schema/shared_schema/dbSNP_main_table.sql

   1 CREATE TABLE [Allele] (
   2         [allele_id] [int] NOT NULL ,
   3         [allele] [varchar] (255) NOT NULL ,
   4         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
   5         [rev_allele_id] [int] NULL ,
   6         [src] [varchar] (10) NULL ,
   7         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
   8 )
   9 GO
  10
  11
  12 CREATE TABLE [AlleleFlagCode] (
  13         [code] [tinyint] NOT NULL ,
  14         [abbrev] [varchar] (12) NOT NULL ,
  15         [descrip] [varchar] (255) NOT NULL ,
  16         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
  17 )
  18 GO
  19
  20
  21 CREATE TABLE [AlleleMotif] (
  22         [allele_id] [int] NOT NULL ,
  23         [motif_order] [int] NOT NULL ,
  24         [motif_id] [int] NOT NULL ,
  25         [repeat_cnt] [real] NOT NULL ,
  26         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
  27 )
  28 GO
  29
  30
  31 CREATE TABLE [AllocIds] (
  32         [name] [varchar] (30) NOT NULL ,
  33         [id] [int] NOT NULL ,
  34         [cycle] [int] NULL ,
  35         [create_time] [smalldatetime] NULL ,
  36         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
  37 )
  38 GO
  39
  40
  41 CREATE TABLE [Author] (
  42         [pub_id] [int] NOT NULL ,
  43         [position] [tinyint] NOT NULL ,
  44         [author] [varchar] (255) NOT NULL ,
  45         [create_time] [smalldatetime] NULL ,
  46         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
  47 )
  48 GO
  49
  50
  51 CREATE TABLE [Batch_tax_id] (
  52         [batch_id] [int] NOT NULL ,
  53         [tax_id] [int] NOT NULL ,
  54         [update_time] [datetime] NOT NULL
  55 )
  56 GO
  57
  58
  59 CREATE TABLE [ChiSqPValueLookUp] (
  60         [df] [tinyint] NOT NULL ,
  61         [chisq_from] [float] NOT NULL ,
  62         [chisq_to] [float] NOT NULL ,
  63         [pvalue_upper_bound] [float] NOT NULL
  64 )
  65 GO
  66
  67
  68 CREATE TABLE [CpGCode] (
  69         [code] [tinyint] NOT NULL ,
  70         [abbrev] [varchar] (12) NOT NULL ,
  71         [descrip] [varchar] (255) NOT NULL
  72 )
  73 GO
  74
  75
  76 CREATE TABLE [GenBankDivisionCode] (
  77         [code] [varchar] (6) NOT NULL ,
  78         [abbrev] [varchar] (40) NOT NULL ,
  79         [descrip] [varchar] (255) NOT NULL ,
  80         [display_order] [tinyint] NOT NULL ,
  81         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
  82 )
  83 GO
  84
  85
  86 CREATE TABLE [GenderCode] (
  87         [code] [char] (1) NOT NULL ,
  88         [gender] [varchar] (6) NOT NULL
  89 )
  90 GO
  91
  92
  93 CREATE TABLE [GenomeBuildInfo] (
  94         [snp_build_id] [int] NOT NULL ,
  95         [tax_id] [int] NOT NULL ,
  96         [database_name] [varchar] (32) NOT NULL ,
  97         [ncbi_build_id] [int] NOT NULL ,
  98         [ncbi_build_ver] [tinyint] NOT NULL ,
  99         [insert_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 100         [is_major] [tinyint] NOT NULL ,
 101         [ncbi_genome_tax_id] [int] NOT NULL ,
 102         [ref_assembly] [varchar] (255) NULL
 103 )
 104 GO
 105
 106
 107 CREATE TABLE [GtyAllele] (
 108         [gty_id] [int] NOT NULL ,
 109         [rev_flag] [bit] NOT NULL ,
 110         [chr_num] [tinyint] NOT NULL ,
 111         [fwd_allele_id] [int] NOT NULL ,
 112         [unigty_id] [int] NULL ,
 113         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 114         [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL
 115 )
 116 GO
 117
 118
 119 CREATE TABLE [IUPACna] (
 120         [allele] [varchar] (1) NOT NULL ,
 121         [meaning] [varchar] (10) NOT NULL ,
 122         [bitcode] [varchar] (4) NOT NULL ,
 123         [value] [tinyint] NOT NULL ,
 124         [rev_base] [char] (1) NULL
 125 )
 126 GO
 127
 128
 129 CREATE TABLE [LoadHistory] (
 130         [build_id] [int] NOT NULL ,
 131         [loaddate] [smalldatetime] NOT NULL ,
 132         [status] [char] (30) NOT NULL ,
 133         [comments] [varchar] (255) NULL ,
 134         [script] [varchar] (255) NULL ,
 135         [ftp_done_date] [smalldatetime] NULL ,
 136         [entrez_done_date] [smalldatetime] NULL ,
 137         [blastdb_done_date] [smalldatetime] NULL ,
 138         [web_date] [smalldatetime] NULL
 139 )
 140 GO
 141
 142
 143 CREATE TABLE [LocTypeCode] (
 144         [code] [tinyint] NOT NULL ,
 145         [abbrev] [varchar] (12) NOT NULL ,
 146         [descrip] [varchar] (255) NOT NULL ,
 147         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
 148 )
 149 GO
 150
 151
 152 CREATE TABLE [MapLinkCode] (
 153         [which_code] [varchar] (20) NOT NULL ,
 154         [code] [tinyint] NOT NULL ,
 155         [abbr] [varchar] (10) NULL ,
 156         [note] [varchar] (255) NULL ,
 157         [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 158         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 159 )
 160 GO
 161
 162
 163 CREATE TABLE [Method] (
 164         [method_id] [int] NOT NULL ,
 165         [handle] [varchar] (20) NOT NULL ,
 166         [loc_method_id] [varchar] (64) NOT NULL ,
 167         [loc_method_id_upp] [varchar] (64) NOT NULL ,
 168         [method_class] [tinyint] NULL ,
 169         [template_type] [tinyint] NULL ,
 170         [seq_both_strands] [varchar] (3) NULL ,
 171         [mult_pcr_amplification] [varchar] (3) NULL ,
 172         [mult_clones_tested] [varchar] (3) NULL ,
 173         [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 174         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 175 )
 176 GO
 177
 178
 179 CREATE TABLE [MethodClass] (
 180         [meth_class_id] [tinyint] NOT NULL ,
 181         [name] [varchar] (64) NOT NULL ,
 182         [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 183         [validation_status] [tinyint] NOT NULL
 184 )
 185 GO
 186
 187
 188 CREATE TABLE [MethodLine] (
 189         [method_id] [int] NOT NULL ,
 190         [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
 191         [line] [varchar] (255) NOT NULL ,
 192         [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 193         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 194 )
 195 GO
 196
 197
 198 CREATE TABLE [Moltype] (
 199         [code] [tinyint] NOT NULL ,
 200         [moltype] [varchar] (10) NOT NULL ,
 201         [descrip] [varchar] (255) NOT NULL
 202 )
 203 GO
 204
 205
 206 CREATE TABLE [Motif] (
 207         [motif_id] [int] NOT NULL ,
 208         [motif] [varchar] (253) NOT NULL ,
 209         [rev_motif_id] [int] NULL ,
 210         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 211 )
 212 GO
 213
 214
 215 CREATE TABLE [ObsGenotype] (
 216         [gty_id] [int] NOT NULL ,
 217         [obs] [varchar] (512) NOT NULL ,
 218         [obs_upp_fix] [varchar] (512) NOT NULL ,
 219         [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL
 220 )
 221 GO
 222
 223
 224 CREATE TABLE [ObsVariation] (
 225         [var_id] [int] NOT NULL ,
 226         [pattern] [varchar] (255) NOT NULL ,
 227         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 228         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL ,
 229         [univar_id] [int] NULL ,
 230         [var_flag] [tinyint] NULL
 231 )
 232 GO
 233
 234
 235 CREATE TABLE [OrgDbStatus] (
 236         [database_name] [varchar] (32) NOT NULL ,
 237         [SNP_cnt] [int] NULL ,
 238         [SubSNP_cnt] [int] NULL ,
 239         [cluster_cnt] [int] NULL ,
 240         [unmapped_rs_cnt] [int] NULL ,
 241         [SubInd_cnt] [int] NULL ,
 242         [ind_cnt] [int] NULL ,
 243         [SubInd_ss_cnt] [int] NULL ,
 244         [SubPop_cnt] [int] NULL ,
 245         [pop_cnt] [int] NULL ,
 246         [SubPop_ss_cnt] [int] NULL ,
 247         [GtyFreqBySsPop_ss_cnt] [int] NULL ,
 248         [AlleleFreqBySsPop_ss_cnt] [int] NULL ,
 249         [SNPGtyFreq_rs_cnt] [int] NULL ,
 250         [SNPAlleleFreq_rs_cnt] [int] NULL ,
 251         [snp_build_max] [int] NULL ,
 252         [genome_build_max] [varchar] (8) NULL ,
 253         [map_time] [smalldatetime] NULL ,
 254         [cluster_time_max] [smalldatetime] NULL ,
 255         [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 256         [last_SNPBatch_time] [smalldatetime] NULL ,
 257         [last_POPBatch_time] [smalldatetime] NULL ,
 258         [last_INDBatch_time] [smalldatetime] NULL ,
 259         [rsMax] [int] NULL ,
 260         [rsMissenseMax] [int] NULL
 261 )
 262 GO
 263
 264
 265 CREATE TABLE [OrganismTax] (
 266         [organism] [varchar] (40) NOT NULL ,
 267         [tax_id] [int] NOT NULL ,
 268         [common_name] [varchar] (32) NULL ,
 269         [gpipe_abbr] [varchar] (7) NOT NULL ,
 270         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 271         [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 272         [comment] [varchar] (255) NULL ,
 273         [division_cd] [varchar] (6) NULL ,
 274         [database_name] [varchar] (32) NOT NULL ,
 275         [short_common_name] [varchar] (32) NOT NULL ,
 276         [tax_id_rank] [varchar] (5) NOT NULL ,
 277         [species_tax_id] [int] NOT NULL ,
 278         [no_freq_summary] [bit] NULL ,
 279         [entrez_index] [smallint] NULL ,
 280         [pub_genome_build] [decimal](4, 1) NULL
 281 )
 282 GO
 283
 284
 285 CREATE TABLE [PopClass] (
 286         [pop_id] [int] NOT NULL ,
 287         [pop_class_id] [int] NOT NULL ,
 288         [snp_count] [int] NULL
 289 )
 290 GO
 291
 292
 293 CREATE TABLE [PopClassCode] (
 294         [pop_class_id] [int] NOT NULL ,
 295         [pop_class] [char] (50) NOT NULL ,
 296         [pop_class_text] [char] (255) NOT NULL
 297 )
 298 GO
 299
 300
 301 CREATE TABLE [Publication] (
 302         [pub_id] [int] NOT NULL ,
 303         [pmid] [int] NULL ,
 304         [handle] [varchar] (20) NOT NULL ,
 305         [meduid] [int] NULL ,
 306         [title] [varchar] (235) NOT NULL ,
 307         [journal] [varchar] (255) NULL ,
 308         [vol] [varchar] (255) NULL ,
 309         [suppl] [varchar] (128) NULL ,
 310         [issue] [varchar] (128) NULL ,
 311         [i_suppl] [varchar] (128) NULL ,
 312         [pages] [varchar] (255) NULL ,
 313         [year] [smallint] NOT NULL ,
 314         [status] [tinyint] NOT NULL ,
 315         [blobflag] [tinyint] NULL ,
 316         [last_updated] [smalldatetime] NOT NULL ,
 317         [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 318         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 319 )
 320 GO
 321
 322
 323 CREATE TABLE [SNPGlossary] (
 324         [term] [varchar] (256) NOT NULL ,
 325         [description] [varchar] (4000) NULL ,
 326         [last_updated] [smalldatetime] NULL ,
 327         [used_in] [varchar] (32) NULL
 328 )
 329 GO
 330
 331
 332 CREATE TABLE [SNP_tax_id] (
 333         [snp_id] [int] NOT NULL ,
 334         [tax_id] [int] NULL ,
 335         [update_time] [smalldatetime] NULL ,
 336         [status] [char] (1) NULL
 337 )
 338 GO
 339
 340
 341 CREATE TABLE [SnpChrCode] (
 342         [code] [varchar] (8) NOT NULL ,
 343         [abbrev] [varchar] (20) NOT NULL ,
 344         [descrip] [varchar] (255) NOT NULL ,
 345         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 346         [sort_order] [tinyint] NULL ,
 347         [db_name] [varchar] (32) NULL
 348 )
 349 GO
 350
 351
 352 CREATE TABLE [SnpClassCode] (
 353         [code] [tinyint] NOT NULL ,
 354         [abbrev] [varchar] (20) NOT NULL ,
 355         [descrip] [varchar] (255) NOT NULL ,
 356         [display_str] [varchar] (255) NULL
 357 )
 358 GO
 359
 360
 361 CREATE TABLE [SnpFunctionCode] (
 362         [code] [tinyint] NOT NULL ,
 363         [abbrev] [varchar] (20) NOT NULL ,
 364         [descrip] [varchar] (255) NOT NULL ,
 365         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 366         [top_level_class] [char] (5) NOT NULL ,
 367         [is_coding] [tinyint] NOT NULL ,
 368         [is_exon] [bit] NULL
 369 )
 370 GO
 371
 372
 373 CREATE TABLE [SnpValidationCode] (
 374         [code] [tinyint] NOT NULL ,
 375         [abbrev] [varchar] (40) NOT NULL ,
 376         [descrip] [varchar] (255) NOT NULL ,
 377         [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 378         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 379 )
 380 GO
 381
 382
 383 CREATE TABLE [StrandCode] (
 384         [code] [tinyint] NOT NULL ,
 385         [abbrev] [varchar] (20) NOT NULL ,
 386         [rs_to_ss_orien] [bit] NOT NULL ,
 387         [descrip] [varchar] (255) NOT NULL ,
 388         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
 389 )
 390 GO
 391
 392
 393 CREATE TABLE [SubSNPDelComm] (
 394         [comment_id] [smallint] NOT NULL ,
 395         [comment] [varchar] (255) NOT NULL ,
 396         [create_time] [smalldatetime] NULL
 397 )
 398 GO
 399
 400
 401 CREATE TABLE [SubSNPSeqTypeCode] (
 402         [code] [tinyint] NOT NULL ,
 403         [abbrev] [varchar] (20) NOT NULL ,
 404         [descrip] [varchar] (255) NOT NULL
 405 )
 406 GO
 407
 408
 409 CREATE TABLE [Submitter] (
 410         [handle] [varchar] (20) NOT NULL ,
 411         [name] [varchar] (255) NOT NULL ,
 412         [fax] [varchar] (255) NULL ,
 413         [phone] [varchar] (255) NULL ,
 414         [email] [varchar] (255) NULL ,
 415         [lab] [varchar] (255) NULL ,
 416         [institution] [varchar] (255) NULL ,
 417         [address] [varchar] (255) NULL ,
 418         [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 419         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 420 )
 421 GO
 422
 423
 424 CREATE TABLE [TemplateType] (
 425         [temp_type_id] [tinyint] NOT NULL ,
 426         [name] [varchar] (64) NOT NULL ,
 427         [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL
 428 )
 429 GO
 430
 431
 432 CREATE TABLE [UniGty] (
 433         [unigty_id] [int] NOT NULL ,
 434         [gty_str] [varchar] (255) NULL ,
 435         [allele_id_1] [int] NOT NULL ,
 436         [allele_id_2] [int] NULL ,
 437         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
 438 )
 439 GO
 440
 441
 442 CREATE TABLE [UniVariAllele] (
 443         [univar_id] [int] NOT NULL ,
 444         [allele_id] [int] NOT NULL ,
 445         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
 446 )
 447 GO
 448
 449
 450 CREATE TABLE [UniVariation] (
 451         [univar_id] [int] NOT NULL ,
 452         [var_str] [varchar] (900) NULL ,
 453         [allele_cnt] [smallint] NOT NULL ,
 454         [subsnp_class] [tinyint] NOT NULL ,
 455         [iupack_code] [char] (1) NOT NULL ,
 456         [top_or_bot_strand] [char] (1) NOT NULL ,
 457         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 458         [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 459         [src_code] [tinyint] NULL ,
 460         [rev_univar_id] [int] NULL
 461 )
 462 GO
 463
 464
 465 CREATE TABLE [UniVariationSrcCode] (
 466         [code] [tinyint] NOT NULL ,
 467         [abbrev] [varchar] (20) NOT NULL ,
 468         [descrip] [varchar] (255) NOT NULL
 469 )
 470 GO
 471
 472
 473 CREATE TABLE [VariAllele] (
 474         [var_id] [int] NOT NULL ,
 475         [allele_id] [int] NOT NULL ,
 476         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
 477 )
 478 GO
 479
 480
 481 CREATE TABLE [db_DataDictionaryNew] (
 482         [tab] [varchar] (64) NULL ,
 483         [col] [varchar] (32) NULL ,
 484         [col_order] [int] NULL ,
 485         [typ] [varchar] (16) NULL ,
 486         [length] [int] NULL ,
 487         [description] [varchar] (6000) NULL ,
 488         [todo] [varchar] (1000) NULL ,
 489         [update_time] [smalldatetime] NULL
 490 )
 491 GO
 492
 493
 494 CREATE TABLE [db_ftp_table_list] (
 495         [table_name] [varchar] (32) NOT NULL ,
 496         [db_str] [varchar] (64) NOT NULL ,
 497         [create_time] [smalldatetime] NULL
 498 )
 499 GO
 500
 501
 502 CREATE TABLE [db_map_table_name] (
 503         [table_name] [varchar] (32) NOT NULL ,
 504         [to_index] [bit] NULL
 505 )
 506 GO
 507
 508
 509 CREATE TABLE [dn_Allele_rev] (
 510         [allele_id] [int] NOT NULL ,
 511         [rev_flag] [tinyint] NOT NULL ,
 512         [fwd_allele_id] [int] NOT NULL ,
 513         [fwd_allele] [varchar] (255) NOT NULL
 514 )
 515 GO
 516
 517
 518 CREATE TABLE [dn_Motif_rev] (
 519         [motif_id] [int] NOT NULL ,
 520         [rev_flag] [tinyint] NOT NULL ,
 521         [fwd_motif] [varchar] (253) NULL ,
 522         [fwd_motif_id] [int] NULL
 523 )
 524 GO
 525
 526
 527 CREATE TABLE [dn_UniGty_allele] (
 528         [unigty_id] [int] NOT NULL ,
 529         [chr_num] [tinyint] NOT NULL ,
 530         [allele_id] [int] NOT NULL ,
 531         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
 532 )
 533 GO
 534
 535
 536 CREATE TABLE [dn_UniGty_rev] (
 537         [unigty_id] [int] NOT NULL ,
 538         [rev_flag] [tinyint] NOT NULL ,
 539         [fwd_unigty_id] [int] NOT NULL ,
 540         [fwd_gty_str] [varchar] (255) NULL
 541 )
 542 GO
 543
 544
 545 CREATE TABLE [dn_UniVariation_rev] (
 546         [univar_id] [int] NOT NULL ,
 547         [rev_flag] [tinyint] NOT NULL ,
 548         [fwd_univar_id] [int] NULL ,
 549         [fwd_univar_str] [varchar] (900) NULL
 550 )
 551 GO
 552
 553
 554 CREATE TABLE [dn_baseFlip] (
 555         [base] [char] (1) NULL ,
 556         [rev_flag] [tinyint] NULL ,
 557         [fwd_base] [char] (1) NULL
 558 )
 559 GO
 560
 561
 562 CREATE TABLE [dn_gty2unigty_trueSNP] (
 563         [gty_id] [int] NOT NULL ,
 564         [rev_flag] [bit] NOT NULL ,
 565         [unigty_id] [int] NULL ,
 566         [obs] [varchar] (512) NOT NULL ,
 567         [gty_str] [varchar] (255) NULL
 568 )
 569 GO
 570
 571
 572 CREATE TABLE [dn_summary] (
 573         [tax_id] [int] NOT NULL ,
 574         [build_id] [int] NOT NULL ,
 575         [type] [varchar] (20) NOT NULL ,
 576         [cnt] [int] NOT NULL ,
 577         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 578         [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL
 579 )
 580 GO
 581
 582