-AC_INIT( [fastq-tools], [0.3], [dcjones@cs.washington.edu] )
+AC_INIT( [fastq-tools], [0.4], [dcjones@cs.washington.edu] )
AM_INIT_AUTOMAKE( [foreign -Wall -Werror] )
m4_ifdef([AM_SILENT_RULES],[AM_SILENT_RULES([yes])])
AC_PROG_CC
AM_PROG_CC_C_O
-opt_CFLAGS="--std=c99 -Wall -Wextra -pedantic -g -O3"
-dbg_CFLAGS="--std=c99 -Wall -Wextra -pedantic -g -O0"
+m4_ifdef([AC_TYPE_UINT8_T], [AC_TYPE_UINT8_T])
+m4_ifdef([AC_TYPE_UINT16_T], [AC_TYPE_UINT16_T])
+m4_ifdef([AC_TYPE_INT32_T], [AC_TYPE_INT32_T])
+m4_ifdef([AC_TYPE_UINT32_T], [AC_TYPE_UINT32_T])
+m4_ifdef([AC_TYPE_UINT64_T], [AC_TYPE_UINT64_T])
+m4_ifdef([AC_TYPE_SIZE_T], [AC_TYPE_SIZE_T])
+m4_ifdef([AC_HEADER_STDBOOL], [AC_HEADER_STDBOOL])
+
+opt_CFLAGS="--std=c99 -Wall -Wextra -pedantic -g -O3 -D_C99_SOURCE"
+dbg_CFLAGS="--std=c99 -Wall -Wextra -pedantic -g -O0 -D_C99_SOURCE"
AC_ARG_ENABLE([debug],
[AS_HELP_STRING([--enable-debug],