www/cgi-bin/index.cgi

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 use strict;
  24 use warnings;
  25
  26 use lib "/Users/maasha/biopieces/code_perl/";
  27
  28 use CGI;
  29 use Data::Dumper;
  30 use Maasha::Common;
  31 use Maasha::XHTML;
  32
  33 my ( $cgi, $script, @html );
  34
  35 $cgi = new CGI;
  36
  37 $script = Maasha::Common::get_scriptname();
  38
  39 push @html, Maasha::XHTML::html_header(
  40     cgi_header  => 1,
  41     title       => "KISS Genome Browser",
  42 #    css_file    => "test.css",
  43     author      => "Martin A. Hansen, mail\@maasha.dk",
  44     description => "Biopieces bacterial genome browser - KISS",
  45     keywords    => [ qw( KISS Biopieces genome browser bacterium bacteria prokaryote prokaryotes ) ],
  46     no_cache    => 1,
  47 );
  48
  49 push @html, Maasha::XHTML::h1( txt => "KISS Genome Browser", class => "center" );
  50 push @html, Maasha::XHTML::form_beg( action => $script, method => "get", enctype => "multipart/form-data" );
  51
  52 push @html, sec_navigate( $cgi );
  53 push @html, sec_browse();
  54
  55 push @html, Maasha::XHTML::form_end;
  56 push @html, Maasha::XHTML::body_end;
  57 push @html, Maasha::XHTML::html_end;
  58
  59 print "$_\n" foreach @html;
  60
  61
  62 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  63
  64
  65 sub sec_navigate
  66 {
  67     my ( $cgi,   # CGI object
  68        ) = @_;
  69
  70     # Returns a list.
  71
  72     my ( $list_clade, $list_genome, $list_assembly, $list_contig, $def_clade, $def_genome, $def_assembly, $def_contig, $def_start, $def_end, @html );
  73
  74     $list_clade    = nav_list_clade();
  75     $list_genome   = nav_list_genome();
  76     $list_assembly = nav_list_assembly();
  77     $list_contig   = nav_list_contig();
  78
  79     $def_clade     = nav_def_clade( $cgi );
  80     $def_genome    = nav_def_genome( $cgi );
  81     $def_assembly  = nav_def_assembly( $cgi );
  82     $def_contig    = nav_def_contig( $cgi );
  83     $def_start     = nav_def_start( $cgi );
  84     $def_end       = nav_def_end( $cgi );
  85
  86     push @html, Maasha::XHTML::table_beg( summary => "Navigation table" );
  87     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [ qw( Clade Genome Assembly Contig Start End ) ], align => 'center' );
  88     push @html, Maasha::XHTML::table_row_simple( tr => [
  89         Maasha::XHTML::menu( name => "nav_clade",    options => $list_clade,    selected => $def_clade ),
  90         Maasha::XHTML::menu( name => "nav_genome",   options => $list_genome,   selected => $def_genome ),
  91         Maasha::XHTML::menu( name => "nav_assembly", options => $list_assembly, selected => $def_assembly ),
  92         Maasha::XHTML::menu( name => "nav_contig",   options => $list_contig,   selected => $def_contig ),
  93         Maasha::XHTML::text( name => "nav_start", value => $def_start, size => 20 ),
  94         Maasha::XHTML::text( name => "nav_end",   value => $def_end,   size => 20 ),
  95         Maasha::XHTML::submit( name => "nav_submit", value => "Submit" ),
  96     ] );
  97     push @html, Maasha::XHTML::table_end;
  98
  99     return wantarray ? @html : \@html;
 100 }
 101
 102
 103 sub sec_browse
 104 {
 105     my ( @html );
 106
 107     push @html, Maasha::XHTML::object( type   => "image/svg+xml",
 108                                        # data   => "/Users/maasha/test.svg",
 109                                        data   => "test.svg",
 110                                        name   => "owMain",
 111                                        width  => "1200",
 112                                        height => "800" );
 113
 114     return wantarray ? @html : \@html;
 115 }
 116
 117
 118 sub nav_list_clade
 119 {
 120     my ( $list_clade );
 121
 122     $list_clade = [ qw( Eukaryote Bacillus Fish ) ];
 123
 124     return wantarray ? @{ $list_clade } : $list_clade;
 125 }
 126
 127
 128 sub nav_list_genome
 129 {
 130     my ( $list_genome );
 131
 132     $list_genome = [ qw( S.aur_COL E.col B.sub ) ];
 133
 134     return wantarray ? @{ $list_genome } : $list_genome;
 135 }
 136
 137
 138 sub nav_list_assembly
 139 {
 140     my ( $list_assembly );
 141
 142     $list_assembly = [ qw( 2008-02-21 2009-01-23 ) ];
 143
 144     return wantarray ? @{ $list_assembly } : $list_assembly;
 145 }
 146
 147
 148 sub nav_list_contig
 149 {
 150     my ( $list_contig );
 151
 152     $list_contig = [ qw( chr1 chr2 ) ];
 153
 154     return wantarray ? @{ $list_contig } : $list_contig;
 155 }
 156
 157
 158 sub nav_def_clade
 159 {
 160     my ( $def_clade );
 161
 162     if ( defined $cgi->param( 'nav_clade' ) )
 163     {
 164         $def_clade = $cgi->param( 'nav_clade' );
 165     }
 166     else
 167     {
 168         $def_clade = "Bacteria";
 169     }
 170
 171     return $def_clade;
 172 }
 173
 174
 175 sub nav_def_genome
 176 {
 177     my ( $def_genome );
 178
 179     if ( defined $cgi->param( 'nav_genome' ) )
 180     {
 181         $def_genome = $cgi->param( 'nav_genome' );
 182     }
 183     else
 184     {
 185         $def_genome = "S.aur_COL";
 186     }
 187
 188     return $def_genome;
 189 }
 190
 191
 192 sub nav_def_assembly
 193 {
 194     my ( $def_assembly );
 195
 196     if ( defined $cgi->param( 'nav_assembly' ) )
 197     {
 198         $def_assembly = $cgi->param( 'nav_assembly' );
 199     }
 200     else
 201     {
 202         $def_assembly = "2009-01-23";
 203     }
 204
 205     return $def_assembly;
 206 }
 207
 208
 209 sub nav_def_contig
 210 {
 211     my ( $def_contig );
 212
 213     if ( defined $cgi->param( 'nav_contig' ) )
 214     {
 215         $def_contig = $cgi->param( 'nav_contig' );
 216     }
 217     else
 218     {
 219         $def_contig = "chr1";
 220     }
 221
 222     return $def_contig;
 223 }
 224
 225
 226 sub nav_def_start
 227 {
 228     my ( $def_start );
 229
 230     if ( defined $cgi->param( 'nav_start' ) )
 231     {
 232         $def_start = $cgi->param( 'nav_start' );
 233     }
 234     else
 235     {
 236         $def_start = 1;
 237     }
 238
 239     return $def_start;
 240 }
 241
 242
 243 sub nav_def_end
 244 {
 245     my ( $def_end );
 246
 247     if ( defined $cgi->param( 'nav_end' ) )
 248     {
 249         $def_end = $cgi->param( 'nav_end' );
 250     }
 251     else
 252     {
 253         $def_end = 2809422;
 254     }
 255
 256     return $def_end;
 257 }
 258
 259
 260 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 261
 262
 263 __END__
 264
 265
 266