src/swsse2/swwozniak.h

   1 /******************************************************************\r
   2   Copyright 2006 by Michael Farrar.  All rights reserved.\r
   3   This program may not be sold or incorporated into a commercial product,\r
   4   in whole or in part, without written consent of Michael Farrar.  For \r
   5   further information regarding permission for use or reproduction, please \r
   6   contact: Michael Farrar at farrar.michael@gmail.com.\r
   7 *******************************************************************/\r
   8 \r
   9 /*\r
  10   Written by Michael Farrar, 2006.\r
  11   Please send bug reports and/or suggestions to farrar.michael@gmail.com.\r
  12 */\r
  13 \r
  14 #ifndef INCLUDE_SWWOZNIAK_H\r
  15 #define INCLUDE_SWWOZNIAK_H\r
  16 \r
  17 #include "swsse2.h"\r
  18 #include "fastalib.h"\r
  19 \r
  20 #define MATRIX_ROW_SIZE 32\r
  21 \r
  22 SW_DATA *\r
  23 swWozniakInit (unsigned char   *querySeq,\r
  24                int              queryLength,\r
  25                signed char     *matrix);\r
  26 \r
  27 \r
  28 void \r
  29 swWozniakScan (unsigned char   *querySeq,\r
  30                int              queryLength,\r
  31                FASTA_LIB       *dbLib,\r
  32                void            *swData,\r
  33                SEARCH_OPTIONS  *options,\r
  34                SCORE_LIST      *scores);\r
  35 \r
  36 void\r
  37 swWozniakComplete (SW_DATA *pSwData);\r
  38 \r
  39 \r
  40 #endif /* INCLUDE_SWWOZNIAK_H */\r