schema/human_9606_schema/human_9606_table_postgresql.sql

   1 CREATE TABLE AlleleFreqBySsPop (
   2         subsnp_id int NOT NULL ,
   3         pop_id int NOT NULL ,
   4         allele_id int NOT NULL ,
   5         source varchar (2) NOT NULL ,
   6         cnt real NULL ,
   7         freq real NULL ,
   8         last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
   9 )
  10 ;
  11
  12 CREATE TABLE Batch (
  13         batch_id int NOT NULL ,
  14         handle varchar (20) NOT NULL ,
  15         loc_batch_id varchar (64) NOT NULL ,
  16         loc_batch_id_upp varchar (64) NOT NULL ,
  17         batch_type char (3) NOT NULL ,
  18         status smallint NULL ,
  19         simul_sts_status smallint NOT NULL ,
  20         moltype varchar (8) NOT NULL ,
  21         method_id int NOT NULL ,
  22         samplesize int NULL ,
  23         synonym_type varchar (255) NULL ,
  24         submitted_time TIMESTAMP NOT NULL ,
  25         linkout_url varchar (255) NULL ,
  26         pop_id int NULL ,
  27         last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
  28         success_rate_int int NULL ,
  29         build_id int NULL ,
  30         tax_id int NOT NULL ,
  31         ss_cnt int NULL
  32 )
  33 ;
  34
  35 CREATE TABLE BatchCita (
  36         batch_id int NOT NULL ,
  37         position int NOT NULL ,
  38         pub_id int NOT NULL ,
  39         citation varchar (255) NOT NULL ,
  40         create_time TIMESTAMP NULL ,
  41         last_updated_time TIMESTAMP NULL
  42 )
  43 ;
  44
  45 CREATE TABLE BatchCommLine (
  46         batch_id int NOT NULL ,
  47         line_num smallint NOT NULL ,
  48         line varchar (255) NOT NULL ,
  49         create_time TIMESTAMP NULL ,
  50         last_updated_time TIMESTAMP NULL
  51 )
  52 ;
  53
  54 CREATE TABLE BatchCultivar (
  55         batch_id int NOT NULL ,
  56         line_num smallint NOT NULL ,
  57         line varchar (255) NULL ,
  58         create_time TIMESTAMP NULL ,
  59         last_updated_time TIMESTAMP NULL
  60 )
  61 ;
  62
  63 CREATE TABLE BatchMeExLine (
  64         batch_id int NOT NULL ,
  65         line_num smallint NOT NULL ,
  66         line varchar (255) NOT NULL ,
  67         create_time TIMESTAMP NULL ,
  68         last_updated_time TIMESTAMP NULL
  69 )
  70 ;
  71
  72 CREATE TABLE BatchStrain (
  73         batch_id int NOT NULL ,
  74         line_num smallint NOT NULL ,
  75         line varchar (255) NOT NULL ,
  76         create_time TIMESTAMP NULL ,
  77         last_updated_time TIMESTAMP NULL
  78 )
  79 ;
  80
  81 CREATE TABLE BatchValCode (
  82         batch_id int NOT NULL ,
  83         validation_status smallint NOT NULL
  84 )
  85 ;
  86
  87 CREATE TABLE Contact (
  88         batch_id int NOT NULL ,
  89         handle varchar (20) NOT NULL ,
  90         name varchar (255) NOT NULL ,
  91         fax varchar (255) NULL ,
  92         phone varchar (255) NULL ,
  93         email varchar (255) NULL ,
  94         lab varchar (255) NULL ,
  95         institution varchar (255) NULL ,
  96         address varchar (255) NULL ,
  97         create_time TIMESTAMP NULL ,
  98         last_updated_time TIMESTAMP NULL
  99 )
 100 ;
 101
 102 CREATE TABLE FreqSummaryBySsPop (
 103         subsnp_id int NOT NULL ,
 104         pop_id int NOT NULL ,
 105         source varchar (1) NOT NULL ,
 106         chr_cnt int NOT NULL ,
 107         ind_cnt int NOT NULL ,
 108         non_founder_ind_cnt int NOT NULL ,
 109         chisq real NULL ,
 110         df smallint NULL ,
 111         hwp real NULL ,
 112         het real NULL ,
 113         het_se real NULL ,
 114         last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 115 )
 116 ;
 117
 118 CREATE TABLE GeneIdToName (
 119         gene_id int NOT NULL ,
 120         gene_symbol varchar (64) NOT NULL ,
 121         gene_name varchar (255) NULL ,
 122         gene_type varchar (255) NULL ,
 123         tax_id int NOT NULL ,
 124         last_update_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 125         ref_tax_id int NOT NULL ,
 126         dbSNP_tax_id int NOT NULL ,
 127         ins_time TIMESTAMP NULL
 128 )
 129 ;
 130
 131 CREATE TABLE GtyFreqBySsPop (
 132         subsnp_id int NOT NULL ,
 133         pop_id int NOT NULL ,
 134         unigty_id int NOT NULL ,
 135         source varchar (1) NULL ,
 136         cnt real NULL ,
 137         freq real NULL ,
 138         last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 139 )
 140 ;
 141
 142 CREATE TABLE IndGrpCode (
 143         code smallint NOT NULL ,
 144         name varchar (32) NOT NULL ,
 145         descrip varchar (255) NOT NULL
 146 )
 147 ;
 148
 149 CREATE TABLE IndivBySource (
 150         ind_id int NOT NULL ,
 151         src_id int NOT NULL ,
 152         src_ind_id varchar (64) NOT NULL ,
 153         create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 154         src_ind_grp varchar (64) NULL
 155 )
 156 ;
 157
 158 CREATE TABLE IndivSourceCode (
 159         code int NOT NULL ,
 160         name varchar (22) NOT NULL ,
 161         descrip varchar (255) NULL ,
 162         create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 163         src_type varchar (10) NULL ,
 164         display_order smallint NULL
 165 )
 166 ;
 167
 168 CREATE TABLE Individual (
 169         ind_id int NOT NULL ,
 170         descrip varchar (255) NULL ,
 171         create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 172         tax_id int NULL ,
 173         ind_grp smallint NULL
 174 )
 175 ;
 176
 177 CREATE TABLE OmimVarLocusIdSNP (
 178         omim_id int NOT NULL ,
 179         locus_id int NULL ,
 180         omimvar_id char (4) NULL ,
 181         locus_symbol char (10) NULL ,
 182         var1 char (20) NULL ,
 183         aa_position int NULL ,
 184         var2 char (20) NULL ,
 185         var_class int NOT NULL ,
 186         snp_id int NOT NULL
 187 )
 188 ;
 189
 190 CREATE TABLE Pedigree (
 191         ped_id numeric(7, 0) NOT NULL ,
 192         curator varchar (12) NOT NULL ,
 193         curator_ped_id varchar (12) NOT NULL ,
 194         create_time TIMESTAMP NOT NULL
 195 )
 196 ;
 197
 198 CREATE TABLE PedigreeIndividual (
 199         ped_id decimal(7, 0) NOT NULL ,
 200         ind_id int NOT NULL ,
 201         ma_ind_id int NULL ,
 202         pa_ind_id int NULL ,
 203         sex char (1) NULL ,
 204         create_time TIMESTAMP NOT NULL
 205 )
 206 ;
 207
 208 CREATE TABLE PopLine (
 209         pop_id int NOT NULL ,
 210         line_num int NOT NULL ,
 211         line varchar (255) NOT NULL ,
 212         create_time TIMESTAMP NULL ,
 213         last_updated_time TIMESTAMP NULL
 214 )
 215 ;
 216
 217 CREATE TABLE PopMandLine (
 218         pop_id int NOT NULL ,
 219         line_num smallint NOT NULL ,
 220         line varchar (255) NOT NULL ,
 221         create_time TIMESTAMP NULL ,
 222         last_updated_time TIMESTAMP NULL
 223 )
 224 ;
 225
 226 CREATE TABLE Population (
 227         pop_id int NOT NULL ,
 228         handle varchar (20) NOT NULL ,
 229         loc_pop_id varchar (64) NOT NULL ,
 230         loc_pop_id_upp varchar (64) NOT NULL ,
 231         create_time TIMESTAMP NULL ,
 232         last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 233         src_id int NULL
 234 )
 235 ;
 236
 237 CREATE TABLE RsMergeArch (
 238         rsHigh int NULL ,
 239         rsLow int NULL ,
 240         build_id int NULL ,
 241         orien smallint NULL ,
 242         create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 243         last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 244         rsCurrent int NULL ,
 245         orien2Current smallint NULL ,
 246         comment varchar (255) NULL
 247 )
 248 ;
 249
 250 CREATE TABLE SNP (
 251         snp_id int NULL ,
 252         avg_heterozygosity real NULL ,
 253         het_se real NULL ,
 254         create_time TIMESTAMP NULL ,
 255         last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 256         CpG_code smallint NULL ,
 257         tax_id int NULL ,
 258         validation_status smallint NULL ,
 259         exemplar_subsnp_id int NULL ,
 260         univar_id int NULL ,
 261         cnt_subsnp int NULL ,
 262         map_property smallint NULL
 263 )
 264 ;
 265
 266 CREATE TABLE SNP3D (
 267         snp_id int NOT NULL ,
 268         protein_acc char (50) NOT NULL ,
 269         master_gi int NOT NULL ,
 270         neighbor_gi int NOT NULL ,
 271         aa_position int NOT NULL ,
 272         var_res char (1) NOT NULL ,
 273         contig_res char (1) NOT NULL ,
 274         neighbor_res char (1) NOT NULL ,
 275         neighbor_pos int NOT NULL ,
 276         var_color int NOT NULL ,
 277         var_label int NOT NULL
 278 )
 279 ;
 280
 281 CREATE TABLE SNPAlleleFreq (
 282         snp_id int NOT NULL ,
 283         allele_id int NOT NULL ,
 284         chr_cnt float NULL ,
 285         freq float NULL ,
 286         last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 287 )
 288 ;
 289
 290 CREATE TABLE SNPAncestralAllele (
 291         snp_id int NOT NULL ,
 292         ancestral_allele_id int NOT NULL ,
 293         batch_id int DEFAULT 0 NOT NULL
 294 )
 295 ;
 296
 297 CREATE TABLE SNPGtyFreq (
 298         snp_id int NOT NULL ,
 299         unigty_id int NOT NULL ,
 300         ind_cnt float NULL ,
 301         freq float NULL ,
 302         last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 303 )
 304 ;
 305
 306 CREATE TABLE SNPHWProb (
 307         snp_id int NOT NULL ,
 308         df smallint NULL ,
 309         chisq real NULL ,
 310         hwp real NULL ,
 311         ind_cnt smallint NULL ,
 312         last_updated_time TIMESTAMP NULL
 313 )
 314 ;
 315
 316 CREATE TABLE SNPHistory (
 317         snp_id int NOT NULL ,
 318         create_time TIMESTAMP NULL ,
 319         last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 320         history_create_time TIMESTAMP NULL ,
 321         comment varchar (255) NULL
 322 )
 323 ;
 324
 325 CREATE TABLE SNPPubmed (
 326         snp_id int NOT NULL ,
 327         subsnp_id int NOT NULL ,
 328         pubmed_id int NOT NULL ,
 329         type varchar (16) NOT NULL ,
 330         score int NOT NULL ,
 331         upd_date TIMESTAMP NOT NULL
 332 )
 333 ;
 334
 335 CREATE TABLE SNPSubSNPLink (
 336         subsnp_id int NULL ,
 337         snp_id int NULL ,
 338         substrand_reversed_flag smallint NULL ,
 339         create_time TIMESTAMP NULL ,
 340         last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 341         build_id int NULL ,
 342         comment varchar (255) NULL
 343 )
 344 ;
 345
 346 CREATE TABLE SNPSubSNPLinkHistory (
 347         subsnp_id int NULL ,
 348         snp_id int NULL ,
 349         build_id int NULL ,
 350         history_create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 351         link_create_time TIMESTAMP NULL ,
 352         link_last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 353         orien smallint NULL ,
 354         build_id_when_history_made int NULL ,
 355         comment varchar (255) NULL
 356 )
 357 ;
 358
 359 CREATE TABLE SNPVal (
 360         batch_id int NOT NULL ,
 361         snp_id int NOT NULL
 362 )
 363 ;
 364
 365 CREATE TABLE SNP_HGVS (
 366         snp_id int NULL ,
 367         hgvs_name varchar (256) NULL ,
 368         source varchar (8) NOT NULL ,
 369         upd_time TIMESTAMP NOT NULL
 370 )
 371 ;
 372
 373 CREATE TABLE SNP_bitfield (
 374         snp_id int NOT NULL ,
 375         ver_code smallint NULL ,
 376         link_prop_b1 smallint NULL ,
 377         link_prop_b2 smallint NULL ,
 378         gene_prop_b1 smallint NULL ,
 379         gene_prop_b2 smallint NULL ,
 380         map_prop smallint NULL ,
 381         freq_prop smallint NULL ,
 382         gty_prop smallint NULL ,
 383         hapmap_prop smallint NULL ,
 384         pheno_prop smallint NULL ,
 385         variation_class smallint NOT NULL ,
 386         quality_check smallint NULL ,
 387         upd_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 388         encoding bytea NULL
 389 )
 390 ;
 391
 392 CREATE TABLE SubPop (
 393         batch_id int NOT NULL ,
 394         subsnp_id int NOT NULL ,
 395         pop_id int NOT NULL ,
 396         type char (3) NOT NULL ,
 397         samplesize int NOT NULL ,
 398         submitted_strand_code smallint NULL ,
 399         submitted_rs int NULL ,
 400         allele_flag smallint NULL ,
 401         ambiguity_status smallint NULL ,
 402         sub_heterozygosity real NULL ,
 403         est_heterozygosity real NULL ,
 404         est_het_se_sq real NULL ,
 405         last_updated_time TIMESTAMP DEFAULT NOW() NOT NULL ,
 406         observed varchar (1000) NULL ,
 407         sub_het_se_sq real NULL ,
 408         subpop_id SERIAL NOT NULL
 409 )
 410 ;
 411
 412 CREATE TABLE SubPopAllele (
 413         batch_id int NOT NULL ,
 414         subsnp_id int NOT NULL ,
 415         pop_id int NOT NULL ,
 416         allele char (1) NOT NULL ,
 417         other varchar (255) NULL ,
 418         freq real NULL ,
 419         cnt_int int NULL ,
 420         freq_min real NULL ,
 421         freq_max real NULL ,
 422         data_src varchar (6) NULL ,
 423         type char (3) NULL ,
 424         last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 425         allele_flag smallint NULL ,
 426         cnt real NULL ,
 427         allele_id int NULL ,
 428         subpop_id int NOT NULL
 429 )
 430 ;
 431
 432 CREATE TABLE SubPopGty (
 433         subpop_id int NOT NULL ,
 434         gty_id int NOT NULL ,
 435         gty_str varchar (255) NULL ,
 436         cnt real NULL ,
 437         freq real NULL ,
 438         last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 439 )
 440 ;
 441
 442 CREATE TABLE SubSNP (
 443         subsnp_id int NOT NULL ,
 444         known_snp_handle varchar (20) NULL ,
 445         known_snp_loc_id varchar (64) NULL ,
 446         known_snp_loc_id_upp varchar (64) NULL ,
 447         batch_id int NOT NULL ,
 448         loc_snp_id varchar (64) NULL ,
 449         loc_snp_id_upp varchar (64) NULL ,
 450         synonym_names varchar (255) NULL ,
 451         loc_sts_id varchar (64) NULL ,
 452         loc_sts_id_upp varchar (64) NULL ,
 453         segregate char (1) NOT NULL ,
 454         indiv_homozygosity_detected char (1) NULL ,
 455         PCR_confirmed_ind char (1) NULL ,
 456         gene_name varchar (64) NULL ,
 457         sequence_len int NULL ,
 458         samplesize int NULL ,
 459         EXPRESSED_SEQUENCE_ind char (1) NULL ,
 460         SOMATIC_ind char (1) NULL ,
 461         sub_locus_id int NULL ,
 462         create_time TIMESTAMP NULL ,
 463         last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 464         ancestral_allele varchar (255) NULL ,
 465         CpG_code smallint NULL ,
 466         variation_id int NULL ,
 467         top_or_bot_strand char (1) NULL ,
 468         validation_status smallint NULL ,
 469         snp_id int NULL ,
 470         tax_id int NOT NULL ,
 471         chr_id smallint NULL
 472 )
 473 ;
 474
 475 CREATE TABLE SubSNPAcc_ins (
 476         subsnp_id int NOT NULL ,
 477         acc_type_ind char (1) NOT NULL ,
 478         acc_part varchar (16) NOT NULL ,
 479         acc_ver int NULL
 480 )
 481 ;
 482
 483 CREATE TABLE SubSNPCommLine_ins (
 484         subsnp_id int NOT NULL ,
 485         line_num smallint NOT NULL ,
 486         line varchar (255) NOT NULL
 487 )
 488 ;
 489
 490 CREATE TABLE SubSNPHGVS (
 491         subsnp_id int NOT NULL ,
 492         sub_hgvs_c varchar (32) NULL ,
 493         sub_hgvs_g varchar (32) NULL ,
 494         sub_hgvs_p varchar (32) NULL ,
 495         cal_hgvs_c varchar (32) NULL ,
 496         cal_hgvs_g varchar (32) NULL ,
 497         cal_hgvs_p varchar (32) NULL ,
 498         upd_time TIMESTAMP NULL ,
 499         gene_id int NULL
 500 )
 501 ;
 502
 503 CREATE TABLE SubSNPLinkout (
 504         subsnp_id int NOT NULL ,
 505         url_val varchar (255) NOT NULL ,
 506         updated_time TIMESTAMP NULL ,
 507         link_type varchar (3) DEFAULT 'NA' NOT NULL
 508 )
 509 ;
 510
 511 CREATE TABLE SubSNPMdFailLn (
 512         subsnp_id int NOT NULL ,
 513         line_num smallint NOT NULL ,
 514         line varchar (255) NOT NULL
 515 )
 516 ;
 517
 518 CREATE TABLE SubSNPNoVariSeq (
 519         subsnp_id int NOT NULL ,
 520         line_num smallint NOT NULL ,
 521         line varchar (255) NOT NULL
 522 )
 523 ;
 524
 525 CREATE TABLE SubSNPOmim (
 526         subsnp_id int NOT NULL ,
 527         omim_id int NOT NULL ,
 528         allele_variant_id varchar (32) NULL ,
 529         update_time TIMESTAMP NULL ,
 530         mutObsCount int NULL
 531 )
 532 ;
 533
 534 CREATE TABLE SubSNPPubmed (
 535         subsnp_id int NOT NULL ,
 536         line_num int NOT NULL ,
 537         pubmed_id int NOT NULL ,
 538         updated_time TIMESTAMP NULL
 539 )
 540 ;
 541
 542 CREATE TABLE SubSNPSeq3_ins (
 543         subsnp_id int NOT NULL ,
 544         type smallint NOT NULL ,
 545         line_num smallint NOT NULL ,
 546         line varchar (255) NOT NULL
 547 )
 548 ;
 549
 550 CREATE TABLE SubSNPSeq5_ins (
 551         subsnp_id int NOT NULL ,
 552         type smallint NOT NULL ,
 553         line_num smallint NOT NULL ,
 554         line varchar (255) NOT NULL
 555 )
 556 ;
 557
 558 CREATE TABLE SubSNPSeqPos (
 559         subsnp_id int NOT NULL ,
 560         contig_acc varchar (20) NOT NULL ,
 561         contig_pos int NOT NULL ,
 562         chr varchar (2) NULL ,
 563         upstream_len int NOT NULL ,
 564         downstream_len int NOT NULL ,
 565         last_update_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 566         mrna_acc varchar (24) NULL
 567 )
 568 ;
 569
 570 CREATE TABLE SubSNP_top_or_bot (
 571         subsnp_id int NOT NULL ,
 572         top_or_bot char (1) NULL ,
 573         step smallint NULL ,
 574         last_updated_time TIMESTAMP NULL
 575 )
 576 ;
 577
 578 CREATE TABLE SubmittedIndividual (
 579         submitted_ind_id int NOT NULL ,
 580         pop_id int NOT NULL ,
 581         loc_ind_id_upp varchar (64) NOT NULL ,
 582         ind_id int NULL ,
 583         create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 584         last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 585         tax_id int NOT NULL ,
 586         loc_ind_alias varchar (64) NULL ,
 587         loc_ind_id varchar (64) NULL ,
 588         loc_ind_grp varchar (64) NULL ,
 589         ploidy smallint DEFAULT 2 NULL
 590 )
 591 ;
 592
 593 CREATE TABLE Synonym (
 594         subsnp_id int NOT NULL ,
 595         type varchar (64) NOT NULL ,
 596         name varchar (64) NULL
 597 )
 598 ;
 599
 600 CREATE TABLE b132_ContigInfo_37_1 (
 601         ctg_id int NOT NULL ,
 602         tax_id int NOT NULL ,
 603         contig_acc varchar (32) NOT NULL ,
 604         contig_ver smallint NULL ,
 605         contig_name varchar (32) NOT NULL ,
 606         contig_chr varchar (32) NULL ,
 607         contig_start int NULL ,
 608         contig_end int NULL ,
 609         orient smallint NULL ,
 610         contig_gi int NULL ,
 611         group_term varchar (32) NULL ,
 612         group_label varchar (32) NULL ,
 613         contig_label varchar (32) NULL ,
 614         build_id int NULL ,
 615         build_ver int NULL ,
 616         last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 617         placement_status smallint NOT NULL
 618 )
 619 ;
 620
 621 CREATE TABLE b132_GenomeAssemblyInfo_37_1 (
 622         assembly varchar (32) NOT NULL ,
 623         assembly_type varchar (8) NOT NULL ,
 624         rep_order smallint NULL ,
 625         comment varchar (255) NULL ,
 626         upd_time TIMESTAMP NULL
 627 )
 628 ;
 629
 630 CREATE TABLE b132_MapLinkInfo_37_1 (
 631         gi int NULL ,
 632         accession varchar (127) NULL ,
 633         accession_ver int NULL
 634 )
 635 ;
 636
 637 CREATE TABLE b132_MapLink_37_1 (
 638         snp_type char (2) NOT NULL ,
 639         snp_id int NULL ,
 640         gi int NOT NULL ,
 641         accession_how_cd int NULL ,
 642         "offset" int NULL ,
 643         asn_to int NULL ,
 644         lf_ngbr int NULL ,
 645         rf_ngbr int NULL ,
 646         lc_ngbr int NULL ,
 647         rc_ngbr int NULL ,
 648         loc_type smallint NULL ,
 649         build_id int NULL ,
 650         process_time TIMESTAMP NULL ,
 651         process_status int NULL ,
 652         orientation int NULL ,
 653         allele varchar (1024) NULL ,
 654         aln_quality float NULL ,
 655         num_mism int NULL ,
 656         num_ins int NULL ,
 657         num_del int NULL ,
 658         tier int NULL ,
 659         ctg_gi int NULL ,
 660         ctg_from int NULL ,
 661         ctg_to int NULL ,
 662         ctg_orient smallint NULL ,
 663         source varchar (5) NOT NULL
 664 )
 665 ;
 666
 667 CREATE TABLE b132_ProteinInfo_37_1 (
 668         prot_gi int NULL ,
 669         prot_acc varchar (128) NULL ,
 670         prot_ver int NULL
 671 )
 672 ;
 673
 674 CREATE TABLE b132_SNPChrPosOnRef_37_1 (
 675         snp_id int NULL ,
 676         chr varchar (32) NULL ,
 677         pos int NULL ,
 678         orien int NULL ,
 679         neighbor_snp_list int NULL ,
 680         isPAR varchar (1) NOT NULL
 681 )
 682 ;
 683
 684 CREATE TABLE b132_SNPContigLoc_37_1 (
 685         snp_type char (2) NOT NULL ,
 686         snp_id int NOT NULL ,
 687         ctg_id int NOT NULL ,
 688         asn_from int NOT NULL ,
 689         asn_to int NOT NULL ,
 690         lf_ngbr int NULL ,
 691         rf_ngbr int NULL ,
 692         lc_ngbr int NOT NULL ,
 693         rc_ngbr int NOT NULL ,
 694         loc_type smallint NOT NULL ,
 695         phys_pos_from int NULL ,
 696         snp_bld_id int NOT NULL ,
 697         last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 698         process_status int NOT NULL ,
 699         orientation smallint NULL ,
 700         allele varchar (1024) NULL ,
 701         loc_sts_uid int NULL ,
 702         aln_quality float NULL ,
 703         num_mism int NULL ,
 704         num_del int NULL ,
 705         num_ins int NULL ,
 706         tier smallint NULL
 707 )
 708 ;
 709
 710 CREATE TABLE b132_SNPContigLocusId_37_1 (
 711         snp_id int NULL ,
 712         contig_acc varchar (32) NULL ,
 713         contig_ver smallint NULL ,
 714         asn_from int NULL ,
 715         asn_to int NULL ,
 716         locus_id int NULL ,
 717         locus_symbol varchar (128) NULL ,
 718         mrna_acc varchar (128) NULL ,
 719         mrna_ver int NULL ,
 720         protein_acc varchar (128) NULL ,
 721         protein_ver int NULL ,
 722         fxn_class int NULL ,
 723         reading_frame int NULL ,
 724         allele varchar (256) NULL ,
 725         residue varchar (1024) NULL ,
 726         aa_position int NULL ,
 727         build_id varchar (4) NOT NULL ,
 728         ctg_id int NULL ,
 729         mrna_start int NULL ,
 730         mrna_stop int NULL ,
 731         codon varchar (1024) NULL ,
 732         protRes char (3) NULL ,
 733         contig_gi int NULL ,
 734         mrna_gi int NULL ,
 735         mrna_orien smallint NULL ,
 736         cp_mrna_ver int NULL ,
 737         cp_mrna_gi int NULL ,
 738         verComp varchar (7) NOT NULL
 739 )
 740 ;
 741
 742 CREATE TABLE b132_SNPMapInfo_37_1 (
 743         snp_type char (2) NOT NULL ,
 744         snp_id int NOT NULL ,
 745         chr_cnt int NOT NULL ,
 746         contig_cnt int NOT NULL ,
 747         loc_cnt int NOT NULL ,
 748         weight int NOT NULL ,
 749         hap_cnt int NOT NULL ,
 750         placed_cnt int NOT NULL ,
 751         grouped_cnt int NOT NULL ,
 752         unplaced_cnt int NOT NULL ,
 753         md5 char (32) NULL ,
 754         assembly varchar (32) NULL
 755 )
 756 ;
 757
 758 CREATE TABLE dn_IND_batchCount (
 759         batch_id int NOT NULL ,
 760         pop_id int NOT NULL ,
 761         ss_cnt int NOT NULL ,
 762         rs_cnt int NOT NULL ,
 763         ind_cnt int NOT NULL ,
 764         create_time TIMESTAMP NOT NULL
 765 )
 766 ;
 767
 768 CREATE TABLE dn_IND_batch_pop (
 769         batch_id smallint NOT NULL ,
 770         pop_id int NOT NULL ,
 771         update_time TIMESTAMP NOT NULL
 772 )
 773 ;
 774
 775 CREATE TABLE dn_PopulationIndGrp (
 776         pop_id int NOT NULL ,
 777         ind_grp_name varchar (32) NOT NULL ,
 778         ind_grp_code smallint NOT NULL
 779 )
 780 ;
 781
 782 CREATE TABLE dn_batchCount (
 783         batch_id int NOT NULL ,
 784         ss_cnt int NOT NULL ,
 785         rs_cnt int NOT NULL ,
 786         rs_validated_cnt int NOT NULL ,
 787         create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 788         pop_cnt int NULL ,
 789         ind_cnt int NULL
 790 )
 791 ;
 792
 793 CREATE TABLE dn_handleCount (
 794         handle varchar (20) NOT NULL ,
 795         batch_type char (3) NOT NULL ,
 796         ss_cnt int NOT NULL ,
 797         rs_cnt int NULL ,
 798         rs_validated_cnt int NULL ,
 799         create_time TIMESTAMP NOT NULL
 800 )
 801 ;
 802
 803 CREATE TABLE dn_snpFxnCnt (
 804         build_id int NOT NULL ,
 805         fxn_class smallint NULL ,
 806         snp_cnt int NOT NULL ,
 807         gene_cnt int NOT NULL ,
 808         create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 809         last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 810         tax_id int NOT NULL
 811 )
 812 ;
 813
 814 CREATE TABLE dn_table_rowcount (
 815         tabname varchar (64) NOT NULL ,
 816         row_cnt int NOT NULL ,
 817         build_id int NOT NULL ,
 818         update_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 819         rows_in_spaceused int NULL ,
 820         reserved_KB_spaceused int NULL ,
 821         data_KB_spaceused int NULL ,
 822         index_size_KB_spaceused int NULL ,
 823         unused_KB_spaceused int NULL
 824 )
 825 ;
 826