trunk/exec/update_cache

   1 #!/usr/bin/r -t
   2
   3 # Note: everything in the case needs to be system-independent!
   4 library(cran2deb)
   5 library(ctv)
   6
   7 #argv <- commandArgs()
   8 #argv <- argv[-(1:match("--args", argv))]
   9
  10 #mirror <- 'http://cran.uk.r-project.org/'
  11
  12 available <- NULL
  13 ctv.available <- NULL
  14
  15 mirrors <- NULL
  16 mirrors <- c(mirrors,CRAN='http://cran.r-project.org')
  17 #mirrors <- c(mirrors,BioC='http://www.bioconductor.org/packages/2.7')
  18
  19 verbose<-TRUE
  20
  21 for (mirror.name in names(mirrors)) {
  22         mirror.url<-mirrors[mirror.name]
  23         message(paste("Updating list of available R packages from ",mirror.name," [",mirror.url,"].\n",sep=""))
  24         packages.retrieved <- NULL
  25         if ("CRAN" == mirror.name) {
  26                 packages.retrieved <- available.packages(contrib.url(mirror.url))
  27         } else if ("BioC" == mirror.name) {
  28                 for (s in c('bioc')) {
  29                         packages.retrieved <- rbind(packages.retrieved,contrib.url(available.packages(paste(mirror.url,s,sep="/"))))
  30                 }
  31         } else {
  32                 packages.retrieved <- available.packages(mirror.url)
  33         }
  34         if (verbose) message(paste("Retrieved ",nrow(packages.retrieved)," package descriptions.\n",sep=""))
  35         available <- rbind(available, packages.retrieved)
  36         message('updating list of available R task views...')
  37         ctv.available <- rbind(ctv.available,available.views(repo=mirror.url))
  38 }
  39
  40 #available <- rbind(available,available.packages(contrib.url('http://www.bioconductor.org/')))
  41
  42 dupes <- duplicated(rownames(available), fromLast=T)
  43 if (sum(dupes)>0) {
  44         if (verbose) cat("Found ",sum(dupes)," packages with the same name in different distributions. Those are now removed.\n",sep="")
  45         available <- available[!dupes,,drop=F]
  46 } else {
  47         if (length(mirrors)>1) cat("All packages have different names.")
  48 }
  49
  50 # TODO: Check if not better a dedicated tool should be called for this
  51 message('updating list of base R packages...')
  52 base_pkgs <- readLines(pipe(paste('sudo pbuilder --execute --override-config --configfile'
  53                                  ,shQuote(pbuilder_config),'-- /usr/bin/R --vanilla 2>&1 >/dev/null <'
  54                                  ,shQuote(file.path(root,'exec/get_base_pkgs'))
  55                                  ,'| grep -v ^W:')))
  56
  57 if (any(grep("^E:",base_pkgs,value=FALSE))) {
  58         cat("Cannot continue, the following error occurred:\n")
  59         cat(paste(grep("^E:",base_pkgs,value=TRUE),collapse="\n"))
  60         cat("\n")
  61         q(save="no")
  62 }
  63
  64
  65 if (verbose) {
  66         cat("The following base packages were determined:\n")
  67         print(base_pkgs)
  68 }
  69
  70 message('updating list of existing Debian packages...')
  71 debian_pkgs <- readLines(pipe('apt-cache rdepends r-base-core | sed -e "/^  r-cran/{s/^[[:space:]]*r/r/;p}" -e d | sort -u'))
  72
  73 if (any(grep("^E:",debian_pkgs,value=FALSE))) {
  74         cat("Cannot continue, the following error occurred:\n")
  75         cat(paste(grep("^E:",debian_pkgs,value=TRUE),collapse="\n"))
  76         cat("\n")
  77         q(save="no")
  78 }
  79
  80 if (verbose) {
  81         cat("The following packages were found to be available:\n")
  82         print(debian_pkgs)
  83 }
  84
  85 save(debian_pkgs, base_pkgs, available, ctv.available, file=file.path(cache_root,'cache.rda'),eval.promises=T)
  86
  87 message('synchronising database...')
  88 db_update_package_versions()