src/fastq-parse.h

   1 /*
   2  * This file is part of fastq-tools.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2011 by Daniel C. Jones <dcjones@cs.washington.edu>
   5  *
   6  * fastq-parse :
   7  * A parser for FASTQ files.
   8  *
   9  * This parser is mostly derivative of Heng Li's.
  10  * See: http://lh3lh3.users.sourceforge.net/kseq.shtml
  11  *
  12  */
  13
  14 #ifndef FASTQ_TOOLS_PARSE_H
  15 #define FASTQ_TOOLS_PARSE_H
  16
  17 #include <stdio.h>
  18 #include <zlib.h>
  19
  20
  21 typedef struct
  22 {
  23     char*  s;    /* null-terminated string */
  24     size_t n;    /* length of s */
  25     size_t size; /* bytes allocated for s */
  26 } str_t;
  27
  28
  29
  30 typedef struct
  31 {
  32     str_t id1;
  33     str_t seq;
  34     str_t id2;
  35     str_t qual;
  36 } seq_t;
  37
  38
  39 seq_t* fastq_alloc_seq();
  40 void fastq_free_seq(seq_t*);
  41
  42
  43 typedef struct
  44 {
  45     gzFile file;
  46     int    state;
  47     char*  buf;
  48     char*  c;
  49 } fastq_t;
  50
  51
  52 fastq_t* fastq_open(FILE*);
  53 void fastq_close(fastq_t*);
  54 int  fastq_next(fastq_t*, seq_t*);
  55
  56 #endif
  57