branch/multisys/exec/update_cache

   1 #!/usr/bin/env Rscript
   2 library(cran2deb)
   3 library(ctv)
   4
   5 argv <- commandArgs()
   6 argv <- argv[-(1:match("--args", argv))]
   7
   8 #mirror <- 'http://cran.uk.r-project.org/'
   9 mirror <- 'http://cran.r-project.org/'
  10
  11 message('updating list of available R packages...')
  12 available <- available.packages(contrib.url(mirror))
  13
  14 #available <- rbind(available,available.packages(contrib.url('http://www.bioconductor.org/')))
  15 #dupes <- duplicated(rownames(available), fromLast=T)
  16 #available <- available[!dupes,]
  17
  18 message('updating list of available R task views...')
  19 ctv.available <- available.views(repo=mirror)
  20
  21 message('updating list of base R packages...')
  22 base_pkgs <- readLines(pipe(paste('sudo pbuilder --execute --override-config --configfile'
  23                                  ,shQuote(pbuilder_config),'-- /usr/bin/R --vanilla 2>&1 >/dev/null <'
  24                                  ,shQuote(file.path(root,'exec/get_base_pkgs'))
  25                                  ,'| grep -v ^W:')))
  26
  27 message('updating list of existing Debian packages...')
  28 debian_pkgs <- readLines(pipe('apt-cache rdepends r-base-core | sed -e "/^  r-cran/{s/^[[:space:]]*r/r/;p}" -e d | sort -u'))
  29
  30 save(debian_pkgs, base_pkgs, available, ctv.available, file=file.path(cache_root,'cache.rda'),eval.promises=T)
  31
  32 message('synchronising database...')
  33 db_update_package_versions()