code_ruby/test/maasha/test_fastq.rb

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2 $:.unshift File.join(File.dirname(__FILE__), '..', '..')
   3
   4 # Copyright (C) 2007-2013 Martin A. Hansen.
   5
   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 # of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
  15
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  19
  20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28 require 'test/unit'
  29 require 'test/helper'
  30 require 'maasha/fastq'
  31 require 'stringio'
  32
  33 class FastqTest < Test::Unit::TestCase
  34   def setup
  35     @io    = StringIO.new("@test1\nATCG\n+\nABCD\n@test2\natcg\n+test2\n@ABG\n")
  36     @fastq = Fastq.new(@io)
  37   end
  38
  39   test "#get_entry obtains the correct seq_name" do
  40     assert_equal("test1", @fastq.get_entry.seq_name)
  41   end
  42
  43   test "#get_entry with two entries obtain correct sequences" do
  44     assert_equal("ATCG", @fastq.get_entry.seq)
  45     assert_equal("atcg", @fastq.get_entry.seq)
  46   end
  47 end