]> git.donarmstrong.com Git - dbsnp.git/blobdiff - schema/shared_schema/dbSNP_main_constraint_postgresql.sql
update to build 135 schema
[dbsnp.git] / schema / shared_schema / dbSNP_main_constraint_postgresql.sql
index 802b551b14f2cdbfb9fecd98beb7762e226a387f..66edbcf0386c913ca3d3afe6ab0814610cba7ddc 100644 (file)
-ALTER TABLE Allele ADD \r
-       CONSTRAINT pk_Allele PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               allele_id\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE AlleleFlagCode ADD \r
-       CONSTRAINT pk_AlleleFlagCode PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               code\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE AlleleMotif ADD \r
-       CONSTRAINT pk_AlleleMotif PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               allele_id,\r
-               motif_order\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE AllocIds ADD \r
-       CONSTRAINT pk_AllocIds PRIMARY KEY\r
-       (\r
-               name\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE Author ADD \r
-       CONSTRAINT pk_Author PRIMARY KEY\r
-       (\r
-               pub_id,\r
-               position\r
-       )\r
-;\r
-\r
-\r
-\r
-ALTER TABLE CpGCode ADD \r
-       CONSTRAINT pk_CpGCode PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               code\r
-       )\r
-;\r
-\r
-\r
-\r
--- ALTER TABLE GenomeBuildInfo ADD \r
---     CONSTRAINT DF__GenomeBui__inser__15E52B55 DEFAULT (getdate()) FOR insert_time,\r
---     CONSTRAINT DF__GenomeBui__is_ma__18C19800 DEFAULT (1) FOR is_major,\r
---     CONSTRAINT DF__GenomeBui__ncbi___23FE4082 DEFAULT (0) FOR ncbi_genome_tax_id\r
--- ;\r
-\r
-ALTER TABLE GtyAllele ADD \r
-       CONSTRAINT pk_GtyAllele PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               gty_id,\r
-               rev_flag,\r
-               chr_num\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE IUPACna ADD \r
-       CONSTRAINT pk_IUPACna PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               allele\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE LoadHistory ADD \r
-       CONSTRAINT pk_LoadHistory PRIMARY KEY\r
-       (\r
-               build_id\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE LocTypeCode ADD \r
---     CONSTRAINT DF__LocTypeCo__creat__75CD617E DEFAULT (getdate()) FOR create_time,\r
-       CONSTRAINT pk_LocTypeCode PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               code\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE MapLinkCode ADD \r
-       CONSTRAINT pk_MapLinkCode PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               which_code,\r
-               code\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE Method ADD \r
-       CONSTRAINT pk_Method_mid PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               method_id\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE MethodClass ADD \r
-       CONSTRAINT pk_MethodClass PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               meth_class_id\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE MethodLine ADD \r
-       CONSTRAINT pk_MethodLine PRIMARY KEY\r
-       (\r
-               method_id,\r
-               line_num\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE Moltype ADD \r
-       CONSTRAINT pk_Moltype PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               code\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE Motif ADD \r
-       CONSTRAINT pk_Motif PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               motif_id\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE ObsGenotype ADD \r
-       CONSTRAINT pk_ObsGenotype PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               gty_id\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE ObsVariation ADD \r
---     CONSTRAINT DF__ObsVariat__creat__3BB5CE82 DEFAULT (getdate()) FOR create_time,\r
---     CONSTRAINT DF__ObsVariat__last___3CA9F2BB DEFAULT (getdate()) FOR last_updated_time,\r
-       CONSTRAINT pk_ObsVariation PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               var_id\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE OrgDbStatus ADD \r
-       CONSTRAINT pk_org_db_status PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               database_name\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE OrganismTax ADD \r
-       CONSTRAINT pk_organism PRIMARY KEY\r
-       (\r
-               tax_id\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE PopClass ADD \r
-       CONSTRAINT pk_PopClass PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               pop_id,\r
-               pop_class_id\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE PopClassCode ADD \r
-       CONSTRAINT PK__PopClassCode__270595B6 PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               pop_class_id\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE Publication ADD \r
-       CONSTRAINT pk_Publication PRIMARY KEY\r
-       (\r
-               pub_id\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE SNPGlossary ADD \r
---     CONSTRAINT DF__SNPGlossa__last___4050666D DEFAULT (getdate()) FOR last_updated,\r
-       CONSTRAINT pk_SNPGlossary PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               term\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE SNP_tax_id ADD \r
---     CONSTRAINT DF__SNP_tax_i__statu__31583BA0 DEFAULT ('C') FOR status,\r
-       CONSTRAINT pk_SNP_tax_id PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               snp_id\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE SnpChrCode ADD \r
-       CONSTRAINT pk_SnpChrCode PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               code\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE SnpClassCode ADD \r
-       CONSTRAINT pk_SnpClassCode PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               code\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE SnpFunctionCode ADD \r
-       CONSTRAINT pk_SnpFunctionCode PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               code\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE SnpValidationCode ADD \r
-       CONSTRAINT pk_SnpValidationCode PRIMARY KEY\r
-       (\r
-               code\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE StrandCode ADD \r
-       CONSTRAINT pk_StrandCode PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               code\r
-       )\r
-;\r
-\r
-\r
-\r
-ALTER TABLE Submitter ADD \r
---     CONSTRAINT DF_Submitter_create_time DEFAULT (getdate()) FOR create_time,\r
-       CONSTRAINT pk_Submitter PRIMARY KEY\r
-       (\r
-               handle\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE TemplateType ADD \r
-       CONSTRAINT pk_TemplateType PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               temp_type_id\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE UniGty ADD \r
-       CONSTRAINT pk_UniGty PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               unigty_id\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE UniVariAllele ADD \r
-       CONSTRAINT pk_UniVariAllele PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               univar_id,\r
-               allele_id\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE UniVariation ADD \r
-       CONSTRAINT pk_UniVariation PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               univar_id\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE UniVariationSrcCode ADD \r
-       CONSTRAINT pk_UniVariationSrcCode PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               code\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE VariAllele ADD \r
-       CONSTRAINT pk_VariAllele PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               var_id,\r
-               allele_id\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE db_ftp_table_list ADD \r
---     CONSTRAINT DF__db_ftp_ta__creat__27F9B9EF DEFAULT (getdate()) FOR create_time,\r
-       CONSTRAINT pk_db_ftp_table_list PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               table_name\r
-       )\r
-;\r
-\r
--- ALTER TABLE db_map_table_name ADD \r
---     CONSTRAINT DF__db_map_ta__inNon__206E7217 DEFAULT ('N') FOR inNonHuman\r
--- ;\r
-\r
-ALTER TABLE dn_Allele_rev ADD \r
-       CONSTRAINT pk_dn_Allele_rev PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               allele_id,\r
-               rev_flag\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE dn_Motif_rev ADD \r
-       CONSTRAINT pk_dn_Motif_rev PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               motif_id,\r
-               rev_flag\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE dn_UniGty_allele ADD \r
-       CONSTRAINT pk_dn_UniGty_allele PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               unigty_id,\r
-               chr_num\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE dn_UniGty_rev ADD \r
-       CONSTRAINT pk_dn_Gty_rev PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               unigty_id,\r
-               rev_flag\r
-       )\r
-;\r
-\r
-ALTER TABLE dn_UniVariation_rev ADD \r
-       CONSTRAINT pk_dn_UniVariation_rev PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               univar_id,\r
-               rev_flag\r
-       )\r
-;\r
-\r
-\r
-\r
-ALTER TABLE dn_summary ADD \r
---     CONSTRAINT DF__dn_summar__creat__383A4359 DEFAULT (getdate()) FOR create_time,\r
---     CONSTRAINT DF__dn_summar__last___392E6792 DEFAULT (getdate()) FOR last_updated_time,\r
-        PRIMARY KEY   \r
-       (\r
-               tax_id,\r
-               build_id,\r
-               type\r
-       )\r
-;\r
-\r
+ALTER TABLE Allele ADD CONSTRAINT pk_Allele  PRIMARY KEY   (allele_id ASC);
+ALTER TABLE AlleleFlagCode ADD CONSTRAINT pk_AlleleFlagCode  PRIMARY KEY   (code ASC);
+ALTER TABLE AlleleMotif ADD CONSTRAINT pk_AlleleMotif  PRIMARY KEY   (allele_id ASC,motif_order ASC);
+ALTER TABLE AllocIds ADD CONSTRAINT pk_AllocIds  PRIMARY KEY   (name ASC);
+ALTER TABLE Author ADD CONSTRAINT pk_Author  PRIMARY KEY   (pub_id ASC,position ASC);
+
+
+ALTER TABLE CpGCode ADD CONSTRAINT pk_CpGCode  PRIMARY KEY   (code ASC);
+
+
+ALTER TABLE GenomeBuildInfo ALTER COLUMN insert_time SET DEFAULT NOW();
+ALTER TABLE GenomeBuildInfo ALTER COLUMN is_major SET DEFAULT (1);
+ALTER TABLE GenomeBuildInfo ALTER COLUMN ncbi_genome_tax_id SET DEFAULT (0);
+
+ALTER TABLE GtyAllele ADD CONSTRAINT pk_GtyAllele  PRIMARY KEY   (gty_id ASC,rev_flag ASC,chr_num ASC);
+ALTER TABLE IUPACna ADD CONSTRAINT pk_IUPACna  PRIMARY KEY   (allele ASC);
+ALTER TABLE LoadHistory ADD CONSTRAINT pk_LoadHistory  PRIMARY KEY   (build_id ASC);
+ALTER TABLE LocTypeCode ALTER COLUMN create_time SET DEFAULT NOW();
+ALTER TABLE LocTypeCode ADD CONSTRAINT pk_LocTypeCode  PRIMARY KEY   (code ASC);
+ALTER TABLE MapLinkCode ADD CONSTRAINT pk_MapLinkCode  PRIMARY KEY   (which_code ASC,code ASC);
+ALTER TABLE Method ADD CONSTRAINT pk_Method_mid  PRIMARY KEY   (method_id ASC);
+ALTER TABLE MethodClass ADD CONSTRAINT pk_MethodClass  PRIMARY KEY   (meth_class_id ASC);
+ALTER TABLE MethodLine ADD CONSTRAINT pk_MethodLine  PRIMARY KEY   (method_id ASC,line_num ASC);
+ALTER TABLE Moltype ADD CONSTRAINT pk_Moltype  PRIMARY KEY   (code ASC);
+ALTER TABLE Motif ADD CONSTRAINT pk_Motif  PRIMARY KEY   (motif_id ASC);
+ALTER TABLE ObsGenotype ADD CONSTRAINT pk_ObsGenotype  PRIMARY KEY   (gty_id ASC);
+ALTER TABLE ObsVariation ALTER COLUMN create_time SET DEFAULT NOW();
+ALTER TABLE ObsVariation ALTER COLUMN last_updated_time SET DEFAULT NOW();
+ALTER TABLE ObsVariation ADD CONSTRAINT pk_ObsVariation  PRIMARY KEY   (var_id ASC);
+ALTER TABLE OrgDbStatus ADD CONSTRAINT pk_org_db_status  PRIMARY KEY   (database_name ASC);
+ALTER TABLE OrganismTax ADD CONSTRAINT pk_organism  PRIMARY KEY   (tax_id ASC);
+ALTER TABLE PopClass ADD CONSTRAINT pk_PopClass  PRIMARY KEY   (pop_id ASC,pop_class_id ASC);
+ALTER TABLE PopClassCode ADD CONSTRAINT PK__PopClassCode__270595B6  PRIMARY KEY   (pop_class_id ASC);
+ALTER TABLE Publication ADD CONSTRAINT pk_Publication  PRIMARY KEY   (pub_id ASC);
+ALTER TABLE SNPGlossary ALTER COLUMN last_updated SET DEFAULT NOW();
+ALTER TABLE SNPGlossary ADD CONSTRAINT pk_SNPGlossary  PRIMARY KEY   (term ASC);
+ALTER TABLE SNP_tax_id ALTER COLUMN status SET DEFAULT 'C';
+ALTER TABLE SNP_tax_id ADD CONSTRAINT pk_SNP_tax_id  PRIMARY KEY   (snp_id ASC);
+ALTER TABLE SnpChrCode ADD CONSTRAINT pk_SnpChrCode  PRIMARY KEY   (code ASC);
+ALTER TABLE SnpClassCode ADD CONSTRAINT pk_SnpClassCode  PRIMARY KEY   (code ASC);
+ALTER TABLE SnpFunctionCode ADD CONSTRAINT pk_SnpFunctionCode  PRIMARY KEY   (code ASC);
+ALTER TABLE SnpValidationCode ADD CONSTRAINT pk_SnpValidationCode  PRIMARY KEY   (code ASC);
+ALTER TABLE StrandCode ADD CONSTRAINT pk_StrandCode  PRIMARY KEY   (code ASC);
+
+
+ALTER TABLE Submitter ALTER COLUMN create_time SET DEFAULT NOW();
+ALTER TABLE Submitter ADD CONSTRAINT pk_Submitter  PRIMARY KEY   (handle ASC);
+ALTER TABLE TemplateType ADD CONSTRAINT pk_TemplateType  PRIMARY KEY   (temp_type_id ASC);
+ALTER TABLE UniGty ADD CONSTRAINT pk_UniGty  PRIMARY KEY   (unigty_id ASC);
+ALTER TABLE UniVariAllele ADD CONSTRAINT pk_UniVariAllele  PRIMARY KEY   (univar_id ASC,allele_id ASC);
+ALTER TABLE UniVariation ADD CONSTRAINT pk_UniVariation  PRIMARY KEY   (univar_id ASC);
+ALTER TABLE UniVariationSrcCode ADD CONSTRAINT pk_UniVariationSrcCode  PRIMARY KEY   (code ASC);
+ALTER TABLE VariAllele ADD CONSTRAINT pk_VariAllele  PRIMARY KEY   (var_id ASC,allele_id ASC);
+ALTER TABLE db_ftp_table_list ALTER COLUMN create_time SET DEFAULT NOW();
+ALTER TABLE db_ftp_table_list ADD CONSTRAINT pk_db_ftp_table_list  PRIMARY KEY   (table_name ASC);
+ALTER TABLE db_map_table_name ALTER COLUMN inNonHuman SET DEFAULT 'N';
+ALTER TABLE db_map_table_name ADD CONSTRAINT pk_db_map_table_name  PRIMARY KEY   (table_name ASC);
+ALTER TABLE dn_Allele_rev ADD CONSTRAINT pk_dn_Allele_rev  PRIMARY KEY   (allele_id ASC,rev_flag ASC);
+ALTER TABLE dn_Motif_rev ADD CONSTRAINT pk_dn_Motif_rev  PRIMARY KEY   (motif_id ASC,rev_flag ASC);
+ALTER TABLE dn_UniGty_allele ADD CONSTRAINT pk_dn_UniGty_allele  PRIMARY KEY   (unigty_id ASC,chr_num ASC);
+ALTER TABLE dn_UniGty_rev ADD CONSTRAINT pk_dn_Gty_rev  PRIMARY KEY   (unigty_id ASC,rev_flag ASC);
+ALTER TABLE dn_UniVariation_rev ADD CONSTRAINT pk_dn_UniVariation_rev  PRIMARY KEY   (univar_id ASC,rev_flag ASC);
+
+
+ALTER TABLE dn_summary ALTER COLUMN create_time SET DEFAULT NOW();
+ALTER TABLE dn_summary ALTER COLUMN last_updated_time SET DEFAULT NOW();
+ALTER TABLE dn_summary ADD CONSTRAINT PK__dn_summary__3651FAE7  PRIMARY KEY   (tax_id ASC,build_id ASC,type ASC);