README

   1 INSTALLATION
   2
   3 Function2Gene currently requires the following:
   4
   5 perl
   6 wget
   7 HTML::TreeBuilder
   8 HTML::ElementTable
   9 XML::Parser::Expat
  10 Thread::Queue
  11
  12 these requirements are most easily satisfied on a Debian system (or
  13 other unix systems) but it is possible to use windows system as well.
  14
  15 On Debian machines:
  16
  17 aptitude install wget perl libwww-perl libxml-parser-perl dh-make-perl;
  18 dh-make-perl --cpan --build --install Thread::Queue;
  19
  20 will retrieve the necessary commponents. [On lenny or unstable, you
  21 will want libhtml-parser-perl instead of libwww-perl.]
  22
  23 For other systems, installing the modules using CPAN may be the best
  24 approach.
  25
  26
  27
  28 USAGE
  29
  30 All of the programs are located within a bin directory. For a
  31 demonstration, you can simply do the following:
  32
  33 cd bin;
  34 echo 'transferrin' > keywords.txt
  35 function2gene --keywords keywords.txt --results keyword_results;
  36