src/swsse2/fastalib.h

   1 /******************************************************************
   2   Copyright 2006 by Michael Farrar.  All rights reserved.
   3   This program may not be sold or incorporated into a commercial product,
   4   in whole or in part, without written consent of Michael Farrar.  For
   5   further information regarding permission for use or reproduction, please
   6   contact: Michael Farrar at farrar.michael@gmail.com.
   7 *******************************************************************/
   8
   9 /*
  10   Written by Michael Farrar, 2006.
  11   Please send bug reports and/or suggestions to farrar.michael@gmail.com.
  12 */
  13
  14 #ifndef INCLUDE_FASTALIB_H
  15 #define INCLUDE_FASTALIB_H
  16
  17 #include <stdio.h>
  18
  19 #define MAX_SEQ_LENGTH (64 * 1024)
  20
  21 typedef struct {
  22     char *readBuffer;
  23
  24     char *seqName;
  25     unsigned char *seqBuffer;
  26
  27     int pos;
  28     int size;
  29
  30     FILE *fp;
  31
  32     int sequences;
  33     int residues;
  34
  35     int pad;
  36 } FASTA_LIB;
  37
  38 FASTA_LIB *openLib (char *file, int pad);
  39 void closeLib (FASTA_LIB *lib);
  40
  41 unsigned char *nextSeq (FASTA_LIB *lib, int *length);
  42
  43 #define seqName(LIB) (LIB->seqName)
  44
  45 #endif /* INCLUDE_FASTALIB_H */