code_ruby/test/maasha/test_locator.rb

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2 $:.unshift File.join(File.dirname(__FILE__), '..', '..')
   3
   4 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   5
   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 # of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
  15
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  19
  20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28 require 'maasha/seq'
  29 require 'maasha/locator'
  30 require 'test/unit'
  31 require 'test/helper'
  32
  33 class TestLocator < Test::Unit::TestCase
  34   def setup
  35     @seq = Seq.new(nil, "tcatgatcaagatctaacagcagaagtacacttctattta", :dna)
  36   end
  37
  38   test "#new with single position returns correctly" do
  39     loc = Locator.new("10", @seq)
  40     assert_equal("a", loc.subseq.seq)
  41   end
  42
  43   test "#new with single interval returns correctly" do
  44     loc = Locator.new("5..10", @seq)
  45     assert_equal("gatcaa", loc.subseq.seq)
  46   end
  47
  48   test "#new with multiple intervals return correctly" do
  49     loc = Locator.new("5..10,15..20", @seq)
  50     assert_equal("gatcaataacag", loc.subseq.seq)
  51   end
  52
  53   test "#new with join multiple intervals return correctly" do
  54     loc = Locator.new("join(5..10,15..20)", @seq)
  55     assert_equal("gatcaataacag", loc.subseq.seq)
  56   end
  57
  58   test "#new with complement and single interval return correctly" do
  59     loc = Locator.new("complement(5..10)", @seq)
  60     assert_equal("ttgatc", loc.subseq.seq)
  61   end
  62 end
  63