t/06-get-set.t

   1 #! perl
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use Test::More;
   6 use Statistics::R;
   7
   8 my ($R, $input, $output);
   9
  10
  11 ok $R = Statistics::R->new();
  12
  13
  14 $input = undef;
  15 ok $R->set('x', $input), 'undef';
  16 is $R->get('x'), undef;
  17
  18
  19 $input = 123;
  20 ok $R->set('x', $input);
  21 ok $output = $R->get('x'), 'integer';
  22 is ref($output), '';
  23 is $output, 123;
  24
  25
  26 # R default number of digits is 7
  27 $input = 0.93945768644;
  28 ok $R->set('x', $input), 'real number';
  29 ok $output = $R->get('x');
  30 is ref($output), '';
  31 is $output, sprintf("%.7f", $input);
  32
  33
  34 $input = "apocalypse";
  35 ok $R->set('x', $input), 'string';
  36 ok $output = $R->get('x');
  37 is ref($output), '';
  38 is $output, "apocalypse";
  39
  40
  41 $input = "a string";
  42 ok $R->set('x', $input), 'string with witespace';
  43 ok $output = $R->get('x');
  44 is ref($output), '';
  45 is $output, "a string";
  46
  47
  48 $input = 'gi|57116681|ref|NC_000962.2|';
  49 ok $R->set('x', $input), 'number-containing string';
  50 ok $output = $R->get('x');
  51 is ref($output), '';
  52 is $output, 'gi|57116681|ref|NC_000962.2|';
  53
  54
  55 # Mixed arrays are considered as string arrays by R, thus there is no digit limit
  56 $input = [123, "a string", 'two strings', 0.93945768644];
  57 ok $R->set('x', $input), 'mixed array';
  58 ok $output = $R->get('x');
  59 is ref($output), 'ARRAY';
  60 is $$output[0], 123;
  61 is $$output[1], "a string";
  62 is $$output[2], "two strings";
  63 is $$output[3], 0.93945768644;
  64
  65
  66 # RT bug #71988
  67 $input = [ q{statistics-r-0.22}, "abc 123 xyz", 'gi|57116681|ref|NC_000962.2|'];
  68 ok $R->set('x', $input), 'array of number-containing strings';
  69 ok $output = $R->get('x');
  70 is ref($output), 'ARRAY';
  71 is $$output[0], q{statistics-r-0.22};
  72 is $$output[1], "abc 123 xyz";
  73 is $$output[2], 'gi|57116681|ref|NC_000962.2|';
  74
  75
  76 $input = [123,142,147,153,145,151,165,129,133,150,142,154,131,146,151,136,147,156,141,155,147,165,168,146,148,146,142,145,161,157,154,137,130,161,130,156,140,145,154];
  77 ok $R->set('x', $input), 'large array of integers';
  78 ok $output = $R->get('x');
  79 is ref($output), 'ARRAY';
  80 for (my $i = 0; $i < scalar @$input; $i++) {
  81     is $$output[$i], $$input[$i];
  82 }
  83
  84
  85 $input = [1, 2, 3];
  86 ok $R->set('x', $input), 'data frame';
  87 is $R->run(q`a <- data.frame(first=x)`), '';
  88 ok $output = $R->get('a$first');
  89 is ref($output), 'ARRAY';
  90 is $$output[0], 1;
  91 is $$output[1], 2;
  92 is $$output[2], 3;
  93
  94
  95 # Bug reported by Manuel A. Alonso Tarajano
  96 is $R->run(q`mydat = seq(1:4)`), '';
  97 ok $output = $R->get('mydat');
  98 is $$output[0], 1;
  99 is $$output[1], 2;
 100 is $$output[2], 3;
 101 is $$output[3], 4;
 102
 103
 104 # Strings containing quotes and escaped quotes
 105 $input = q{He said: "Let's go \"home\" now!\n"};
 106 ok $R->set('x', $input), 'string';
 107 ok $output = $R->get('x');
 108 is ref($output), '';
 109 is $output, q{He said: "Let's go \"home\" now!\n"};
 110
 111
 112 $input = q{He said: "Let's go \\\\\\\\\\\\\"home\\\\\\\\\\\\\" now!\n"};
 113 # because \ is a special char that needs to be escaped, this string really is:
 114 #          He said: "Let's go \\\\\\\"home\\\\\\\" now!\n
 115 ok $R->set('x', $input), 'string';
 116 ok $output = $R->get('x');
 117 is ref($output), '';
 118 is $output, q{He said: "Let's go \\\\\\\\\\\\\"home\\\\\\\\\\\\\" now!\n"};
 119
 120
 121 ok $R->stop();
 122
 123 done_testing;