schema/human_9606_schema/human_9606_constraint_postgresql.sql

   1 ALTER TABLE AlleleFreqBySsPop ADD
   2         CONSTRAINT pk_AlleleFreqBySsPop_b129 PRIMARY KEY
   3         (
   4                 subsnp_id,
   5                 pop_id,
   6                 allele_id
   7         )
   8 ;
   9
  10 ALTER TABLE Batch ADD
  11         CONSTRAINT pk_Batch PRIMARY KEY
  12         (
  13                 batch_id
  14         ), ADD
  15         CONSTRAINT ck_batch_type CHECK (batch_type='ANC' OR (batch_type='MNT' OR (batch_type='VAL' OR (batch_type='POP' OR (batch_type='IND' OR (batch_type='SNP' OR batch_type='NOV'))))))
  16 ;
  17
  18 ALTER TABLE BatchCita ADD
  19         CONSTRAINT pk_BatchCita PRIMARY KEY
  20         (
  21                 batch_id,
  22                 position
  23         )
  24 ;
  25
  26 ALTER TABLE BatchCommLine ADD
  27         CONSTRAINT pk_BatchCommLine PRIMARY KEY
  28         (
  29                 batch_id,
  30                 line_num
  31         )
  32 ;
  33
  34 ALTER TABLE BatchCultivar ADD
  35         CONSTRAINT pk_BatchCultivar PRIMARY KEY
  36         (
  37                 batch_id,
  38                 line_num
  39         )
  40 ;
  41
  42 ALTER TABLE BatchMeExLine ADD
  43         CONSTRAINT pk_BatchMeExLine PRIMARY KEY
  44         (
  45                 batch_id,
  46                 line_num
  47         )
  48 ;
  49
  50 ALTER TABLE BatchStrain ADD
  51         CONSTRAINT pk_BatchStrain PRIMARY KEY
  52         (
  53                 batch_id,
  54                 line_num
  55         )
  56 ;
  57
  58 ALTER TABLE BatchValCode ADD
  59         CONSTRAINT pk_BatchValCode PRIMARY KEY
  60         (
  61                 batch_id
  62         )
  63 ;
  64
  65 ALTER TABLE Contact ADD
  66         CONSTRAINT pk_Contact PRIMARY KEY
  67         (
  68                 batch_id,
  69                 handle
  70         )
  71 ;
  72
  73 ALTER TABLE FreqSummaryBySsPop ADD
  74         CONSTRAINT pk_FreqSummaryBySsPop PRIMARY KEY
  75         (
  76                 subsnp_id,
  77                 pop_id
  78         )
  79 ;
  80
  81 ALTER TABLE GeneIdToName ADD
  82         CONSTRAINT pk_GeneIdToName PRIMARY KEY
  83         (
  84                 gene_id
  85         )
  86 ;
  87
  88 ALTER TABLE GtyFreqBySsPop ADD
  89         CONSTRAINT pk_GtyFreqBySsPop_b129 PRIMARY KEY
  90         (
  91                 subsnp_id,
  92                 pop_id,
  93                 unigty_id
  94         )
  95 ;
  96
  97 ALTER TABLE IndGrpCode ADD
  98         CONSTRAINT pk_IndGrpCode PRIMARY KEY
  99         (
 100                 code
 101         )
 102 ;
 103
 104 ALTER TABLE IndivBySource ADD
 105         CONSTRAINT pk_IndivBySource PRIMARY KEY
 106         (
 107                 src_id,
 108                 src_ind_id
 109         )
 110 ;
 111
 112
 113 ALTER TABLE Individual ADD
 114         CONSTRAINT pk_Individual PRIMARY KEY
 115         (
 116                 ind_id
 117         )
 118 ;
 119
 120
 121 ALTER TABLE Pedigree ADD
 122         CONSTRAINT p_ped_id PRIMARY KEY
 123         (
 124                 ped_id
 125         )
 126 ;
 127
 128 ALTER TABLE PedigreeIndividual ADD
 129         CONSTRAINT pk_PedigreeIndividual PRIMARY KEY
 130         (
 131                 ped_id,
 132                 ind_id
 133         )
 134 ;
 135
 136 ALTER TABLE PopLine ADD
 137         CONSTRAINT pk_PopLine PRIMARY KEY
 138         (
 139                 pop_id,
 140                 line_num
 141         )
 142 ;
 143
 144 ALTER TABLE PopMandLine ADD
 145         CONSTRAINT pk_PopMandLine PRIMARY KEY
 146         (
 147                 pop_id,
 148                 line_num
 149         )
 150 ;
 151
 152 ALTER TABLE Population ADD
 153         CONSTRAINT pk_Population_pop_id PRIMARY KEY
 154         (
 155                 pop_id
 156         )
 157 ;
 158
 159
 160
 161
 162 ALTER TABLE SNPAlleleFreq ADD
 163         CONSTRAINT pk_SNPAlleleFreq PRIMARY KEY
 164         (
 165                 snp_id,
 166                 allele_id
 167         )
 168 ;
 169
 170 ALTER TABLE SNPAncestralAllele ADD
 171 --      CONSTRAINT DF__SNPAncest__batch__664F5149 DEFAULT ((0)) FOR batch_id,
 172         CONSTRAINT pk_SNPAncestralAllele PRIMARY KEY
 173         (
 174                 snp_id,
 175                 batch_id
 176         )
 177 ;
 178
 179 ALTER TABLE SNPGtyFreq ADD
 180         CONSTRAINT pk_SNPGtyFreq PRIMARY KEY
 181         (
 182                 snp_id,
 183                 unigty_id
 184         )
 185 ;
 186
 187 ALTER TABLE SNPHWProb ADD
 188         CONSTRAINT pk_SNPHWProb PRIMARY KEY
 189         (
 190                 snp_id
 191         )
 192 ;
 193
 194 ALTER TABLE SNPHistory ADD
 195         CONSTRAINT pk_SNPHistory PRIMARY KEY
 196         (
 197                 snp_id
 198         )
 199 ;
 200
 201 ALTER TABLE SNPPubmed ADD
 202         CONSTRAINT pk_SNPPubmed PRIMARY KEY
 203         (
 204                 snp_id,
 205                 subsnp_id,
 206                 pubmed_id,
 207                 type
 208         )
 209 ;
 210
 211
 212
 213 ALTER TABLE SNPVal ADD
 214         CONSTRAINT pk_SNPVal PRIMARY KEY
 215         (
 216                 batch_id,
 217                 snp_id
 218         )
 219 ;
 220
 221
 222 ALTER TABLE SNP_bitfield ADD
 223         CONSTRAINT pk_SNP_bitfield PRIMARY KEY
 224         (
 225                 snp_id
 226         )
 227 ;
 228
 229 ALTER TABLE SubPop ADD
 230 --      CONSTRAINT DF__SubPopB10__last___19AB9A98 DEFAULT (getdate()) FOR last_updated_time,
 231          PRIMARY KEY
 232         (
 233                 batch_id,
 234                 subsnp_id,
 235                 pop_id,
 236                 type
 237         ), ADD
 238         CONSTRAINT fk_SubPop_batch_id FOREIGN KEY
 239         (
 240                 batch_id
 241         ) REFERENCES Batch (
 242                 batch_id
 243         ), ADD
 244         CONSTRAINT fk_SubPop_pop FOREIGN KEY
 245         (
 246                 pop_id
 247         ) REFERENCES Population (
 248                 pop_id
 249         ), ADD
 250          CHECK (type = 'GTY' or (type = 'HET' or type = 'ALE'))
 251 ;
 252
 253 ALTER TABLE SubPopAllele ADD
 254         CONSTRAINT fk_SubPopAllele_bid_ss_pop_type FOREIGN KEY
 255         (
 256                 batch_id,
 257                 subsnp_id,
 258                 pop_id,
 259                 type
 260         ) REFERENCES SubPop (
 261                 batch_id,
 262                 subsnp_id,
 263                 pop_id,
 264                 type
 265         ) ON DELETE CASCADE
 266 ;
 267
 268 ALTER TABLE SubPopGty ADD
 269         CONSTRAINT pk_SubPopGty PRIMARY KEY
 270         (
 271                 subpop_id,
 272                 gty_id
 273         )
 274 ;
 275
 276 ALTER TABLE SubSNP ADD
 277         CONSTRAINT pk_SubSNP PRIMARY KEY
 278         (
 279                 subsnp_id
 280         )
 281 ;
 282
 283 ALTER TABLE SubSNPAcc_ins ADD
 284         CONSTRAINT pk_SubSNPAcc PRIMARY KEY
 285         (
 286                 subsnp_id,
 287                 acc_part,
 288                 acc_type_ind
 289         ), ADD
 290         CONSTRAINT ck_SubSNPAcc_ins CHECK (subsnp_id>=(30000001) AND subsnp_id<=(300000000))
 291 ;
 292
 293 ALTER TABLE SubSNPCommLine_ins ADD
 294         CONSTRAINT pk_SubSNPCommLine PRIMARY KEY
 295         (
 296                 subsnp_id,
 297                 line_num
 298         ), ADD
 299         CONSTRAINT ck_SubSNPCommLine_ins CHECK (subsnp_id>=(30000001) AND subsnp_id<=(300000000))
 300 ;
 301
 302 ALTER TABLE SubSNPHGVS ADD
 303         CONSTRAINT pk_SubSNPHGVS PRIMARY KEY
 304         (
 305                 subsnp_id
 306         )
 307 ;
 308
 309 ALTER TABLE SubSNPLinkout ADD
 310 --      CONSTRAINT DF__SubSNPLin__link___660506BC DEFAULT ('NA') FOR link_type,
 311         CONSTRAINT pk_SubSNPLinkout PRIMARY KEY
 312         (
 313                 subsnp_id,
 314                 link_type
 315         ), ADD
 316         CONSTRAINT ck_SubSNPLinkout_link_type CHECK (link_type='NA' OR link_type='OTH' OR link_type='SRC')
 317 ;
 318
 319 ALTER TABLE SubSNPMdFailLn ADD
 320         CONSTRAINT pk_SubSNPMdFailLn PRIMARY KEY
 321         (
 322                 subsnp_id,
 323                 line_num
 324         )
 325 ;
 326
 327 ALTER TABLE SubSNPNoVariSeq ADD
 328         CONSTRAINT pk_SubSNPNoVariSeq PRIMARY KEY
 329         (
 330                 subsnp_id,
 331                 line_num
 332         )
 333 ;
 334
 335 ALTER TABLE SubSNPOmim ADD
 336         CONSTRAINT pk_SubSNPOmim PRIMARY KEY
 337         (
 338                 subsnp_id
 339         )
 340 ;
 341
 342 ALTER TABLE SubSNPPubmed ADD
 343         CONSTRAINT pk_SubSNPPubmed PRIMARY KEY
 344         (
 345                 subsnp_id,
 346                 line_num
 347         )
 348 ;
 349
 350 ALTER TABLE SubSNPSeq3_ins ADD
 351         CONSTRAINT pk_SubSNPSeq3 PRIMARY KEY
 352         (
 353                 subsnp_id,
 354                 type,
 355                 line_num
 356         ), ADD
 357         CONSTRAINT ck_SubSNPSeq3_ins CHECK (subsnp_id>=(30000001) AND subsnp_id<=(300000000))
 358 ;
 359
 360 ALTER TABLE SubSNPSeq5_ins ADD
 361         CONSTRAINT pk_SubSNPSeq5 PRIMARY KEY
 362         (
 363                 subsnp_id,
 364                 type,
 365                 line_num
 366         ), ADD
 367         CONSTRAINT ck_SubSNPSeq5_ins CHECK (subsnp_id>=(30000001) AND subsnp_id<=(300000000))
 368 ;
 369
 370 ALTER TABLE SubSNPSeqPos ADD
 371         CONSTRAINT pk_SubSNPSeqPos PRIMARY KEY
 372         (
 373                 subsnp_id
 374 x       )
 375 ;
 376
 377 ALTER TABLE SubSNP_top_or_bot ADD
 378         CONSTRAINT PK__t_ss_top_or_bot__0D5DFFA8 PRIMARY KEY
 379         (
 380                 subsnp_id
 381         )
 382 ;
 383
 384 ALTER TABLE SubmittedIndividual ADD
 385 --      CONSTRAINT DF__Submitted__ploid__41661CE5 DEFAULT (2) FOR ploidy,
 386         CONSTRAINT pk_SubmittedIndividual PRIMARY KEY
 387         (
 388                 pop_id,
 389                 loc_ind_id_upp
 390         )
 391 ;
 392
 393 ALTER TABLE Synonym ADD
 394         CONSTRAINT pk_Synonym PRIMARY KEY
 395         (
 396                 subsnp_id,
 397                 type
 398         )
 399 ;
 400
 401 ALTER TABLE b132_ContigInfo_37_1 ADD
 402         CONSTRAINT pk_b132_ContigInfo PRIMARY KEY
 403         (
 404                 ctg_id
 405         )
 406 ;
 407
 408
 409
 410
 411
 412
 413 ALTER TABLE b132_SNPContigLoc_37_1 ADD
 414         CONSTRAINT ck_snp_type CHECK (snp_type='rs')
 415 ;
 416
 417 ALTER TABLE b132_SNPContigLocusId_37_1 ADD
 418         CONSTRAINT ck_fxn CHECK (fxn_class=(75) OR fxn_class=(73) OR fxn_class=(55) OR fxn_class=(53) OR fxn_class=(45) OR fxn_class=(44) OR fxn_class=(43) OR fxn_class=(42) OR fxn_class=(41) OR fxn_class=(15) OR fxn_class=(13) OR fxn_class=(8) OR fxn_class=(6) OR fxn_class=(3))
 419 ;
 420
 421 ALTER TABLE b132_SNPMapInfo_37_1 ADD
 422         CONSTRAINT ck_SNPMapInfo_snp_type CHECK (snp_type='rs')
 423 ;
 424
 425 ALTER TABLE dn_IND_batchCount ADD
 426         CONSTRAINT pk_dn_IND_batchCount PRIMARY KEY
 427         (
 428                 batch_id,
 429                 pop_id
 430         )
 431 ;
 432
 433
 434 ALTER TABLE dn_PopulationIndGrp ADD
 435         CONSTRAINT pk_dn_PopulationIndGrp PRIMARY KEY
 436         (
 437                 pop_id
 438         )
 439 ;
 440
 441 ALTER TABLE dn_batchCount ADD
 442         CONSTRAINT pk_dn_batchCount PRIMARY KEY
 443         (
 444                 batch_id
 445         )
 446 ;
 447
 448 ALTER TABLE dn_handleCount ADD
 449         CONSTRAINT pk_dn_handleCount PRIMARY KEY
 450         (
 451                 handle,
 452                 batch_type
 453         )
 454 ;
 455
 456
 457