.emacs

   1 (custom-set-variables
   2  ;; custom-set-variables was added by Custom.
   3  ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
   4  ;; Your init file should contain only one such instance.
   5  ;; If there is more than one, they won't work right.
   6  '(bibtex-user-optional-fields (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)") ("abstract" "") ("pmid" "") ("doi" ""))))
   7  '(calendar-latitude [33 57 north])
   8  '(calendar-longitude [117 24 west])
   9  '(case-fold-search t)
  10  '(confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
  11  '(cperl-lazy-help-time nil)
  12  '(debian-changelog-mailing-address "don@debian.org" t)
  13  '(display-time t)
  14  '(display-time-24hr-format t)
  15  '(display-time-day-and-date t)
  16  '(display-time-mode t)
  17  '(font-latex-fontify-script nil)
  18  '(font-latex-fontify-sectioning (quote color))
  19  '(font-latex-script-display (quote (nil)))
  20  '(global-auto-revert-mode t)
  21  '(global-font-lock-mode t nil (font-lock))
  22  '(global-set-key "\347" t)
  23  '(iswitchb-mode t)
  24  '(iswitchb-prompt-newbuffer nil)
  25  '(log-edit-keep-buffer t)
  26  '(mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
  27  '(markdown-enable-math t)
  28  '(markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
  29  '(mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
  30  '(post-email-address "don@donarmstrong.com")
  31  '(post-kill-quoted-sig nil)
  32  '(post-mail-message "mutt\\(ng\\|\\)-[a-z0-9]+-[0-9]+-.*")
  33  '(post-uses-fill-mode nil)
  34  '(ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
  35  '(ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
  36  '(ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
  37  '(ps-line-number-color "blue")
  38  '(ps-print-footer t)
  39  '(ps-print-footer-frame nil)
  40  '(ps-print-only-one-header t)
  41  '(safe-local-variable-values (quote ((auto-save-default) (make-backup-files))))
  42  '(sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
  43 ]*")
  44  '(sentence-end-double-space nil)
  45  '(show-paren-mode t)
  46  '(tool-bar-mode nil nil (tool-bar))
  47  '(user-mail-address "don@donarmstrong.com")
  48  '(vc-delete-logbuf-window nil)
  49  '(vc-follow-symlinks t))
  50
  51 ;; use git before SVN; use CVS earlier, because I have CVS
  52 ;; repositories inside of git directories
  53 (setq vc-handled-backends (quote (CVS Git RCS SVN SCCS Bzr Hg Mtn Arch)))
  54
  55 ;; switch back to the old primary selection method
  56 (setq x-select-enable-clipboard nil)
  57 (setq x-select-enable-primary t)
  58 ; (setq mouse-drag-copy-region t)
  59
  60 (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
  61 ;;(load-file "cperl-mode.el")
  62 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  63 ;; this is the tiny-tools module from https://github.com/jaalto/project--emacs-tiny-tools.git
  64 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny")
  65 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/other")
  66 ;;(add-to-list 'Tex-style-path '"~/lib/emacs_el/auctex/")
  67
  68 (setq tinyprocmail--procmail-version "v3.22")
  69 (add-hook 'tinyprocmail--load-hook 'tinyprocmail-install)
  70 (require 'tinyprocmail)
  71
  72 (require 'vcl-mode)
  73
  74 (require 'tex-site)
  75 ;;(require 'psvn)
  76 (require 'cperl-mode)
  77 ;;(require 'ecasound)
  78 ;;(require 'emacs-wiki)
  79 (require 'bibtex)
  80 (require 'post)
  81 ;;(require 'fixme)
  82 (require 'google-weather)
  83 (require 'org-google-weather)
  84 (setq-default org-google-weather-format "%i %c, [%l,%h] %s %C")
  85
  86 ; http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode
  87 ; this colorizes color strings
  88 (require 'rainbow-mode)
  89 ; add ess to the x major mode
  90 (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
  91 (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
  92
  93 ; org mode agenda files
  94 (setq org-agenda-files
  95       (quote ("~/projects/debbugs/debbugs.org"
  96               "~/projects/notes/notes.org"
  97               "~/projects/origins_of_life/ool.org"
  98               "~/projects/sysadmin/sndservers/sndservers.org"
  99               "~/projects/chaim/chaim.org"
 100               "~/projects/chaim/papers/gwas_paper_2012/gwas_paper.org"
 101           "~/projects/reviews/reviews.org"
 102               "~/projects/fh/fh.org")))
 103
 104 (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
 105 (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %TAGS %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %6Effort{:}  %CLOCKSUM")
 106
 107 (setq org-default-notes-file "~/projects/notes/notes.org")
 108 (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
 109       '(("m" "Mail" entry (file+headline "~/projects/notes/refile.org" "Mail")
 110          "* %?\n\n  Source: %u, %c\n  %i")
 111         ("t" "todo" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 112          "* TODO %?\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 113         ("r" "respond" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 114          "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
 115         ("n" "note" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 116          "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 117         ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/notes/diary.org")
 118          "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
 119         ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 120          "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
 121         ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 122          "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
 123         ("h" "Habit" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 124          "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d %a .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n")
 125         )
 126       )
 127
 128 ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
 129 (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
 130   (interactive)
 131   (save-excursion
 132     (beginning-of-line 0)
 133     (org-remove-empty-drawer-at "LOGBOOK" (point))))
 134
 135 (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
 136
 137
 138 ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
 139 (setq org-clock-idle-time 10)
 140 (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
 141
 142 ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
 143 ; use C-M-r for org mode capture
 144 (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
 145
 146 ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
 147 (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
 148                                  (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
 149
 150 ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
 151 (setq org-refile-use-outline-path t)
 152
 153 ; Targets complete directly with IDO
 154 (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
 155
 156 ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
 157 (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
 158
 159 ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
 160 (setq org-completion-use-ido t)
 161 (setq ido-everywhere t)
 162 (setq ido-max-directory-size 100000)
 163 (ido-mode (quote both))
 164
 165 ;;;; Refile settings
 166 ; Exclude DONE state tasks from refile targets
 167 (defun bh/verify-refile-target ()
 168   "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
 169   (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
 170
 171 (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
 172
 173 ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
 174 ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
 175 ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
 176 (require 'org-protocol)
 177 (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
 178 (setq my-org-protocol-flag nil)
 179 (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
 180   "Delete frame at remember finalization"
 181   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
 182          (setq my-org-protocol-flag nil)))
 183 (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
 184   "Delete frame at remember refile"
 185   (if my-org-protocol-flag
 186       (progn
 187         (setq my-org-protocol-flag nil)
 188         ad-do-it
 189         (delete-frame))
 190     ad-do-it)
 191   )
 192 (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
 193   "Delete frame at remember abort"
 194   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
 195          (setq my-org-protocol-flag nil)))
 196 (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
 197   (setq my-org-protocol-flag t))
 198
 199
 200 ;; org modules
 201 (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
 202
 203 ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
 204 (defun open-mail-in-mutt (message)
 205   "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
 206
 207 Message can be specified either by a path pointing inside a
 208 Maildir, or by Message-ID."
 209   (interactive "MPath or Message-ID: ")
 210   (shell-command
 211    (format "xterm -e \"%s %s\""
 212        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
 213
 214 ;; add support for "mutt:ID" links
 215 (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
 216
 217
 218 (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
 219
 220 (setq-default auto-mode-alist (cons '("\.wml$" .
 221                               (lambda () (html-mode) (auto-fill-mode)))
 222                             auto-mode-alist))
 223
 224 ;; Use c-mode for perl .xs files
 225 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 226 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 227 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 228 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 229 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 230
 231 ; use markdown mode for mdwn files
 232 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.mdwn$" . markdown-mode))
 233
 234
 235
 236
 237 ; mail configuration
 238 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode))
 239 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttngrc" . muttrc-mode))
 240
 241 (add-to-list 'auto-mode-alist '("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode))
 242 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttrc" . muttrc-mode))
 243 (defun my-message-mode-settings ()
 244   (font-lock-add-keywords nil
 245                           '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
 246                              (0 'message-multiply-quoted-text-face))
 247                             ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
 248                              (0 'message-double-quoted-text-face))))
 249   (local-set-key (kbd "C-c C-a") 'my-post-attach-file)
 250   )
 251 (add-hook 'message-mode-hook 'my-message-mode-settings)
 252
 253 (defun my-post-attach-file ()
 254   "Prompt for an attachment."
 255   (interactive)
 256   (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil))
 257         (description (string-read "Description: ")))
 258     (my-header-attach-file file description)))
 259
 260 (symbol-function 'my-post-attach-file)
 261
 262 (defun my-header-attach-file (file description)
 263   "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
 264 Argument DESCRIPTION MIME description."
 265   (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
 266   (when (> (length file) 0)
 267     (save-excursion
 268       (save-match-data
 269         (save-restriction
 270           (widen)
 271           (goto-char (point-min))
 272           (search-forward-regexp "^$")
 273           (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
 274                           description "\n"))
 275           (message (concat "Attached '" file "'."))
 276           (setq post-has-attachment t))))))
 277
 278
 279
 280 (setq mail-yank-prefix "> ")
 281
 282 (global-unset-key "\M-g")
 283 (global-set-key "\M-g" 'goto-line)
 284
 285 ;;(autoload 'perl-mode "cperl-mode"
 286 ;;  "alternate mode for editing Perl programs" t)
 287
 288 ;; self-insert-command hack.
 289 ;;   Without this, "if<SP>" expands to
 290 ;;   if ( -!-) {
 291 ;;   }
 292 ;;   which really should be,
 293 ;;   if (-!-) {
 294 ;;   }
 295 (setq cperl-hairy t
 296       cperl-indent-level 4
 297       cperl-auto-newline nil
 298       cperl-auto-newline-after-colon nil
 299       cperl-continued-statement-offset 4
 300       cperl-brace-offset -1
 301       cperl-continued-brace-offset 0
 302       cperl-label-offset -4
 303       cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 304       cperl-electric-lbrace-space nil
 305       cperl-indent-parens-as-block nil
 306       cperl-close-paren-offset -1
 307       cperl-tab-always-indent t)
 308 ;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 309
 310
 311
 312 ;(load-library "php-mode")
 313
 314 (setq-default c-indent-level 4)
 315 (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
 316 (setq-default c-brace-offset -4)
 317 (setq-default c-argdecl-indent 4)
 318 (setq-default c-label-offset -4)
 319 (setq-default c-continued-statement-offset 4)
 320 ; tabs are annoying
 321 (setq-default indent-tabs-mode nil)
 322 (setq-default tab-width 4)
 323
 324
 325 ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
 326 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
 327 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
 328 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
 329 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
 330
 331 ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
 332 ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
 333 (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
 334 (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
 335 (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
 336 (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
 337 (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
 338 (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
 339 (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
 340 (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
 341
 342 ; use smart quotes by default instead of `` and ''
 343 ; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
 344 (setq TeX-open-quote "“")
 345 (setq TeX-close-quote "”")
 346
 347 ;; (TeX-add-style-hook
 348 ;;  "latex"
 349 ;;  (lambda ()
 350 ;;    (TeX-add-symbols
 351 ;;     '("DLA" 1))))
 352 ;; (custom-set-variables
 353 ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
 354 ;;    '(("fixme"
 355 ;;       ("DLA" "RZ")
 356 ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
 357 ;; )
 358
 359 (require 'font-latex)
 360 (setq font-latex-match-reference-keywords
 361       '(
 362         ("fref" "{")
 363         ("Fref" "{")
 364         ("citep" "{")
 365         ("citet" "{")
 366         ("acs" "{")
 367         ("acsp" "{")
 368         ("ac" "{")
 369         ("acp" "{")
 370         ("acl" "{")
 371         ("aclp" "{")
 372         ("acsu" "{")
 373         ("aclu" "{")
 374         ("acused" "{")
 375 ;         ))
 376 ; (setq font-latex-match-warning-keywords
 377 ;       '(
 378         ("DLA" "{")
 379         ("RZ" "{")
 380         ("OM" "{")
 381         ("DL" "{")
 382         ("fixme" "{")))
 383
 384 (setq-default TeX-parse-self t)
 385 (setq-default TeX-auto-save t)
 386 (setq-default TeX-master nil)
 387
 388 ;; this doesn't seem to work; not currently sure why
 389 ; (setq font-latex-user-keyword-classes
 390 ;       '(("my-warning-commands"
 391 ;          (("DLA" "{")
 392 ;           ("RZ" "{")
 393 ;           ("OM" "{")
 394 ;           ("DL" "{")
 395 ;           ("fixme" "{")
 396 ;           )
 397 ;          (:foreground "red" :weight bold :underline (:color foreground-color :style line)))
 398 ;         ))
 399
 400
 401 (defun insert-date ()
 402   "Insert date at point."
 403   (interactive)
 404   (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
 405 (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
 406
 407 (defun unfill-paragraph (arg)
 408   "Pull this whole paragraph up onto one line."
 409   (interactive "*p")
 410   (let ((fill-column 10000))
 411     (fill-paragraph arg))
 412   )
 413
 414 ;(iswitchb-default-keybindings)
 415
 416 (column-number-mode t)
 417 (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
 418
 419 (server-start)
 420
 421 (require 'mode-compile)
 422
 423 (setq-default reftex-default-bibliography
 424       '("references.bib"))
 425
 426 (defadvice server-process-filter (after post-mode-message first activate)
 427   "If the buffer is in post mode, overwrite the server-edit
 428     message with a post-save-current-buffer-and-exit message."
 429   (if (eq major-mode 'post-mode)
 430       (message
 431        (substitute-command-keys "Type \\[describe-mode] for help composing; \\[post-save-current-buffer-and-exit] when done."))))
 432                                         ; This is also needed to see the magic message.  Set to a higher
 433                                         ; number if you have a faster computer or read slower than me.
 434 '(font-lock-verbose 1000)
 435 ;(setq-default server-temp-file-regexp "mutt\(-\|ng-\)")
 436 ; (add-hook 'server-switch-hook
 437 ;         (function (lambda()
 438 ;                     (cond ((string-match "Post" mode-name)
 439 ;                            (post-goto-body)))
 440 ;                     set-buffer-file-coding-system 'utf-8
 441 ;                     )))
 442 ;
 443
 444 (add-hook 'post-mode-hook
 445           (auto-fill-mode nil)
 446           )
 447 ; abbrev mode settings
 448 ; load abbreviations from
 449 (setq abbrev-file-name
 450       "~/.emacs_abbrev_def")
 451
 452 ; read the abbrev file if it exists
 453 (if (file-exists-p abbrev-file-name)
 454     (quietly-read-abbrev-file))
 455
 456 ; for now, use abbrev mode everywhere
 457 (setq default-abbrev-mode t)
 458
 459
 460 (defun insert-function-documentation ()
 461   "Insert function documentation"
 462   (interactive)
 463   (insert-file-contents "/home/don/lib/templates/perl_function_documentation" nil))
 464 (global-set-key "\M-f" 'insert-function-documentation)
 465
 466 (eval-after-load "lilypond-mode"
 467   '(progn
 468      (load-library "lyqi-mode")
 469      (define-key LilyPond-mode-map "\C-cq" 'lyqi-mode)))
 470
 471 (autoload 'spamassassin-mode "spamassassin-mode" nil t)
 472
 473 (desktop-load-default)
 474 (desktop-read)
 475 '(iswitchb-mode on)
 476 (custom-set-faces
 477  ;; custom-set-faces was added by Custom.
 478  ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
 479  ;; Your init file should contain only one such instance.
 480  ;; If there is more than one, they won't work right.
 481  '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
 482
 483 (defun ess-change-directory (path)
 484   "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
 485   (interactive "DDirectory to change to: ")
 486
 487   (when (file-exists-p path)
 488     (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
 489     ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
 490     (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
 491
 492 (put 'upcase-region 'disabled nil)
 493 (put 'downcase-region 'disabled nil)
 494 (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
 495
 496 ;; The following lines are always needed. Choose your own keys.
 497 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.org\\'" . org-mode))
 498 (add-hook 'org-mode-hook 'turn-on-font-lock) ; not needed when global-font-lock-mode is on
 499 (global-set-key "\C-cl" 'org-store-link)
 500 (global-set-key "\C-ca" 'org-agenda)
 501 (global-set-key "\C-cb" 'org-iswitchb)
 502 (setq-default org-log-done 'time)
 503 (setq-default org-agenda-ndays 5)
 504
 505
 506 (autoload 'flyspell-mode "flyspell" "On-the-fly spelling checker." t)
 507 (add-hook 'message-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 508 (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 509 (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
 510 (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 511 (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 512 (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 513 (defun turn-on-flyspell ()
 514    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
 515    (interactive)
 516    (flyspell-mode 1))
 517
 518 ;;; outlining support for ess modes
 519 (add-hook 'ess-mode-hook
 520       '(lambda ()
 521          (outline-minor-mode)
 522          (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
 523          (defun outline-level ()
 524            (cond ((looking-at "^##### ") 1)
 525              ((looking-at "^#### ") 2)
 526              ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
 527              (t 1000)))
 528          ))
 529
 530  ; Outline-minor-mode key map
 531  (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
 532  ; HIDE
 533  (define-key cm-map "q" 'hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
 534  (define-key cm-map "t" 'hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
 535  (define-key cm-map "o" 'hide-other)        ; Hide other branches
 536  (define-key cm-map "c" 'hide-entry)        ; Hide this entry's body
 537  (define-key cm-map "l" 'hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
 538  (define-key cm-map "d" 'hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
 539  ; SHOW
 540  (define-key cm-map "a" 'show-all)          ; Show (expand) everything
 541  (define-key cm-map "e" 'show-entry)        ; Show this heading's body
 542  (define-key cm-map "i" 'show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
 543  (define-key cm-map "k" 'show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
 544  (define-key cm-map "s" 'show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
 545  ; MOVE
 546  (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
 547  (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
 548  (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
 549  (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
 550  (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
 551  (global-set-key "\M-o" cm-map)
 552
 553 (defun my-org-mode-setup ()
 554   (load-library "reftex")
 555   (and (buffer-file-name)
 556        (file-exists-p (buffer-file-name))
 557        (progn
 558          (reftex-parse-all)
 559          (reftex-set-cite-format
 560           '((?b . "[[bib::%l][%l-bib]]")
 561             (?n . "[[note::%l][%l-notes]]")
 562             (?c . "\\cite{%l}")
 563             (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l paper]]")))
 564          ))
 565   (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
 566   (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
 567   (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
 568   (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
 569   )
 570 (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
 571
 572 (defun org-mode-reftex-search ()
 573   (interactive)
 574   (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (reftex-citation t))))
 575
 576 (defun open-research-paper (bibtexkey)
 577   "Open a paper by bibtex key"
 578   (interactive "bibtex key: ")
 579   (shell-command
 580    (format "%s %s"
 581        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
 582 (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
 583
 584
 585 ;; stolen from
 586 ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
 587 (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
 588   (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
 589   (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
 590                    (match-string 1 path)))
 591          (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
 592     (cond ((eq format 'latex)
 593            (if (or (not desc)
 594                    (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
 595                (format "\\cite{%s}" search)
 596              (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
 597
 598 (org-add-link-type "rtcite"
 599                    'org-bibtex-open
 600                    'my-rtcite-export-handler)
 601
 602
 603 (setq-default org-mobile-directory "/rzlab.ucr.edu:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
 604 (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
 605 (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
 606
 607 ;; org mode ical export
 608 (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
 609 (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
 610 (setq org-icalendar-store-UID t)
 611
 612 ;; org babel support
 613 (org-babel-do-load-languages
 614  'org-babel-load-languages
 615  '((emacs-lisp . t )
 616    (R . t)
 617    (latex . t)))
 618 ;; org-babel-by-backend
 619 (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
 620    `(case (if (boundp 'backend)
 621               (org-export-backend-name backend)
 622             nil) ,@body))
 623
 624
 625
 626 ;; org latex
 627 ;; stolen from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
 628 (require 'org-latex)
 629 ;; Choose either listings or minted for exporting source code blocks.
 630 ;; Using minted (as here) requires pygments be installed. To use the
 631 ;; default listings package instead, use
 632 ;; (setq org-latex-listings t)
 633 ;; and change references to "minted" below to "listings"
 634 (setq org-latex-listings 'minted)
 635
 636 ;; default settings for minted code blocks
 637 (setq org-latex-minted-options
 638       '(;("frame" "single")
 639         ("bgcolor" "bg") ; bg will need to be defined in the preamble of your document. It's defined in org-preamble-pdflatex.sty and org-preamble-xelatex.sty below.
 640         ("fontsize" "\\small")
 641         ))
 642 ;; turn off the default toc behavior; deal with it properly in headers to files.
 643 (defun org-latex-no-toc (depth)
 644   (when depth
 645     (format "%% Org-mode is exporting headings to %s levels.\n"
 646             depth)))
 647 (setq org-latex-format-toc-function 'org-latex-no-toc)
 648
 649 (require 'ox-latex)
 650 (add-to-list 'org-latex-classes
 651              '("memarticle"
 652                "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
 653                ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
 654                ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
 655                ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
 656                ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
 657                ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
 658
 659 (add-to-list 'org-latex-classes
 660              '("membook"
 661                "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
 662                ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
 663                ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
 664                ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
 665                ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
 666
 667 (add-to-list 'org-latex-classes
 668              '("letter"
 669                "\\documentclass[11pt]{letter}"
 670                ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
 671                ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
 672                ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
 673                ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
 674                ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
 675
 676 ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
 677 ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
 678 (defun my-auto-tex-cmd ()
 679   "When exporting from .org with latex, automatically run latex,
 680                      pdflatex, or xelatex as appropriate, using latexmk."
 681   (let ((texcmd)))
 682   ;; default command: pdflatex
 683   (setq texcmd "latexmk -pdflatex='pdflatex -synctex=1 --shell-escape --' -pdf %f")
 684   ;; pdflatex -> .pdf
 685   (if (string-match "LATEX_CMD: pdflatex" (buffer-string))
 686       (setq texcmd "latexmk -pdflatex='pdflatex -synctex=1 --shell-escape' -pdf %f"))
 687   ;; xelatex -> .pdf
 688   (if (string-match "LATEX_CMD: xelatex" (buffer-string))
 689       (setq texcmd "latexmk -pdflatex='xelatex -syntex=1 --shell-escape' -bibtex -use-make -pdf %f"))
 690   ;; LaTeX compilation command
 691   (setq org-latex-to-pdf-process (list texcmd)))
 692
 693 (add-hook 'org-latex-after-initial-vars-hook 'my-auto-tex-cmd)
 694
 695 ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
 696 (setq org-latex-packages-alist
 697       '(("" "graphicx" t)
 698         ("" "longtable" nil)
 699         ("" "float" )))
 700
 701 ;; Custom packages
 702 (defun my-auto-tex-parameters ()
 703   "Automatically select the tex packages to include. See https://github.com/kjhealy/latex-custom-kjh for the support files included here."
 704   ;; default packages for ordinary latex or pdflatex export
 705   (setq org-latex-default-packages-alist
 706         '(("AUTO" "inputenc" t)
 707           ("minted,minion" "org-preamble-pdflatex" t)))
 708   ;; Packages to include when xelatex is used
 709   (if (string-match "LATEX_CMD: xelatex" (buffer-string))
 710       (setq org-latex-default-packages-alist
 711             '(("minted" "org-preamble-xelatex" t) ))))
 712
 713 (add-hook 'org-latex-after-initial-vars-hook 'my-auto-tex-parameters)
 714
 715 ; support ignoring headers in org mode export to latex
 716 ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
 717 (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
 718                                       (headline contents info) activate)
 719   (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
 720       (setq ad-return-value contents)
 721     ad-do-it))
 722
 723 ; debian stuff
 724 (setq-default debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
 725 (setq-default debian-changelog-full-name "Don Armstrong")
 726
 727 ; ediff configuration
 728 ; don't use the multi-window configuration
 729 (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
 730
 731 ; use iedit
 732 (require 'iedit)
 733 (define-key global-map (kbd "C-;") 'iedit-mode)
 734 (global-set-key  (kbd "C-;") 'iedit-mode)
 735
 736 ; fix up css mode to not be silly
 737 ; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
 738 (setq cssm-indent-level 4)
 739 (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
 740 (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
 741 (setq cssm-mirror-mode nil)
 742
 743 (require 'multi-web-mode)
 744 (setq mweb-default-major-mode 'html-mode)
 745 (setq mweb-tags '((php-mode "<\\?php\\|<\\? \\|<\\?=" "\\?>")
 746                   (js-mode "<script +\\(type=\"text/javascript\"\\|language=\"javascript\"\\)[^>]*>" "</script>")
 747                   (css-mode "<style +type=\"text/css\"[^>]*>" "</style>")))
 748 (setq mweb-filename-extensions '("php" "htm" "html" "ctp" "phtml" "php4" "php5"))
 749 (multi-web-global-mode 1)
 750
 751 ; clean-mode-line from http://www.masteringemacs.org/articles/2012/09/10/hiding-replacing-modeline-strings/
 752 (defvar mode-line-cleaner-alist
 753   `((auto-complete-mode . " α")
 754     (yas/minor-mode . " υ")
 755     (paredit-mode . " π")
 756     (eldoc-mode . "")
 757     (abbrev-mode . "")
 758     (my-keys-minor-mode . "")
 759     ;; Major modes
 760     (lisp-interaction-mode . "λ")
 761     (hi-lock-mode . "")
 762     (python-mode . "Py")
 763     (cperl-mode . "ρ")
 764     (auctex-mode . "Lχ")
 765     (org-agenda-mode . "øα")
 766     (org-mode . "ø")
 767     (emacs-lisp-mode . "EL")
 768     (nxhtml-mode . "nx"))
 769   "Alist for `clean-mode-line'.
 770
 771 When you add a new element to the alist, keep in mind that you
 772 must pass the correct minor/major mode symbol and a string you
 773 want to use in the modeline *in lieu of* the original.")
 774
 775
 776 (defun clean-mode-line ()
 777   (interactive)
 778   (loop for cleaner in mode-line-cleaner-alist
 779         do (let* ((mode (car cleaner))
 780                  (mode-str (cdr cleaner))
 781                  (old-mode-str (cdr (assq mode minor-mode-alist))))
 782              (when old-mode-str
 783                  (setcar old-mode-str mode-str))
 784                ;; major mode
 785              (when (eq mode major-mode)
 786                (setq mode-name mode-str)))))
 787
 788
 789 (add-hook 'after-change-major-mode-hook 'clean-mode-line)
 790
 791 ;;; alias the new `flymake-report-status-slim' to
 792 ;;; `flymake-report-status'
 793 (defalias 'flymake-report-status 'flymake-report-status-slim)
 794 (defun flymake-report-status-slim (e-w &optional status)
 795   "Show \"slim\" flymake status in mode line."
 796   (when e-w
 797     (setq flymake-mode-line-e-w e-w))
 798   (when status
 799     (setq flymake-mode-line-status status))
 800   (let* ((mode-line " Φ"))
 801     (when (> (length flymake-mode-line-e-w) 0)
 802       (setq mode-line (concat mode-line ":" flymake-mode-line-e-w)))
 803     (setq mode-line (concat mode-line flymake-mode-line-status))
 804     (setq flymake-mode-line mode-line)
 805     (force-mode-line-update)))
 806
 807 ; load sql-indent when sql is loaded
 808 (eval-after-load "sql"
 809   '(load-library "sql-indent"))
 810
 811 ; fix up tmux xterm keys
 812 ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
 813 (if (getenv "TMUX")
 814     (progn
 815       (let ((x 2) (tkey ""))
 816         (while (<= x 8)
 817           ;; shift
 818           (if (= x 2)
 819               (setq tkey "S-"))
 820           ;; alt
 821           (if (= x 3)
 822               (setq tkey "M-"))
 823           ;; alt + shift
 824           (if (= x 4)
 825               (setq tkey "M-S-"))
 826           ;; ctrl
 827           (if (= x 5)
 828               (setq tkey "C-"))
 829           ;; ctrl + shift
 830           (if (= x 6)
 831               (setq tkey "C-S-"))
 832           ;; ctrl + alt
 833           (if (= x 7)
 834               (setq tkey "C-M-"))
 835           ;; ctrl + alt + shift
 836           (if (= x 8)
 837               (setq tkey "C-M-S-"))
 838
 839           ;; arrows
 840           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
 841           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
 842           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
 843           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
 844           ;; home
 845           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
 846           ;; end
 847           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
 848           ;; page up
 849           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
 850           ;; page down
 851           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
 852           ;; insert
 853           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
 854           ;; delete
 855           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
 856           ;; f1
 857           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
 858           ;; f2
 859           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
 860           ;; f3
 861           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
 862           ;; f4
 863           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
 864           ;; f5
 865           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
 866           ;; f6
 867           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
 868           ;; f7
 869           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
 870           ;; f8
 871           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
 872           ;; f9
 873           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
 874           ;; f10
 875           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
 876           ;; f11
 877           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
 878           ;; f12
 879           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
 880           ;; f13
 881           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
 882           ;; f14
 883           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
 884           ;; f15
 885           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
 886           ;; f16
 887           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
 888           ;; f17
 889           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
 890           ;; f18
 891           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
 892           ;; f19
 893           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
 894           ;; f20
 895           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
 896
 897           (setq x (+ x 1))
 898           ))
 899       )
 900   )
 901
 902 ; apparently things like to step on C-;, so we'll use a hack from
 903 ; http://stackoverflow.com/questions/683425/globally-override-key-binding-in-emacs/5340797#5340797 to fix this
 904
 905 (defvar my-keys-minor-mode-map (make-keymap) "my-keys-minor-mode keymap.")
 906
 907 ; use iedit everywhere
 908 (define-key my-keys-minor-mode-map (kbd "C-;") 'iedit-mode)
 909
 910 (define-minor-mode my-keys-minor-mode
 911   "A minor mode so that my key settings override annoying major modes."
 912   t " my-keys" 'my-keys-minor-mode-map)
 913
 914 (my-keys-minor-mode 1)
 915 (defun my-minibuffer-setup-hook ()
 916   (my-keys-minor-mode 0))
 917
 918 (add-hook 'minibuffer-setup-hook 'my-minibuffer-setup-hook)
 919 (defadvice load (after give-my-keybindings-priority)
 920   "Try to ensure that my keybindings always have priority."
 921   (if (not (eq (car (car minor-mode-map-alist)) 'my-keys-minor-mode))
 922       (let ((mykeys (assq 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)))
 923         (assq-delete-all 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)
 924         (add-to-list 'minor-mode-map-alist mykeys))))
 925 (ad-activate 'load)