www/index.cgi

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 use strict;
  24 use warnings;
  25
  26 use lib $ENV{ 'BP_PERL' };
  27
  28 use CGI;
  29 use URI::Escape;
  30 use Data::Dumper;
  31 use Digest::MD5;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Filesys;
  34 use Maasha::Calc;
  35 use Maasha::XHTML;
  36 use Maasha::BGB::Session;
  37 use Maasha::BGB::Track;
  38 use Maasha::BGB::Draw;
  39
  40 my ( $cgi, $cookie, @html );
  41
  42 $cgi    = new CGI;
  43 $cookie = cookie_default( $cgi );;
  44
  45 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
  46     cgi_header  => 1,
  47     title       => 'Biopieces Genome Browser',
  48     css_file    => 'bgb.css',
  49     author      => 'Martin A. Hansen, mail@maasha.dk',
  50     description => 'Biopieces Genome Browser',
  51     keywords    => [ qw( Biopieces biopiece genome browser viewer bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
  52     no_cache    => 1,
  53 );
  54
  55 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "Biopieces Genome Browser", class => 'center' );
  56 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $cookie->{ 'SCRIPT' }, method => "post", enctype => "multipart/form-data" );
  57
  58 push @html, page( $cookie );
  59
  60 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
  61 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
  62 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
  63
  64 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( { $cgi->Vars } );  # DEBUG
  65 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( $cookie );         # DEBUG
  66 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( \%ENV );           # DEBUG
  67
  68 print "$_\n" foreach @html;
  69
  70
  71 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  72
  73
  74 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> COOKIE <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  75
  76
  77 sub cookie_default
  78 {
  79     # Martin A. Hansen, November 2009.
  80
  81     # Set a cookie with values from the CGI object or defaults.
  82
  83     my ( $cgi,   # CGI object
  84        ) = @_;
  85
  86     # Returns a hash.
  87
  88     my ( $cookie );
  89
  90     $cookie = {};
  91
  92     if ( $cgi->param( 'nav_search' ) )
  93     {
  94         if ( $cgi->param( 'nav_search' ) =~ /([0-9,]+)[ -]([0-9,]+)/ )
  95         {
  96             $cookie->{ 'NAV_START' } = $1;
  97             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $2;
  98         }
  99         else
 100         {
 101             $cookie->{ 'SEARCH' } = $cgi->param( 'nav_search' );
 102
 103             $cgi->param( 'page', 'search' );
 104         }
 105     }
 106
 107     $cookie->{ 'SCRIPT' }          = Maasha::Common::get_scriptname();
 108     $cookie->{ 'DATA_DIR' }        = "Data";
 109     $cookie->{ 'SESSION_DIR' }     = "Sessions";
 110     $cookie->{ 'LIST_PAGES' }      = [ qw( clade genome assembly contig browse ) ];
 111     $cookie->{ 'USER' }            = $cgi->param( 'user' ) || '';
 112     $cookie->{ 'PASSWORD' }        = $cgi->param( 'password' );
 113     $cookie->{ 'SESSION_ID' }      = $cgi->param( 'session_id' );
 114
 115     cookie_session( $cookie );
 116     cookie_login( $cookie );
 117
 118     $cookie->{ 'PAGE' }          ||= $cgi->param( 'page' )     || 'login';
 119
 120     if ( $cookie->{ 'LOGIN' } )
 121     {
 122         if ( $cgi->param( 'genome' ) ) {
 123             $cookie->{ 'PAGE' } = 'browse';
 124         } else {
 125             $cookie->{ 'PAGE' } = 'clade';
 126         }
 127     }
 128
 129     $cookie->{ 'CLADE' }           = $cgi->param( 'clade' )    || '';
 130     $cookie->{ 'GENOME' }          = $cgi->param( 'genome' )   || '';
 131     $cookie->{ 'ASSEMBLY' }        = $cgi->param( 'assembly' ) || '';
 132     $cookie->{ 'CONTIG' }          = $cgi->param( 'contig' )   || '';
 133     $cookie->{ 'Q_ID' }            = $cgi->param( 'q_id' );
 134     $cookie->{ 'NAV_START' }     ||= $cgi->param( 'nav_start' );
 135     $cookie->{ 'NAV_END' }       ||= $cgi->param( 'nav_end' );
 136     $cookie->{ 'NAV_CENTER' }      = $cgi->param( 'nav_center' );
 137     $cookie->{ 'S_BEG' }           = $cgi->param( 's_beg' );
 138     $cookie->{ 'S_END' }           = $cgi->param( 's_end' );
 139     $cookie->{ 'STRAND' }          = $cgi->param( 'strand' );
 140     $cookie->{ 'ZOOM_IN1' }        = $cgi->param( 'zoom_in1' );
 141     $cookie->{ 'ZOOM_IN2' }        = $cgi->param( 'zoom_in2' );
 142     $cookie->{ 'ZOOM_IN3' }        = $cgi->param( 'zoom_in3' );
 143     $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' }       = $cgi->param( 'zoom_out1' );
 144     $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' }       = $cgi->param( 'zoom_out2' );
 145     $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' }       = $cgi->param( 'zoom_out3' );
 146     $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' }      = $cgi->param( 'move_left1' );
 147     $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' }      = $cgi->param( 'move_left2' );
 148     $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' }      = $cgi->param( 'move_left3' );
 149     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' }     = $cgi->param( 'move_right1' );
 150     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' }     = $cgi->param( 'move_right2' );
 151     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' }     = $cgi->param( 'move_right3' );
 152
 153     $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }       = 1200;   # Width of browser image in pixels
 154     $cookie->{ 'IMG_HEIGHT' }      = 800;    # Height of browser image in pixels
 155     $cookie->{ 'WIGGLE_HEIGHT' }   = 75;     # Height of Wiggle tracks in pixels
 156     $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }    = 20;
 157     $cookie->{ 'TRACK_SPACE' }     = 20;
 158     $cookie->{ 'RULER_FONT_SIZE' } = 10;     # Size of ruler font in pixels
 159     $cookie->{ 'RULER_COLOR' }     = [ 0, 0, 0 ];
 160     $cookie->{ 'SEQ_FONT_SIZE' }   = 10;
 161     $cookie->{ 'SEQ_COLOR' }       = [ 0, 0, 0, ];
 162     $cookie->{ 'FEAT_WIDTH' }      = 5;
 163     $cookie->{ 'FEAT_COLOR' }      = [ 0, 0, 0 ];
 164     $cookie->{ 'FEAT_MAX' }        = 5000;   # TODO: Reduntant?
 165
 166     $cookie->{ 'LIST_USER' }       = Maasha::BGB::Track::list_users();
 167
 168     if ( $cookie->{ 'USER' } and not $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } )
 169     {
 170         $cookie->{ 'LIST_CLADE' }      = Maasha::BGB::Track::list_clades(     $cookie->{ 'USER' } );
 171         $cookie->{ 'LIST_GENOME' }     = Maasha::BGB::Track::list_genomes(    $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' } );
 172         $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' }   = Maasha::BGB::Track::list_assemblies( $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' } );
 173         $cookie->{ 'LIST_CONTIG' }     = Maasha::BGB::Track::list_contigs(    $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' }, $cookie->{ 'ASSEMBLY' } );
 174
 175         if ( $cookie->{ 'CONTIG' } )
 176         {
 177             cookie_start( $cookie );
 178             cookie_end( $cookie );
 179             cookie_zoom( $cookie );
 180             cookie_move( $cookie );
 181             cookie_center( $cookie );
 182         }
 183     }
 184
 185     $cookie->{ 'STRAND' } = '+' if defined $cookie->{ 'STRAND' } and $cookie->{ 'STRAND' } eq ' ';   # FIXME ugly HTML fix
 186
 187     return wantarray ? %{ $cookie } : $cookie;
 188 }
 189
 190
 191 sub cookie_session
 192 {
 193     # Martin A. Hansen, December 2009.
 194
 195     # Check cookie information against session information.
 196
 197     my ( $cookie,   # cookie hash
 198        ) = @_;
 199
 200     # Returns nothing.
 201
 202     my ( $session );
 203
 204     $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.json" );
 205
 206     # if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } )
 207     # {
 208     #     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ne $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' } ) {
 209     #         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 210     #         print STDERR "HER1\n"; # DEBUG
 211     #     }
 212     # }
 213     # else
 214     # {
 215     #     $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 216     #
 217     #     print STDERR "HER2\n"; # DEBUG
 218     # }
 219
 220     if ( exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } } and $cookie->{ 'SESSION_ID' } )
 221     {
 222         if ( $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ne $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 223             $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 224             print STDERR "HER3\n"; # DEBUG
 225         }
 226     }
 227     else
 228     {
 229         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 230         print STDERR "HER4\n";                                                                 # DEBUG
 231         print STDERR "NO COOKIE SESSION ID\n" if not $cookie->{ 'SESSION_ID' };                # DEBUG
 232         print STDERR "NO COOKIE USER\n"       if not $cookie->{ 'USER' };                      # DEBUG
 233         print STDERR "NO SESSION USER\n"      if not exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } }; # DEBUG
 234     }
 235 }
 236
 237
 238 sub cookie_login
 239 {
 240     # Martin A. Hansen, December 2009.
 241
 242     # Check a user and password from CGI against the password file and
 243     # set the session ID, if found, in the cookie.
 244
 245     my ( $cookie,   # cookie hash
 246        ) = @_;
 247
 248     # Returns nothing.
 249
 250     my ( $session );
 251
 252     if ( defined $cookie->{ 'PASSWORD' } )
 253     {
 254         $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.json" );
 255
 256         if ( exists $session->{ $cookie->{ 'USER' } } and
 257              $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'PASSWORD' } eq Digest::MD5::md5_hex( $cookie->{ 'PASSWORD' } ) )
 258         {
 259             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' } ||= Maasha::BGB::Session::session_new();
 260             # $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' }   = $ENV{ 'SSL_SESSION_ID' };
 261             $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'TIME' }         = Maasha::Common::time_stamp();
 262
 263             $cookie->{ 'SESSION_ID' } = $session->{ $cookie->{ 'USER' } }->{ 'SESSION_ID' };
 264             $cookie->{ 'LOGIN' }      = 1;
 265
 266             Maasha::BGB::Session::session_store( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/sessions.json", $session );
 267         }
 268         else
 269         {
 270             $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } = 1;
 271         }
 272     }
 273 }
 274
 275
 276 sub cookie_start
 277 {
 278     # Martin A. Hansen, November 2009.
 279
 280     # Decommify the cookie value for NAV_START and adjust it to
 281     # to prevent negative values.
 282
 283     my ( $cookie,   # cookie hash
 284        ) = @_;
 285
 286     # Returns nothing.
 287
 288     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } )
 289     {
 290         $cookie->{ 'NAV_START' } =~ tr/,//d;
 291         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0 if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 292     }
 293     else
 294     {
 295         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0;
 296     }
 297 }
 298
 299
 300 sub cookie_end
 301 {
 302     # Martin A. Hansen, November 2009.
 303
 304     # Decommify the cookie value for NAV_END and adjust it to prevent
 305     # overshooting the max value for the contig size as determined
 306     # from the cookie.
 307
 308     my ( $cookie,   # cookie hash
 309        ) = @_;
 310
 311     # Returns nothing.
 312
 313     my ( $max );
 314
 315     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 316
 317     if ( defined $cookie->{ 'NAV_END' } )
 318     {
 319         $cookie->{ 'NAV_END' } =~ tr/,//d;
 320         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 321     }
 322     else
 323     {
 324         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max;
 325     }
 326 }
 327
 328
 329 sub cookie_zoom
 330 {
 331     # Martin A. Hansen, November 2009.
 332
 333     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 334     # on cookie ZOOM values.
 335
 336     my ( $cookie,   # cookie hash
 337        ) = @_;
 338
 339     # Returns nothing.
 340
 341     my ( $max, $dist, $new_dist, $dist_diff );
 342
 343     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 344
 345     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 346
 347     if ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN1' } ) {
 348         $new_dist = $dist / 1.5;
 349     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN2' } ) {
 350         $new_dist = $dist / 3;
 351     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN3' } ) {
 352         $new_dist = $dist / 10;
 353     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' } ) {
 354         $new_dist = $dist * 1.5;
 355     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' } ) {
 356         $new_dist = $dist * 3;
 357     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' } ) {
 358         $new_dist = $dist * 10;
 359     }
 360
 361     if ( $new_dist )
 362     {
 363         $dist_diff = $dist - $new_dist;
 364
 365         $cookie->{ 'NAV_START' } = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + ( $dist_diff / 2 ) );
 366         $cookie->{ 'NAV_END' }   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   - ( $dist_diff / 2 ) );
 367
 368         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0    if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 369         $cookie->{ 'NAV_END' }   = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 370     }
 371 }
 372
 373
 374 sub cookie_move
 375 {
 376     # Martin A. Hansen, November 2009.
 377
 378     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 379     # on cookie MOVE values.
 380
 381     my ( $cookie,   # cookie hash
 382        ) = @_;
 383
 384     # Returns nothing.
 385
 386     my ( $max, $dist, $shift, $new_start, $new_end );
 387
 388     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 389
 390     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 391
 392     if ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' } ) {
 393         $shift = -1 * $dist * 0.10;
 394     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' } ) {
 395         $shift = -1 * $dist * 0.475;
 396     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' } ) {
 397         $shift = -1 * $dist * 0.95;
 398     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' } ) {
 399         $shift = $dist * 0.10;
 400     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' } ) {
 401         $shift = $dist * 0.475;
 402     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' } ) {
 403         $shift = $dist * 0.95;
 404     }
 405
 406     if ( $shift )
 407     {
 408         $new_start = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $shift );
 409         $new_end   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   + $shift );
 410
 411         if ( $new_start > 0 and $new_end < $max )
 412         {
 413             $cookie->{ 'NAV_START' } = $new_start;
 414             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $new_end;
 415         }
 416     }
 417 }
 418
 419
 420 sub cookie_center
 421 {
 422     # Martin A. Hansen, March 2010
 423
 424     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 425     # on cookie CENTER value if defined.
 426
 427     my ( $cookie,   # cookie hash
 428        ) = @_;
 429
 430     # Returns nothing.
 431
 432     my ( $l_dist, $r_dist );
 433
 434     if ( defined $cookie->{ 'NAV_CENTER' } )
 435     {
 436         $l_dist = $cookie->{ 'NAV_CENTER' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 437         $r_dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_CENTER' };
 438
 439         if ( $l_dist > $r_dist ) {
 440             $cookie->{ 'NAV_START' } = $cookie->{ 'NAV_END' } - 2 * $r_dist;
 441         } else {
 442             $cookie->{ 'NAV_END' } = $cookie->{ 'NAV_START' } + 2 * $l_dist;
 443         }
 444     }
 445 }
 446
 447
 448 sub cookie_page_next
 449 {
 450     # Martin A. Hansen, November 2009.
 451
 452     # Returns the next page in the taxonomy path.
 453
 454     my ( $cookie,   # cookie hash
 455        ) = @_;
 456
 457     # Returns a string.
 458
 459     my ( $i );
 460
 461     for ( $i = 0; $i < @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } }; $i++ ) {
 462         last if $cookie->{ 'PAGE' } eq $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i ];
 463     }
 464
 465     return $cookie->{ 'LIST_PAGES' }->[ $i + 1 ];
 466 }
 467
 468
 469 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> PAGES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 470
 471
 472 sub page
 473 {
 474     # Martin A. Hansen, November 2009.
 475
 476     # Determines what page to render based on
 477     # the cookie's PAGE setting.
 478
 479     my ( $cookie,   # cookie hash
 480        ) = @_;
 481
 482     # Returns a list.
 483
 484     my ( @html );
 485
 486     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 487         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "session_id", value => $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) );
 488     }
 489
 490     if ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'login' ) {
 491         push @html, page_login( $cookie );
 492     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'search' ) {
 493         push @html, page_search( $cookie );
 494     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' ) {
 495         push @html, page_browse( $cookie );
 496     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'dna' ) {
 497         push @html, page_dna( $cookie );
 498     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' ) {
 499         push @html, page_export( $cookie );
 500     } else {
 501         push @html, page_taxonomy( $cookie );
 502     }
 503
 504     return wantarray ? @html : \@html;
 505 }
 506
 507
 508 sub page_login
 509 {
 510     # Martin A. Hansen, December 2009.
 511
 512     # Renders the login page.
 513
 514     my ( $cookie,
 515        ) = @_;
 516
 517     # Returns a list.
 518
 519     my ( @html );
 520
 521     push @html, section_login( $cookie );
 522
 523     return wantarray ? @html : \@html;
 524 }
 525
 526
 527 sub page_search
 528 {
 529     # Martin A. Hansen, December 2009.
 530
 531     # Renders the search page.
 532
 533     my ( $cookie,
 534        ) = @_;
 535
 536     # Returns a list.
 537
 538     my ( @html );
 539
 540     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 541     push @html, section_search( $cookie );
 542
 543     return wantarray ? @html : \@html;
 544 }
 545
 546
 547 sub page_browse
 548 {
 549     # Martin A. Hansen, November 2009.
 550
 551     # Renders the browse page.
 552
 553     my ( $cookie,
 554        ) = @_;
 555
 556     # Returns a list.
 557
 558     my ( @html );
 559
 560     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 561     push @html, section_navigate( $cookie );
 562     push @html, section_browse( $cookie );
 563     push @html, section_linkout( $cookie );
 564
 565     return wantarray ? @html : \@html;
 566 }
 567
 568
 569 sub page_dna
 570 {
 571     # Martin A. Hansen, November 2009.
 572
 573     # Renders the DNA page.
 574
 575     my ( $cookie,
 576        ) = @_;
 577
 578     # Returns a list.
 579
 580     my ( @html );
 581
 582     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 583     push @html, section_dna( $cookie );
 584
 585     return wantarray ? @html : \@html;
 586 }
 587
 588
 589 sub page_export
 590 {
 591     # Martin A. Hansen, November 2009.
 592
 593     # Renders the export page.
 594
 595     my ( $cookie,
 596        ) = @_;
 597
 598     # Returns a list.
 599
 600     my ( @html );
 601
 602     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 603     push @html, section_export( $cookie );
 604
 605     return wantarray ? @html : \@html;
 606 }
 607
 608
 609 sub page_taxonomy
 610 {
 611     # Martin A. Hansen, November 2009.
 612
 613     # Renders the browse page.
 614
 615     my ( $cookie,   # cookie hash
 616        ) = @_;
 617
 618     # Returns a list.
 619
 620     my ( @html );
 621
 622     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 623     push @html, section_taxonomy_select( $cookie );
 624
 625     return wantarray ? @html : \@html;
 626 }
 627
 628
 629 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SECTIONS <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 630
 631
 632 sub section_login
 633 {
 634     # Martin A. Hansen, December 2009.
 635
 636     # Returns a HTML section with a login menu.
 637
 638     my ( $cookie,   # cookie hash
 639        ) = @_;
 640
 641     # Returns a list.
 642
 643     my ( $user, $password, $login, @html );
 644
 645     $user     = Maasha::XHTML::text( name => "user", value => "", size => 20 );
 646     $password = Maasha::XHTML::password( name => "password", value => "", size => 20 );
 647     $login    = Maasha::XHTML::submit( name => "login_submit", value => "Login" );
 648
 649     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Login", class => 'center' );
 650
 651     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Login table", align => 'center' );
 652     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "User:", $user ] );
 653     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "Password:", $password ] );
 654     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "", $login ] );
 655     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 656
 657     if ( defined $cookie->{ 'CLADE' }     and
 658          defined $cookie->{ 'GENOME' }    and
 659          defined $cookie->{ 'ASSEMBLY' }  and
 660          defined $cookie->{ 'CONTIG' }    and
 661          defined $cookie->{ 'NAV_START' } and
 662          defined $cookie->{ 'NAV_END' }
 663     )
 664     {
 665         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",     value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 666         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",    value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 667         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly",  value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
 668         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",    value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
 669         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "nav_start", value => $cookie->{ 'NAV_START' } ) );
 670         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "nav_end",   value => $cookie->{ 'NAV_END' } ) );
 671     }
 672
 673     if ( $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } ) {
 674         push @html, Maasha::XHTML::h3( txt => "Bad user or password - please retry", class => 'error' );
 675     }
 676
 677     return wantarray ? @html : \@html;
 678 }
 679
 680
 681 sub section_taxonomy_table
 682 {
 683     # Martin A. Hansen, November 2009.
 684
 685     # Returns a HTML section with a taxonomy table
 686     # showing the location in the taxonomy and with
 687     # links to browse the taxonomy.
 688
 689     my ( $cookie,   # cookie hash
 690        ) = @_;
 691
 692     # Returns a list.
 693
 694     my ( $page, @row, @html, $href, $txt );
 695
 696     foreach $page ( @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } } )
 697     {
 698         last if $page eq $cookie->{ 'PAGE' } or $page eq 'browse';
 699
 700         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=$page";
 701         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 702         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 703         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }"       if $page !~ /clade/;
 704         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }"     if $page !~ /clade|genome/;
 705         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" if $page !~ /clade|genome|assembly/;
 706         $href .= "&contig=$cookie->{ 'CONTIG' }"     if $page !~ /clade|genome|assembly|contig/;
 707
 708         $txt = ": $cookie->{ uc $page }";
 709
 710         push @row, Maasha::XHTML::ln( txt => $page, href => $href, class => 'inline' );
 711         push @row, Maasha::XHTML::p(  txt => $txt, class => 'inline' );
 712     }
 713
 714     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 715     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ join( "\n", @row ) ], align => 'center' );
 716     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 717
 718     return wantarray ? @html : \@html;
 719 }
 720
 721
 722 sub section_taxonomy_select
 723 {
 724     # Martin A. Hansen, November 2009.
 725
 726     # Returns a HTML section with selection choices
 727     # for navigating the taxonomy tree.
 728
 729     my ( $cookie,   # cookie hash
 730        ) = @_;
 731
 732     # Returns a list.
 733
 734     my ( $list, @html, $item, $href );
 735
 736     $list = "LIST_" . uc $cookie->{ 'PAGE' };
 737
 738     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select $cookie->{ 'PAGE' }", class => 'center' );
 739
 740     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 741
 742     foreach $item ( @{ $cookie->{ $list } } )
 743     {
 744         $cookie->{ uc $cookie->{ 'PAGE' } } = $item;
 745
 746         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=" . cookie_page_next( $cookie );
 747         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 748         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 749         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
 750         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }"     if $cookie->{ 'GENOME' };
 751         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" if $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 752         $href .= "&contig=$cookie->{ 'CONTIG' }"     if $cookie->{ 'CONTIG' };
 753
 754         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $item, href => $href ) ] );
 755     }
 756
 757     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 758
 759     return wantarray ? @html : \@html;
 760 }
 761
 762
 763 sub section_navigate
 764 {
 765     # Martin A. Hansen, November 2009.
 766
 767     # Returns a HTML section for navigating in the browser window.
 768
 769     my ( $cookie,   # cookie hash
 770        ) = @_;
 771
 772     # Returns a list.
 773
 774     my ( @html, $nav_val );
 775
 776     $nav_val = Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_START' } ) . "-" . Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_END' } );
 777
 778     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table", align => 'center' );
 779     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 780         "Position or search term:",
 781         Maasha::XHTML::text( name => "nav_search", value => $nav_val, size => 30 ),
 782         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
 783     ] );
 784     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 785
 786     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Zoom table", align => 'center' );
 787     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
 788         Maasha::XHTML::p( txt => 'Move:' ),
 789         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left3",  value => "<<<", title => "move 95% to the left" ),
 790         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left2",  value => "<<",  title => "move 47.5% to the left" ),
 791         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left1",  value => "<",   title => "move 10% to the left" ),
 792         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right1", value => ">",   title => "move 10% to the rigth" ),
 793         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right2", value => ">>",  title => "move 47.5% to the rigth" ),
 794         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right3", value => ">>>", title => "move 95% to the right" ),
 795         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom in:' ),
 796         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in1", value => "1.5x" ),
 797         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in2", value => "3x" ),
 798         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in3", value => "10x" ),
 799         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom out:' ),
 800         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out1", value => "1.5x" ),
 801         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out2", value => "3x" ),
 802         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out3", value => "10x" ),
 803     ] );
 804     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 805
 806     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "browse" ) );
 807     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
 808     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 809     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 810     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
 811     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
 812
 813     return wantarray ? @html : \@html;
 814 }
 815
 816
 817 sub section_linkout
 818 {
 819     # Martin A. Hansen, March 2010.
 820
 821     # Returns a HTML section for a static link based on information in the cookie.
 822
 823     my ( $cookie,   # cookie hash
 824        ) = @_;
 825
 826     # Returns a list.
 827
 828     my ( $link, @html );
 829
 830     $link = Maasha::XHTML::ln(
 831         txt  => 'link',
 832         href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
 833                            "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
 834                            "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
 835                            "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
 836                            "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
 837                            "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
 838                            "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
 839               ),
 840         title  => "Static link to this view",
 841     );
 842
 843     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => $link, class => 'center' );
 844
 845     return wantarray ? @html : \@html;
 846 }
 847
 848
 849 sub section_browse
 850 {
 851     my ( $cookie,
 852        ) = @_;
 853
 854     # Returns a list.
 855
 856     my ( @tracks, $i, @features, $feat, $elem, $surface, $cr, $png_data, @html, @img, $x1, $y1, $x2, $y2, $factor, $center );
 857
 858     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
 859     push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
 860
 861     @tracks = Maasha::BGB::Track::path_tracks( $cookie );
 862
 863     for ( $i = 0; $i < @tracks; $i++ )
 864     {
 865         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
 866
 867         push @features, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $tracks[ $i ], $cookie ) ];
 868     }
 869
 870     $surface = Cairo::ImageSurface->create( 'argb32', $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 871     $cr      = Cairo::Context->create( $surface );
 872
 873     $cr->rectangle ( 0, 0, $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },  $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' } );
 874     $cr->set_source_rgb ( 1, 1, 1 );
 875     $cr->fill;
 876
 877     foreach $feat ( @features ) {
 878         Maasha::BGB::Draw::draw_feature( $cr, $feat ) if $feat;
 879     }
 880
 881     $png_data = Maasha::BGB::Draw::base64_png( $surface );
 882
 883     push @img, Maasha::XHTML::img(
 884         src    => "data:image/png;base64,$png_data",
 885         alt    => "Browser Tracks",
 886         height => $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' },
 887         width  => $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },
 888         id     => "browser_map",
 889         usemap => "#browser_map"
 890     );
 891
 892     push @img, Maasha::XHTML::map_beg( name => "browser_map", id => "browser_map" );
 893
 894     $factor = ( $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' } + 1 ) / $cookie->{ 'IMG_WIDTH' };
 895
 896     for ( $i = 0; $i < $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }; $i += 5 )
 897     {
 898         $x1 = $i;
 899         $y1 = 10;
 900         $x2 = $i + 5;
 901         $y2 = 20;
 902
 903         $center = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $factor * $i );
 904
 905         push @img, Maasha::XHTML::area(
 906             href     => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
 907                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
 908                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
 909                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
 910                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
 911                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
 912                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
 913                                    "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
 914                                    "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
 915                                    "nav_center=$center",
 916                       ),
 917             shape  => 'rect',
 918             coords => "$x1, $y1, $x2, $y2",
 919             title  => "Center on " . Maasha::Calc::commify( $center ),
 920         );
 921     }
 922
 923     foreach $feat ( @features )
 924     {
 925         foreach $elem ( @{ $feat } )
 926         {
 927             next if $elem->{ 'type' } eq 'text';
 928             next if $elem->{ 'type' } eq 'wiggle';
 929
 930             #$elem->{ 'strand' } = '&#43' if $elem->{ 'strand' } eq '+';
 931
 932             $cookie->{ 'Q_ID' }   = $elem->{ 'q_id' };
 933             $cookie->{ 'S_BEG' }  = $elem->{ 's_beg' };
 934             $cookie->{ 'S_END' }  = $elem->{ 's_end' };
 935             $cookie->{ 'STRAND' } = $elem->{ 'strand' };
 936
 937             push @img, Maasha::XHTML::area(
 938                 href     => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
 939                                        "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
 940                                        "user=$cookie->{ 'USER' }",
 941                                        "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
 942                                        "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
 943                                        "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
 944                                        "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
 945                                        "s_beg=$cookie->{ 'S_BEG' }",
 946                                        "s_end=$cookie->{ 'S_END' }",
 947                                        "strand=$cookie->{ 'STRAND' }",
 948                           ),
 949                 shape  => 'rect',
 950                 coords => "$elem->{ x1 }, $elem->{ y1 }, $elem->{ x2 }, $elem->{ y2 }",
 951                 title  => "$elem->{ 'title' }",
 952             );
 953         }
 954     }
 955
 956     push @img, Maasha::XHTML::map_end();
 957
 958     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => join( "\n", @img ) );
 959
 960     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'browse' );
 961
 962     return wantarray ? @html : \@html;
 963 }
 964
 965
 966 sub section_export
 967 {
 968     # Martin A. Hansen, November 2009.
 969
 970     # Returns a HTML section with export table.
 971
 972     my ( $cookie,   # cookie hash
 973        ) = @_;
 974
 975     # Returns a list.
 976
 977     my ( $feat, @row_dna_contig, @html );
 978
 979     $feat = $cookie->{ 'Q_ID' } || "[no name]";
 980
 981     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Export Feature: "$feat" DNA from Contig: ), class => 'inline' );
 982     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt  => "$cookie->{ 'CONTIG' } Start: ", class => 'inline' );
 983     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_beg", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_BEG' } ), size => 15 );
 984     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "End: ", class => 'inline' );
 985     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_end", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_END' } ), size => 15 );
 986     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "Strand: ", class => 'inline' );
 987     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::menu( name => "strand", options => [ qw( + - ) ], selected => $cookie->{ 'STRAND' } );
 988     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::submit( name => "export", value => "Export", title => "Fetch DNA from this region" );
 989
 990     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Export", class => 'center' );
 991     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center' );
 992     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => \@row_dna_contig );
 993     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 994
 995     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "dna" ) );
 996     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
 997     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 998     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 999     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
1000     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
1001
1002     return wantarray ? @html : \@html;
1003 }
1004
1005
1006 sub section_search
1007 {
1008     # Martin A. Hansen, November 2009.
1009
1010     # Returns a HTML section with export table.
1011
1012     my ( $cookie,   # cookie hash
1013        ) = @_;
1014
1015     # Returns a list.
1016
1017     my ( $results, $result, $count, @html, $export, $browse );
1018
1019     $results = Maasha::BGB::Track::search_tracks( $cookie );
1020
1021     $count = scalar @{ $results };
1022
1023     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Search", class => 'center' );
1024     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Results for "$cookie->{ 'SEARCH' }": $count), class => 'center' );
1025
1026     if ( $count > 0 )
1027     {
1028         push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Search table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
1029         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( S_ID S_BEG S_END Q_ID SCORE STRAND HITS ALIGN BLOCK_COUNT BLOCK_BEGS BLOCK_LENS BLOCK_TYPE) ] );
1030
1031         foreach $result ( @{ $results } )
1032         {
1033             $cookie->{ 'CONTIG' }    = $result->{ 'S_ID' };
1034             $cookie->{ 'NAV_START' } = $result->{ 'S_BEG' };
1035             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $result->{ 'S_END' };
1036             $cookie->{ 'S_BEG' }     = $result->{ 'S_BEG' };
1037             $cookie->{ 'S_END' }     = $result->{ 'S_END' };
1038             $cookie->{ 'STRAND' }    = $result->{ 'STRAND' };
1039             $cookie->{ 'Q_ID' }      = $result->{ 'Q_ID' };
1040
1041             $browse = Maasha::XHTML::ln(
1042                 txt  => "browse",
1043                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1044                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1045                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
1046                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1047                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1048                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1049                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1050                                    "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1051                                    "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1052                 ),
1053             );
1054
1055
1056             $export = Maasha::XHTML::ln(
1057                 txt  => "export",
1058                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
1059                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1060                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
1061                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1062                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1063                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1064                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1065                                    "s_beg=$cookie->{ 'S_BEG' }",
1066                                    "s_end=$cookie->{ 'S_END' }",
1067                                    "strand=$cookie->{ 'STRAND' }",
1068                 ),
1069             );
1070
1071             push @html, Maasha::XHTML::table_row_advanced(
1072                 tr => [ { td => $result->{ 'S_ID' } },
1073                         { td => $result->{ 'S_BEG' }, align => 'right' },
1074                         { td => $result->{ 'S_END' }, align => 'right' },
1075                         { td => $result->{ 'Q_ID' } },
1076                         { td => $result->{ 'SCORE' }, align => 'right' },
1077                         { td => $result->{ 'STRAND' } },
1078                         { td => $result->{ 'HITS' }, align => 'right' },
1079                         { td => $result->{ 'ALIGN' } },
1080                         { td => $result->{ 'BLOCK_COUNT' }, align => 'right' },
1081                         { td => $result->{ 'BLOCK_BEGS' } },
1082                         { td => $result->{ 'BLOCK_LENS' } },
1083                         { td => $result->{ 'BLOCK_TYPE' } },
1084                         { td => $browse },
1085                         { td => $export },
1086                 ], class => "monospace"
1087             );
1088         }
1089
1090         push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1091     }
1092
1093     return wantarray ? @html : \@html;
1094 }
1095
1096
1097 sub section_dna
1098 {
1099     # Martin A. Hansen, November 2009.
1100
1101     # Returns a HTML section with extracted DNA.
1102
1103     my ( $cookie,   # cookie hash
1104        ) = @_;
1105
1106     # Returns a list.
1107
1108     my ( @html, $beg, $end, $seq );
1109
1110     $beg = $cookie->{ 'S_BEG' };
1111     $end = $cookie->{ 'S_END' };
1112     $beg =~ tr/,//d;
1113     $end =~ tr/,//d;
1114
1115     $seq = join ";", ">$cookie->{ 'GENOME' }", $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' }, $beg, $end, "$cookie->{ 'STRAND' }\n";
1116     $seq .= Maasha::BGB::Track::dna_get( $cookie );
1117
1118     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "DNA", class => 'center' );
1119     push @html, Maasha::XHTML::pre( txt => $seq );
1120
1121     return wantarray ? @html : \@html;
1122 }
1123
1124
1125 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1126
1127
1128 __END__