schema/extra_schema/association_results.sql

   1 DROP VIEW ga_snp;
   2 DROP TABLE ga_study_snp CASCADE;
   3 DROP TABLE ga_study_subpart CASCADE;
   4 DROP TABLE ga_study CASCADE;
   5
   6
   7 CREATE TABLE ga_study (
   8        ga_id       int NOT NULL PRIMARY KEY,
   9        short_name  TEXT NOT NULL,
  10        full_name   TEXT NOT NULL,
  11        description TEXT NOT NULL DEFAULT '',
  12        date        TIMESTAMP WITH TIME ZONE NOT NULL DEFAULT NOW()
  13 );
  14
  15 CREATE UNIQUE INDEX ON ga_study(short_name);
  16
  17 CREATE TABLE ga_study_subpart (
  18        ga_subpart_id INT NOT NULL PRIMARY KEY,
  19        ga_id INT NOT NULL REFERENCES ga_study,
  20        short_name TEXT NOT NULL,
  21        full_name TEXT NOT NULL,
  22        description TEXT NOT NULL DEFAULT ''
  23 );
  24
  25 CREATE UNIQUE INDEX ON ga_study_subpart(ga_id,short_name);
  26 CREATE INDEX ON ga_study_subpart(ga_id);
  27
  28 CREATE TABLE ga_study_snp (
  29        snp_id int NOT NULL,
  30        ga_subpart_id INT NOT NULL REFERENCES ga_study_subpart,
  31        pvalue double precision,
  32        qvalue double precision,
  33        fdr double precision,
  34        significant BOOLEAN DEFAULT FALSE
  35 );
  36
  37 CREATE UNIQUE INDEX ON ga_study_snp(snp_id,ga_subpart_id);
  38 CREATE INDEX ON ga_study_snp(snp_id);
  39 CREATE INDEX ON ga_study_snp(fdr);
  40 CREATE INDEX ON ga_study_snp(qvalue);
  41 CREATE INDEX ON ga_study_snp(pvalue);
  42
  43
  44 CREATE OR REPLACE VIEW ga_snp AS
  45        SELECT gss.snp_id AS snp_id,
  46               gs.short_name AS study_name,
  47               gssp.short_name AS subpart_name,
  48               gss.pvalue AS pvalue,
  49               gss.qvalue AS qvalue,
  50               gss.fdr AS fdr,
  51               gss.significant AS significant
  52               FROM ga_study_snp gss
  53          JOIN ga_study_subpart gssp ON gss.ga_subpart_id = gssp.ga_subpart_id
  54          JOIN ga_study gs ON gssp.ga_id=gs.ga_id;