src/parse.h

   1 /*
   2  * This file is part of fastq-tools.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2011 by Daniel C. Jones <dcjones@cs.washington.edu>
   5  *
   6  * parse :
   7  * A parser for FASTQ files.
   8  *
   9  */
  10
  11 #ifndef FASTQ_TOOLS_PARSE_H
  12 #define FASTQ_TOOLS_PARSE_H
  13
  14 #include <stdbool.h>
  15 #include <stdint.h>
  16 #include <stdlib.h>
  17
  18 /* A string structure to keep-track of a reserved space. */
  19 typedef struct
  20 {
  21     char*  s;    /* null-terminated string */
  22     size_t n;    /* length of s */
  23     size_t size; /* bytes allocated for s */
  24 } str_t;
  25
  26
  27 /* A single fastq entry. */
  28 typedef struct
  29 {
  30     str_t id1;
  31     str_t seq;
  32     str_t id2;
  33     str_t qual;
  34 } seq_t;
  35
  36
  37 /* Allocate a new empty seq_t. */
  38 seq_t* seq_create();
  39
  40
  41 /* Free a seq allocated with seq_create. */
  42 void seq_free(seq_t* seq);
  43
  44
  45 /* Hash a fastq entry. */
  46 uint32_t seq_hash(const seq_t* seq);
  47
  48
  49 /* Internal data for the fastq parser. */
  50 typedef struct fastq_t_ fastq_t;
  51
  52
  53 /* Create a new fastq parser object.
  54  *
  55  * Args:
  56  *   file: A file that has been opened for reading.
  57  */
  58 fastq_t* fastq_create(FILE* file);
  59
  60
  61 /* Free memory associated with a fastq_t object. */
  62 void fastq_free(fastq_t*);
  63
  64
  65 /* Read one fastq entry.
  66  *
  67  * Args:
  68  *   f: A fastq_t parser object.
  69  *   seq: A seq_t object that has been allocated with seq_create.
  70  *
  71  * Returns:
  72  *   True if an entry was read, false if end-of-file was reached.
  73  */
  74 bool fastq_read(fastq_t* f, seq_t* seq);
  75
  76
  77 /* Rewind the fastq file.
  78  *
  79  * The FILE passed to fastq_create must be seekable for this to work.
  80  */
  81 void fastq_rewind(fastq_t* f);
  82
  83
  84 /* Print a fastq entry. */
  85 void fastq_print(FILE* fout, const seq_t* seq);
  86
  87
  88 #endif
  89