]> git.donarmstrong.com Git - don.git/commitdiff
add missing spaces, replace -- with –
authorDon Armstrong <don@donarmstrong.com>
Tue, 28 Feb 2023 00:36:38 +0000 (16:36 -0800)
committerDon Armstrong <don@donarmstrong.com>
Tue, 28 Feb 2023 00:36:38 +0000 (16:36 -0800)
resume.mdwn

index 0258b2c89e87beb022ece9c1946af8901149665e..43e34c04fd647571068da837f08548f3cd99679a 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 [[!meta title="Resumé"]]
 
 # Experience
-## Team Lead Data Engineering at Ginkgo Bioworks 2022--Present
+## Team Lead Data Engineering at Ginkgo Bioworks 2022Present
 + Lead and manged team of data engineers, system administrators,
   statisticians, bioinformaticians, and scientists at the PhD level
   working within the AgBio unit of Ginkgo Bioworks.
@@ -10,7 +10,8 @@
 + Key leadership role in successful merger of AgBio unit with Ginkgo,
   including all relevant R&D business applications and data-adjacent
   systems.
-## Team Lead Data Engineering at Bayer Crop Science 2018--2022
+
+## Team Lead Data Engineering at Bayer Crop Science 2018–2022
 + Hired, managed, and developed team of 5+ Data Engineers, Systems
   Administrators, and Business Analysts working within the Biologics
   R&D unit of Bayer Crop Science enabling data capture, data
@@ -29,7 +30,8 @@
   spectrographic measurements
 + Established and developed network of internal and external contacts
   for technical implementation of Bayer program goals.
-## Debian Developer 2004--Present
+
+## Debian Developer 2004–Present
 + Maintained, managed configurations, and resolved issues in multiple
   packages written in R, perl, python, scheme, C++, and C.
 + Resolved technical conflicts, developed technical standards, and
@@ -38,7 +40,8 @@
   million entries with web, REST, and SOAP interfaces.
 + Provided vendor-level support for complex systems integration issues
   on Debian GNU/Linux systems.
-## Research Scientist at UIUC \hfill 2015--2017
+
+## Research Scientist at UIUC 2015–2017
 + Planning, design, organization, execution, and analysis of multiple
   complex epidemiological studies involving epigenomics,
   transcriptomics, and genomics of diseases of pregnancy and
@@ -54,7 +57,8 @@
   scientific research, and modern statistical methodology.
 + Wrote software and designed relational databases using R, perl, C,
   SQL, make, and very large computational systems ([Blue Waters](https://bluewaters.ncsa.illinois.edu/))
-## Postdoctoral Researcher at USC 2013--2015
+
+## Postdoctoral Researcher at USC 2013–2015
 + Design, execution, and analysis of an epidemiological study to
   identify genomic variants associated with systemic lupus
   erythematosus using targeted deep sequencing.
   archive large datasets resulting from genomic sequencing.
 + Coordinated with clinicians, molecular biologists, and biologists to
   produce analyses and major reports.
-## Postdoctoral Researcher at UCR 2010--2012
+
+## Postdoctoral Researcher at UCR 2010–2012
 + Executed and analyzed an epidemiological study to identify genomic
   variants associated with systemic lupus erythematosus using prior
   information and array based approaches in a trio and cross sectional
   study of individuals from the Los Angeles and greater United States.
 + Wrote and maintained multiple software components to reproducibly
   perform the analyses.
+
 # Education
 + Doctor of Philosophy (PhD) in Cell, Molecular and Developmental Biology at UC Riverside
 + Batchelor of Science (BS) in Biology at UC Riverside
@@ -81,6 +87,7 @@
   interns
 + Former chair of Debian's Technical Committee
 + Head developer behind https://bugs.debian.org
+
 ## Bioinformatics, Genomics, and Epigenomics
 + NGS and array-based Genomics and Epigenomics of complex human
   diseases using RNA-seq, targeted DNA sequencing, RRBS, Illumina
 + Alignment, annotation, and variant calling using existing and custom
   software, including GATK, bwa, STAR, and kallisto
 + Using evolutionary genomics to identify causal human variants
+
 ## Statistics
 + Statistical modeling (regression, inference, prediction, and machine
   learning in very large (> 1TB) datasets) using R and python.
 + Correcting & experimental design to overcome multiple testing,
   confounders, and batch effects (both Bayesian and frequentist)
 + Reproducible research
+
 ## Software Development
 + Languages: python, R, perl, C, C++, python, groovy, sh (bash, POSIX,
   and zsh), make
   Aha!, continuous integration & deployment, automated testing
 + Web, Mobile: Shiny, jQuery, JavaScript
 + Databases: Postgresql (PL/SQL), SQLite, Mysql, NoSQL
+
 ## Big Data
 + Parallel and Cloud Computing (slurm, torque, AWS, OpenStack, Azure)
 + Inter-process communication: MPI, OpenMP
 + Filestorage: Gluster, CEFS, GPFS, Lustre
 + Linux system administration
+
 ## Applications and Daemons
 + Web: apache, ngix, varnish (load balancing/caching), REST, SOAP,
   Tomcat
 + Issue Tracking: Debbugs, Request Tracker, Trac, JIRA
 + Office Software: Gnumeric, Libreoffice, \LaTeX, Word, Excel,
   Powerpoint
+
 ## Networking
 + Hardware, Linux routing and firewall experience, ferm, DHCP,
   openvpn, bonding, NAT, DNHS, SNMP, IPv4, and IPv6.
+
 ## Operating systems
 + GNU/Linux (Debian, Ubuntu, Red Hat)
 + Windows
 + MacOS
+
 ## Communication
 + Strong written communication skills as evidenced by publication
   record
 + Strong verbal and presentation skills as evidenced by presentation,
   leadership, and teaching record
+
 # Authored Open Source Software
 + *[Debbugs](http://bugs.debian.org)*: Bug tracking software for the Debian GNU/Linux
    distribution. 
   Role: Key Personnel
 
 ## Scholarships and Fellowships
-+ 2001--2003: University of California, Riverside Doctoral Fellowship
-+ 1997--2001: Regents of the University of California Scholarship.
++ 20012003: University of California, Riverside Doctoral Fellowship
++ 19972001: Regents of the University of California Scholarship.
 
 # Academic Information