www/index.cgi

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 use strict;
  24 use warnings;
  25
  26 use lib $ENV{ 'BP_PERL' };
  27
  28 use CGI;
  29 use URI::Escape;
  30 use Data::Dumper;
  31 use Digest::MD5;
  32 use Time::HiRes;
  33 use Maasha::Common;
  34 use Maasha::Filesys;
  35 use Maasha::Calc;
  36 use Maasha::XHTML;
  37 use Maasha::BGB::Session;
  38 use Maasha::BGB::Track;
  39 use Maasha::BGB::Draw;
  40
  41 my ( $cgi, $cookie, @html );
  42
  43 $cgi    = new CGI;
  44 $cookie = cookie_default( $cgi );;
  45
  46 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
  47     cgi_header  => 1,
  48     title       => 'Biopieces Genome Browser',
  49     css_file    => 'bgb.css',
  50     author      => 'Martin A. Hansen, mail@maasha.dk',
  51     description => 'Biopieces Genome Browser',
  52     keywords    => [ qw( Biopieces biopiece genome browser viewer bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
  53     no_cache    => 1,
  54 );
  55
  56 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "Biopieces Genome Browser", class => 'center' );
  57 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $cookie->{ 'SCRIPT' }, method => "post", enctype => "multipart/form-data" );
  58
  59 push @html, page( $cookie );
  60
  61 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
  62 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
  63 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
  64
  65 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( { $cgi->Vars } );  # DEBUG
  66 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( $cookie );         # DEBUG
  67 # push @html, Maasha::XHTML::hdump( \%ENV );           # DEBUG
  68
  69 print "$_\n" foreach @html;
  70
  71 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  72
  73
  74 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> COOKIE <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  75
  76
  77 sub cookie_default
  78 {
  79     # Martin A. Hansen, November 2009.
  80
  81     # Set a cookie with values from the CGI object or defaults.
  82
  83     my ( $cgi,   # CGI object
  84        ) = @_;
  85
  86     # Returns a hash.
  87
  88     my ( $cookie, $session );
  89
  90     $cookie = {};
  91
  92     if ( $cgi->param( 'nav_search' ) )
  93     {
  94         if ( $cgi->param( 'nav_search' ) =~ /([0-9,]+)[ -]([0-9,]+)/ )
  95         {
  96             $cookie->{ 'NAV_START' } = $1;
  97             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $2;
  98         }
  99         else
 100         {
 101             $cookie->{ 'SEARCH' } = $cgi->param( 'nav_search' );
 102
 103             $cgi->param( 'page', 'search' );
 104         }
 105     }
 106
 107     $cookie->{ 'SCRIPT' }      = Maasha::Common::get_scriptname();
 108     $cookie->{ 'DATA_DIR' }    = "Data";
 109     $cookie->{ 'SESSION_DIR' } = "Sessions";
 110     $cookie->{ 'LIST_PAGES' }  = [ qw( clade genome assembly contig browse ) ];
 111     $cookie->{ 'USER' }        = $cgi->param( 'user' );
 112     $cookie->{ 'PASSWORD' }    = $cgi->param( 'password' );
 113     $cookie->{ 'SESSION_ID' }  = $cgi->param( 'session_id' );
 114
 115     $session = session_restore( $cookie );
 116
 117     cookie_login( $cookie );
 118
 119     # session_id_check( $cookie, $session );
 120
 121     if ( $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } or $cookie->{ 'SESSION_ERROR' } )
 122     {
 123         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 124     }
 125     elsif ( $cookie->{ 'LOGIN' } )
 126     {
 127         if ( $cgi->param( 'genome' ) ) {
 128             $cookie->{ 'PAGE' } = 'browse';
 129         } else {
 130             $cookie->{ 'PAGE' } = $session->{ 'PAGE' } || 'clade';
 131         }
 132     }
 133     elsif ( not defined $cookie->{ 'USER' } )
 134     {
 135         $cookie->{ 'PAGE' } = 'login';
 136     }
 137     else
 138     {
 139          $cookie->{ 'PAGE' } = $cgi->param( 'page' ) || 'login';
 140     }
 141
 142     $cookie->{ 'TRACK_STATUS' }    = $session->{ 'TRACK_STATUS' };
 143     $cookie->{ 'CLADE' }           = $cgi->param( 'clade' )       || $session->{ 'CLADE' };
 144     $cookie->{ 'GENOME' }          = $cgi->param( 'genome' )      || $session->{ 'GENOME' };
 145     $cookie->{ 'ASSEMBLY' }        = $cgi->param( 'assembly' )    || $session->{ 'ASSEMBLY' };
 146     $cookie->{ 'CONTIG' }          = $cgi->param( 'contig' )      || $session->{ 'CONTIG' };
 147     $cookie->{ 'Q_ID' }            = $cgi->param( 'q_id' )        || $session->{ 'Q_ID' };
 148     $cookie->{ 'NAV_START' }     ||= defined $cgi->param( 'nav_start' ) ? $cgi->param( 'nav_start' ) : $session->{ 'NAV_START' };
 149     $cookie->{ 'NAV_END' }       ||= defined $cgi->param( 'nav_end' )   ? $cgi->param( 'nav_end' )   : $session->{ 'NAV_END' };
 150     $cookie->{ 'NAV_CENTER' }      = $cgi->param( 'nav_center' );
 151     $cookie->{ 'S_BEG' }           = defined $cgi->param( 's_beg' ) ? $cgi->param( 's_beg' ) : $session->{ 'S_BEG' };
 152     $cookie->{ 'S_END' }           = defined $cgi->param( 's_end' ) ? $cgi->param( 's_end' ) : $session->{ 'S_END' };
 153     $cookie->{ 'STRAND' }          = $cgi->param( 'strand' )      || $session->{ 'STRAND' };
 154     $cookie->{ 'TRACK' }           = $cgi->param( 'track' );
 155     $cookie->{ 'ZOOM_IN1' }        = $cgi->param( 'zoom_in1' );
 156     $cookie->{ 'ZOOM_IN2' }        = $cgi->param( 'zoom_in2' );
 157     $cookie->{ 'ZOOM_IN3' }        = $cgi->param( 'zoom_in3' );
 158     $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' }       = $cgi->param( 'zoom_out1' );
 159     $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' }       = $cgi->param( 'zoom_out2' );
 160     $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' }       = $cgi->param( 'zoom_out3' );
 161     $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' }      = $cgi->param( 'move_left1' );
 162     $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' }      = $cgi->param( 'move_left2' );
 163     $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' }      = $cgi->param( 'move_left3' );
 164     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' }     = $cgi->param( 'move_right1' );
 165     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' }     = $cgi->param( 'move_right2' );
 166     $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' }     = $cgi->param( 'move_right3' );
 167
 168     $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }       = 1200;   # Width of browser image in pixels
 169     $cookie->{ 'IMG_HEIGHT' }      = 800;    # Height of browser image in pixels  # TODO: Redundant?
 170     $cookie->{ 'WIGGLE_HEIGHT' }   = 75;     # Height of Wiggle tracks in pixels
 171     $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }    = 20;
 172     $cookie->{ 'TRACK_SPACE' }     = 20;
 173     $cookie->{ 'RULER_FONT_SIZE' } = 10;     # Size of ruler font in pixels
 174     $cookie->{ 'RULER_COLOR' }     = [ 0, 0, 0 ];
 175     $cookie->{ 'SEQ_FONT_SIZE' }   = 10;
 176     $cookie->{ 'SEQ_COLOR' }       = [ 0, 0, 0, ];
 177     $cookie->{ 'FEAT_WIDTH' }      = 5;
 178     $cookie->{ 'FEAT_COLOR' }      = [ 0, 0, 0 ];
 179 #    $cookie->{ 'FEAT_MAX' }        = 5000;   # TODO: Reduntant?
 180
 181 #    $cookie->{ 'LIST_USER' }       = Maasha::BGB::Track::list_users();  # TODO: Redundant?
 182
 183     if ( $cookie->{ 'USER' } and not $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } )
 184     {
 185         $cookie->{ 'LIST_CLADE' }      = Maasha::BGB::Track::list_clades(     $cookie->{ 'USER' } );
 186
 187         if ( $cookie->{ 'CLADE' } )
 188         {
 189             $cookie->{ 'LIST_GENOME' }     = Maasha::BGB::Track::list_genomes(    $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' } );
 190
 191             if ( $cookie->{ 'GENOME' } )
 192             {
 193                 $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' }   = Maasha::BGB::Track::list_assemblies( $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' } );
 194
 195                 if ( $cookie->{ 'ASSEMBLY' } )
 196                 {
 197                     $cookie->{ 'LIST_CONTIG' }     = Maasha::BGB::Track::list_contigs(    $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' }, $cookie->{ 'ASSEMBLY' } );
 198                 }
 199             }
 200         }
 201
 202         if ( $cookie->{ 'CONTIG' } )
 203         {
 204             cookie_start( $cookie );
 205             cookie_end( $cookie );
 206             cookie_zoom( $cookie );
 207             cookie_move( $cookie );
 208             cookie_center( $cookie );
 209             cookie_track_status( $cookie );
 210         }
 211     }
 212
 213     $cookie->{ 'STRAND' } = '+' if defined $cookie->{ 'STRAND' } and $cookie->{ 'STRAND' } eq ' ';   # FIXME ugly HTML fix
 214
 215     session_store( $cookie, $session );
 216
 217     return wantarray ? %{ $cookie } : $cookie;
 218 }
 219
 220
 221 sub session_restore
 222 {
 223     # Martin A. Hansen, March 2010.
 224
 225     # Restores session and returns this.
 226
 227     my ( $cookie,   # cookie hash
 228        ) = @_;
 229
 230     # Returns hashref.
 231
 232     my ( $session );
 233
 234     if ( defined $cookie->{ 'USER' } and -d "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }" ) {
 235         $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/session.json" );
 236     }
 237
 238     return wantarray ? %{ $session } : $session;
 239 }
 240
 241
 242 sub session_store
 243 {
 244     # Martin A. Hansen, March 2010.
 245
 246     # Store a session updated with cookie information to session file.
 247
 248     my ( $cookie,    # cookie hash
 249          $session,   # session hash
 250        ) = @_;
 251
 252     # Returns nothing.
 253
 254     my ( $new_session );
 255
 256     if ( defined $cookie->{ 'USER' } and $cookie->{ 'USER' } ne '' and -d "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }" )
 257     {
 258         $new_session->{ 'PASSWORD' }   = $session->{ 'PASSWORD' };
 259         $new_session->{ 'SESSION_ID' } = $session->{ 'SESSION_ID' };
 260         $new_session->{ 'TIME' }       = Maasha::Common::time_stamp();
 261         $new_session->{ 'PAGE' }       = $cookie->{ 'PAGE' };
 262
 263         if ( $cookie->{ 'PAGE' } =~ /browse|export_pdf|export_svg/ )
 264         {
 265             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 266             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 267             $new_session->{ 'ASSEMBLY' }  = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 268             $new_session->{ 'CONTIG' }    = $cookie->{ 'CONTIG' };
 269             $new_session->{ 'NAV_START' } = $cookie->{ 'NAV_START' };
 270             $new_session->{ 'NAV_END' }   = $cookie->{ 'NAV_END' };
 271         }
 272         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'contig' )
 273         {
 274             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 275             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 276             $new_session->{ 'ASSEMBLY' }  = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 277         }
 278         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'assembly' )
 279         {
 280             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 281             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 282         }
 283         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'genome' )
 284         {
 285             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 286         }
 287         elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } =~ /export|dna/ )
 288         {
 289             $new_session->{ 'CLADE' }     = $cookie->{ 'CLADE' };
 290             $new_session->{ 'GENOME' }    = $cookie->{ 'GENOME' };
 291             $new_session->{ 'ASSEMBLY' }  = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 292             $new_session->{ 'CONTIG' }    = $cookie->{ 'CONTIG' };
 293             $new_session->{ 'Q_ID' }      = $cookie->{ 'Q_ID' };
 294             $new_session->{ 'S_BEG' }     = $cookie->{ 'S_BEG' };
 295             $new_session->{ 'S_END' }     = $cookie->{ 'S_END' };
 296             $new_session->{ 'STRAND' }    = $cookie->{ 'STRAND' };
 297         }
 298
 299         $new_session->{ 'TRACK_STATUS' } = $cookie->{ 'TRACK_STATUS' };
 300
 301         Maasha::BGB::Session::session_store( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/session.json", $new_session );
 302     }
 303 }
 304
 305
 306 sub session_id_check
 307 {
 308     # Martin A. Hansen, March 2010.
 309
 310     # Check that the session id in the cookie and session match.
 311     # Sets SESSION_ERROR flag in cookie if not matching.
 312
 313     my ( $cookie,    # cookie hash
 314          $session,   # session hash
 315        ) = @_;
 316
 317     # Returns nothing.
 318
 319     if ( defined $cookie->{ 'SESSION_ID' } and defined $session->{ 'SESSION_ID' } )
 320     {
 321         if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ne $session->{ 'SESSION_ID' } ) {
 322             $cookie->{ 'SESSION_ERROR' } = 1;
 323         } else {
 324             $cookie->{ 'SESSION_ERROR' } = 0;
 325         }
 326     }
 327 }
 328
 329
 330 sub cookie_login
 331 {
 332     # Martin A. Hansen, December 2009.
 333
 334     # Check a user and password from CGI against the password file and
 335     # set the session ID, if found, in the cookie.
 336
 337     my ( $cookie,   # cookie hash
 338        ) = @_;
 339
 340     # Returns nothing.
 341
 342     my ( $session );
 343
 344     if ( defined $cookie->{ 'PASSWORD' } )
 345     {
 346         if ( defined $cookie->{ 'USER' } and -d "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }" )
 347         {
 348             $session = Maasha::BGB::Session::session_restore( "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/session.json" );
 349
 350             if ( $session->{ 'PASSWORD' } eq Digest::MD5::md5_hex( $cookie->{ 'PASSWORD' } ) )
 351             {
 352                 $cookie->{ 'TIME' }          = Maasha::Common::time_stamp();
 353                 $cookie->{ 'SESSION_ID' }  ||= Maasha::BGB::Session::session_new();
 354                 $cookie->{ 'LOGIN' }         = 1;
 355                 $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' }   = 0;
 356             }
 357             else
 358             {
 359                 $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } = 1;
 360             }
 361         }
 362         else
 363         {
 364             $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } = 1;
 365         }
 366     }
 367 }
 368
 369
 370 sub cookie_start
 371 {
 372     # Martin A. Hansen, November 2009.
 373
 374     # Decommify the cookie value for NAV_START and adjust it to
 375     # to prevent negative values.
 376
 377     my ( $cookie,   # cookie hash
 378        ) = @_;
 379
 380     # Returns nothing.
 381
 382     if ( defined $cookie->{ 'NAV_START' } )
 383     {
 384         $cookie->{ 'NAV_START' } =~ tr/,//d;
 385         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0 if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 386     }
 387     else
 388     {
 389         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0;
 390     }
 391 }
 392
 393
 394 sub cookie_end
 395 {
 396     # Martin A. Hansen, November 2009.
 397
 398     # Decommify the cookie value for NAV_END and adjust it to prevent
 399     # overshooting the max value for the contig size as determined
 400     # from the cookie.
 401
 402     my ( $cookie,   # cookie hash
 403        ) = @_;
 404
 405     # Returns nothing.
 406
 407     my ( $max );
 408
 409     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 410
 411     if ( defined $cookie->{ 'NAV_END' } )
 412     {
 413         $cookie->{ 'NAV_END' } =~ tr/,//d;
 414         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 415     }
 416     else
 417     {
 418         $cookie->{ 'NAV_END' } = $max;
 419     }
 420 }
 421
 422
 423 sub cookie_zoom
 424 {
 425     # Martin A. Hansen, November 2009.
 426
 427     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 428     # on cookie ZOOM values.
 429
 430     my ( $cookie,   # cookie hash
 431        ) = @_;
 432
 433     # Returns nothing.
 434
 435     my ( $max, $dist, $new_dist, $dist_diff );
 436
 437     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 438
 439     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 440
 441     if ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN1' } ) {
 442         $new_dist = $dist / 1.5;
 443     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN2' } ) {
 444         $new_dist = $dist / 3;
 445     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_IN3' } ) {
 446         $new_dist = $dist / 10;
 447     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT1' } ) {
 448         $new_dist = $dist * 1.5;
 449     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT2' } ) {
 450         $new_dist = $dist * 3;
 451     } elsif ( defined $cookie->{ 'ZOOM_OUT3' } ) {
 452         $new_dist = $dist * 10;
 453     }
 454
 455     if ( $new_dist )
 456     {
 457         $dist_diff = $dist - $new_dist;
 458
 459         $cookie->{ 'NAV_START' } = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + ( $dist_diff / 2 ) );
 460         $cookie->{ 'NAV_END' }   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   - ( $dist_diff / 2 ) );
 461
 462         $cookie->{ 'NAV_START' } = 0    if $cookie->{ 'NAV_START' } < 0;
 463         $cookie->{ 'NAV_END' }   = $max if $cookie->{ 'NAV_END' } > $max;
 464     }
 465 }
 466
 467
 468 sub cookie_move
 469 {
 470     # Martin A. Hansen, November 2009.
 471
 472     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 473     # on cookie MOVE values.
 474
 475     my ( $cookie,   # cookie hash
 476        ) = @_;
 477
 478     # Returns nothing.
 479
 480     my ( $max, $dist, $shift, $new_start, $new_end );
 481
 482     $max = Maasha::Filesys::file_size( Maasha::BGB::Track::path_seq( $cookie ) );
 483
 484     $dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 485
 486     if ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT1' } ) {
 487         $shift = -1 * $dist * 0.10;
 488     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT2' } ) {
 489         $shift = -1 * $dist * 0.475;
 490     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_LEFT3' } ) {
 491         $shift = -1 * $dist * 0.95;
 492     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT1' } ) {
 493         $shift = $dist * 0.10;
 494     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT2' } ) {
 495         $shift = $dist * 0.475;
 496     } elsif ( defined $cookie->{ 'MOVE_RIGHT3' } ) {
 497         $shift = $dist * 0.95;
 498     }
 499
 500     if ( $shift )
 501     {
 502         $new_start = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $shift );
 503         $new_end   = int( $cookie->{ 'NAV_END' }   + $shift );
 504
 505         if ( $new_start > 0 and $new_end < $max )
 506         {
 507             $cookie->{ 'NAV_START' } = $new_start;
 508             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $new_end;
 509         }
 510     }
 511 }
 512
 513
 514 sub cookie_center
 515 {
 516     # Martin A. Hansen, March 2010.
 517
 518     # Adjust the cookie values for NAV_START and NAV_END based
 519     # on cookie CENTER value if defined.
 520
 521     my ( $cookie,   # cookie hash
 522        ) = @_;
 523
 524     # Returns nothing.
 525
 526     my ( $l_dist, $r_dist );
 527
 528     if ( defined $cookie->{ 'NAV_CENTER' } )
 529     {
 530         $l_dist = $cookie->{ 'NAV_CENTER' } - $cookie->{ 'NAV_START' };
 531         $r_dist = $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_CENTER' };
 532
 533         if ( $l_dist > $r_dist ) {
 534             $cookie->{ 'NAV_START' } = $cookie->{ 'NAV_END' } - 2 * $r_dist;
 535         } else {
 536             $cookie->{ 'NAV_END' } = $cookie->{ 'NAV_START' } + 2 * $l_dist;
 537         }
 538     }
 539 }
 540
 541
 542 sub cookie_track_status
 543 {
 544     # Martin A. Hansen, March 2010.
 545
 546     #
 547
 548     my ( $cookie,   # cookie hash
 549        ) = @_;
 550
 551     # Returns nothing.
 552
 553     my ( $clade, $genome, $assembly, $track );
 554
 555     $clade    = $cookie->{ 'CLADE' };
 556     $genome   = $cookie->{ 'GENOME' };
 557     $assembly = $cookie->{ 'ASSEMBLY' };
 558     $track    = $cookie->{ 'TRACK' };
 559
 560     if ( $track )
 561     {
 562         if ( $cookie->{ 'TRACK_STATUS' }->{ $clade }->{ $genome }->{ $assembly }->{ $track } ) {
 563             $cookie->{ 'TRACK_STATUS' }->{ $clade }->{ $genome }->{ $assembly }->{ $track } = 0;
 564         } else {
 565             $cookie->{ 'TRACK_STATUS' }->{ $clade }->{ $genome }->{ $assembly }->{ $track } = 1;
 566         }
 567     }
 568 }
 569
 570
 571 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> PAGES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 572
 573
 574 sub page
 575 {
 576     # Martin A. Hansen, November 2009.
 577
 578     # Determines what page to render based on
 579     # the cookie's PAGE setting.
 580
 581     my ( $cookie,   # cookie hash
 582        ) = @_;
 583
 584     # Returns a list.
 585
 586     my ( @html );
 587
 588     if ( $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) {
 589         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "session_id", value => $cookie->{ 'SESSION_ID' } ) );
 590     }
 591
 592     if ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'login' ) {
 593         push @html, page_login( $cookie );
 594     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'search' ) {
 595         push @html, page_search( $cookie );
 596     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'browse' ) {
 597         push @html, page_browse( $cookie );
 598     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'dna' ) {
 599         push @html, page_dna( $cookie );
 600     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export' ) {
 601         push @html, page_export( $cookie );
 602     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export_pdf' ) {
 603         push @html, page_export_pdf( $cookie );
 604     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'export_svg' ) {
 605         push @html, page_export_svg( $cookie );
 606     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'clade' ) {
 607         push @html, page_clade( $cookie );
 608     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'genome' ) {
 609         push @html, page_genome( $cookie );
 610     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'assembly' ) {
 611         push @html, page_assembly( $cookie );
 612     } elsif ( $cookie->{ 'PAGE' } eq 'contig' ) {
 613         push @html, page_contig( $cookie );
 614     }
 615
 616     return wantarray ? @html : \@html;
 617 }
 618
 619
 620 sub page_login
 621 {
 622     # Martin A. Hansen, December 2009.
 623
 624     # Renders the login page.
 625
 626     my ( $cookie,
 627        ) = @_;
 628
 629     # Returns a list.
 630
 631     my ( @html );
 632
 633     push @html, section_login( $cookie );
 634
 635     return wantarray ? @html : \@html;
 636 }
 637
 638
 639 sub page_search
 640 {
 641     # Martin A. Hansen, December 2009.
 642
 643     # Renders the search page.
 644
 645     my ( $cookie,
 646        ) = @_;
 647
 648     # Returns a list.
 649
 650     my ( @html );
 651
 652     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 653     push @html, section_search( $cookie );
 654
 655     return wantarray ? @html : \@html;
 656 }
 657
 658
 659 sub page_browse
 660 {
 661     # Martin A. Hansen, November 2009.
 662
 663     # Renders the browse page.
 664
 665     my ( $cookie,
 666        ) = @_;
 667
 668     # Returns a list.
 669
 670     my ( @html );
 671
 672     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 673     push @html, section_navigate( $cookie );
 674     push @html, section_browse( $cookie );
 675     push @html, section_linkout( $cookie );
 676
 677     return wantarray ? @html : \@html;
 678 }
 679
 680
 681 sub page_dna
 682 {
 683     # Martin A. Hansen, November 2009.
 684
 685     # Renders the DNA page.
 686
 687     my ( $cookie,
 688        ) = @_;
 689
 690     # Returns a list.
 691
 692     my ( @html );
 693
 694     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 695     push @html, section_dna( $cookie );
 696
 697     return wantarray ? @html : \@html;
 698 }
 699
 700
 701 sub page_export
 702 {
 703     # Martin A. Hansen, November 2009.
 704
 705     # Renders the export page.
 706
 707     my ( $cookie,
 708        ) = @_;
 709
 710     # Returns a list.
 711
 712     my ( @html );
 713
 714     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 715     push @html, section_export( $cookie );
 716
 717     return wantarray ? @html : \@html;
 718 }
 719
 720
 721 sub page_export_pdf
 722 {
 723     # Martin A. Hansen, March 2010.
 724
 725     # Renders the export PDF page.
 726
 727     my ( $cookie,
 728        ) = @_;
 729
 730     # Returns a list.
 731
 732     my ( @html );
 733
 734     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 735     push @html, section_export_pdf( $cookie );
 736
 737     return wantarray ? @html : \@html;
 738 }
 739
 740
 741 sub page_export_svg
 742 {
 743     # Martin A. Hansen, March 2010.
 744
 745     # Renders the export SVG page.
 746
 747     my ( $cookie,
 748        ) = @_;
 749
 750     # Returns a list.
 751
 752     my ( @html );
 753
 754     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 755     push @html, section_export_svg( $cookie );
 756
 757     return wantarray ? @html : \@html;
 758 }
 759
 760
 761 sub page_clade
 762 {
 763     # Martin A. Hansen, March 2010.
 764
 765     # Renders the clade selection page.
 766
 767     my ( $cookie,   # cookie hash
 768        ) = @_;
 769
 770     # Returns a list.
 771
 772     my ( @html );
 773
 774     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 775     push @html, section_clade( $cookie );
 776
 777     return wantarray ? @html : \@html;
 778 }
 779
 780
 781 sub page_genome
 782 {
 783     # Martin A. Hansen, March 2010.
 784
 785     # Renders the genome selection page.
 786
 787     my ( $cookie,   # cookie hash
 788        ) = @_;
 789
 790     # Returns a list.
 791
 792     my ( @html );
 793
 794     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 795     push @html, section_genome( $cookie );
 796
 797     return wantarray ? @html : \@html;
 798 }
 799
 800
 801 sub page_assembly
 802 {
 803     # Martin A. Hansen, March 2010.
 804
 805     # Renders the clade selection page.
 806
 807     my ( $cookie,   # cookie hash
 808        ) = @_;
 809
 810     # Returns a list.
 811
 812     my ( @html );
 813
 814     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 815     push @html, section_assembly( $cookie );
 816
 817     return wantarray ? @html : \@html;
 818 }
 819
 820
 821 sub page_contig
 822 {
 823     # Martin A. Hansen, November 2009.
 824
 825     # Renders the browse page.
 826
 827     my ( $cookie,   # cookie hash
 828        ) = @_;
 829
 830     # Returns a list.
 831
 832     my ( @html );
 833
 834     push @html, section_taxonomy_table( $cookie );
 835     push @html, section_contig( $cookie );
 836
 837     return wantarray ? @html : \@html;
 838 }
 839
 840
 841 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SECTIONS <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 842
 843
 844 sub section_login
 845 {
 846     # Martin A. Hansen, December 2009.
 847
 848     # Returns a HTML section with a login menu.
 849
 850     my ( $cookie,   # cookie hash
 851        ) = @_;
 852
 853     # Returns a list.
 854
 855     my ( $user, $password, $login, @html );
 856
 857     $user     = Maasha::XHTML::text( name => "user", value => "", size => 20 );
 858     $password = Maasha::XHTML::password( name => "password", value => "", size => 20 );
 859     $login    = Maasha::XHTML::submit( name => "login_submit", value => "Login" );
 860
 861     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Login", class => 'center' );
 862
 863     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Login table", align => 'center' );
 864     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "User:", $user ] );
 865     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "Password:", $password ] );
 866     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ "", $login ] );
 867     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 868
 869     if ( defined $cookie->{ 'CLADE' }     and
 870          defined $cookie->{ 'GENOME' }    and
 871          defined $cookie->{ 'ASSEMBLY' }  and
 872          defined $cookie->{ 'CONTIG' }    and
 873          defined $cookie->{ 'NAV_START' } and
 874          defined $cookie->{ 'NAV_END' }
 875     )
 876     {
 877         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",     value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
 878         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",    value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
 879         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly",  value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
 880         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",    value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
 881         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "nav_start", value => $cookie->{ 'NAV_START' } ) );
 882         push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "nav_end",   value => $cookie->{ 'NAV_END' } ) );
 883     }
 884
 885     if ( $cookie->{ 'LOGIN_ERROR' } ) {
 886         push @html, Maasha::XHTML::h3( txt => "Bad user or password - please retry", class => 'error' );
 887     }
 888
 889     return wantarray ? @html : \@html;
 890 }
 891
 892
 893 sub section_taxonomy_table
 894 {
 895     # Martin A. Hansen, November 2009.
 896
 897     # Returns a HTML section with a taxonomy table
 898     # showing the location in the taxonomy and with
 899     # links to browse the taxonomy.
 900
 901     my ( $cookie,   # cookie hash
 902        ) = @_;
 903
 904     # Returns a list.
 905
 906     my ( $page, @row, @html, $href, $txt );
 907
 908     foreach $page ( @{ $cookie->{ 'LIST_PAGES' } } )
 909     {
 910         last if $page eq $cookie->{ 'PAGE' } or $page eq 'browse';
 911
 912         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=$page";
 913         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 914         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 915         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }"       if $page !~ /clade/;
 916         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }"     if $page !~ /clade|genome/;
 917         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }" if $page !~ /clade|genome|assembly/;
 918         $href .= "&contig=$cookie->{ 'CONTIG' }"     if $page !~ /clade|genome|assembly|contig/;
 919
 920         $txt = ": $cookie->{ uc $page }";
 921
 922         push @row, Maasha::XHTML::ln( txt => $page, href => $href, class => 'inline' );
 923         push @row, Maasha::XHTML::p(  txt => $txt, class => 'inline' );
 924     }
 925
 926     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 927     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ join( "\n", @row ) ], align => 'center' );
 928     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 929
 930     return wantarray ? @html : \@html;
 931 }
 932
 933
 934 sub section_clade
 935 {
 936     # Martin A. Hansen, March 2010.
 937
 938     # Returns a HTML section with clade selection choices
 939     # for navigating the taxonomy tree.
 940
 941     my ( $cookie,   # cookie hash
 942        ) = @_;
 943
 944     # Returns a list.
 945
 946     my ( @html, $clade, $href );
 947
 948     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select clade", class => 'center' );
 949
 950     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 951
 952     foreach $clade ( @{ $cookie->{ 'LIST_CLADE' } } )
 953     {
 954         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=genome";
 955         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 956         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 957         $href .= "&clade=$clade";
 958
 959         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $clade, href => $href ) ] );
 960     }
 961
 962     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 963
 964     return wantarray ? @html : \@html;
 965 }
 966
 967
 968 sub section_genome
 969 {
 970     # Martin A. Hansen, March 2010.
 971
 972     # Returns a HTML section with genome selection choices
 973     # for navigating the taxonomy tree.
 974
 975     my ( $cookie,   # cookie hash
 976        ) = @_;
 977
 978     # Returns a list.
 979
 980     my ( @html, $genome, $href );
 981
 982     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select genome", class => 'center' );
 983
 984     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
 985
 986     foreach $genome ( @{ $cookie->{ 'LIST_GENOME' } } )
 987     {
 988         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=assembly";
 989         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
 990         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
 991         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
 992         $href .= "&genome=$genome";
 993
 994         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $genome, href => $href ) ] );
 995     }
 996
 997     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
 998
 999     return wantarray ? @html : \@html;
1000 }
1001
1002
1003 sub section_assembly
1004 {
1005     # Martin A. Hansen, March 2010.
1006
1007     # Returns a HTML section with assembly selection choices
1008     # for navigating the taxonomy tree.
1009
1010     my ( $cookie,   # cookie hash
1011        ) = @_;
1012
1013     # Returns a list.
1014
1015     my ( @html, $assembly, $href );
1016
1017     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select assembly", class => 'center' );
1018
1019     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
1020
1021     foreach $assembly ( @{ $cookie->{ 'LIST_ASSEMBLY' } } )
1022     {
1023         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=contig";
1024         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
1025         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
1026         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
1027         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }";
1028         $href .= "&assembly=$assembly";
1029
1030         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $assembly, href => $href ) ] );
1031     }
1032
1033     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1034
1035     return wantarray ? @html : \@html;
1036 }
1037
1038
1039 sub section_contig
1040 {
1041     # Martin A. Hansen, March 2010.
1042
1043     # Returns a HTML section with contig selection choices
1044     # for navigating the taxonomy tree.
1045
1046     my ( $cookie,   # cookie hash
1047        ) = @_;
1048
1049     # Returns a list.
1050
1051     my ( @html, $contig, $href );
1052
1053     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Select contig", class => 'center' );
1054
1055     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
1056
1057     foreach $contig ( @{ $cookie->{ 'LIST_CONTIG' } } )
1058     {
1059         $href  = "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse";
1060         $href .= "&session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }";
1061         $href .= "&user=$cookie->{ 'USER' }";
1062         $href .= "&clade=$cookie->{ 'CLADE' }";
1063         $href .= "&genome=$cookie->{ 'GENOME' }";
1064         $href .= "&assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }";
1065         $href .= "&contig=$contig";
1066
1067         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ Maasha::XHTML::ln( txt => $contig, href => $href ) ] );
1068     }
1069
1070     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1071
1072     return wantarray ? @html : \@html;
1073 }
1074
1075
1076 sub section_navigate
1077 {
1078     # Martin A. Hansen, November 2009.
1079
1080     # Returns a HTML section for navigating in the browser window.
1081
1082     my ( $cookie,   # cookie hash
1083        ) = @_;
1084
1085     # Returns a list.
1086
1087     my ( @html, $nav_val );
1088
1089     $nav_val = Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_START' } ) . "-" . Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'NAV_END' } );
1090
1091     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table", align => 'center' );
1092     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
1093         "Position or search term:",
1094         Maasha::XHTML::text( name => "nav_search", value => $nav_val, size => 30 ),
1095         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
1096     ] );
1097     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1098
1099     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Zoom table", align => 'center' );
1100     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
1101         Maasha::XHTML::p( txt => 'Move:' ),
1102         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left3",  value => "<<<", title => "move 95% to the left" ),
1103         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left2",  value => "<<",  title => "move 47.5% to the left" ),
1104         Maasha::XHTML::submit( name => "move_left1",  value => "<",   title => "move 10% to the left" ),
1105         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right1", value => ">",   title => "move 10% to the rigth" ),
1106         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right2", value => ">>",  title => "move 47.5% to the rigth" ),
1107         Maasha::XHTML::submit( name => "move_right3", value => ">>>", title => "move 95% to the right" ),
1108         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom in:' ),
1109         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in1", value => "1.5x" ),
1110         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in2", value => "3x" ),
1111         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_in3", value => "10x" ),
1112         Maasha::XHTML::p( txt => 'Zoom out:' ),
1113         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out1", value => "1.5x" ),
1114         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out2", value => "3x" ),
1115         Maasha::XHTML::submit( name => "zoom_out3", value => "10x" ),
1116     ] );
1117     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1118
1119     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "browse" ) );
1120     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
1121     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
1122     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
1123     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
1124     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
1125
1126     return wantarray ? @html : \@html;
1127 }
1128
1129
1130 sub section_linkout
1131 {
1132     # Martin A. Hansen, March 2010.
1133
1134     # Returns a HTML section for a static link based on information in the cookie.
1135
1136     my ( $cookie,   # cookie hash
1137        ) = @_;
1138
1139     # Returns a list.
1140
1141     my ( $link_out, $link_pdf, $link_svg, @html );
1142
1143     $link_out = Maasha::XHTML::ln(
1144         txt  => 'link',
1145         href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1146                            "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1147                            "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1148                            "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1149                            "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1150                            "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1151                            "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1152               ),
1153         title  => "Static link to this view",
1154     );
1155
1156     $link_pdf = Maasha::XHTML::ln(
1157         txt  => 'PDF',
1158         href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export_pdf",
1159                            "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1160                            "user=$cookie->{ 'USER' }",
1161                            "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1162                            "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1163                            "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1164                            "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1165                            "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1166                            "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1167               ),
1168         title  => "Export view in PDF",
1169     );
1170
1171     $link_svg = Maasha::XHTML::ln(
1172         txt  => 'SVG',
1173         href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export_svg",
1174                            "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1175                            "user=$cookie->{ 'USER' }",
1176                            "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1177                            "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1178                            "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1179                            "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1180                            "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1181                            "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1182               ),
1183         title  => "Export view in SVG",
1184     );
1185
1186     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => "$link_out $link_pdf $link_svg", class => 'center' );
1187
1188     return wantarray ? @html : \@html;
1189 }
1190
1191
1192 sub section_browse
1193 {
1194     my ( $cookie,
1195        ) = @_;
1196
1197     # Returns a list.
1198
1199     my ( @track_list, $i, @tracks, $track, $elem, $png_data, @html, @img, $x1, $y1, $x2, $y2, $factor, $center );
1200
1201     push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
1202     push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
1203
1204     @track_list = Maasha::BGB::Track::list_track_dir( $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' }, $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' } );
1205
1206     for ( $i = 0; $i < @track_list; $i++ )
1207     {
1208         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
1209
1210         push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $track_list[ $i ], $cookie ) ];
1211     }
1212
1213     unshift @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_grid( $cookie ) ];
1214
1215     $png_data = Maasha::BGB::Draw::render_png( $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }, \@tracks );
1216
1217     push @img, Maasha::XHTML::img(
1218         src    => "data:image/png;base64,$png_data",
1219         alt    => "Browser Tracks",
1220         height => $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' },
1221         width  => $cookie->{ 'IMG_WIDTH' },
1222         id     => "browser_map",
1223         usemap => "#browser_map"
1224     );
1225
1226     push @img, Maasha::XHTML::map_beg( name => "browser_map", id => "browser_map" );
1227
1228     $factor = ( $cookie->{ 'NAV_END' } - $cookie->{ 'NAV_START' } + 1 ) / $cookie->{ 'IMG_WIDTH' };
1229
1230     for ( $i = 0; $i < $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }; $i += 5 )
1231     {
1232         $x1 = $i;
1233         $y1 = 10;
1234         $x2 = $i + 5;
1235         $y2 = 20;
1236
1237         $center = int( $cookie->{ 'NAV_START' } + $factor * $i );
1238
1239         push @img, Maasha::XHTML::area(
1240             href   => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1241                                  "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1242                                  "user=$cookie->{ 'USER' }",
1243                                  "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1244                                  "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1245                                  "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1246                                  "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1247                                  "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1248                                  "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1249                                  "nav_center=$center",
1250                       ),
1251             shape  => 'rect',
1252             coords => "$x1, $y1, $x2, $y2",
1253             title  => "Center on " . Maasha::Calc::commify( $center ),
1254         );
1255     }
1256
1257     foreach $track ( @tracks )
1258     {
1259         foreach $elem ( @{ $track } )
1260         {
1261             next if $elem->{ 'type' } =~ /grid|text|wiggle/;
1262
1263             if ( $elem->{ 'type' } eq 'track_name' )
1264             {
1265                 $x1 = $elem->{ 'x1' };
1266                 $y1 = $elem->{ 'y1' } - 10;
1267                 $x2 = $elem->{ 'x1' } + 6 * length $elem->{ 'txt' };
1268                 $y2 = $elem->{ 'y1' };
1269
1270                 if ( Maasha::BGB::Track::track_hide( $cookie, $elem->{ 'track' } ) )
1271                 {
1272                     push @img, Maasha::XHTML::area(
1273                         href   => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1274                                              "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1275                                              "user=$cookie->{ 'USER' }",
1276                                              "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1277                                              "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1278                                              "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1279                                              "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1280                                              "track=$elem->{ 'track' }",
1281                                   ),
1282                         shape  => 'rect',
1283                         coords => "$x1, $y1, $x2, $y2",
1284                         title  => qq(Show track: $elem->{ 'txt' }),
1285                     );
1286                 }
1287                 else
1288                 {
1289                     push @img, Maasha::XHTML::area(
1290                         href   => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1291                                              "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1292                                              "user=$cookie->{ 'USER' }",
1293                                              "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1294                                              "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1295                                              "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1296                                              "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1297                                              "track=$elem->{ 'track' }",
1298                                   ),
1299                         shape  => 'rect',
1300                         coords => "$x1, $y1, $x2, $y2",
1301                         title  => qq(Hide track: $elem->{ 'txt' }),
1302                     );
1303                 }
1304             }
1305             else
1306             {
1307                 push @img, Maasha::XHTML::area(
1308                     href     => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
1309                                            "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1310                                            "user=$cookie->{ 'USER' }",
1311                                            "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1312                                            "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1313                                            "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1314                                            "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1315                                            "s_beg=$elem->{ 's_beg' }",
1316                                            "s_end=$elem->{ 's_end' }",
1317                                            "strand=$elem->{ 'strand' }",
1318                                            "q_id=$elem->{ 'q_id' }",
1319                               ),
1320                     shape  => 'rect',
1321                     coords => "$elem->{ x1 }, $elem->{ y1 }, $elem->{ x2 }, $elem->{ y2 }",
1322                     title  => "$elem->{ 'title' }",
1323                 );
1324             }
1325         }
1326     }
1327
1328     push @img, Maasha::XHTML::map_end();
1329
1330     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => join( "\n", @img ) );
1331
1332     @html = Maasha::XHTML::div( txt => join( "\n", @html ), class => 'browse' );
1333
1334     return wantarray ? @html : \@html;
1335 }
1336
1337
1338 sub section_export
1339 {
1340     # Martin A. Hansen, November 2009.
1341
1342     # Returns a HTML section with export table.
1343
1344     my ( $cookie,   # cookie hash
1345        ) = @_;
1346
1347     # Returns a list.
1348
1349     my ( $feat, @row_dna_contig, @html );
1350
1351     $feat = $cookie->{ 'Q_ID' } || "[no name]";
1352
1353     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Export Feature: "$feat" DNA from Contig: ), class => 'inline' );
1354     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt  => "$cookie->{ 'CONTIG' } Start: ", class => 'inline' );
1355     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_beg", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_BEG' } ), size => 15 );
1356     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "End: ", class => 'inline' );
1357     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::text( name => "s_end", value => Maasha::Calc::commify( $cookie->{ 'S_END' } ), size => 15 );
1358     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::p( txt => "Strand: ", class => 'inline' );
1359     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::menu( name => "strand", options => [ qw( + - ) ], selected => $cookie->{ 'STRAND' } );
1360     push @row_dna_contig, Maasha::XHTML::submit( name => "export", value => "Export", title => "Fetch DNA from this region" );
1361
1362     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Export", class => 'center' );
1363     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Taxonomy select table", align => 'center' );
1364     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => \@row_dna_contig );
1365     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1366
1367     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "page",     value => "dna" ) );
1368     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "user",     value => $cookie->{ 'USER' } ) );
1369     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "clade",    value => $cookie->{ 'CLADE' } ) );
1370     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "genome",   value => $cookie->{ 'GENOME' } ) );
1371     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "assembly", value => $cookie->{ 'ASSEMBLY' } ) );
1372     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::hidden( name => "contig",   value => $cookie->{ 'CONTIG' } ) );
1373
1374     return wantarray ? @html : \@html;
1375 }
1376
1377
1378 sub section_export_pdf
1379 {
1380     # Martin A. Hansen, March 2010.
1381
1382     # Returns a HTML section with export table.
1383
1384     my ( $cookie,   # cookie hash
1385        ) = @_;
1386
1387     # Returns a list.
1388
1389     my ( @tracks, @track_list, $i, $file, @html );
1390
1391     push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
1392     push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
1393
1394     @track_list = Maasha::BGB::Track::list_track_dir( $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' }, $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' } );
1395
1396     for ( $i = 0; $i < @track_list; $i++ )
1397     {
1398         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
1399
1400         push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $track_list[ $i ], $cookie ) ];
1401     }
1402
1403     unshift @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_grid( $cookie ) ];
1404
1405     $file = "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/BGB_export.pdf";
1406
1407     Maasha::BGB::Draw::render_pdf_file( $file, $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }, \@tracks );
1408
1409     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::ln( txt => "BGB_export.pdf", href => $file ), class => 'center' );
1410
1411     return wantarray ? @html : \@html;
1412 }
1413
1414
1415 sub section_export_svg
1416 {
1417     # Martin A. Hansen, March 2010.
1418
1419     # Export view in SVG format.
1420
1421     my ( $cookie,   # cookie hash
1422        ) = @_;
1423
1424     # Returns a list.
1425
1426     my ( @tracks, @track_list, $i, $file, @html );
1427
1428     push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_ruler( $cookie ) ];
1429     push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_seq( $cookie ) ];
1430
1431     @track_list = Maasha::BGB::Track::list_track_dir( $cookie->{ 'USER' }, $cookie->{ 'CLADE' }, $cookie->{ 'GENOME' }, $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' } );
1432
1433     for ( $i = 0; $i < @track_list; $i++ )
1434     {
1435         $cookie->{ 'FEAT_COLOR' } = Maasha::BGB::Draw::palette( $i );
1436
1437         push @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_feature( $track_list[ $i ], $cookie ) ];
1438     }
1439
1440     unshift @tracks, [ Maasha::BGB::Track::track_grid( $cookie ) ];
1441
1442     $file = "$cookie->{ 'SESSION_DIR' }/$cookie->{ 'USER' }/BGB_export.svg";
1443
1444     Maasha::BGB::Draw::render_svg_file( $file, $cookie->{ 'IMG_WIDTH' }, $cookie->{ 'TRACK_OFFSET' }, \@tracks );
1445
1446     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => Maasha::XHTML::ln( txt => "BGB_export.svg", href => $file ), class => 'center' );
1447
1448     return wantarray ? @html : \@html;
1449 }
1450
1451
1452 sub section_search
1453 {
1454     # Martin A. Hansen, November 2009.
1455
1456     # Returns a HTML section with export table.
1457
1458     my ( $cookie,   # cookie hash
1459        ) = @_;
1460
1461     # Returns a list.
1462
1463     my ( $results, $result, $count, @html, $export, $browse );
1464
1465     $results = Maasha::BGB::Track::search_tracks( $cookie );
1466
1467     $count = scalar @{ $results };
1468
1469     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "Search", class => 'center' );
1470     push @html, Maasha::XHTML::p( txt => qq(Results for "$cookie->{ 'SEARCH' }": $count), class => 'center' );
1471
1472     if ( $count > 0 )
1473     {
1474         push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Search table", align => 'center', cellpadding => '5px' );
1475         push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( S_ID S_BEG S_END Q_ID SCORE STRAND HITS ALIGN BLOCK_COUNT BLOCK_BEGS BLOCK_LENS BLOCK_TYPE) ] );
1476
1477         foreach $result ( @{ $results } )
1478         {
1479             $cookie->{ 'CONTIG' }    = $result->{ 'S_ID' };
1480             $cookie->{ 'NAV_START' } = $result->{ 'S_BEG' };
1481             $cookie->{ 'NAV_END' }   = $result->{ 'S_END' };
1482             $cookie->{ 'S_BEG' }     = $result->{ 'S_BEG' };
1483             $cookie->{ 'S_END' }     = $result->{ 'S_END' };
1484             $cookie->{ 'STRAND' }    = $result->{ 'STRAND' };
1485             $cookie->{ 'Q_ID' }      = $result->{ 'Q_ID' };
1486
1487             $browse = Maasha::XHTML::ln(
1488                 txt  => "browse",
1489                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=browse",
1490                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1491                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
1492                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1493                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1494                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1495                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1496                                    "nav_start=$cookie->{ 'NAV_START' }",
1497                                    "nav_end=$cookie->{ 'NAV_END' }",
1498                 ),
1499             );
1500
1501
1502             $export = Maasha::XHTML::ln(
1503                 txt  => "export",
1504                 href => join( "&", "$cookie->{ 'SCRIPT' }?page=export",
1505                                    "session_id=$cookie->{ 'SESSION_ID' }",
1506                                    "user=$cookie->{ 'USER' }",
1507                                    "clade=$cookie->{ 'CLADE' }",
1508                                    "genome=$cookie->{ 'GENOME' }",
1509                                    "assembly=$cookie->{ 'ASSEMBLY' }",
1510                                    "contig=$cookie->{ 'CONTIG' }",
1511                                    "s_beg=$cookie->{ 'S_BEG' }",
1512                                    "s_end=$cookie->{ 'S_END' }",
1513                                    "strand=$cookie->{ 'STRAND' }",
1514                 ),
1515             );
1516
1517             push @html, Maasha::XHTML::table_row_advanced(
1518                 tr => [ { td => $result->{ 'S_ID' } },
1519                         { td => $result->{ 'S_BEG' }, align => 'right' },
1520                         { td => $result->{ 'S_END' }, align => 'right' },
1521                         { td => $result->{ 'Q_ID' } },
1522                         { td => $result->{ 'SCORE' }, align => 'right' },
1523                         { td => $result->{ 'STRAND' } },
1524                         { td => $result->{ 'HITS' }, align => 'right' },
1525                         { td => $result->{ 'ALIGN' } },
1526                         { td => $result->{ 'BLOCK_COUNT' }, align => 'right' },
1527                         { td => $result->{ 'BLOCK_BEGS' } },
1528                         { td => $result->{ 'BLOCK_LENS' } },
1529                         { td => $result->{ 'BLOCK_TYPE' } },
1530                         { td => $browse },
1531                         { td => $export },
1532                 ], class => "monospace"
1533             );
1534         }
1535
1536         push @html, Maasha::XHTML::table_end;
1537     }
1538
1539     return wantarray ? @html : \@html;
1540 }
1541
1542
1543 sub section_dna
1544 {
1545     # Martin A. Hansen, November 2009.
1546
1547     # Returns a HTML section with extracted DNA.
1548
1549     my ( $cookie,   # cookie hash
1550        ) = @_;
1551
1552     # Returns a list.
1553
1554     my ( @html, $beg, $end, $seq );
1555
1556     $beg = $cookie->{ 'S_BEG' };
1557     $end = $cookie->{ 'S_END' };
1558     $beg =~ tr/,//d;
1559     $end =~ tr/,//d;
1560
1561     $seq = join ";", ">$cookie->{ 'GENOME' }", $cookie->{ 'ASSEMBLY' }, $cookie->{ 'CONTIG' }, $beg, $end, "$cookie->{ 'STRAND' }\n";
1562     $seq .= Maasha::BGB::Track::dna_get( $cookie );
1563
1564     push @html, Maasha::XHTML::h2( txt => "DNA", class => 'center' );
1565     push @html, Maasha::XHTML::pre( txt => $seq );
1566
1567     return wantarray ? @html : \@html;
1568 }
1569
1570
1571 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1572
1573
1574 __END__
1575
1576
1577     # my $t0 = Time::HiRes::gettimeofday();
1578     # my $t1 = Time::HiRes::gettimeofday(); print STDERR "Time: " . ( $t1 - $t0 ) . "\n";