code_ruby/test/maasha/test_seq.rb

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2 $:.unshift File.join(File.dirname(__FILE__), '..', '..')
   3
   4 # Copyright (C) 2011 Martin A. Hansen.
   5
   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 # of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
  15
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  19
  20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28 require 'maasha/seq'
  29 require 'test/unit'
  30 require 'test/helper'
  31
  32 class TestSeq < Test::Unit::TestCase
  33   def setup
  34     @entry = Seq.new
  35   end
  36
  37   test "Seq.new_bp returns correctly" do
  38     record = {:SEQ_NAME => "test", :SEQ => "ATCG", :SEQ_TYPE => :dna, :SCORES => "hhhh"}
  39     seq    = Seq.new_bp(record)
  40     assert_equal("test", seq.seq_name)
  41     assert_equal("ATCG", seq.seq)
  42     assert_equal(:dna,  seq.type)
  43     assert_equal("hhhh", seq.qual)
  44   end
  45
  46   test "#is_dna? with no sequence type returns false" do
  47     assert(@entry.is_dna? == false)
  48   end
  49
  50   test "#is_dna? with dna sequence type returns true" do
  51     @entry.type = :dna
  52     assert(@entry.is_dna? == true)
  53   end
  54
  55   test "#is_rna? with no sequence type returns false" do
  56     assert(@entry.is_rna? == false)
  57   end
  58
  59   test "#is_rna? with rna sequence type returns true" do
  60     @entry.type = :rna
  61     assert(@entry.is_rna? == true)
  62   end
  63
  64   test "#is_protein? with no sequence type returns false" do
  65     assert(@entry.is_protein? == false)
  66   end
  67
  68   test "#is_protein? with protein sequence type returns true" do
  69     @entry.type = :protein
  70     assert_equal(true, @entry.is_protein?)
  71   end
  72
  73   test "#type_guess without sequence raises" do
  74     assert_raise(SeqError) { @entry.type_guess }
  75   end
  76
  77   test "#type_guess with protein returns protein" do
  78     @entry.seq = 'atcatcrFgatcg'
  79     assert_equal(:protein, @entry.type_guess)
  80   end
  81
  82   test "#type_guess with rna returns rna" do
  83     @entry.seq = 'atcatcrUgatcg'
  84     assert_equal(:rna, @entry.type_guess)
  85   end
  86
  87   test "#type_guess with dna returns dna" do
  88     @entry.seq = 'atcatcgatcg'
  89     assert_equal(:dna, @entry.type_guess)
  90   end
  91
  92   test "#type_guess! without sequence raises" do
  93     assert_raise(SeqError) { @entry.type_guess! }
  94   end
  95
  96   test "#type_guess! with protein returns protein" do
  97     @entry.seq = 'atcatcrFgatcg'
  98     @entry.type_guess!
  99     assert_equal(:protein, @entry.type)
 100   end
 101
 102   test "#type_guess! with rna returns rna" do
 103     @entry.seq = 'atcatcrUgatcg'
 104     @entry.type_guess!
 105     assert_equal(:rna, @entry.type)
 106   end
 107
 108   test "#type_guess! with dna returns dna" do
 109     @entry.seq = 'atcatcgatcg'
 110     @entry.type_guess!
 111     assert_equal(:dna, @entry.type)
 112   end
 113
 114   test "#length returns corretly" do
 115     @entry.seq = 'ATCG'
 116     assert_equal(4, @entry.length)
 117   end
 118
 119   test "#indels returns correctly" do
 120     @entry.seq = 'ATCG.-~_'
 121     assert_equal(4, @entry.indels)
 122   end
 123
 124   test "#to_rna with no sequence raises" do
 125     @entry.type = :dna
 126     assert_raise(SeqError) { @entry.to_rna }
 127   end
 128
 129   test "#to_rna with bad type raises" do
 130     @entry.seq  = 'ATCG'
 131     @entry.type = :rna
 132     assert_raise(SeqError) { @entry.to_rna }
 133   end
 134
 135   test "#to_rna transcribes correctly" do
 136     @entry.seq  = 'ATCGatcg'
 137     @entry.type = :dna
 138     assert_equal("AUCGaucg", @entry.to_rna)
 139   end
 140
 141   test "#to_rna changes entry type to rna" do
 142     @entry.seq  = 'ATCGatcg'
 143     @entry.type = :dna
 144     @entry.to_rna
 145     assert_equal(:rna, @entry.type)
 146   end
 147
 148   test "#to_dna with no sequence raises" do
 149     @entry.type = :rna
 150     assert_raise(SeqError) { @entry.to_dna }
 151   end
 152
 153   test "#to_dna with bad type raises" do
 154     @entry.seq  = 'AUCG'
 155     @entry.type = :dna
 156     assert_raise(SeqError) { @entry.to_dna }
 157   end
 158
 159   test "#to_dna transcribes correctly" do
 160     @entry.seq  = 'AUCGaucg'
 161     @entry.type = :rna
 162     assert_equal("ATCGatcg", @entry.to_dna)
 163   end
 164
 165   test "#to_dna changes entry type to dna" do
 166     @entry.seq  = 'AUCGaucg'
 167     @entry.type = :rna
 168     @entry.to_dna
 169     assert_equal(:dna, @entry.type)
 170   end
 171
 172   test "#to_bp returns correct record" do
 173     @entry.seq_name = 'test'
 174     @entry.seq      = 'ATCG'
 175     assert_equal({:SEQ_NAME=>"test", :SEQ=>"ATCG", :SEQ_LEN=>4}, @entry.to_bp)
 176   end
 177
 178   test "#to_bp with missing seq_name raises" do
 179     @entry.seq = 'ATCG'
 180     assert_raise(SeqError) { @entry.to_bp }
 181   end
 182
 183   test "#to_bp with missing sequence raises" do
 184     @entry.seq_name = 'test'
 185     assert_raise(SeqError) { @entry.to_bp }
 186   end
 187
 188   test "#to_fasta with missing seq_name raises" do
 189     @entry.seq = 'ATCG'
 190     assert_raise(SeqError) { @entry.to_fasta }
 191   end
 192
 193   test "#to_fasta with empty seq_name raises" do
 194     @entry.seq_name = ''
 195     @entry.seq      = 'ATCG'
 196     assert_raise(SeqError) { @entry.to_fasta }
 197   end
 198
 199   test "#to_fasta with missing seq raises" do
 200     @entry.seq_name = 'test'
 201     assert_raise(SeqError) { @entry.to_fasta }
 202   end
 203
 204   test "#to_fasta with empty seq raises" do
 205     @entry.seq_name = 'test'
 206     @entry.seq      = ''
 207     assert_raise(SeqError) { @entry.to_fasta }
 208   end
 209
 210   test "#to_fasta returns correct entry" do
 211     @entry.seq_name = 'test'
 212     @entry.seq      = 'ATCG'
 213     assert_equal(">test\nATCG\n", @entry.to_fasta)
 214   end
 215
 216   test "#to_fasta wraps correctly" do
 217     entry = Seq.new("test", "ATCG")
 218     assert_equal(">test\nAT\nCG\n", entry.to_fasta(2))
 219   end
 220
 221   test "#to_fastq returns correct entry" do
 222     @entry.seq_name = 'test'
 223     @entry.seq      = 'ATCG'
 224     @entry.qual     = 'hhhh'
 225     assert_equal("@test\nATCG\n+\nhhhh\n", @entry.to_fastq)
 226   end
 227
 228   test "#to_key with bad residue raises" do
 229     entry = Seq.new("test", "AUCG")
 230     assert_raise(SeqError) { entry.to_key }
 231   end
 232
 233   test "#to_key returns correctly" do
 234     entry = Seq.new("test", "ATCG")
 235     assert_equal(54, entry.to_key)
 236   end
 237
 238   test "#reverse returns correctly" do
 239     @entry.seq = "ATCG"
 240     new_entry  = @entry.reverse
 241     assert_equal("GCTA", new_entry.seq)
 242     assert_equal("ATCG", @entry.seq)
 243   end
 244
 245   test "#reverse! returns correctly" do
 246     @entry.seq = "ATCG"
 247     @entry.reverse!
 248     assert_equal("GCTA", @entry.seq)
 249   end
 250
 251   test "#complement with no sequence raises" do
 252     @entry.type = :dna
 253     assert_raise(SeqError) { @entry.complement }
 254   end
 255
 256   test "#complement with bad type raises" do
 257     @entry.seq  = 'ATCG'
 258     @entry.type = :protein
 259     assert_raise(SeqError) { @entry.complement }
 260   end
 261
 262   test "#complement for DNA is correct" do
 263     @entry.seq  = 'ATCGatcg'
 264     @entry.type = :dna
 265     comp        = @entry.complement
 266     assert_equal("TAGCtagc", comp.seq)
 267     assert_equal("ATCGatcg", @entry.seq)
 268   end
 269
 270   test "#complement for RNA is correct" do
 271     @entry.seq  = 'AUCGaucg'
 272     @entry.type = :rna
 273     comp        = @entry.complement
 274     assert_equal("UAGCuagc", comp.seq)
 275     assert_equal("AUCGaucg", @entry.seq)
 276   end
 277
 278   test "#complement! with no sequence raises" do
 279     @entry.type = :dna
 280     assert_raise(SeqError) { @entry.complement! }
 281   end
 282
 283   test "#complement! with bad type raises" do
 284     @entry.seq  = 'ATCG'
 285     @entry.type = :protein
 286     assert_raise(SeqError) { @entry.complement! }
 287   end
 288
 289   test "#complement! for DNA is correct" do
 290     @entry.seq  = 'ATCGatcg'
 291     @entry.type = :dna
 292     assert_equal("TAGCtagc", @entry.complement!.seq)
 293   end
 294
 295   test "#complement! for RNA is correct" do
 296     @entry.seq  = 'AUCGaucg'
 297     @entry.type = :rna
 298     assert_equal("UAGCuagc", @entry.complement!.seq)
 299   end
 300
 301   test "#hamming_distance returns correctly" do
 302     seq1 = Seq.new("test1", "ATCG")
 303     seq2 = Seq.new("test2", "atgg")
 304     assert_equal(1, seq1.hamming_distance(seq2))
 305   end
 306
 307   test "#edit_distance returns correctly" do
 308     seq1 = Seq.new("test1", "ATCG")
 309     seq2 = Seq.new("test2", "tgncg")
 310     assert_equal(2, seq1.edit_distance(seq2))
 311   end
 312
 313   test "#generate with length < 1 raises" do
 314     assert_raise(SeqError) { @entry.generate(-10, :dna) }
 315     assert_raise(SeqError) { @entry.generate(0, :dna) }
 316   end
 317
 318   test "#generate with bad type raises" do
 319     assert_raise(SeqError) { @entry.generate(10, "foo") }
 320   end
 321
 322   test "#generate with ok type dont raise" do
 323     %w[dna rna protein].each do |type|
 324       assert_nothing_raised { @entry.generate(10, type.to_sym) }
 325     end
 326   end
 327
 328   test "#shuffle returns correctly" do
 329     orig       = "actgactgactgatcgatcgatcgatcgtactg"
 330     @entry.seq = "actgactgactgatcgatcgatcgatcgtactg"
 331     entry_shuf = @entry.shuffle
 332     assert_equal(orig, @entry.seq)
 333     assert_not_equal(@entry.seq, entry_shuf.seq)
 334   end
 335
 336   test "#shuffle! returns correctly" do
 337     @entry.seq = "actgactgactgatcgatcgatcgatcgtactg"
 338     assert_not_equal(@entry.seq, @entry.shuffle!.seq)
 339   end
 340
 341   test "#+ without qual returns correctly" do
 342     entry = Seq.new("test1", "at") + Seq.new("test2", "cg")
 343     assert_nil(entry.seq_name)
 344     assert_equal("atcg", entry.seq)
 345     assert_nil(entry.type)
 346     assert_nil(entry.qual)
 347   end
 348
 349   test "#+ with qual returns correctly" do
 350     entry = Seq.new("test1", "at", :dna, "II") + Seq.new("test2", "cg", :dna, "JJ")
 351     assert_nil(entry.seq_name)
 352     assert_equal("atcg", entry.seq)
 353     assert_equal(:dna,   entry.type)
 354     assert_equal("IIJJ", entry.qual)
 355   end
 356
 357   test "#<< with different types raises" do
 358     @entry.seq = "atcg"
 359     assert_raise(SeqError) { @entry << Seq.new("test", "atcg", :dna) }
 360   end
 361
 362   test "#<< with missing qual in one entry raises" do
 363     @entry.seq  = "atcg"
 364     @entry.type = :dna
 365     assert_raise(SeqError) { @entry << Seq.new("test", "atcg", :dna, "IIII") }
 366     @entry.qual = "IIII"
 367     assert_raise(SeqError) { @entry << Seq.new("test", "atcg", :dna) }
 368   end
 369
 370   test "#<< with nil qual in both entries dont raise" do
 371     @entry.seq = "atcg"
 372     assert_nothing_raised { @entry << Seq.new("test", "atcg") }
 373   end
 374
 375   test "#<< with qual in both entries dont raise" do
 376     @entry.seq  = "atcg"
 377     @entry.type = :dna
 378     @entry.qual = "IIII"
 379     assert_nothing_raised { @entry << Seq.new("test", "atcg", :dna, "IIII") }
 380   end
 381
 382   test "#<< without qual returns correctly" do
 383     @entry.seq  = "atcg"
 384     @entry <<  Seq.new("test", "ATCG")
 385     assert_equal("atcgATCG", @entry.seq)
 386   end
 387
 388   test "#<< with qual returns correctly" do
 389     @entry.seq  = "atcg"
 390     @entry.type = :dna
 391     @entry.qual = "HHHH"
 392     @entry <<  Seq.new("test", "ATCG", :dna, "IIII")
 393     assert_equal("atcgATCG", @entry.seq)
 394     assert_equal("HHHHIIII", @entry.qual)
 395   end
 396
 397   test "#[] with qual returns correctly" do
 398     entry = Seq.new("test", "atcg", :dna, "FGHI")
 399
 400     e = entry[2]
 401
 402     assert_equal("test", e.seq_name)
 403     assert_equal("c",    e.seq)
 404     assert_equal(:dna,   e.type)
 405     assert_equal("H",    e.qual)
 406     assert_equal("atcg", entry.seq)
 407     assert_equal("FGHI", entry.qual)
 408   end
 409
 410   test "#[] without qual returns correctly" do
 411     entry = Seq.new("test", "atcg")
 412
 413     e = entry[2]
 414
 415     assert_equal("test", e.seq_name)
 416     assert_equal("c",    e.seq)
 417     assert_nil(e.qual)
 418     assert_equal("atcg", entry.seq)
 419   end
 420
 421   test "[]= with qual returns correctly" do
 422     entry = Seq.new("test", "atcg", :dna, "FGHI")
 423
 424     entry[0] = Seq.new("foo", "T", :dna, "I")
 425
 426     assert_equal("test", entry.seq_name)
 427     assert_equal("Ttcg", entry.seq)
 428     assert_equal(:dna,   entry.type)
 429     assert_equal("IGHI", entry.qual)
 430   end
 431
 432   test "[]= without qual returns correctly" do
 433     entry = Seq.new("test", "atcg")
 434
 435     entry[0] = Seq.new("foo", "T")
 436
 437     assert_equal("test", entry.seq_name)
 438     assert_equal("Ttcg", entry.seq)
 439   end
 440
 441   test "#subseq with start < 0 raises" do
 442     @entry.seq = "ATCG"
 443     assert_raise(SeqError) { @entry.subseq(-1, 1) }
 444   end
 445
 446   test "#subseq with start plus length gt seq raises" do
 447     @entry.seq = "ATCG"
 448     assert_raise(SeqError) { @entry.subseq(0, 5) }
 449   end
 450
 451   test "#subseq returns correct sequence" do
 452     @entry.seq  = "ATCG"
 453     assert_equal("AT", @entry.subseq(0, 2).seq)
 454     assert_equal("CG", @entry.subseq(2, 2).seq)
 455   end
 456
 457   test "#subseq without length returns correct sequence" do
 458     @entry.seq  = "ATCG"
 459     assert_equal("ATCG", @entry.subseq(0).seq)
 460     assert_equal("CG",   @entry.subseq(2).seq)
 461   end
 462
 463   test "#subseq returns correct qual" do
 464     @entry.seq  = "ATCG"
 465     @entry.qual = "abcd"
 466     assert_equal("ab", @entry.subseq(0, 2).qual)
 467     assert_equal("cd", @entry.subseq(2, 2).qual)
 468   end
 469
 470   test "#subseq without length returns correct qual" do
 471     @entry.seq  = "ATCG"
 472     @entry.qual = "abcd"
 473     assert_equal("abcd", @entry.subseq(0).qual)
 474     assert_equal("cd",   @entry.subseq(2).qual)
 475   end
 476
 477   test "#subseq! with start < 0 raises" do
 478     @entry.seq = "ATCG"
 479     assert_raise(SeqError) { @entry.subseq!(-1, 1) }
 480   end
 481
 482   test "#subseq! with start plus length > seq.length raises" do
 483     @entry.seq = "ATCG"
 484     assert_raise(SeqError) { @entry.subseq!(0, 5) }
 485   end
 486
 487   test "#subseq! returns correct sequence" do
 488     @entry.seq  = "ATCG"
 489     @entry.subseq!(0, 2)
 490     assert_equal("AT", @entry.seq)
 491     @entry.seq  = "ATCG"
 492     @entry.subseq!(2, 2)
 493     assert_equal("CG", @entry.seq)
 494   end
 495
 496   test "#subseq! without length returns correct sequence" do
 497     @entry.seq  = "ATCG"
 498     @entry.subseq!(0)
 499     assert_equal("ATCG", @entry.seq)
 500     @entry.seq  = "ATCG"
 501     @entry.subseq!(2)
 502     assert_equal("CG", @entry.seq)
 503   end
 504
 505   test "#subseq! with pos and length returns correct qual" do
 506     @entry.seq  = "ATCG"
 507     @entry.qual = "abcd"
 508     @entry.subseq!(0, 2)
 509     assert_equal("ab", @entry.qual)
 510     @entry.seq  = "ATCG"
 511     @entry.qual = "abcd"
 512     @entry.subseq!(2, 2)
 513     assert_equal("cd", @entry.qual)
 514   end
 515
 516   test "#subseq! with pos returns correct qual" do
 517     @entry.seq  = "ATCG"
 518     @entry.qual = "abcd"
 519     @entry.subseq!(0)
 520     assert_equal("abcd", @entry.qual)
 521     @entry.seq  = "ATCG"
 522     @entry.qual = "abcd"
 523     @entry.subseq!(2)
 524     assert_equal("cd", @entry.qual)
 525   end
 526
 527   test "#subseq_rand returns correct sequence" do
 528     @entry.seq  = "ATCG"
 529     assert_equal("ATCG", @entry.subseq_rand(4).seq)
 530   end
 531
 532   test "#indels_remove without qual returns correctly" do
 533     @entry.seq  = "A-T.CG~CG"
 534     @entry.qual = nil
 535     assert_equal("ATCGCG", @entry.indels_remove.seq)
 536   end
 537
 538   test "#indels_remove with qual returns correctly" do
 539     @entry.seq  = "A-T.CG~CG"
 540     @entry.qual = "a@b@cd@fg"
 541     assert_equal("ATCGCG", @entry.indels_remove.seq)
 542     assert_equal("abcdfg", @entry.indels_remove.qual)
 543   end
 544
 545   test "#composition returns correctly" do
 546     @entry.seq = "AAAATTTCCG"
 547     assert_equal(4, @entry.composition["A"])
 548     assert_equal(3, @entry.composition["T"])
 549     assert_equal(2, @entry.composition["C"])
 550     assert_equal(1, @entry.composition["G"])
 551     assert_equal(0, @entry.composition["X"])
 552   end
 553
 554   test "#hard_mask returns correctly" do
 555     @entry.seq = "--AAAANn"
 556     assert_equal(33.33, @entry.hard_mask)
 557   end
 558
 559   test "#soft_mask returns correctly" do
 560     @entry.seq = "--AAAa"
 561     assert_equal(25.00, @entry.soft_mask)
 562   end
 563
 564   test "#mask_seq_hard! with nil seq raises" do
 565     @entry.seq  = nil
 566     @entry.qual = ""
 567
 568     assert_raise(SeqError) { @entry.mask_seq_hard!(20) }
 569   end
 570
 571   test "#mask_seq_hard! with nil qual raises" do
 572     @entry.seq  = ""
 573     @entry.qual = nil
 574
 575     assert_raise(SeqError) { @entry.mask_seq_hard!(20) }
 576   end
 577
 578   test "#mask_seq_hard! with bad cutoff raises" do
 579     assert_raise(SeqError) { @entry.mask_seq_hard!(-1) }
 580     assert_raise(SeqError) { @entry.mask_seq_hard!(41) }
 581   end
 582
 583   test "#mask_seq_hard! with OK cutoff dont raise" do
 584     @entry.seq  = "ATCG"
 585     @entry.qual = "RSTU"
 586
 587     assert_nothing_raised { @entry.mask_seq_hard!(0) }
 588     assert_nothing_raised { @entry.mask_seq_hard!(40) }
 589   end
 590
 591   test "#mask_seq_hard! returns correctly" do
 592     @entry.seq  = "-ATCG"
 593     @entry.qual = "33456"
 594
 595     assert_equal("-NNCG", @entry.mask_seq_hard!(20).seq)
 596   end
 597
 598   test "#mask_seq_soft! with nil seq raises" do
 599     @entry.seq  = nil
 600     @entry.qual = ""
 601
 602     assert_raise(SeqError) { @entry.mask_seq_soft!(20) }
 603   end
 604
 605   test "#mask_seq_soft! with nil qual raises" do
 606     @entry.seq  = ""
 607     @entry.qual = nil
 608
 609     assert_raise(SeqError) { @entry.mask_seq_soft!(20) }
 610   end
 611
 612   test "#mask_seq_soft! with bad cutoff raises" do
 613     assert_raise(SeqError) { @entry.mask_seq_soft!(-1) }
 614     assert_raise(SeqError) { @entry.mask_seq_soft!(41) }
 615   end
 616
 617   test "#mask_seq_soft! with OK cutoff dont raise" do
 618     @entry.seq  = "ATCG"
 619     @entry.qual = "RSTU"
 620
 621     assert_nothing_raised { @entry.mask_seq_soft!(0) }
 622     assert_nothing_raised { @entry.mask_seq_soft!(40) }
 623   end
 624
 625   test "#mask_seq_soft! returns correctly" do
 626     @entry.seq  = "-ATCG"
 627     @entry.qual = "33456"
 628
 629     assert_equal("-atCG", @entry.mask_seq_soft!(20).seq)
 630   end
 631
 632   # qual score detection
 633
 634   test "#qual_base33? returns correctly" do
 635     # self.qual.match(/[!-:]/)
 636     @entry.qual = '!"#$%&\'()*+,-./0123456789:'
 637     assert_equal(true,  @entry.qual_base33? )
 638     @entry.qual = 32.chr
 639     assert_equal(false, @entry.qual_base33? )
 640     @entry.qual = 59.chr
 641     assert_equal(false, @entry.qual_base33? )
 642   end
 643
 644   test "#qual_base64? returns correctly" do
 645     # self.qual.match(/[K-h]/)
 646     @entry.qual = 'KLMNOPQRSTUVWXYZ[\]^_`abcdefgh'
 647     assert_equal(true,  @entry.qual_base64? )
 648     @entry.qual = 74.chr
 649     assert_equal(false, @entry.qual_base64? )
 650     @entry.qual = 105.chr
 651     assert_equal(false, @entry.qual_base64? )
 652   end
 653
 654   test "#qual_valid? with nil qual raises" do
 655     assert_raise(SeqError) { @entry.qual_valid?(:base_33) }
 656     assert_raise(SeqError) { @entry.qual_valid?(:base_64) }
 657   end
 658
 659   test "#qual_valid? with bad encoding raises" do
 660     @entry.qual = "abc"
 661     assert_raise(SeqError) { @entry.qual_valid?("foobar") }
 662   end
 663
 664   test "#qual_valid? with OK range returns correctly" do
 665     @entry.qual = ((Seq::SCORE_MIN + 33).chr .. (Seq::SCORE_MAX + 33).chr).to_a.join
 666     assert_equal(true,  @entry.qual_valid?(:base_33))
 667     @entry.qual = ((Seq::SCORE_MIN + 64).chr .. (Seq::SCORE_MAX + 64).chr).to_a.join
 668     assert_equal(true,  @entry.qual_valid?(:base_64))
 669   end
 670
 671   test "#qual_valid? with bad range returns correctly" do
 672     @entry.qual = ((Seq::SCORE_MIN + 33 - 1).chr .. (Seq::SCORE_MAX + 33).chr).to_a.join
 673     assert_equal(false,  @entry.qual_valid?(:base_33))
 674     @entry.qual = ((Seq::SCORE_MIN + 33).chr .. (Seq::SCORE_MAX + 33 + 1).chr).to_a.join
 675     assert_equal(false,  @entry.qual_valid?(:base_33))
 676
 677     @entry.qual = ((Seq::SCORE_MIN + 64 - 1).chr .. (Seq::SCORE_MAX + 64).chr).to_a.join
 678     assert_equal(false,  @entry.qual_valid?(:base_64))
 679     @entry.qual = ((Seq::SCORE_MIN + 64).chr .. (Seq::SCORE_MAX + 64 + 1).chr).to_a.join
 680     assert_equal(false,  @entry.qual_valid?(:base_64))
 681   end
 682
 683   # convert sanger to ...
 684
 685   test "#qual_convert! from base33 to base33 returns OK" do
 686     @entry.qual = 'BCDEFGHI'
 687     assert_equal('BCDEFGHI', @entry.qual_convert!(:base_33, :base_33).qual)
 688   end
 689
 690   test "#qual_convert! from base33 to base64 returns OK" do
 691     @entry.qual = 'BCDEFGHI'
 692     assert_equal('abcdefgh', @entry.qual_convert!(:base_33, :base_64).qual)
 693   end
 694
 695   test "#qual_convert! from base64 to base64 returns OK" do
 696     @entry.qual = 'BCDEFGHI'
 697     assert_equal('BCDEFGHI', @entry.qual_convert!(:base_64, :base_64).qual)
 698   end
 699
 700   test "#qual_convert! from base64 to base33 returns OK" do
 701     @entry.qual = 'abcdefgh'
 702     assert_equal('BCDEFGHI', @entry.qual_convert!(:base_64, :base_33).qual)
 703   end
 704
 705   test "#qual_coerce! returns correctly" do
 706     @entry.qual = ('!' .. '~').to_a.join
 707     assert_equal("!\"\#$%&'()*+,-./0123456789:;<=>?@ABCDEFGHIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII", @entry.qual_coerce!(:base_33).qual)
 708     @entry.qual = ('!' .. '~').to_a.join
 709     assert_equal("!\"\#$%&'()*+,-./0123456789:;<=>?@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZh\\h^_`abcdefghhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh", @entry.qual_coerce!(:base_64).qual)
 710   end
 711
 712   test "#scores_mean without qual raises" do
 713     @entry.qual = nil
 714     assert_raise(SeqError) { @entry.scores_mean }
 715   end
 716
 717   test "#scores_mean returns correctly" do
 718     @entry.qual = '!!II'
 719     assert_equal(20.0, @entry.scores_mean)
 720   end
 721 end