trunk/exec/update_cache

   1 #!/usr/bin/r -t
   2 # Note: everything in the case needs to be system-independent!
   3 library(cran2deb)
   4 library(ctv)
   5
   6 #argv <- commandArgs()
   7 #argv <- argv[-(1:match("--args", argv))]
   8
   9 #mirror <- 'http://cran.uk.r-project.org/'
  10 mirror <- 'http://cran.r-project.org/'
  11
  12 message('updating list of available R packages...')
  13 available <- available.packages(contrib.url(mirror))
  14
  15 #available <- rbind(available,available.packages(contrib.url('http://www.bioconductor.org/')))
  16 #dupes <- duplicated(rownames(available), fromLast=T)
  17 #available <- available[!dupes,]
  18
  19 message('updating list of available R task views...')
  20 ctv.available <- available.views(repo=mirror)
  21
  22 #message('updating list of base R packages...')
  23 #base_pkgs <- readLines(pipe(paste('sudo pbuilder --execute --override-config --configfile'
  24 #                                 ,shQuote(pbuilder_config),'-- /usr/bin/R --vanilla 2>&1 >/dev/null <'
  25 #                                 ,shQuote(file.path(root,'exec/get_base_pkgs'))
  26 #                                 ,'| grep -v ^W:')))
  27 base_pkgs <- ''
  28
  29 message('updating list of existing Debian packages...')
  30 debian_pkgs <- readLines(pipe('apt-cache rdepends r-base-core | sed -e "/^  r-cran/{s/^[[:space:]]*r/r/;p}" -e d | sort -u'))
  31
  32 save(debian_pkgs, base_pkgs, available, ctv.available, file=file.path(cache_root,'cache.rda'),eval.promises=T)
  33
  34 message('synchronising database...')
  35 db_update_package_versions()