code_ruby/test/maasha/test_seq.rb

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2 $:.unshift File.join(File.dirname(__FILE__), '..', '..')
   3
   4 # Copyright (C) 2011 Martin A. Hansen.
   5
   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 # of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
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  15
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
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  20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
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  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
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  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28 require 'maasha/seq'
  29 require 'test/unit'
  30 require 'test/helper'
  31
  32 class TestSeq < Test::Unit::TestCase
  33   def setup
  34     @entry = Seq.new
  35   end
  36
  37   test "Seq.new_bp returns correctly" do
  38     record = {:SEQ_NAME => "test", :SEQ => "ATCG", :SEQ_TYPE => :dna, :SCORES => "hhhh"}
  39     seq    = Seq.new_bp(record)
  40     assert_equal("test", seq.seq_name)
  41     assert_equal("ATCG", seq.seq)
  42     assert_equal(:dna,  seq.type)
  43     assert_equal("hhhh", seq.qual)
  44   end
  45
  46   test "#is_dna? with no sequence type returns false" do
  47     assert(@entry.is_dna? == false)
  48   end
  49
  50   test "#is_dna? with dna sequence type returns true" do
  51     @entry.type = :dna
  52     assert(@entry.is_dna? == true)
  53   end
  54
  55   test "#is_rna? with no sequence type returns false" do
  56     assert(@entry.is_rna? == false)
  57   end
  58
  59   test "#is_rna? with rna sequence type returns true" do
  60     @entry.type = :rna
  61     assert(@entry.is_rna? == true)
  62   end
  63
  64   test "#is_protein? with no sequence type returns false" do
  65     assert(@entry.is_protein? == false)
  66   end
  67
  68   test "#is_protein? with protein sequence type returns true" do
  69     @entry.type = :protein
  70     assert_equal(true, @entry.is_protein?)
  71   end
  72
  73   test "#type_guess without sequence raises" do
  74     assert_raise(SeqError) { @entry.type_guess }
  75   end
  76
  77   test "#type_guess with protein returns protein" do
  78     @entry.seq = 'atcatcrFgatcg'
  79     assert_equal(:protein, @entry.type_guess)
  80   end
  81
  82   test "#type_guess with rna returns rna" do
  83     @entry.seq = 'atcatcrUgatcg'
  84     assert_equal(:rna, @entry.type_guess)
  85   end
  86
  87   test "#type_guess with dna returns dna" do
  88     @entry.seq = 'atcatcgatcg'
  89     assert_equal(:dna, @entry.type_guess)
  90   end
  91
  92   test "#type_guess! without sequence raises" do
  93     assert_raise(SeqError) { @entry.type_guess! }
  94   end
  95
  96   test "#type_guess! with protein returns protein" do
  97     @entry.seq = 'atcatcrFgatcg'
  98     @entry.type_guess!
  99     assert_equal(:protein, @entry.type)
 100   end
 101
 102   test "#type_guess! with rna returns rna" do
 103     @entry.seq = 'atcatcrUgatcg'
 104     @entry.type_guess!
 105     assert_equal(:rna, @entry.type)
 106   end
 107
 108   test "#type_guess! with dna returns dna" do
 109     @entry.seq = 'atcatcgatcg'
 110     @entry.type_guess!
 111     assert_equal(:dna, @entry.type)
 112   end
 113
 114   test "#length returns corretly" do
 115     @entry.seq = 'ATCG'
 116     assert_equal(4, @entry.length)
 117   end
 118
 119   test "#indels returns correctly" do
 120     @entry.seq = 'ATCG.-~_'
 121     assert_equal(4, @entry.indels)
 122   end
 123
 124   test "#to_rna with no sequence raises" do
 125     @entry.type = :dna
 126     assert_raise(SeqError) { @entry.to_rna }
 127   end
 128
 129   test "#to_rna with bad type raises" do
 130     @entry.seq  = 'ATCG'
 131     @entry.type = :rna
 132     assert_raise(SeqError) { @entry.to_rna }
 133   end
 134
 135   test "#to_rna transcribes correctly" do
 136     @entry.seq  = 'ATCGatcg'
 137     @entry.type = :dna
 138     assert_equal("AUCGaucg", @entry.to_rna)
 139   end
 140
 141   test "#to_rna changes entry type to rna" do
 142     @entry.seq  = 'ATCGatcg'
 143     @entry.type = :dna
 144     @entry.to_rna
 145     assert_equal(:rna, @entry.type)
 146   end
 147
 148   test "#to_dna with no sequence raises" do
 149     @entry.type = :rna
 150     assert_raise(SeqError) { @entry.to_dna }
 151   end
 152
 153   test "#to_dna with bad type raises" do
 154     @entry.seq  = 'AUCG'
 155     @entry.type = :dna
 156     assert_raise(SeqError) { @entry.to_dna }
 157   end
 158
 159   test "#to_dna transcribes correctly" do
 160     @entry.seq  = 'AUCGaucg'
 161     @entry.type = :rna
 162     assert_equal("ATCGatcg", @entry.to_dna)
 163   end
 164
 165   test "#to_dna changes entry type to dna" do
 166     @entry.seq  = 'AUCGaucg'
 167     @entry.type = :rna
 168     @entry.to_dna
 169     assert_equal(:dna, @entry.type)
 170   end
 171
 172   test "#to_bp returns correct record" do
 173     @entry.seq_name = 'test'
 174     @entry.seq      = 'ATCG'
 175     assert_equal({:SEQ_NAME=>"test", :SEQ=>"ATCG", :SEQ_LEN=>4}, @entry.to_bp)
 176   end
 177
 178   test "#to_bp with missing seq_name raises" do
 179     @entry.seq = 'ATCG'
 180     assert_raise(SeqError) { @entry.to_bp }
 181   end
 182
 183   test "#to_bp with missing sequence raises" do
 184     @entry.seq_name = 'test'
 185     assert_raise(SeqError) { @entry.to_bp }
 186   end
 187
 188   test "#to_fasta with missing seq_name raises" do
 189     @entry.seq = 'ATCG'
 190     assert_raise(SeqError) { @entry.to_fasta }
 191   end
 192
 193   test "#to_fasta with empty seq_name raises" do
 194     @entry.seq_name = ''
 195     @entry.seq      = 'ATCG'
 196     assert_raise(SeqError) { @entry.to_fasta }
 197   end
 198
 199   test "#to_fasta with missing seq raises" do
 200     @entry.seq_name = 'test'
 201     assert_raise(SeqError) { @entry.to_fasta }
 202   end
 203
 204   test "#to_fasta with empty seq raises" do
 205     @entry.seq_name = 'test'
 206     @entry.seq      = ''
 207     assert_raise(SeqError) { @entry.to_fasta }
 208   end
 209
 210   test "#to_fasta returns correct entry" do
 211     @entry.seq_name = 'test'
 212     @entry.seq      = 'ATCG'
 213     assert_equal(">test\nATCG\n", @entry.to_fasta)
 214   end
 215
 216   test "#to_fasta wraps correctly" do
 217     entry = Seq.new("test", "ATCG")
 218     assert_equal(">test\nAT\nCG\n", entry.to_fasta(2))
 219   end
 220
 221   test "#to_fastq returns correct entry" do
 222     @entry.seq_name = 'test'
 223     @entry.seq      = 'ATCG'
 224     @entry.qual     = 'hhhh'
 225     assert_equal("@test\nATCG\n+\nhhhh\n", @entry.to_fastq)
 226   end
 227
 228   test "#to_key with bad residue raises" do
 229     entry = Seq.new("test", "AUCG")
 230     assert_raise(SeqError) { entry.to_key }
 231   end
 232
 233   test "#to_key returns correctly" do
 234     entry = Seq.new("test", "ATCG")
 235     assert_equal(54, entry.to_key)
 236   end
 237
 238   test "#reverse returns correctly" do
 239     @entry.seq = "ATCG"
 240     new_entry  = @entry.reverse
 241     assert_equal("GCTA", new_entry.seq)
 242     assert_equal("ATCG", @entry.seq)
 243   end
 244
 245   test "#reverse! returns correctly" do
 246     @entry.seq = "ATCG"
 247     @entry.reverse!
 248     assert_equal("GCTA", @entry.seq)
 249   end
 250
 251   test "#complement with no sequence raises" do
 252     @entry.type = :dna
 253     assert_raise(SeqError) { @entry.complement }
 254   end
 255
 256   test "#complement with bad type raises" do
 257     @entry.seq  = 'ATCG'
 258     @entry.type = :protein
 259     assert_raise(SeqError) { @entry.complement }
 260   end
 261
 262   test "#complement for DNA is correct" do
 263     @entry.seq  = 'ATCGatcg'
 264     @entry.type = :dna
 265     comp        = @entry.complement
 266     assert_equal("TAGCtagc", comp.seq)
 267     assert_equal("ATCGatcg", @entry.seq)
 268   end
 269
 270   test "#complement for RNA is correct" do
 271     @entry.seq  = 'AUCGaucg'
 272     @entry.type = :rna
 273     comp        = @entry.complement
 274     assert_equal("UAGCuagc", comp.seq)
 275     assert_equal("AUCGaucg", @entry.seq)
 276   end
 277
 278   test "#complement! with no sequence raises" do
 279     @entry.type = :dna
 280     assert_raise(SeqError) { @entry.complement! }
 281   end
 282
 283   test "#complement! with bad type raises" do
 284     @entry.seq  = 'ATCG'
 285     @entry.type = :protein
 286     assert_raise(SeqError) { @entry.complement! }
 287   end
 288
 289   test "#complement! for DNA is correct" do
 290     @entry.seq  = 'ATCGatcg'
 291     @entry.type = :dna
 292     assert_equal("TAGCtagc", @entry.complement!.seq)
 293   end
 294
 295   test "#complement! for RNA is correct" do
 296     @entry.seq  = 'AUCGaucg'
 297     @entry.type = :rna
 298     assert_equal("UAGCuagc", @entry.complement!.seq)
 299   end
 300
 301
 302   test "#hamming distance returns correctly" do
 303     seq1 = Seq.new("test1", "ATCG")
 304     seq2 = Seq.new("test2", "atgg")
 305     assert_equal(1, seq1.hamming_distance(seq2))
 306   end
 307
 308   test "#generate with length < 1 raises" do
 309     assert_raise(SeqError) { @entry.generate(-10, :dna) }
 310     assert_raise(SeqError) { @entry.generate(0, :dna) }
 311   end
 312
 313   test "#generate with bad type raises" do
 314     assert_raise(SeqError) { @entry.generate(10, "foo") }
 315   end
 316
 317   test "#generate with ok type dont raise" do
 318     %w[dna rna protein].each do |type|
 319       assert_nothing_raised { @entry.generate(10, type.to_sym) }
 320     end
 321   end
 322
 323   test "#shuffle returns correctly" do
 324     orig       = "actgactgactgatcgatcgatcgatcgtactg"
 325     @entry.seq = "actgactgactgatcgatcgatcgatcgtactg"
 326     entry_shuf = @entry.shuffle
 327     assert_equal(orig, @entry.seq)
 328     assert_not_equal(@entry.seq, entry_shuf.seq)
 329   end
 330
 331   test "#shuffle! returns correctly" do
 332     @entry.seq = "actgactgactgatcgatcgatcgatcgtactg"
 333     assert_not_equal(@entry.seq, @entry.shuffle!.seq)
 334   end
 335
 336   test "#<< with different types raises" do
 337     @entry.seq = "atcg"
 338     assert_raise(SeqError) { @entry << Seq.new("test", "atcg", :dna) }
 339   end
 340
 341   test "#<< with missing qual in one entry raises" do
 342     @entry.seq  = "atcg"
 343     @entry.type = :dna
 344     assert_raise(SeqError) { @entry << Seq.new("test", "atcg", :dna, "IIII") }
 345     @entry.qual = "IIII"
 346     assert_raise(SeqError) { @entry << Seq.new("test", "atcg", :dna) }
 347   end
 348
 349   test "#<< with nil qual in both entries dont raise" do
 350     @entry.seq = "atcg"
 351     assert_nothing_raised { @entry << Seq.new("test", "atcg") }
 352   end
 353
 354   test "#<< with qual in both entries dont raise" do
 355     @entry.seq  = "atcg"
 356     @entry.type = :dna
 357     @entry.qual = "IIII"
 358     assert_nothing_raised { @entry << Seq.new("test", "atcg", :dna, "IIII") }
 359   end
 360
 361   test "#<< without qual returns correctly" do
 362     @entry.seq  = "atcg"
 363     @entry <<  Seq.new("test", "ATCG")
 364     assert_equal("atcgATCG", @entry.seq)
 365   end
 366
 367   test "#<< with qual returns correctly" do
 368     @entry.seq  = "atcg"
 369     @entry.type = :dna
 370     @entry.qual = "HHHH"
 371     @entry <<  Seq.new("test", "ATCG", :dna, "IIII")
 372     assert_equal("atcgATCG", @entry.seq)
 373     assert_equal("HHHHIIII", @entry.qual)
 374   end
 375
 376   test "#[] with qual returns correctly" do
 377     entry = Seq.new("test", "atcg", :dna, "FGHI")
 378
 379     e = entry[2]
 380
 381     assert_equal("test", e.seq_name)
 382     assert_equal("c",    e.seq)
 383     assert_equal(:dna,   e.type)
 384     assert_equal("H",    e.qual)
 385     assert_equal("atcg", entry.seq)
 386     assert_equal("FGHI", entry.qual)
 387   end
 388
 389   test "#[] without qual returns correctly" do
 390     entry = Seq.new("test", "atcg")
 391
 392     e = entry[2]
 393
 394     assert_equal("test", e.seq_name)
 395     assert_equal("c",    e.seq)
 396     assert_nil(e.qual)
 397     assert_equal("atcg", entry.seq)
 398   end
 399
 400   test "[]= with qual returns correctly" do
 401     entry = Seq.new("test", "atcg", :dna, "FGHI")
 402
 403     entry[0] = Seq.new("foo", "T", :dna, "I")
 404
 405     assert_equal("test", entry.seq_name)
 406     assert_equal("Ttcg", entry.seq)
 407     assert_equal(:dna,   entry.type)
 408     assert_equal("IGHI", entry.qual)
 409   end
 410
 411   test "[]= without qual returns correctly" do
 412     entry = Seq.new("test", "atcg")
 413
 414     entry[0] = Seq.new("foo", "T")
 415
 416     assert_equal("test", entry.seq_name)
 417     assert_equal("Ttcg", entry.seq)
 418   end
 419
 420   test "#subseq with start < 0 raises" do
 421     @entry.seq = "ATCG"
 422     assert_raise(SeqError) { @entry.subseq(-1, 1) }
 423   end
 424
 425   test "#subseq with start plus length gt seq raises" do
 426     @entry.seq = "ATCG"
 427     assert_raise(SeqError) { @entry.subseq(0, 5) }
 428   end
 429
 430   test "#subseq returns correct sequence" do
 431     @entry.seq  = "ATCG"
 432     assert_equal("AT", @entry.subseq(0, 2).seq)
 433     assert_equal("CG", @entry.subseq(2, 2).seq)
 434   end
 435
 436   test "#subseq without length returns correct sequence" do
 437     @entry.seq  = "ATCG"
 438     assert_equal("ATCG", @entry.subseq(0).seq)
 439     assert_equal("CG",   @entry.subseq(2).seq)
 440   end
 441
 442   test "#subseq returns correct qual" do
 443     @entry.seq  = "ATCG"
 444     @entry.qual = "abcd"
 445     assert_equal("ab", @entry.subseq(0, 2).qual)
 446     assert_equal("cd", @entry.subseq(2, 2).qual)
 447   end
 448
 449   test "#subseq without length returns correct qual" do
 450     @entry.seq  = "ATCG"
 451     @entry.qual = "abcd"
 452     assert_equal("abcd", @entry.subseq(0).qual)
 453     assert_equal("cd",   @entry.subseq(2).qual)
 454   end
 455
 456   test "#subseq! with start < 0 raises" do
 457     @entry.seq = "ATCG"
 458     assert_raise(SeqError) { @entry.subseq!(-1, 1) }
 459   end
 460
 461   test "#subseq! with start plus length > seq.length raises" do
 462     @entry.seq = "ATCG"
 463     assert_raise(SeqError) { @entry.subseq!(0, 5) }
 464   end
 465
 466   test "#subseq! returns correct sequence" do
 467     @entry.seq  = "ATCG"
 468     @entry.subseq!(0, 2)
 469     assert_equal("AT", @entry.seq)
 470     @entry.seq  = "ATCG"
 471     @entry.subseq!(2, 2)
 472     assert_equal("CG", @entry.seq)
 473   end
 474
 475   test "#subseq! without length returns correct sequence" do
 476     @entry.seq  = "ATCG"
 477     @entry.subseq!(0)
 478     assert_equal("ATCG", @entry.seq)
 479     @entry.seq  = "ATCG"
 480     @entry.subseq!(2)
 481     assert_equal("CG", @entry.seq)
 482   end
 483
 484   test "#subseq! with pos and length returns correct qual" do
 485     @entry.seq  = "ATCG"
 486     @entry.qual = "abcd"
 487     @entry.subseq!(0, 2)
 488     assert_equal("ab", @entry.qual)
 489     @entry.seq  = "ATCG"
 490     @entry.qual = "abcd"
 491     @entry.subseq!(2, 2)
 492     assert_equal("cd", @entry.qual)
 493   end
 494
 495   test "#subseq! with pos returns correct qual" do
 496     @entry.seq  = "ATCG"
 497     @entry.qual = "abcd"
 498     @entry.subseq!(0)
 499     assert_equal("abcd", @entry.qual)
 500     @entry.seq  = "ATCG"
 501     @entry.qual = "abcd"
 502     @entry.subseq!(2)
 503     assert_equal("cd", @entry.qual)
 504   end
 505
 506   test "#subseq_rand returns correct sequence" do
 507     @entry.seq  = "ATCG"
 508     assert_equal("ATCG", @entry.subseq_rand(4).seq)
 509   end
 510
 511   test "#indels_remove without qual returns correctly" do
 512     @entry.seq  = "A-T.CG~CG"
 513     @entry.qual = nil
 514     assert_equal("ATCGCG", @entry.indels_remove.seq)
 515   end
 516
 517   test "#indels_remove with qual returns correctly" do
 518     @entry.seq  = "A-T.CG~CG"
 519     @entry.qual = "a@b@cd@fg"
 520     assert_equal("ATCGCG", @entry.indels_remove.seq)
 521     assert_equal("abcdfg", @entry.indels_remove.qual)
 522   end
 523
 524   test "#composition returns correctly" do
 525     @entry.seq = "AAAATTTCCG"
 526     assert_equal(4, @entry.composition["A"])
 527     assert_equal(3, @entry.composition["T"])
 528     assert_equal(2, @entry.composition["C"])
 529     assert_equal(1, @entry.composition["G"])
 530     assert_equal(0, @entry.composition["X"])
 531   end
 532
 533   test "#homopol_max returns 0 with empty sequence" do
 534     @entry.seq = ""
 535     assert_equal(0, @entry.homopol_max)
 536   end
 537
 538   test "#homopol_max returns 0 with nil sequence" do
 539     @entry.seq = nil
 540     assert_equal(0, @entry.homopol_max)
 541   end
 542
 543   test "#homopol_max returns 0 when not found" do
 544     @entry.seq = "AtTcCcGggGnnNnn"
 545     assert_equal(0, @entry.homopol_max(6))
 546   end
 547
 548   test "#homopol_max returns correctly" do
 549     @entry.seq = "AtTcCcGggGnnNnn"
 550     assert_equal(5, @entry.homopol_max(3))
 551   end
 552
 553   test "#hard_mask returns correctly" do
 554     @entry.seq = "--AAAANn"
 555     assert_equal(33.33, @entry.hard_mask)
 556   end
 557
 558   test "#soft_mask returns correctly" do
 559     @entry.seq = "--AAAa"
 560     assert_equal(25.00, @entry.soft_mask)
 561   end
 562
 563   test "#mask_seq_hard! with nil seq raises" do
 564     @entry.seq  = nil
 565     @entry.qual = ""
 566
 567     assert_raise(SeqError) { @entry.mask_seq_hard!(20) }
 568   end
 569
 570   test "#mask_seq_hard! with nil qual raises" do
 571     @entry.seq  = ""
 572     @entry.qual = nil
 573
 574     assert_raise(SeqError) { @entry.mask_seq_hard!(20) }
 575   end
 576
 577   test "#mask_seq_hard! with bad cutoff raises" do
 578     assert_raise(SeqError) { @entry.mask_seq_hard!(-1) }
 579     assert_raise(SeqError) { @entry.mask_seq_hard!(41) }
 580   end
 581
 582   test "#mask_seq_hard! with OK cutoff dont raise" do
 583     @entry.seq  = "ATCG"
 584     @entry.qual = "RSTU"
 585
 586     assert_nothing_raised { @entry.mask_seq_hard!(0) }
 587     assert_nothing_raised { @entry.mask_seq_hard!(40) }
 588   end
 589
 590   test "#mask_seq_hard! returns correctly" do
 591     @entry.seq  = "-ATCG"
 592     @entry.qual = "33456"
 593
 594     assert_equal("-NNCG", @entry.mask_seq_hard!(20).seq)
 595   end
 596
 597   test "#mask_seq_soft! with nil seq raises" do
 598     @entry.seq  = nil
 599     @entry.qual = ""
 600
 601     assert_raise(SeqError) { @entry.mask_seq_soft!(20) }
 602   end
 603
 604   test "#mask_seq_soft! with nil qual raises" do
 605     @entry.seq  = ""
 606     @entry.qual = nil
 607
 608     assert_raise(SeqError) { @entry.mask_seq_soft!(20) }
 609   end
 610
 611   test "#mask_seq_soft! with bad cutoff raises" do
 612     assert_raise(SeqError) { @entry.mask_seq_soft!(-1) }
 613     assert_raise(SeqError) { @entry.mask_seq_soft!(41) }
 614   end
 615
 616   test "#mask_seq_soft! with OK cutoff dont raise" do
 617     @entry.seq  = "ATCG"
 618     @entry.qual = "RSTU"
 619
 620     assert_nothing_raised { @entry.mask_seq_soft!(0) }
 621     assert_nothing_raised { @entry.mask_seq_soft!(40) }
 622   end
 623
 624   test "#mask_seq_soft! returns correctly" do
 625     @entry.seq  = "-ATCG"
 626     @entry.qual = "33456"
 627
 628     assert_equal("-atCG", @entry.mask_seq_soft!(20).seq)
 629   end
 630
 631   # qual score detection
 632
 633   test "#qual_base33? returns correctly" do
 634     # self.qual.match(/[!-:]/)
 635     @entry.qual = '!"#$%&\'()*+,-./0123456789:'
 636     assert_equal(true,  @entry.qual_base33? )
 637     @entry.qual = 32.chr
 638     assert_equal(false, @entry.qual_base33? )
 639     @entry.qual = 59.chr
 640     assert_equal(false, @entry.qual_base33? )
 641   end
 642
 643   test "#qual_base64? returns correctly" do
 644     # self.qual.match(/[K-h]/)
 645     @entry.qual = 'KLMNOPQRSTUVWXYZ[\]^_`abcdefgh'
 646     assert_equal(true,  @entry.qual_base64? )
 647     @entry.qual = 74.chr
 648     assert_equal(false, @entry.qual_base64? )
 649     @entry.qual = 105.chr
 650     assert_equal(false, @entry.qual_base64? )
 651   end
 652
 653   test "#qual_valid? with nil qual raises" do
 654     assert_raise(SeqError) { @entry.qual_valid?(:base_33) }
 655     assert_raise(SeqError) { @entry.qual_valid?(:base_64) }
 656   end
 657
 658   test "#qual_valid? with bad encoding raises" do
 659     @entry.qual = "abc"
 660     assert_raise(SeqError) { @entry.qual_valid?("foobar") }
 661   end
 662
 663   test "#qual_valid? with OK range returns correctly" do
 664     @entry.qual = ((Seq::SCORE_MIN + 33).chr .. (Seq::SCORE_MAX + 33).chr).to_a.join
 665     assert_equal(true,  @entry.qual_valid?(:base_33))
 666     @entry.qual = ((Seq::SCORE_MIN + 64).chr .. (Seq::SCORE_MAX + 64).chr).to_a.join
 667     assert_equal(true,  @entry.qual_valid?(:base_64))
 668   end
 669
 670   test "#qual_valid? with bad range returns correctly" do
 671     @entry.qual = ((Seq::SCORE_MIN + 33 - 1).chr .. (Seq::SCORE_MAX + 33).chr).to_a.join
 672     assert_equal(false,  @entry.qual_valid?(:base_33))
 673     @entry.qual = ((Seq::SCORE_MIN + 33).chr .. (Seq::SCORE_MAX + 33 + 1).chr).to_a.join
 674     assert_equal(false,  @entry.qual_valid?(:base_33))
 675
 676     @entry.qual = ((Seq::SCORE_MIN + 64 - 1).chr .. (Seq::SCORE_MAX + 64).chr).to_a.join
 677     assert_equal(false,  @entry.qual_valid?(:base_64))
 678     @entry.qual = ((Seq::SCORE_MIN + 64).chr .. (Seq::SCORE_MAX + 64 + 1).chr).to_a.join
 679     assert_equal(false,  @entry.qual_valid?(:base_64))
 680   end
 681
 682   # convert sanger to ...
 683
 684   test "#qual_convert! from base33 to base33 returns OK" do
 685     @entry.qual = 'BCDEFGHI'
 686     assert_equal('BCDEFGHI', @entry.qual_convert!(:base_33, :base_33).qual)
 687   end
 688
 689   test "#qual_convert! from base33 to base64 returns OK" do
 690     @entry.qual = 'BCDEFGHI'
 691     assert_equal('abcdefgh', @entry.qual_convert!(:base_33, :base_64).qual)
 692   end
 693
 694   test "#qual_convert! from base64 to base64 returns OK" do
 695     @entry.qual = 'BCDEFGHI'
 696     assert_equal('BCDEFGHI', @entry.qual_convert!(:base_64, :base_64).qual)
 697   end
 698
 699   test "#qual_convert! from base64 to base33 returns OK" do
 700     @entry.qual = 'abcdefgh'
 701     assert_equal('BCDEFGHI', @entry.qual_convert!(:base_64, :base_33).qual)
 702   end
 703
 704   test "#qual_coerce! returns correctly" do
 705     @entry.qual = ('!' .. '~').to_a.join
 706     assert_equal("!\"\#$%&'()*+,-./0123456789:;<=>?@ABCDEFGHIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII", @entry.qual_coerce!(:base_33).qual)
 707     @entry.qual = ('!' .. '~').to_a.join
 708     assert_equal("!\"\#$%&'()*+,-./0123456789:;<=>?@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZh\\h^_`abcdefghhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh", @entry.qual_coerce!(:base_64).qual)
 709   end
 710
 711   test "#scores_mean without qual raises" do
 712     @entry.qual = nil
 713     assert_raise(SeqError) { @entry.scores_mean }
 714   end
 715
 716   test "#scores_mean returns correctly" do
 717     @entry.qual = '!!II'
 718     assert_equal(20.0, @entry.scores_mean)
 719   end
 720 end