trunk/R/db.R

   1
   2 db_start <- function() {
   3     drv <- dbDriver('SQLite')
   4     con <- dbConnect(drv, dbname=file.path(cache_root,'cran2deb.db'))
   5     if (!dbExistsTable(con,'sysreq_override')) {
   6         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE sysreq_override ('
   7                   ,' depend_alias TEXT NOT NULL'
   8                   ,',r_pattern TEXT PRIMARY KEY NOT NULL'
   9                   ,')'))
  10     }
  11     if (!dbExistsTable(con,'debian_dependency')) {
  12         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE debian_dependency ('
  13                   ,' id INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT NOT NULL'
  14                   ,',alias TEXT NOT NULL'
  15                   ,',build INTEGER NOT NULL'
  16                   ,',debian_pkg TEXT NOT NULL'
  17                   ,',UNIQUE (alias,build,debian_pkg)'
  18                   ,')'))
  19     }
  20     if (!dbExistsTable(con,'forced_depends')) {
  21         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE forced_depends ('
  22                   ,' r_name TEXT NOT NULL'
  23                   ,',depend_alias TEXT NOT NULL'
  24                   ,',PRIMARY KEY (r_name,depend_alias)'
  25                   ,')'))
  26     }
  27     if (!dbExistsTable(con,'license_override')) {
  28         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE license_override ('
  29                   ,' name TEXT PRIMARY KEY NOT NULL'
  30                   ,',accept INT NOT NULL'
  31                   ,')'))
  32     }
  33     if (!dbExistsTable(con,'license_hashes')) {
  34         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE license_hashes ('
  35                   ,' name TEXT NOT NULL'
  36                   ,',sha1 TEXT PRIMARY KEY NOT NULL'
  37                   ,')'))
  38     }
  39     if (!dbExistsTable(con,'database_versions')) {
  40         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE database_versions ('
  41                   ,' version INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT NOT NULL'
  42                   ,',version_date INTEGER NOT NULL'
  43                   ,',base_epoch INTEGER NOT NULL'
  44                   ,')'))
  45         db_add_version(con,1,0)
  46     }
  47     if (!dbExistsTable(con,'packages')) {
  48         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE packages ('
  49                   ,' package TEXT PRIMARY KEY NOT NULL'
  50                   ,',latest_r_version TEXT'
  51                   ,')'))
  52     }
  53     if (!dbExistsTable(con,'builds')) {
  54         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE builds ('
  55                   ,' id INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT NOT NULL'
  56                   ,',system TEXT NOT NULL'
  57                   ,',package TEXT NOT NULL'
  58                   ,',r_version TEXT NOT NULL'
  59                   ,',deb_epoch INTEGER NOT NULL'
  60                   ,',deb_revision INTEGER NOT NULL'
  61                   ,',db_version INTEGER NOT NULL'
  62                   ,',date_stamp TEXT NOT NULL'
  63                   ,',time_stamp TEXT NOT NULL'
  64                   ,',scm_revision TEXT NOT NULL'
  65                   ,',success INTEGER NOT NULL'
  66                   ,',log TEXT'
  67                   ,',UNIQUE(package,system,r_version,deb_epoch,deb_revision,db_version)'
  68                   ,')'))
  69     }
  70     if (!dbExistsTable(con,'blacklist_packages')) {
  71         dbGetQuery(con,paste('CREATE TABLE blacklist_packages ('
  72                   ,' package TEXT PRIMARY KEY NOT NULL '
  73                   ,',nonfree INTEGER NOT NULL DEFAULT 0'
  74                   ,',obsolete INTEGER NOT NULL DEFAULT 0'
  75                   ,',broken_dependency INTEGER NOT NULL DEFAULT 0'
  76                   ,',unsatisfied_dependency INTEGER NOT NULL DEFAULT 0'
  77                   ,',breaks_cran2deb INTEGER NOT NULL DEFAULT 0'
  78                   ,',explanation TEXT NOT NULL '
  79                   ,')'))
  80     }
  81     return(con)
  82 }
  83
  84 db_stop <- function(con,bump=F) {
  85     if (bump) {
  86         db_bump(con)
  87     }
  88     dbDisconnect(con)
  89 }
  90
  91 db_quote <- function(text) {
  92     return(paste('\'', gsub('([\'"])','\\1\\1',text),'\'',sep=''))
  93 }
  94
  95 db_now <- function() {
  96     return(as.integer(gsub('-','',Sys.Date())))
  97 }
  98
  99 db_cur_version <- function(con) {
 100     return(as.integer(dbGetQuery(con, 'SELECT max(version) FROM database_versions')[[1]]))
 101 }
 102
 103 db_base_epoch <- function(con) {
 104     return(as.integer(dbGetQuery(con,
 105         paste('SELECT max(base_epoch) FROM database_versions'
 106              ,'WHERE version IN (SELECT max(version) FROM database_versions)'))[[1]]))
 107 }
 108
 109 db_get_base_epoch <- function() {
 110     con <- db_start()
 111     v <- db_base_epoch(con)
 112     db_stop(con)
 113     return(v)
 114 }
 115
 116 db_get_version <- function() {
 117     con <- db_start()
 118     v <- db_cur_version(con)
 119     db_stop(con)
 120     return(v)
 121 }
 122
 123 db_add_version <- function(con, version, epoch) {
 124     dbGetQuery(con,paste('INSERT INTO database_versions (version,version_date,base_epoch)'
 125               ,'VALUES (',as.integer(version),',',db_now(),',',as.integer(epoch),')'))
 126 }
 127
 128 db_bump <- function(con) {
 129     db_add_version(con,db_cur_version(con)+1, db_base_epoch(con))
 130 }
 131
 132 db_bump_epoch <- function(con) {
 133     db_add_version(con,db_cur_version(con)+1, db_base_epoch(con)+1)
 134 }
 135
 136 db_sysreq_override <- function(sysreq_text) {
 137     con <- db_start()
 138     results <- dbGetQuery(con,paste(
 139                     'SELECT DISTINCT depend_alias FROM sysreq_override WHERE'
 140                             ,db_quote(tolower(sysreq_text)),'LIKE r_pattern'))
 141     db_stop(con)
 142     if (length(results) == 0) {
 143         return(NULL)
 144     }
 145     return(results$depend_alias)
 146 }
 147
 148 db_add_sysreq_override <- function(pattern,depend_alias) {
 149     con <- db_start()
 150     results <- dbGetQuery(con,paste(
 151                      'INSERT OR REPLACE INTO sysreq_override'
 152                     ,'(depend_alias, r_pattern) VALUES ('
 153                     ,' ',db_quote(tolower(depend_alias))
 154                     ,',',db_quote(tolower(pattern))
 155                     ,')'))
 156     db_stop(con)
 157 }
 158
 159 db_sysreq_overrides <- function() {
 160     con <- db_start()
 161     overrides <- dbGetQuery(con,paste('SELECT * FROM sysreq_override'))
 162     db_stop(con)
 163     return(overrides)
 164 }
 165
 166 db_get_depends <- function(depend_alias,build=F) {
 167     con <- db_start()
 168     results <- dbGetQuery(con,paste(
 169                     'SELECT DISTINCT debian_pkg FROM debian_dependency WHERE'
 170                     ,db_quote(tolower(depend_alias)),'= alias'
 171                     ,'AND',as.integer(build),'= build'))
 172     db_stop(con)
 173     return(results$debian_pkg)
 174 }
 175
 176 db_add_depends <- function(depend_alias,debian_pkg,build=F) {
 177     con <- db_start()
 178     results <- dbGetQuery(con,paste(
 179                      'INSERT OR REPLACE INTO debian_dependency'
 180                     ,'(alias, build, debian_pkg) VALUES ('
 181                     ,' ',db_quote(tolower(depend_alias))
 182                     ,',',as.integer(build)
 183                     ,',',db_quote(tolower(debian_pkg))
 184                     ,')'))
 185     db_stop(con)
 186 }
 187
 188 db_depends <- function() {
 189     con <- db_start()
 190     depends <- dbGetQuery(con,paste('SELECT * FROM debian_dependency'))
 191     db_stop(con)
 192     return(depends)
 193 }
 194
 195 db_get_forced_depends <- function(r_name) {
 196     con <- db_start()
 197     forced_depends <- dbGetQuery(con,
 198                 paste('SELECT depend_alias FROM forced_depends WHERE'
 199                      ,db_quote(r_name),'= r_name'))
 200     db_stop(con)
 201     return(forced_depends$depend_alias)
 202 }
 203
 204 db_add_forced_depends <- function(r_name, depend_alias) {
 205     if (!length(db_get_depends(depend_alias,build=F)) &&
 206         !length(db_get_depends(depend_alias,build=T))) {
 207         fail('Debian dependency alias',depend_alias,'is not know,'
 208                   ,'yet trying to force a dependency on it?')
 209     }
 210     con <- db_start()
 211     dbGetQuery(con,
 212             paste('INSERT OR REPLACE INTO forced_depends (r_name, depend_alias)'
 213                  ,'VALUES (',db_quote(r_name),',',db_quote(depend_alias),')'))
 214     db_stop(con)
 215 }
 216
 217 db_forced_depends <- function() {
 218     con <- db_start()
 219     depends <- dbGetQuery(con,paste('SELECT * FROM forced_depends'))
 220     db_stop(con)
 221     return(depends)
 222 }
 223
 224 db_license_override_name <- function(name) {
 225     con <- db_start()
 226     results <- dbGetQuery(con,paste(
 227                     'SELECT DISTINCT accept FROM license_override WHERE'
 228                             ,db_quote(tolower(name)),'= name'))
 229     db_stop(con)
 230     if (length(results) == 0) {
 231         return(NULL)
 232     }
 233     return(as.logical(results$accept))
 234 }
 235
 236 db_add_license_override <- function(name,accept) {
 237     notice('adding',name,'accept?',accept)
 238     if (accept != TRUE && accept != FALSE) {
 239         fail('accept must be TRUE or FALSE')
 240     }
 241     con <- db_start()
 242     results <- dbGetQuery(con,paste(
 243                      'INSERT OR REPLACE INTO license_override'
 244                     ,'(name, accept) VALUES ('
 245                     ,' ',db_quote(tolower(name))
 246                     ,',',as.integer(accept)
 247                     ,')'))
 248     db_stop(con)
 249 }
 250
 251 db_license_override_hash <- function(license_sha1) {
 252     con <- db_start()
 253     results <- dbGetQuery(con,paste(
 254                      'SELECT DISTINCT accept FROM license_override'
 255                     ,'INNER JOIN license_hashes'
 256                     ,'ON license_hashes.name = license_override.name WHERE'
 257                     ,db_quote(tolower(license_sha1)),'= license_hashes.sha1'))
 258     db_stop(con)
 259     if (length(results) == 0) {
 260         return(NULL)
 261     }
 262     return(as.logical(results$accept))
 263 }
 264
 265 db_license_overrides <- function() {
 266     con <- db_start()
 267     overrides <- dbGetQuery(con,paste('SELECT * FROM license_override'))
 268     hashes    <- dbGetQuery(con,paste('SELECT * FROM license_hashes'))
 269     db_stop(con)
 270     return(list(overrides=overrides,hashes=hashes))
 271 }
 272
 273 db_add_license_hash <- function(name,license_sha1) {
 274     if (is.null(db_license_override_name(name))) {
 275         fail('license',name,'is not know, yet trying to add a hash for it?')
 276     }
 277     notice('adding hash',license_sha1,'for',name)
 278     con <- db_start()
 279     dbGetQuery(con,paste(
 280          'INSERT OR REPLACE INTO license_hashes'
 281         ,'(name, sha1) VALUES ('
 282         ,' ',db_quote(tolower(name))
 283         ,',',db_quote(tolower(license_sha1))
 284         ,')'))
 285     db_stop(con)
 286 }
 287
 288
 289 db_update_package_versions <- function() {
 290     # seems like the quickest way of doing this:
 291     con <- db_start()
 292     dbGetQuery(con, 'DROP TABLE packages')
 293     db_stop(con)
 294     # db_start re-makes all tables
 295     con <- db_start()
 296     for (package in available[,'Package']) {
 297         dbGetQuery(con, paste('INSERT OR REPLACE INTO packages (package,latest_r_version)'
 298                              ,'VALUES (',db_quote(package)
 299                              ,',',db_quote(available[package,'Version']),')'))
 300     }
 301     dbGetQuery(con,'DELETE FROM builds WHERE builds.package NOT IN (SELECT package FROM packages)')
 302     db_stop(con)
 303 }
 304
 305 db_date_format <- '%Y-%m-%d'
 306 db_time_format <- '%H:%M:%OS %Z'
 307
 308 db_record_build <- function(package, deb_version, log, success=F) {
 309     con <- db_start()
 310     o<-options(digits.secs = 6)
 311     dbGetQuery(con,paste('INSERT OR REPLACE INTO builds'
 312                         ,'(package,system,r_version,deb_epoch,deb_revision,db_version,success,date_stamp,time_stamp,scm_revision,log)'
 313                         ,'VALUES'
 314                         ,'(',db_quote(package)
 315                         ,',',db_quote(which_system)
 316                         ,',',db_quote(version_upstream(deb_version))
 317                         ,',',db_quote(version_epoch(deb_version))
 318                         ,',',db_quote(version_revision(deb_version))
 319                         ,',',db_cur_version(con)
 320                         ,',',as.integer(success)
 321                         ,',',db_quote(format(Sys.time(), db_date_format))
 322                         ,',',db_quote(format(Sys.time(), db_time_format))
 323                         ,',',db_quote(scm_revision)
 324                         ,',',db_quote(paste(log, collapse='\n'))
 325                         ,')'))
 326     options(o)
 327     db_stop(con)
 328 }
 329
 330 db_builds <- function(pkgname) {
 331     # returns all successful builds
 332     con <- db_start()
 333     build <- dbGetQuery(con, paste('SELECT * FROM builds'
 334                        ,'WHERE success = 1'
 335                        ,'AND system =',db_quote(which_system)
 336                        ,'AND package =',db_quote(pkgname)))
 337     db_stop(con)
 338     if (length(build) == 0) {
 339         return(NULL)
 340     }
 341     return(db_cleanup_builds(build))
 342 }
 343
 344 db_cleanup_builds <- function(build) {
 345     build$success <- as.logical(build$success)
 346     #o <-options(digits.secs = 6)
 347     dt <- as.POSIXct(strptime(paste(as.character(build[,"date_stamp"]), as.character(build[,"time_stamp"])),
 348                               paste(db_date_format, db_time_format)))
 349     build$time_stamp <- NULL
 350     build$date_stamp <- NULL
 351     newdf <- data.frame(build, date_stamp=dt)
 352     #print(newdf[, -grep("log", colnames(newdf))])
 353     #options(o)
 354     #print(newdf[, -grep("log", colnames(newdf))])
 355     return(newdf)
 356 }
 357
 358 db_latest_build <- function(pkgname) {
 359     con <- db_start()
 360     build <- dbGetQuery(con, paste('SELECT * FROM builds'
 361                        ,'NATURAL JOIN (SELECT package,max(id) AS max_id FROM builds'
 362                        ,              'WHERE system =',db_quote(which_system)
 363                        ,              'GROUP BY package) AS last'
 364                        ,'WHERE id = max_id'
 365                        ,'AND builds.package =',db_quote(pkgname)))
 366     db_stop(con)
 367     if (length(build) == 0) {
 368         return(NULL)
 369     }
 370     return(db_cleanup_builds(build))
 371 }
 372
 373 db_latest_build_version <- function(pkgname) {
 374     build <- db_latest_build(pkgname)
 375     if (is.null(build)) {
 376         return(NULL)
 377     }
 378     return(version_new(build$r_version, build$deb_revision, build$deb_epoch))
 379 }
 380
 381 db_latest_build_status <- function(pkgname) {
 382     build <- db_latest_build(pkgname)
 383     if (is.null(build)) {
 384         return(NULL)
 385     }
 386     return(list(build$success,build$log))
 387 }
 388
 389 db_outdated_packages <- function() {
 390     con <- db_start()
 391     packages <- dbGetQuery(con,paste('SELECT packages.package FROM packages'
 392                ,'LEFT OUTER JOIN ('
 393                # extract the latest attempt at building each package
 394                ,      'SELECT * FROM builds'
 395                ,      'NATURAL JOIN (SELECT package,max(id) AS max_id FROM builds'
 396                ,                    'WHERE system =',db_quote(which_system)
 397                ,                    'GROUP BY package) AS last'
 398                ,      'WHERE id = max_id) AS build'
 399                ,'ON build.package = packages.package'
 400                # outdated iff:
 401                # - there is no latest build
 402                ,'WHERE build.package IS NULL'
 403                # - the database has changed since last build
 404                ,'OR build.db_version < (SELECT max(version) FROM database_versions)'
 405                # - the debian epoch has been bumped up
 406                ,'OR build.deb_epoch < (SELECT max(base_epoch) FROM database_versions'
 407                ,                        'WHERE version IN ('
 408                ,                            'SELECT max(version) FROM database_versions))'
 409                # - the latest build is not of the latest R version
 410                ,'OR build.r_version != packages.latest_r_version'
 411                ))$package
 412     db_stop(con)
 413     return(packages)
 414 }
 415
 416 db_blacklist_packages <- function() {
 417     con <- db_start()
 418     packages <- dbGetQuery(con,'SELECT package from blacklist_packages')$package
 419     db_stop(con)
 420     return(packages)
 421 }