parse_parent_of_origin.pl Parses output from the parent_of_origin website and returns a table of imprinted genes
   3 # and is released under the terms of the GNU GPL version 3, or any
   4 # later version, at your option. See the file README and COPYING for
   5 # more information.
   6 # Copyright 2014 by Don Armstrong <don@donarmstrong.com>.
   7
   8
   9 use warnings;
  10 use strict;
  11
  12 use Getopt::Long;
  13 use Pod::Usage;
  14
  15 =head1 NAME
  16
  17 parse_parent_of_origin.pl - Parses output from the parent_of_origin website and returns a table of imprinted genes
  18
  19 =head1 SYNOPSIS
  20
  21 parse_parent_of_origin.pl [options]
  22
  23  Options:
  24    --debug, -d debugging level (Default 0)
  25    --help, -h display this help
  26    --man, -m display manual
  27
  28 =head1 OPTIONS
  29
  30 =over
  31
  32 =item B<--debug, -d>
  33
  34 Debug verbosity. (Default 0)
  35
  36 =item B<--help, -h>
  37
  38 Display brief usage information.
  39
  40 =item B<--man, -m>
  41
  42 Display this manual.
  43
  44 =back
  45
  46 =head1 EXAMPLES
  47
  48 parse_parent_of_origin.pl parent_of_origin.html > parent_of_origin.txt
  49
  50 =cut
  51
  52
  53 use vars qw($DEBUG);
  54
  55 use HTML::Tree;
  56
  57 my %options = (debug           => 0,
  58                help            => 0,
  59                man             => 0,
  60                taxon           => 'Human',
  61               );
  62
  63 GetOptions(\%options,
  64            'taxon=s',
  65            'debug|d+','help|h|?','man|m');
  66
  67 pod2usage() if $options{help};
  68 pod2usage({verbose=>2}) if $options{man};
  69
  70 $DEBUG = $options{debug};
  71
  72 my @USAGE_ERRORS;
  73 if (@ARGV != 1) {
  74     push @USAGE_ERRORS,"You must provide a single html file";
  75 }
  76
  77 pod2usage(join("\n",@USAGE_ERRORS)) if @USAGE_ERRORS;
  78
  79 my $t = HTML::Tree->new_from_file($ARGV[0]) or
  80     die "Unable to parse $ARGV[0]";
  81
  82 my @imprinted_genes;
  83 use Data::Printer;
  84 # the table we want is currently the first table
  85 for my $table ($t->look_down(_tag=>'table')) {
  86     my @elements = map {$_->as_text()} $table->look_down(_tag => 'td');
  87     my %row = map {s/:$//g if defined $_; $_;} @elements[0..7];
  88     if (defined $row{Taxon} and
  89         lc($row{'Taxon'}) eq lc($options{taxon})) {
  90         push @imprinted_genes,\%row;
  91     }
  92 }
  93
  94 print "chromosome\tgene\ttaxon\n";
  95 for my $gene (@imprinted_genes) {
  96     print join("\t",map {$_ = defined $_?$_:''; s/[\x93"\x94]//g; $_}
  97                @{$gene}{qw(Chromosome Gene Taxon)})."\n";
  98 }
  99
 100
 101
 102
 103
 104
 105 __END__