schema/shared_schema/dbSNP_main_table_postgresql.sql

   1 CREATE TABLE Allele (\r
   2         allele_id int NOT NULL ,\r
   3         allele varchar (255) NOT NULL ,\r
   4         create_time TIMESTAMP NOT NULL ,\r
   5         rev_allele_id int NULL ,\r
   6         src varchar (10) NULL ,\r
   7         last_updated_time TIMESTAMP NULL \r
   8 )\r
   9 ;\r
  10 \r
  11 CREATE TABLE AlleleFlagCode (\r
  12         code smallint NOT NULL ,\r
  13         abbrev varchar (12) NOT NULL ,\r
  14         descrip varchar (255) NOT NULL ,\r
  15         create_time TIMESTAMP NOT NULL \r
  16 )\r
  17 ;\r
  18 \r
  19 CREATE TABLE AlleleMotif (\r
  20         allele_id int NOT NULL ,\r
  21         motif_order int NOT NULL ,\r
  22         motif_id int NOT NULL ,\r
  23         repeat_cnt real NOT NULL ,\r
  24         create_time TIMESTAMP NOT NULL \r
  25 )\r
  26 ;\r
  27 \r
  28 CREATE TABLE AllocIds (\r
  29         name varchar (30) NOT NULL ,\r
  30         id int NOT NULL ,\r
  31         cycle int NULL ,\r
  32         create_time TIMESTAMP NULL ,\r
  33         last_updated_time TIMESTAMP NULL ,\r
  34         comment varchar (255) NULL \r
  35 )\r
  36 ;\r
  37 \r
  38 CREATE TABLE Author (\r
  39         pub_id int NOT NULL ,\r
  40         position smallint NOT NULL ,\r
  41         author varchar (255) NOT NULL ,\r
  42         create_time TIMESTAMP NULL ,\r
  43         last_updated_time TIMESTAMP NULL \r
  44 )\r
  45 ;\r
  46 \r
  47 CREATE TABLE Batch_tax_id (\r
  48         batch_id int NOT NULL ,\r
  49         tax_id int NOT NULL ,\r
  50         update_time TIMESTAMP NOT NULL \r
  51 )\r
  52 ;\r
  53 \r
  54 CREATE TABLE ChiSqPValueLookUp (\r
  55         df smallint NOT NULL ,\r
  56         chisq_from float NOT NULL ,\r
  57         chisq_to float NOT NULL ,\r
  58         pvalue_upper_bound float NOT NULL \r
  59 )\r
  60 ;\r
  61 \r
  62 CREATE TABLE CpGCode (\r
  63         code smallint NOT NULL ,\r
  64         abbrev varchar (12) NOT NULL ,\r
  65         descrip varchar (255) NOT NULL \r
  66 )\r
  67 ;\r
  68 \r
  69 CREATE TABLE GenBankDivisionCode (\r
  70         code varchar (6) NOT NULL ,\r
  71         abbrev varchar (40) NOT NULL ,\r
  72         descrip varchar (255) NOT NULL ,\r
  73         display_order smallint NOT NULL ,\r
  74         create_time TIMESTAMP NOT NULL \r
  75 )\r
  76 ;\r
  77 \r
  78 CREATE TABLE GenderCode (\r
  79         code char (1) NOT NULL ,\r
  80         gender varchar (6) NOT NULL \r
  81 )\r
  82 ;\r
  83 \r
  84 CREATE TABLE GenomeBuildInfo (\r
  85         snp_build_id int NOT NULL ,\r
  86         tax_id int NOT NULL ,\r
  87         database_name varchar (32) NOT NULL ,\r
  88         ncbi_build_id int NOT NULL ,\r
  89         ncbi_build_ver smallint NOT NULL ,\r
  90         insert_time TIMESTAMP DEFAULT NOW() NOT NULL ,\r
  91         is_major smallint DEFAULT 1 NOT NULL ,\r
  92         ncbi_genome_tax_id int DEFAULT 1 NOT NULL ,\r
  93         ref_assembly varchar (255) NULL \r
  94 )\r
  95 ;\r
  96 \r
  97 CREATE TABLE GtyAllele (\r
  98         gty_id int NOT NULL ,\r
  99         rev_flag bit NOT NULL ,\r
 100         chr_num smallint NOT NULL ,\r
 101         fwd_allele_id int NOT NULL ,\r
 102         unigty_id int NULL ,\r
 103         create_time TIMESTAMP NOT NULL ,\r
 104         last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL \r
 105 )\r
 106 ;\r
 107 \r
 108 CREATE TABLE IUPACna (\r
 109         allele varchar (1) NOT NULL ,\r
 110         meaning varchar (10) NOT NULL ,\r
 111         bitcode varchar (4) NOT NULL ,\r
 112         value smallint NOT NULL ,\r
 113         rev_base char (1) NULL \r
 114 )\r
 115 ;\r
 116 \r
 117 CREATE TABLE LoadHistory (\r
 118         build_id int NOT NULL ,\r
 119         loaddate TIMESTAMP NOT NULL ,\r
 120         status char (30) NOT NULL ,\r
 121         comments varchar (255) NULL ,\r
 122         script varchar (255) NULL ,\r
 123         ftp_done_date TIMESTAMP NULL ,\r
 124         entrez_done_date TIMESTAMP NULL ,\r
 125         blastdb_done_date TIMESTAMP NULL ,\r
 126         web_date TIMESTAMP NULL \r
 127 )\r
 128 ;\r
 129 \r
 130 CREATE TABLE LocTypeCode (\r
 131         code smallint NOT NULL ,\r
 132         abbrev varchar (12) NOT NULL ,\r
 133         descrip varchar (255) NOT NULL ,\r
 134         create_time TIMESTAMP DEFAULT NOW() NOT NULL \r
 135 )\r
 136 ;\r
 137 \r
 138 CREATE TABLE MapLinkCode (\r
 139         which_code varchar (20) NOT NULL ,\r
 140         code smallint NOT NULL ,\r
 141         abbr varchar (10) NULL ,\r
 142         note varchar (255) NULL ,\r
 143         create_time TIMESTAMP NULL ,\r
 144         last_updated_time TIMESTAMP NULL \r
 145 )\r
 146 ;\r
 147 \r
 148 CREATE TABLE Method (\r
 149         method_id int NOT NULL ,\r
 150         handle varchar (20) NOT NULL ,\r
 151         loc_method_id varchar (64) NOT NULL ,\r
 152         loc_method_id_upp varchar (64) NOT NULL ,\r
 153         method_class smallint NULL ,\r
 154         template_type smallint NULL ,\r
 155         seq_both_strands varchar (3) NULL ,\r
 156         mult_pcr_amplification varchar (3) NULL ,\r
 157         mult_clones_tested varchar (3) NULL ,\r
 158         create_time TIMESTAMP NULL ,\r
 159         last_updated_time TIMESTAMP NULL \r
 160 )\r
 161 ;\r
 162 \r
 163 CREATE TABLE MethodClass (\r
 164         meth_class_id smallint NOT NULL ,\r
 165         name varchar (64) NOT NULL ,\r
 166         last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,\r
 167         validation_status smallint NOT NULL \r
 168 )\r
 169 ;\r
 170 \r
 171 CREATE TABLE MethodLine (\r
 172         method_id int NOT NULL ,\r
 173         line_num smallint NOT NULL ,\r
 174         line varchar (255) NOT NULL ,\r
 175         create_time TIMESTAMP NULL ,\r
 176         last_updated_time TIMESTAMP NULL \r
 177 )\r
 178 ;\r
 179 \r
 180 CREATE TABLE Moltype (\r
 181         code smallint NOT NULL ,\r
 182         moltype varchar (10) NOT NULL ,\r
 183         descrip varchar (255) NOT NULL \r
 184 )\r
 185 ;\r
 186 \r
 187 CREATE TABLE Motif (\r
 188         motif_id int NOT NULL ,\r
 189         motif varchar (253) NOT NULL ,\r
 190         rev_motif_id int NULL ,\r
 191         last_updated_time TIMESTAMP NULL \r
 192 )\r
 193 ;\r
 194 \r
 195 CREATE TABLE ObsGenotype (\r
 196         gty_id int NOT NULL ,\r
 197         obs varchar (512) NOT NULL ,\r
 198         obs_upp_fix varchar (512) NOT NULL ,\r
 199         last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL \r
 200 )\r
 201 ;\r
 202 \r
 203 CREATE TABLE ObsVariation (\r
 204         var_id int NOT NULL ,\r
 205         pattern varchar (255) NOT NULL ,\r
 206         create_time TIMESTAMP DEFAULT NOW() NOT NULL ,\r
 207         last_updated_time TIMESTAMP DEFAULT NOW() NULL ,\r
 208         univar_id int NULL ,\r
 209         var_flag smallint NULL \r
 210 )\r
 211 ;\r
 212 \r
 213 CREATE TABLE OrgDbStatus (\r
 214         database_name varchar (32) NOT NULL ,\r
 215         SNP_cnt int NULL ,\r
 216         SubSNP_cnt int NULL ,\r
 217         cluster_cnt int NULL ,\r
 218         unmapped_rs_cnt int NULL ,\r
 219         SubInd_cnt int NULL ,\r
 220         ind_cnt int NULL ,\r
 221         SubInd_ss_cnt int NULL ,\r
 222         SubPop_cnt int NULL ,\r
 223         pop_cnt int NULL ,\r
 224         SubPop_ss_cnt int NULL ,\r
 225         GtyFreqBySsPop_ss_cnt int NULL ,\r
 226         AlleleFreqBySsPop_ss_cnt int NULL ,\r
 227         SNPGtyFreq_rs_cnt int NULL ,\r
 228         SNPAlleleFreq_rs_cnt int NULL ,\r
 229         snp_build_max int NULL ,\r
 230         genome_build_max varchar (8) NULL ,\r
 231         map_time TIMESTAMP NULL ,\r
 232         cluster_time_max TIMESTAMP NULL ,\r
 233         create_time TIMESTAMP NULL ,\r
 234         last_SNPBatch_time TIMESTAMP NULL ,\r
 235         last_POPBatch_time TIMESTAMP NULL ,\r
 236         last_INDBatch_time TIMESTAMP NULL ,\r
 237         rsMax int NULL ,\r
 238         rsMissenseMax int NULL ,\r
 239         copy2FTP_time TIMESTAMP NULL \r
 240 )\r
 241 ;\r
 242 \r
 243 CREATE TABLE OrganismTax (\r
 244         organism varchar (40) NOT NULL ,\r
 245         tax_id int NOT NULL ,\r
 246         common_name varchar (32) NULL ,\r
 247         gpipe_abbr varchar (7) NOT NULL ,\r
 248         create_time TIMESTAMP NOT NULL ,\r
 249         last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,\r
 250         comment varchar (255) NULL ,\r
 251         division_cd varchar (6) NULL ,\r
 252         database_name varchar (32) NOT NULL ,\r
 253         short_common_name varchar (32) NOT NULL ,\r
 254         tax_id_rank varchar (5) NOT NULL ,\r
 255         species_tax_id int NOT NULL ,\r
 256         no_freq_summary bit NULL ,\r
 257         entrez_index smallint NULL ,\r
 258         pub_genome_build decimal(4, 1) NULL \r
 259 )\r
 260 ;\r
 261 \r
 262 CREATE TABLE PopClass (\r
 263         pop_id int NOT NULL ,\r
 264         pop_class_id int NOT NULL ,\r
 265         snp_count int NULL \r
 266 )\r
 267 ;\r
 268 \r
 269 CREATE TABLE PopClassCode (\r
 270         pop_class_id int NOT NULL ,\r
 271         pop_class char (50) NOT NULL ,\r
 272         pop_class_text char (255) NOT NULL \r
 273 )\r
 274 ;\r
 275 \r
 276 CREATE TABLE Publication (\r
 277         pub_id int NOT NULL ,\r
 278         pmid int NULL ,\r
 279         handle varchar (20) NOT NULL ,\r
 280         meduid int NULL ,\r
 281         title varchar (235) NOT NULL ,\r
 282         journal varchar (255) NULL ,\r
 283         vol varchar (255) NULL ,\r
 284         suppl varchar (128) NULL ,\r
 285         issue varchar (128) NULL ,\r
 286         i_suppl varchar (128) NULL ,\r
 287         pages varchar (255) NULL ,\r
 288         year smallint NOT NULL ,\r
 289         status smallint NOT NULL ,\r
 290         blobflag smallint NULL ,\r
 291         last_updated TIMESTAMP NOT NULL ,\r
 292         create_time TIMESTAMP NULL ,\r
 293         last_updated_time TIMESTAMP NULL \r
 294 )\r
 295 ;\r
 296 \r
 297 CREATE TABLE SNPGlossary (\r
 298         term varchar (256) NOT NULL ,\r
 299         description varchar (4000) NULL ,\r
 300         last_updated TIMESTAMP DEFAULT NOW() NULL ,\r
 301         used_in varchar (32) NULL \r
 302 )\r
 303 ;\r
 304 \r
 305 CREATE TABLE SNP_tax_id (\r
 306         snp_id int NOT NULL ,\r
 307         tax_id int NULL ,\r
 308         update_time TIMESTAMP NULL ,\r
 309         status char (1) DEFAULT 'C' NULL \r
 310 )\r
 311 ;\r
 312 \r
 313 CREATE TABLE SnpChrCode (\r
 314         code varchar (8) NOT NULL ,\r
 315         abbrev varchar (20) NOT NULL ,\r
 316         descrip varchar (255) NOT NULL ,\r
 317         create_time TIMESTAMP NOT NULL ,\r
 318         sort_order smallint NULL ,\r
 319         db_name varchar (32) NULL ,\r
 320         NC_acc varchar (16) NULL \r
 321 )\r
 322 ;\r
 323 \r
 324 CREATE TABLE SnpClassCode (\r
 325         code smallint NOT NULL ,\r
 326         abbrev varchar (20) NOT NULL ,\r
 327         descrip varchar (255) NOT NULL ,\r
 328         display_str varchar (255) NULL \r
 329 )\r
 330 ;\r
 331 \r
 332 CREATE TABLE SnpFunctionCode (\r
 333         code smallint NOT NULL ,\r
 334         abbrev varchar (20) NOT NULL ,\r
 335         descrip varchar (255) NOT NULL ,\r
 336         create_time TIMESTAMP NOT NULL ,\r
 337         top_level_class char (5) NOT NULL ,\r
 338         is_coding smallint NOT NULL ,\r
 339         is_exon bit NULL \r
 340 )\r
 341 ;\r
 342 \r
 343 CREATE TABLE SnpValidationCode (\r
 344         code smallint NOT NULL ,\r
 345         abbrev varchar (64) NOT NULL ,\r
 346         descrip varchar (255) NOT NULL ,\r
 347         create_time TIMESTAMP NULL ,\r
 348         last_updated_time TIMESTAMP NULL \r
 349 )\r
 350 ;\r
 351 \r
 352 CREATE TABLE StrandCode (\r
 353         code smallint NOT NULL ,\r
 354         abbrev varchar (20) NOT NULL ,\r
 355         rs_to_ss_orien bit NOT NULL ,\r
 356         descrip varchar (255) NOT NULL ,\r
 357         create_time TIMESTAMP NOT NULL \r
 358 )\r
 359 ;\r
 360 \r
 361 CREATE TABLE SubSNPDelComm (\r
 362         comment_id smallint NOT NULL ,\r
 363         comment varchar (255) NOT NULL ,\r
 364         create_time TIMESTAMP NULL \r
 365 )\r
 366 ;\r
 367 \r
 368 CREATE TABLE SubSNPSeqTypeCode (\r
 369         code smallint NOT NULL ,\r
 370         abbrev varchar (20) NOT NULL ,\r
 371         descrip varchar (255) NOT NULL \r
 372 )\r
 373 ;\r
 374 \r
 375 CREATE TABLE Submitter (\r
 376         handle varchar (20) NOT NULL ,\r
 377         name varchar (255) NOT NULL ,\r
 378         fax varchar (255) NULL ,\r
 379         phone varchar (255) NULL ,\r
 380         email varchar (255) NULL ,\r
 381         lab varchar (255) NULL ,\r
 382         institution varchar (255) NULL ,\r
 383         address varchar (255) NULL ,\r
 384         create_time TIMESTAMP DEFAULT NOW() NULL ,\r
 385         last_updated_time TIMESTAMP NULL \r
 386 )\r
 387 ;\r
 388 \r
 389 CREATE TABLE TemplateType (\r
 390         temp_type_id smallint NOT NULL ,\r
 391         name varchar (64) NOT NULL ,\r
 392         last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL \r
 393 )\r
 394 ;\r
 395 \r
 396 CREATE TABLE UniGty (\r
 397         unigty_id int NOT NULL ,\r
 398         gty_str varchar (255) NULL ,\r
 399         allele_id_1 int NOT NULL ,\r
 400         allele_id_2 int NULL ,\r
 401         create_time TIMESTAMP NOT NULL \r
 402 )\r
 403 ;\r
 404 \r
 405 CREATE TABLE UniVariAllele (\r
 406         univar_id int NOT NULL ,\r
 407         allele_id int NOT NULL ,\r
 408         create_time TIMESTAMP NOT NULL \r
 409 )\r
 410 ;\r
 411 \r
 412 CREATE TABLE UniVariation (\r
 413         univar_id int NOT NULL ,\r
 414         var_str varchar (900) NULL ,\r
 415         allele_cnt smallint NOT NULL ,\r
 416         subsnp_class smallint NOT NULL ,\r
 417         iupack_code char (1) NOT NULL ,\r
 418         top_or_bot_strand char (1) NOT NULL ,\r
 419         create_time TIMESTAMP NOT NULL ,\r
 420         last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,\r
 421         src_code smallint NULL ,\r
 422         rev_univar_id int NULL \r
 423 )\r
 424 ;\r
 425 \r
 426 CREATE TABLE UniVariationSrcCode (\r
 427         code smallint NOT NULL ,\r
 428         abbrev varchar (20) NOT NULL ,\r
 429         descrip varchar (255) NOT NULL \r
 430 )\r
 431 ;\r
 432 \r
 433 CREATE TABLE VariAllele (\r
 434         var_id int NOT NULL ,\r
 435         allele_id int NOT NULL ,\r
 436         create_time TIMESTAMP NOT NULL \r
 437 )\r
 438 ;\r
 439 \r
 440 CREATE TABLE db_ftp_table_list (\r
 441         table_name varchar (32) NOT NULL ,\r
 442         db_str varchar (64) NOT NULL ,\r
 443         create_time TIMESTAMP DEFAULT NOW() NULL \r
 444 )\r
 445 ;\r
 446 \r
 447 CREATE TABLE db_map_table_name (\r
 448         table_name varchar (32) NOT NULL ,\r
 449         to_index bit NULL ,\r
 450         isCurrent char (1) NULL ,\r
 451         inNonHuman char (1) DEFAULT 'N' NOT NULL \r
 452 )\r
 453 ;\r
 454 \r
 455 CREATE TABLE dn_Allele_rev (\r
 456         allele_id int NOT NULL ,\r
 457         rev_flag smallint NOT NULL ,\r
 458         fwd_allele_id int NOT NULL ,\r
 459         fwd_allele varchar (255) NOT NULL \r
 460 )\r
 461 ;\r
 462 \r
 463 CREATE TABLE dn_Motif_rev (\r
 464         motif_id int NOT NULL ,\r
 465         rev_flag smallint NOT NULL ,\r
 466         fwd_motif varchar (253) NULL ,\r
 467         fwd_motif_id int NULL \r
 468 )\r
 469 ;\r
 470 \r
 471 CREATE TABLE dn_UniGty_allele (\r
 472         unigty_id int NOT NULL ,\r
 473         chr_num smallint NOT NULL ,\r
 474         allele_id int NOT NULL ,\r
 475         create_time TIMESTAMP NOT NULL \r
 476 )\r
 477 ;\r
 478 \r
 479 CREATE TABLE dn_UniGty_rev (\r
 480         unigty_id int NOT NULL ,\r
 481         rev_flag smallint NOT NULL ,\r
 482         fwd_unigty_id int NOT NULL ,\r
 483         fwd_gty_str varchar (255) NULL \r
 484 )\r
 485 ;\r
 486 \r
 487 CREATE TABLE dn_UniVariation_rev (\r
 488         univar_id int NOT NULL ,\r
 489         rev_flag smallint NOT NULL ,\r
 490         fwd_univar_id int NULL ,\r
 491         fwd_univar_str varchar (900) NULL \r
 492 )\r
 493 ;\r
 494 \r
 495 CREATE TABLE dn_baseFlip (\r
 496         base char (1) NULL ,\r
 497         rev_flag smallint NULL ,\r
 498         fwd_base char (1) NULL \r
 499 )\r
 500 ;\r
 501 \r
 502 CREATE TABLE dn_gty2unigty_trueSNP (\r
 503         gty_id int NOT NULL ,\r
 504         rev_flag bit NOT NULL ,\r
 505         unigty_id int NULL ,\r
 506         obs varchar (512) NOT NULL ,\r
 507         gty_str varchar (255) NULL \r
 508 )\r
 509 ;\r
 510 \r
 511 CREATE TABLE dn_summary (\r
 512         tax_id int NOT NULL ,\r
 513         build_id int NOT NULL ,\r
 514         type varchar (20) NOT NULL ,\r
 515         cnt int NOT NULL ,\r
 516         create_time TIMESTAMP DEFAULT NOW() NOT NULL ,\r
 517         last_updated_time TIMESTAMP DEFAULT NOW() NOT NULL \r
 518 )\r
 519 ;\r
 520 \r