genome.h

   1 ////////////////////////////////////////////////////////////////////// \r
   2 // genome.h \r
   3 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
   4 //              COPYRIGHT NOTICE FOR GENOME CODE\r
   5 //\r
   6 // Copyright (C) 2006 - 2009, Liming Liang and Goncalo Abecasis,\r
   7 // All rights reserved.\r
   8 //\r
   9 //   Redistribution and use in source and binary forms, with or without\r
  10 //   modification, are permitted provided that the following conditions\r
  11 //   are met:\r
  12 //\r
  13 //     1. Redistributions of source code must retain the above copyright\r
  14 //        notice, this list of conditions and the following disclaimer.\r
  15 //\r
  16 //     2. Redistributions in binary form must reproduce the above copyright\r
  17 //        notice, this list of conditions and the following disclaimer in the\r
  18 //        documentation and/or other materials provided with the distribution.\r
  19 //\r
  20 //     3. The names of its contributors may not be used to endorse or promote\r
  21 //        products derived from this software without specific prior written\r
  22 //        permission.\r
  23 //\r
  24 //   THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS\r
  25 //   "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT\r
  26 //   LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR\r
  27 //   A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED.  IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT OWNER OR\r
  28 //   CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL,\r
  29 //   EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO,\r
  30 //   PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR\r
  31 //   PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF\r
  32 //   LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING\r
  33 //   NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS\r
  34 //   SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.\r
  35 //\r
  36 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
  37 \r
  38 \r
  39 #include <vector>\r
  40 #include <string>\r
  41 \r
  42 using namespace std;\r
  43 \r
  44 void genome(string popSize,                                             // effective population size of each population\r
  45                   int nSubPOP,                                                  // number of populations\r
  46                   vector<int> & nSubSample,                     // number of samples (haplotypes) draw from each populations\r
  47                   int numPieces,                                                // number of fragments for each sample (chromosome)\r
  48                   int pieceLen,                                                 // length in base pair of each fragment\r
  49                   int numIndepRegion,                                   // number of independent regions (independent chromosome)\r
  50                   int s,                                                                // fixed number of SNPs want to simulate, randomly place s SNPs on the genealogy \r
  51                   string rec,                                                   // recombination rate between consecutive fragments per generation\r
  52                   double mut,                                                   // mutation rate per generation per base pair\r
  53                   double mig,                                                   // migration rate per generation\r
  54                   vector< vector<bool> > &return_chromosome, // the return chromosome by connecting all independent chromosome into one long chromosome\r
  55                   long t,                                                               // random seed \r
  56                   int drawtree,                                         // drawtree=1 output the genealogy trees for each fragment and chromosome; drawtree=0 do not output the trees   \r
  57                   bool printparameters =false                   // =1 print out all input parameters, =0 do not print input parameters\r
  58                   );\r
  59 \r
  60 \r
  61 \r
  62  \r