bin/results_to_table

   1 #! /usr/bin/perl
   2
   3 use warnings;
   4 use strict;
   5
   6 use List::Util qw(sum);
   7 use IO::File;
   8
   9 die "search_resultsfile" unless @ARGV == 1;
  10 my ($search_results_fn) = @ARGV;
  11
  12 my $search_results_fh = new IO::File $search_results_fn, 'r' or die "Unable to read $search_results_fn: $!";
  13
  14 # read in the search results
  15 my @results;
  16 my %name_idx;
  17 my %refseq_idx;
  18 my %databases;
  19 my %terms;
  20 while (<$search_results_fh>) {
  21      # "name","hits","rzscore","refseq","location","alias","database","terms","description","function"
  22      next if $_ =~ /^\"name\"\,/;
  23      chomp;
  24      my %record;
  25      @record{qw(name hits rzscore refseq location alias database terms description function)} = map {s/^"//; s/"$//; $_;} split /\"\,\"/;
  26      push @results,{%record};
  27      push @{$name_idx{lc($record{name})}}, $#results;
  28      foreach (map {lc($_)} split /\s*;\s*/, $record{alias}) {
  29           push @{$name_idx{$_}}, $#results;
  30      }
  31      die "Duplicate refseq at record $." if exists $refseq_idx{lc $record{refseq}};
  32      $refseq_idx{lc $record{name}} = $#results;
  33      my @terms = split '; ', $record{terms};
  34      my %term_temp;
  35      my %db_temp;
  36      my %gene_temp;
  37      my %gene_temp2;
  38      for my $term (@terms) {
  39           if ($term =~ /\[/) {
  40                my ($keyword,$database,$hits) = $term =~ /([^[]+)\[([^\]]+)\]:(\d+)/;
  41                $keyword =~ s/[-+_]/ /g;
  42                $keyword =~ s/\s*$//;
  43                $keyword =~ s/[*]//;
  44                $gene_temp{$keyword}{$database} = 1;
  45                $gene_temp2{$database}{$keyword} = 1;
  46                $databases{$database}{$keyword}{count}++;
  47                $db_temp{$database}++;
  48                $terms{$keyword}{$database}{count}++;
  49           }
  50           else {
  51                my ($keyword,$hits) = $term =~ /([^:]+):(\d+)/;
  52                $keyword =~ s/[-+_]/ /g;
  53                $keyword =~ s/\s*$//;
  54                $keyword =~ s/[*]//;
  55                $terms{$keyword}{total}{count}++;
  56           }
  57      }
  58      if (keys %gene_temp == 1) {
  59           $terms{[keys %gene_temp]->[0]}{total}{unique}++;
  60           if (keys %{$gene_temp{[keys %gene_temp]->[0]}} == 1) {
  61                $databases{total}{total}{unique}++
  62           }
  63      }
  64      if (keys %gene_temp2 == 1) {
  65           $databases{[keys %gene_temp2]->[0]}{total}{unique}++;
  66      }
  67      for my $keyword (keys %gene_temp) {
  68           if (keys %{$gene_temp{$keyword}} == 1) {
  69                $terms{$keyword}{[keys %{$gene_temp{$keyword}}]->[0]}{unique}++;
  70           }
  71      }
  72      for my $database (keys %db_temp) {
  73           $databases{$database}{total}{count}++;
  74      }
  75      $databases{total}{total}{count}++;
  76 }
  77
  78 our ($keyword,$gct,$hvt,$nct,$t);
  79      format STDOUT =
  80 @<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< & @>>>>>>>>>> & @>>>>>>>>>> & @>>>>>>>>>> & @>>>>>>>>>> \\
  81 $keyword,                 $gct,     $hvt,     $nct,     $t
  82 .
  83 for$keyword (sort keys %terms) {
  84      ($gct,$hvt,$nct,$t) =
  85           map {
  86                if (not defined $_) {
  87                     '$-$';
  88                }
  89                else {
  90                     $_->{unique} ||= 0;
  91                     "$_->{count} ($_->{unique})";
  92                }
  93           } @{$terms{$keyword}}{qw(genecard harvester ncbi total)};
  94      write;
  95 }
  96
  97 $keyword = 'Total';
  98 ($gct,$hvt,$nct,$t) =
  99      map {
 100           if (not defined $_) {
 101                '$-$';
 102           }
 103           else {
 104                $_->{unique} ||= 0;
 105                "$_->{count} ($_->{unique})";
 106           }
 107      } map {$_->{total}} @databases{qw(genecard harvester ncbi total)};
 108 #($gct,$hvt,$nct,$t) = map {$_->{total}} @databases{qw(genecard harvester ncbi total)};
 109 write;