parse_geneimprint.pl

   1 #!/usr/bin/perl
   2 # parse_geneimprint.pl Parses output from the geneimprint website and returns a table of imprinted genes
   3 # and is released under the terms of the GNU GPL version 3, or any
   4 # later version, at your option. See the file README and COPYING for
   5 # more information.
   6 # Copyright 2014 by Don Armstrong <don@donarmstrong.com>.
   7
   8
   9 use warnings;
  10 use strict;
  11
  12 use Getopt::Long;
  13 use Pod::Usage;
  14
  15 =head1 NAME
  16
  17 parse_geneimprint.pl - Parses output from the geneimprint website and returns a table of imprinted genes
  18
  19 =head1 SYNOPSIS
  20
  21 parse_geneimprint.pl [options]
  22
  23  Options:
  24    --debug, -d debugging level (Default 0)
  25    --help, -h display this help
  26    --man, -m display manual
  27
  28 =head1 OPTIONS
  29
  30 =over
  31
  32 =item B<--debug, -d>
  33
  34 Debug verbosity. (Default 0)
  35
  36 =item B<--help, -h>
  37
  38 Display brief usage information.
  39
  40 =item B<--man, -m>
  41
  42 Display this manual.
  43
  44 =back
  45
  46 =head1 EXAMPLES
  47
  48 parse_geneimprint.pl geneimprint_human.html > geneimprint_human.txt
  49
  50 =cut
  51
  52
  53 use vars qw($DEBUG);
  54
  55 use HTML::Tree;
  56
  57 my %options = (debug           => 0,
  58                help            => 0,
  59                man             => 0,
  60               );
  61
  62 GetOptions(\%options,
  63            'debug|d+','help|h|?','man|m');
  64
  65 pod2usage() if $options{help};
  66 pod2usage({verbose=>2}) if $options{man};
  67
  68 $DEBUG = $options{debug};
  69
  70 my @USAGE_ERRORS;
  71 if (@ARGV != 1) {
  72     push @USAGE_ERRORS,"You must provide a single html file";
  73 }
  74
  75 pod2usage(join("\n",@USAGE_ERRORS)) if @USAGE_ERRORS;
  76
  77 my $t = HTML::Tree->new_from_file($ARGV[0]) or
  78     die "Unable to parse $ARGV[0]";
  79
  80 # the table we want is currently the first table
  81 my $table = $t->look_down(_tag=>'table');
  82 for my $row ($table->look_down(_tag=>'tr')) {
  83     print join("\t",map{my $a = $_->as_text(); $a =~ s/[\xA0\t]/ /g; $a;} $row->look_down(_tag => qr/^(?:th|td)$/))."\n";
  84 }
  85
  86
  87
  88
  89
  90
  91 __END__