src/swsse2/swscalar.h

   1 /******************************************************************
   2   Copyright 2006 by Michael Farrar.  All rights reserved.
   3   This program may not be sold or incorporated into a commercial product,
   4   in whole or in part, without written consent of Michael Farrar.  For
   5   further information regarding permission for use or reproduction, please
   6   contact: Michael Farrar at farrar.michael@gmail.com.
   7 *******************************************************************/
   8
   9 /*
  10   Written by Michael Farrar, 2006.
  11   Please send bug reports and/or suggestions to farrar.michael@gmail.com.
  12 */
  13
  14 #ifndef INCLUDE_SWSCALAR_H
  15 #define INCLUDE_SWSCALAR_H
  16
  17 #include "swsse2.h"
  18 #include "fastalib.h"
  19
  20 SW_DATA *
  21 swScalarInit (unsigned char   *querySeq,
  22               int              queryLength,
  23               signed char     *matrix);
  24
  25
  26 void
  27 swScalarScan (unsigned char   *querySeq,
  28               int              queryLength,
  29               FASTA_LIB       *dbLib,
  30               void            *swData,
  31               SEARCH_OPTIONS  *options,
  32               SCORE_LIST      *scores);
  33
  34
  35 void
  36 swScalarComplete (SW_DATA *pSwData);
  37
  38
  39 #endif /* INCLUDE_SWSCALAR_H */