schema/human_9606_schema/human_9606_table.sql

   1 CREATE TABLE [AlleleFreqBySsPop] (
   2         [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
   3         [pop_id] [int] NOT NULL ,
   4         [allele_id] [int] NOT NULL ,
   5         [source] [varchar] (2) NOT NULL ,
   6         [cnt] [real] NULL ,
   7         [freq] [real] NULL ,
   8         [last_updated_time] [datetime] NOT NULL
   9 )
  10 GO
  11
  12
  13 CREATE TABLE [Batch] (
  14         [batch_id] [int] NOT NULL ,
  15         [handle] [varchar] (20) NOT NULL ,
  16         [loc_batch_id] [varchar] (64) NOT NULL ,
  17         [loc_batch_id_upp] [varchar] (64) NOT NULL ,
  18         [batch_type] [char] (3) NOT NULL ,
  19         [status] [tinyint] NULL ,
  20         [simul_sts_status] [tinyint] NOT NULL ,
  21         [moltype] [varchar] (8) NOT NULL ,
  22         [method_id] [int] NOT NULL ,
  23         [samplesize] [int] NULL ,
  24         [synonym_type] [varchar] (255) NULL ,
  25         [submitted_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
  26         [linkout_url] [varchar] (255) NULL ,
  27         [pop_id] [int] NULL ,
  28         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL ,
  29         [success_rate_int] [int] NULL ,
  30         [build_id] [int] NULL ,
  31         [tax_id] [int] NOT NULL ,
  32         [ss_cnt] [int] NULL
  33 )
  34 GO
  35
  36
  37 CREATE TABLE [BatchCita] (
  38         [batch_id] [int] NOT NULL ,
  39         [position] [int] NOT NULL ,
  40         [pub_id] [int] NOT NULL ,
  41         [citation] [varchar] (255) NOT NULL ,
  42         [create_time] [smalldatetime] NULL ,
  43         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
  44 )
  45 GO
  46
  47
  48 CREATE TABLE [BatchCommLine] (
  49         [batch_id] [int] NOT NULL ,
  50         [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
  51         [line] [varchar] (255) NOT NULL ,
  52         [create_time] [smalldatetime] NULL ,
  53         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
  54 )
  55 GO
  56
  57
  58 CREATE TABLE [BatchCultivar] (
  59         [batch_id] [int] NOT NULL ,
  60         [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
  61         [line] [varchar] (255) NULL ,
  62         [create_time] [smalldatetime] NULL ,
  63         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
  64 )
  65 GO
  66
  67
  68 CREATE TABLE [BatchMeExLine] (
  69         [batch_id] [int] NOT NULL ,
  70         [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
  71         [line] [varchar] (255) NOT NULL ,
  72         [create_time] [smalldatetime] NULL ,
  73         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
  74 )
  75 GO
  76
  77
  78 CREATE TABLE [BatchStrain] (
  79         [batch_id] [int] NOT NULL ,
  80         [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
  81         [line] [varchar] (255) NOT NULL ,
  82         [create_time] [smalldatetime] NULL ,
  83         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
  84 )
  85 GO
  86
  87
  88 CREATE TABLE [BatchValCode] (
  89         [batch_id] [int] NOT NULL ,
  90         [validation_status] [tinyint] NOT NULL
  91 )
  92 GO
  93
  94
  95 CREATE TABLE [Contact] (
  96         [batch_id] [int] NOT NULL ,
  97         [handle] [varchar] (20) NOT NULL ,
  98         [name] [varchar] (255) NOT NULL ,
  99         [fax] [varchar] (255) NULL ,
 100         [phone] [varchar] (255) NULL ,
 101         [email] [varchar] (255) NULL ,
 102         [lab] [varchar] (255) NULL ,
 103         [institution] [varchar] (255) NULL ,
 104         [address] [varchar] (255) NULL ,
 105         [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 106         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 107 )
 108 GO
 109
 110
 111 CREATE TABLE [FreqSummaryBySsPop] (
 112         [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 113         [pop_id] [int] NOT NULL ,
 114         [source] [varchar] (1) NOT NULL ,
 115         [chr_cnt] [int] NOT NULL ,
 116         [ind_cnt] [int] NOT NULL ,
 117         [non_founder_ind_cnt] [int] NOT NULL ,
 118         [chisq] [real] NULL ,
 119         [df] [tinyint] NULL ,
 120         [hwp] [real] NULL ,
 121         [het] [real] NULL ,
 122         [het_se] [real] NULL ,
 123         [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL
 124 )
 125 GO
 126
 127
 128 CREATE TABLE [GeneIdToName] (
 129         [gene_id] [int] NOT NULL ,
 130         [gene_symbol] [varchar] (64) NOT NULL ,
 131         [gene_name] [varchar] (255) NULL ,
 132         [gene_type] [varchar] (255) NULL ,
 133         [tax_id] [int] NOT NULL ,
 134         [last_update_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 135         [ref_tax_id] [int] NOT NULL ,
 136         [dbSNP_tax_id] [int] NOT NULL ,
 137         [ins_time] [smalldatetime] NULL
 138 )
 139 GO
 140
 141
 142 CREATE TABLE [GtyFreqBySsPop] (
 143         [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 144         [pop_id] [int] NOT NULL ,
 145         [unigty_id] [int] NOT NULL ,
 146         [source] [varchar] (1) NULL ,
 147         [cnt] [real] NULL ,
 148         [freq] [real] NULL ,
 149         [last_updated_time] [datetime] NOT NULL
 150 )
 151 GO
 152
 153
 154 CREATE TABLE [IndGrpCode] (
 155         [code] [tinyint] NOT NULL ,
 156         [name] [varchar] (32) NOT NULL ,
 157         [descrip] [varchar] (255) NOT NULL
 158 )
 159 GO
 160
 161
 162 CREATE TABLE [IndivBySource] (
 163         [ind_id] [int] NOT NULL ,
 164         [src_id] [int] NOT NULL ,
 165         [src_ind_id] [varchar] (64) NOT NULL ,
 166         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 167         [src_ind_grp] [varchar] (64) NULL
 168 )
 169 GO
 170
 171
 172 CREATE TABLE [IndivSourceCode] (
 173         [code] [int] NOT NULL ,
 174         [name] [varchar] (22) NOT NULL ,
 175         [descrip] [varchar] (255) NULL ,
 176         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 177         [src_type] [varchar] (10) NULL ,
 178         [display_order] [tinyint] NULL
 179 )
 180 GO
 181
 182
 183 CREATE TABLE [Individual] (
 184         [ind_id] [int] NOT NULL ,
 185         [descrip] [varchar] (255) NULL ,
 186         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 187         [tax_id] [int] NULL ,
 188         [ind_grp] [tinyint] NULL
 189 )
 190 GO
 191
 192
 193 CREATE TABLE [OmimVarLocusIdSNP] (
 194         [omim_id] [int] NOT NULL ,
 195         [locus_id] [int] NULL ,
 196         [omimvar_id] [char] (4) NULL ,
 197         [locus_symbol] [char] (10) NULL ,
 198         [var1] [char] (20) NULL ,
 199         [aa_position] [int] NULL ,
 200         [var2] [char] (20) NULL ,
 201         [var_class] [int] NOT NULL ,
 202         [snp_id] [int] NOT NULL
 203 )
 204 GO
 205
 206
 207 CREATE TABLE [Pedigree] (
 208         [ped_id] [numeric](7, 0) NOT NULL ,
 209         [curator] [varchar] (12) NOT NULL ,
 210         [curator_ped_id] [varchar] (12) NOT NULL ,
 211         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
 212 )
 213 GO
 214
 215
 216 CREATE TABLE [PedigreeIndividual] (
 217         [ped_id] [decimal](7, 0) NOT NULL ,
 218         [ind_id] [int] NOT NULL ,
 219         [ma_ind_id] [int] NULL ,
 220         [pa_ind_id] [int] NULL ,
 221         [sex] [char] (1) NULL ,
 222         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
 223 )
 224 GO
 225
 226
 227 CREATE TABLE [PopLine] (
 228         [pop_id] [int] NOT NULL ,
 229         [line_num] [int] NOT NULL ,
 230         [line] [varchar] (255) NOT NULL ,
 231         [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 232         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 233 )
 234 GO
 235
 236
 237 CREATE TABLE [PopMandLine] (
 238         [pop_id] [int] NOT NULL ,
 239         [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
 240         [line] [varchar] (255) NOT NULL ,
 241         [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 242         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 243 )
 244 GO
 245
 246
 247 CREATE TABLE [Population] (
 248         [pop_id] [int] NOT NULL ,
 249         [handle] [varchar] (20) NOT NULL ,
 250         [loc_pop_id] [varchar] (64) NOT NULL ,
 251         [loc_pop_id_upp] [varchar] (64) NOT NULL ,
 252         [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 253         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL ,
 254         [src_id] [int] NULL
 255 )
 256 GO
 257
 258
 259 CREATE TABLE [RsMergeArch] (
 260         [rsHigh] [int] NULL ,
 261         [rsLow] [int] NULL ,
 262         [build_id] [int] NULL ,
 263         [orien] [tinyint] NULL ,
 264         [create_time] [datetime] NOT NULL ,
 265         [last_updated_time] [datetime] NOT NULL ,
 266         [rsCurrent] [int] NULL ,
 267         [orien2Current] [tinyint] NULL ,
 268         [comment] [varchar] (255) NULL
 269 )
 270 GO
 271
 272
 273 CREATE TABLE [SNP] (
 274         [snp_id] [int] NULL ,
 275         [avg_heterozygosity] [real] NULL ,
 276         [het_se] [real] NULL ,
 277         [create_time] [datetime] NULL ,
 278         [last_updated_time] [datetime] NULL ,
 279         [CpG_code] [tinyint] NULL ,
 280         [tax_id] [int] NULL ,
 281         [validation_status] [tinyint] NULL ,
 282         [exemplar_subsnp_id] [int] NULL ,
 283         [univar_id] [int] NULL ,
 284         [cnt_subsnp] [int] NULL ,
 285         [map_property] [tinyint] NULL
 286 )
 287 GO
 288
 289
 290 CREATE TABLE [SNP3D] (
 291         [snp_id] [int] NOT NULL ,
 292         [protein_acc] [char] (50) NOT NULL ,
 293         [master_gi] [int] NOT NULL ,
 294         [neighbor_gi] [int] NOT NULL ,
 295         [aa_position] [int] NOT NULL ,
 296         [var_res] [char] (1) NOT NULL ,
 297         [contig_res] [char] (1) NOT NULL ,
 298         [neighbor_res] [char] (1) NOT NULL ,
 299         [neighbor_pos] [int] NOT NULL ,
 300         [var_color] [int] NOT NULL ,
 301         [var_label] [int] NOT NULL
 302 )
 303 GO
 304
 305
 306 CREATE TABLE [SNPAlleleFreq] (
 307         [snp_id] [int] NOT NULL ,
 308         [allele_id] [int] NOT NULL ,
 309         [chr_cnt] [float] NULL ,
 310         [freq] [float] NULL ,
 311         [last_updated_time] [datetime] NOT NULL
 312 )
 313 GO
 314
 315
 316 CREATE TABLE [SNPAncestralAllele] (
 317         [snp_id] [int] NOT NULL ,
 318         [ancestral_allele_id] [int] NOT NULL ,
 319         [batch_id] [int] NOT NULL
 320 )
 321 GO
 322
 323
 324 CREATE TABLE [SNPGtyFreq] (
 325         [snp_id] [int] NOT NULL ,
 326         [unigty_id] [int] NOT NULL ,
 327         [ind_cnt] [float] NULL ,
 328         [freq] [float] NULL ,
 329         [last_updated_time] [datetime] NOT NULL
 330 )
 331 GO
 332
 333
 334 CREATE TABLE [SNPHWProb] (
 335         [snp_id] [int] NOT NULL ,
 336         [df] [tinyint] NULL ,
 337         [chisq] [real] NULL ,
 338         [hwp] [real] NULL ,
 339         [ind_cnt] [smallint] NULL ,
 340         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 341 )
 342 GO
 343
 344
 345 CREATE TABLE [SNPHistory] (
 346         [snp_id] [int] NOT NULL ,
 347         [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 348         [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 349         [history_create_time] [smalldatetime] NULL ,
 350         [comment] [varchar] (255) NULL
 351 )
 352 GO
 353
 354
 355 CREATE TABLE [SNPPubmed] (
 356         [snp_id] [int] NOT NULL ,
 357         [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 358         [pubmed_id] [int] NOT NULL ,
 359         [type] [varchar] (16) NOT NULL ,
 360         [score] [int] NOT NULL ,
 361         [upd_date] [smalldatetime] NOT NULL
 362 )
 363 GO
 364
 365
 366 CREATE TABLE [SNPSubSNPLink] (
 367         [subsnp_id] [int] NULL ,
 368         [snp_id] [int] NULL ,
 369         [substrand_reversed_flag] [tinyint] NULL ,
 370         [create_time] [datetime] NULL ,
 371         [last_updated_time] [datetime] NULL ,
 372         [build_id] [int] NULL ,
 373         [comment] [varchar] (255) NULL
 374 )
 375 GO
 376
 377
 378 CREATE TABLE [SNPSubSNPLinkHistory] (
 379         [subsnp_id] [int] NULL ,
 380         [snp_id] [int] NULL ,
 381         [build_id] [int] NULL ,
 382         [history_create_time] [datetime] NOT NULL ,
 383         [link_create_time] [datetime] NULL ,
 384         [link_last_updated_time] [datetime] NULL ,
 385         [orien] [tinyint] NULL ,
 386         [build_id_when_history_made] [int] NULL ,
 387         [comment] [varchar] (255) NULL
 388 )
 389 GO
 390
 391
 392 CREATE TABLE [SNPVal] (
 393         [batch_id] [int] NOT NULL ,
 394         [snp_id] [int] NOT NULL
 395 )
 396 GO
 397
 398
 399 CREATE TABLE [SNP_HGVS] (
 400         [snp_id] [int] NULL ,
 401         [hgvs_name] [varchar] (256) NULL ,
 402         [source] [varchar] (8) NOT NULL ,
 403         [upd_time] [datetime] NOT NULL
 404 )
 405 GO
 406
 407
 408 CREATE TABLE [SNP_bitfield] (
 409         [snp_id] [int] NOT NULL ,
 410         [ver_code] [tinyint] NULL ,
 411         [link_prop_b1] [tinyint] NULL ,
 412         [link_prop_b2] [tinyint] NULL ,
 413         [gene_prop_b1] [tinyint] NULL ,
 414         [gene_prop_b2] [tinyint] NULL ,
 415         [map_prop] [tinyint] NULL ,
 416         [freq_prop] [tinyint] NULL ,
 417         [gty_prop] [tinyint] NULL ,
 418         [hapmap_prop] [tinyint] NULL ,
 419         [pheno_prop] [tinyint] NULL ,
 420         [variation_class] [tinyint] NOT NULL ,
 421         [quality_check] [tinyint] NULL ,
 422         [upd_time] [datetime] NOT NULL ,
 423         [encoding] [binary] (12) NULL
 424 )
 425 GO
 426
 427
 428 CREATE TABLE [SubPop] (
 429         [batch_id] [int] NOT NULL ,
 430         [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 431         [pop_id] [int] NOT NULL ,
 432         [type] [char] (3) NOT NULL ,
 433         [samplesize] [int] NOT NULL ,
 434         [submitted_strand_code] [tinyint] NULL ,
 435         [submitted_rs] [int] NULL ,
 436         [allele_flag] [tinyint] NULL ,
 437         [ambiguity_status] [tinyint] NULL ,
 438         [sub_heterozygosity] [real] NULL ,
 439         [est_heterozygosity] [real] NULL ,
 440         [est_het_se_sq] [real] NULL ,
 441         [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 442         [observed] [varchar] (1000) NULL ,
 443         [sub_het_se_sq] [real] NULL ,
 444         [subpop_id] [int] IDENTITY (1, 1) NOT NULL
 445 )
 446 GO
 447
 448
 449 CREATE TABLE [SubPopAllele] (
 450         [batch_id] [int] NOT NULL ,
 451         [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 452         [pop_id] [int] NOT NULL ,
 453         [allele] [char] (1) NOT NULL ,
 454         [other] [varchar] (255) NULL ,
 455         [freq] [real] NULL ,
 456         [cnt_int] [int] NULL ,
 457         [freq_min] [real] NULL ,
 458         [freq_max] [real] NULL ,
 459         [data_src] [varchar] (6) NULL ,
 460         [type] [char] (3) NULL ,
 461         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL ,
 462         [allele_flag] [tinyint] NULL ,
 463         [cnt] [real] NULL ,
 464         [allele_id] [int] NULL ,
 465         [subpop_id] [int] NOT NULL
 466 )
 467 GO
 468
 469
 470 CREATE TABLE [SubPopGty] (
 471         [subpop_id] [int] NOT NULL ,
 472         [gty_id] [int] NOT NULL ,
 473         [gty_str] [varchar] (255) NULL ,
 474         [cnt] [real] NULL ,
 475         [freq] [real] NULL ,
 476         [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL
 477 )
 478 GO
 479
 480
 481 CREATE TABLE [SubSNP] (
 482         [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 483         [known_snp_handle] [varchar] (20) NULL ,
 484         [known_snp_loc_id] [varchar] (64) NULL ,
 485         [known_snp_loc_id_upp] [varchar] (64) NULL ,
 486         [batch_id] [int] NOT NULL ,
 487         [loc_snp_id] [varchar] (64) NULL ,
 488         [loc_snp_id_upp] [varchar] (64) NULL ,
 489         [synonym_names] [varchar] (255) NULL ,
 490         [loc_sts_id] [varchar] (64) NULL ,
 491         [loc_sts_id_upp] [varchar] (64) NULL ,
 492         [segregate] [char] (1) NOT NULL ,
 493         [indiv_homozygosity_detected] [char] (1) NULL ,
 494         [PCR_confirmed_ind] [char] (1) NULL ,
 495         [gene_name] [varchar] (64) NULL ,
 496         [sequence_len] [int] NULL ,
 497         [samplesize] [int] NULL ,
 498         [EXPRESSED_SEQUENCE_ind] [char] (1) NULL ,
 499         [SOMATIC_ind] [char] (1) NULL ,
 500         [sub_locus_id] [int] NULL ,
 501         [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 502         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL ,
 503         [ancestral_allele] [varchar] (255) NULL ,
 504         [CpG_code] [tinyint] NULL ,
 505         [variation_id] [int] NULL ,
 506         [top_or_bot_strand] [char] (1) NULL ,
 507         [validation_status] [tinyint] NULL ,
 508         [snp_id] [int] NULL ,
 509         [tax_id] [int] NOT NULL ,
 510         [chr_id] [tinyint] NULL
 511 )
 512 GO
 513
 514
 515 CREATE TABLE [SubSNPAcc_ins] (
 516         [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 517         [acc_type_ind] [char] (1) NOT NULL ,
 518         [acc_part] [varchar] (16) NOT NULL ,
 519         [acc_ver] [int] NULL
 520 )
 521 GO
 522
 523
 524 CREATE TABLE [SubSNPCommLine_ins] (
 525         [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 526         [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
 527         [line] [varchar] (255) NOT NULL
 528 )
 529 GO
 530
 531
 532 CREATE TABLE [SubSNPHGVS] (
 533         [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 534         [sub_hgvs_c] [varchar] (32) NULL ,
 535         [sub_hgvs_g] [varchar] (32) NULL ,
 536         [sub_hgvs_p] [varchar] (32) NULL ,
 537         [cal_hgvs_c] [varchar] (32) NULL ,
 538         [cal_hgvs_g] [varchar] (32) NULL ,
 539         [cal_hgvs_p] [varchar] (32) NULL ,
 540         [upd_time] [smalldatetime] NULL ,
 541         [gene_id] [int] NULL
 542 )
 543 GO
 544
 545
 546 CREATE TABLE [SubSNPLinkout] (
 547         [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 548         [url_val] [varchar] (255) NOT NULL ,
 549         [updated_time] [smalldatetime] NULL ,
 550         [link_type] [varchar] (3) NOT NULL
 551 )
 552 GO
 553
 554
 555 CREATE TABLE [SubSNPMdFailLn] (
 556         [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 557         [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
 558         [line] [varchar] (255) NOT NULL
 559 )
 560 GO
 561
 562
 563 CREATE TABLE [SubSNPNoVariSeq] (
 564         [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 565         [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
 566         [line] [varchar] (255) NOT NULL
 567 )
 568 GO
 569
 570
 571 CREATE TABLE [SubSNPOmim] (
 572         [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 573         [omim_id] [int] NOT NULL ,
 574         [allele_variant_id] [varchar] (32) NULL ,
 575         [update_time] [smalldatetime] NULL ,
 576         [mutObsCount] [int] NULL
 577 )
 578 GO
 579
 580
 581 CREATE TABLE [SubSNPPubmed] (
 582         [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 583         [line_num] [int] NOT NULL ,
 584         [pubmed_id] [int] NOT NULL ,
 585         [updated_time] [smalldatetime] NULL
 586 )
 587 GO
 588
 589
 590 CREATE TABLE [SubSNPSeq3_ins] (
 591         [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 592         [type] [tinyint] NOT NULL ,
 593         [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
 594         [line] [varchar] (255) NOT NULL
 595 )
 596 GO
 597
 598
 599 CREATE TABLE [SubSNPSeq5_ins] (
 600         [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 601         [type] [tinyint] NOT NULL ,
 602         [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
 603         [line] [varchar] (255) NOT NULL
 604 )
 605 GO
 606
 607
 608 CREATE TABLE [SubSNPSeqPos] (
 609         [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 610         [contig_acc] [varchar] (20) NOT NULL ,
 611         [contig_pos] [int] NOT NULL ,
 612         [chr] [varchar] (2) NULL ,
 613         [upstream_len] [int] NOT NULL ,
 614         [downstream_len] [int] NOT NULL ,
 615         [last_update_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 616         [mrna_acc] [varchar] (24) NULL
 617 )
 618 GO
 619
 620
 621 CREATE TABLE [SubSNP_top_or_bot] (
 622         [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 623         [top_or_bot] [char] (1) NULL ,
 624         [step] [tinyint] NULL ,
 625         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 626 )
 627 GO
 628
 629
 630 CREATE TABLE [SubmittedIndividual] (
 631         [submitted_ind_id] [int] NOT NULL ,
 632         [pop_id] [int] NOT NULL ,
 633         [loc_ind_id_upp] [varchar] (64) NOT NULL ,
 634         [ind_id] [int] NULL ,
 635         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 636         [last_updated_time] [smalldatetime] NULL ,
 637         [tax_id] [int] NOT NULL ,
 638         [loc_ind_alias] [varchar] (64) NULL ,
 639         [loc_ind_id] [varchar] (64) NULL ,
 640         [loc_ind_grp] [varchar] (64) NULL ,
 641         [ploidy] [tinyint] NULL
 642 )
 643 GO
 644
 645
 646 CREATE TABLE [Synonym] (
 647         [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 648         [type] [varchar] (64) NOT NULL ,
 649         [name] [varchar] (64) NULL
 650 )
 651 GO
 652
 653
 654 CREATE TABLE [b132_ContigInfo_37_1] (
 655         [ctg_id] [int] NOT NULL ,
 656         [tax_id] [int] NOT NULL ,
 657         [contig_acc] [varchar] (32) NOT NULL ,
 658         [contig_ver] [tinyint] NULL ,
 659         [contig_name] [varchar] (32) NOT NULL ,
 660         [contig_chr] [varchar] (32) NULL ,
 661         [contig_start] [int] NULL ,
 662         [contig_end] [int] NULL ,
 663         [orient] [tinyint] NULL ,
 664         [contig_gi] [int] NULL ,
 665         [group_term] [varchar] (32) NULL ,
 666         [group_label] [varchar] (32) NULL ,
 667         [contig_label] [varchar] (32) NULL ,
 668         [build_id] [int] NULL ,
 669         [build_ver] [int] NULL ,
 670         [last_updated_time] [datetime] NOT NULL ,
 671         [placement_status] [tinyint] NOT NULL
 672 )
 673 GO
 674
 675
 676 CREATE TABLE [b132_GenomeAssemblyInfo_37_1] (
 677         [assembly] [varchar] (32) NOT NULL ,
 678         [assembly_type] [varchar] (8) NOT NULL ,
 679         [rep_order] [tinyint] NULL ,
 680         [comment] [varchar] (255) NULL ,
 681         [upd_time] [smalldatetime] NULL
 682 )
 683 GO
 684
 685
 686 CREATE TABLE [b132_MapLinkInfo_37_1] (
 687         [gi] [int] NULL ,
 688         [accession] [varchar] (127) NULL ,
 689         [accession_ver] [int] NULL
 690 )
 691 GO
 692
 693
 694 CREATE TABLE [b132_MapLink_37_1] (
 695         [snp_type] [char] (2) NOT NULL ,
 696         [snp_id] [int] NULL ,
 697         [gi] [int] NOT NULL ,
 698         [accession_how_cd] [int] NULL ,
 699         [offset] [int] NULL ,
 700         [asn_to] [int] NULL ,
 701         [lf_ngbr] [int] NULL ,
 702         [rf_ngbr] [int] NULL ,
 703         [lc_ngbr] [int] NULL ,
 704         [rc_ngbr] [int] NULL ,
 705         [loc_type] [tinyint] NULL ,
 706         [build_id] [int] NULL ,
 707         [process_time] [datetime] NULL ,
 708         [process_status] [int] NULL ,
 709         [orientation] [int] NULL ,
 710         [allele] [varchar] (1024) NULL ,
 711         [aln_quality] [float] NULL ,
 712         [num_mism] [int] NULL ,
 713         [num_ins] [int] NULL ,
 714         [num_del] [int] NULL ,
 715         [tier] [int] NULL ,
 716         [ctg_gi] [int] NULL ,
 717         [ctg_from] [int] NULL ,
 718         [ctg_to] [int] NULL ,
 719         [ctg_orient] [tinyint] NULL ,
 720         [source] [varchar] (5) NOT NULL
 721 )
 722 GO
 723
 724
 725 CREATE TABLE [b132_ProteinInfo_37_1] (
 726         [prot_gi] [int] NULL ,
 727         [prot_acc] [varchar] (128) NULL ,
 728         [prot_ver] [int] NULL
 729 )
 730 GO
 731
 732
 733 CREATE TABLE [b132_SNPChrPosOnRef_37_1] (
 734         [snp_id] [int] NULL ,
 735         [chr] [varchar] (32) NULL ,
 736         [pos] [int] NULL ,
 737         [orien] [int] NULL ,
 738         [neighbor_snp_list] [int] NULL ,
 739         [isPAR] [varchar] (1) NOT NULL
 740 )
 741 GO
 742
 743
 744 CREATE TABLE [b132_SNPContigLoc_37_1] (
 745         [snp_type] [char] (2) NOT NULL ,
 746         [snp_id] [int] NOT NULL ,
 747         [ctg_id] [int] NOT NULL ,
 748         [asn_from] [int] NOT NULL ,
 749         [asn_to] [int] NOT NULL ,
 750         [lf_ngbr] [int] NULL ,
 751         [rf_ngbr] [int] NULL ,
 752         [lc_ngbr] [int] NOT NULL ,
 753         [rc_ngbr] [int] NOT NULL ,
 754         [loc_type] [tinyint] NOT NULL ,
 755         [phys_pos_from] [int] NULL ,
 756         [snp_bld_id] [int] NOT NULL ,
 757         [last_updated_time] [datetime] NOT NULL ,
 758         [process_status] [int] NOT NULL ,
 759         [orientation] [tinyint] NULL ,
 760         [allele] [varchar] (1024) NULL ,
 761         [loc_sts_uid] [int] NULL ,
 762         [aln_quality] [float] NULL ,
 763         [num_mism] [int] NULL ,
 764         [num_del] [int] NULL ,
 765         [num_ins] [int] NULL ,
 766         [tier] [tinyint] NULL
 767 )
 768 GO
 769
 770
 771 CREATE TABLE [b132_SNPContigLocusId_37_1] (
 772         [snp_id] [int] NULL ,
 773         [contig_acc] [varchar] (32) NULL ,
 774         [contig_ver] [tinyint] NULL ,
 775         [asn_from] [int] NULL ,
 776         [asn_to] [int] NULL ,
 777         [locus_id] [int] NULL ,
 778         [locus_symbol] [varchar] (128) NULL ,
 779         [mrna_acc] [varchar] (128) NULL ,
 780         [mrna_ver] [int] NULL ,
 781         [protein_acc] [varchar] (128) NULL ,
 782         [protein_ver] [int] NULL ,
 783         [fxn_class] [int] NULL ,
 784         [reading_frame] [int] NULL ,
 785         [allele] [varchar] (256) NULL ,
 786         [residue] [varchar] (1024) NULL ,
 787         [aa_position] [int] NULL ,
 788         [build_id] [varchar] (4) NOT NULL ,
 789         [ctg_id] [int] NULL ,
 790         [mrna_start] [int] NULL ,
 791         [mrna_stop] [int] NULL ,
 792         [codon] [varchar] (1024) NULL ,
 793         [protRes] [char] (3) NULL ,
 794         [contig_gi] [int] NULL ,
 795         [mrna_gi] [int] NULL ,
 796         [mrna_orien] [tinyint] NULL ,
 797         [cp_mrna_ver] [int] NULL ,
 798         [cp_mrna_gi] [int] NULL ,
 799         [verComp] [varchar] (7) NOT NULL
 800 )
 801 GO
 802
 803
 804 CREATE TABLE [b132_SNPMapInfo_37_1] (
 805         [snp_type] [char] (2) NOT NULL ,
 806         [snp_id] [int] NOT NULL ,
 807         [chr_cnt] [int] NOT NULL ,
 808         [contig_cnt] [int] NOT NULL ,
 809         [loc_cnt] [int] NOT NULL ,
 810         [weight] [int] NOT NULL ,
 811         [hap_cnt] [int] NOT NULL ,
 812         [placed_cnt] [int] NOT NULL ,
 813         [grouped_cnt] [int] NOT NULL ,
 814         [unplaced_cnt] [int] NOT NULL ,
 815         [md5] [char] (32) NULL ,
 816         [assembly] [varchar] (32) NULL
 817 )
 818 GO
 819
 820
 821 CREATE TABLE [dn_IND_batchCount] (
 822         [batch_id] [int] NOT NULL ,
 823         [pop_id] [int] NOT NULL ,
 824         [ss_cnt] [int] NOT NULL ,
 825         [rs_cnt] [int] NOT NULL ,
 826         [ind_cnt] [int] NOT NULL ,
 827         [create_time] [datetime] NOT NULL
 828 )
 829 GO
 830
 831
 832 CREATE TABLE [dn_IND_batch_pop] (
 833         [batch_id] [smallint] NOT NULL ,
 834         [pop_id] [int] NOT NULL ,
 835         [update_time] [datetime] NOT NULL
 836 )
 837 GO
 838
 839
 840 CREATE TABLE [dn_PopulationIndGrp] (
 841         [pop_id] [int] NOT NULL ,
 842         [ind_grp_name] [varchar] (32) NOT NULL ,
 843         [ind_grp_code] [tinyint] NOT NULL
 844 )
 845 GO
 846
 847
 848 CREATE TABLE [dn_batchCount] (
 849         [batch_id] [int] NOT NULL ,
 850         [ss_cnt] [int] NOT NULL ,
 851         [rs_cnt] [int] NOT NULL ,
 852         [rs_validated_cnt] [int] NOT NULL ,
 853         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 854         [pop_cnt] [int] NULL ,
 855         [ind_cnt] [int] NULL
 856 )
 857 GO
 858
 859
 860 CREATE TABLE [dn_handleCount] (
 861         [handle] [varchar] (20) NOT NULL ,
 862         [batch_type] [char] (3) NOT NULL ,
 863         [ss_cnt] [int] NOT NULL ,
 864         [rs_cnt] [int] NULL ,
 865         [rs_validated_cnt] [int] NULL ,
 866         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
 867 )
 868 GO
 869
 870
 871 CREATE TABLE [dn_snpFxnCnt] (
 872         [build_id] [int] NOT NULL ,
 873         [fxn_class] [tinyint] NULL ,
 874         [snp_cnt] [int] NOT NULL ,
 875         [gene_cnt] [int] NOT NULL ,
 876         [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 877         [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 878         [tax_id] [int] NOT NULL
 879 )
 880 GO
 881
 882
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 894 GO
 895
 896