src/parse.h

   1 /*
   2  * This file is part of fastq-tools.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2011 by Daniel C. Jones <dcjones@cs.washington.edu>
   5  *
   6  * parse :
   7  * A parser for FASTQ files.
   8  *
   9  */
  10
  11 #ifndef FASTQ_TOOLS_PARSE_H
  12 #define FASTQ_TOOLS_PARSE_H
  13
  14 #include <stdio.h>
  15 #include <zlib.h>
  16
  17
  18 typedef struct
  19 {
  20     char*  s;    /* null-terminated string */
  21     size_t n;    /* length of s */
  22     size_t size; /* bytes allocated for s */
  23 } str_t;
  24
  25
  26
  27 typedef struct
  28 {
  29     str_t id1;
  30     str_t seq;
  31     str_t id2;
  32     str_t qual;
  33 } seq_t;
  34
  35
  36 seq_t* fastq_alloc_seq();
  37 void fastq_free_seq(seq_t*);
  38
  39
  40 typedef struct
  41 {
  42     gzFile file;
  43     int    state;
  44     char*  buf;
  45     char*  c;
  46 } fastq_t;
  47
  48
  49 fastq_t* fastq_open(FILE*);
  50 void fastq_close(fastq_t*);
  51 int  fastq_next(fastq_t*, seq_t*);
  52
  53 void fastq_print(FILE* fout, seq_t* seq);
  54
  55
  56 #endif
  57