code_ruby/test/maasha/test_fasta.rb

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2 $:.unshift File.join(File.dirname(__FILE__),'..','lib')
   3
   4 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   5
   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 # of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
  15
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  19
  20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28 require 'test/unit'
  29 require 'maasha/fasta'
  30 require 'stringio'
  31 require 'pp'
  32
  33 class FastaTest < Test::Unit::TestCase
  34   def test_Fasta_get_entry_obtains_the_correct_seq_name
  35     fasta = Fasta.new(StringIO.new(">test\nATCG\n"))
  36     assert_equal("test", fasta.get_entry.seq_name)
  37   end
  38
  39   def test_Fasta_get_entry_obtains_the_correct_seq_without_trailing_newlines
  40     fasta = Fasta.new(StringIO.new(">test\nATCG"))
  41     assert_equal("ATCG", fasta.get_entry.seq)
  42   end
  43
  44   def test_Fasta_get_entry_obtains_the_correct_seq_with_trailing_newlines
  45     fasta = Fasta.new(StringIO.new(">test\nATCG\n\n\n"))
  46     assert_equal("ATCG", fasta.get_entry.seq)
  47   end
  48
  49   def test_Fasta_get_entry_rstrips_whitespace_from_seq_name
  50     fasta = Fasta.new(StringIO.new(">test\n\r\t ATCG\n"))
  51     assert_equal("test", fasta.get_entry.seq_name)
  52   end
  53
  54   def test_Fasta_get_entry_strips_whitespace_from_seq
  55     fasta = Fasta.new(StringIO.new(">test\n\r\t AT\n\r\t CG\n\r\t "))
  56     assert_equal("ATCG", fasta.get_entry.seq)
  57   end
  58
  59   def test_Fasta_get_entry_with_two_entries_obtain_correct
  60     fasta = Fasta.new(StringIO.new(">test1\n\r\t AT\n\r\t CG\n\r\t \n>test2\n\r\t atcg\n"))
  61     assert_equal("ATCG", fasta.get_entry.seq)
  62     assert_equal("atcg", fasta.get_entry.seq)
  63   end
  64
  65   def test_Fasta_get_entry_without_seq_name_raises
  66     fasta = Fasta.new(StringIO.new("ATCG\n"))
  67     assert_raise(FastaError) { fasta.get_entry }
  68   end
  69
  70   def test_Fasta_get_entry_without_seq_raises
  71     fasta = Fasta.new(StringIO.new(">test\n\n"))
  72     assert_raise(FastaError) { fasta.get_entry }
  73   end
  74
  75   def test_Fasta_get_entry_with_leading_newline_raises
  76     fasta = Fasta.new(StringIO.new("\n>test\nATCG\n"))
  77     assert_raise(FastaError) { fasta.get_entry }
  78   end
  79
  80 # FIXME
  81 #  def test_Fasta_get_entry raises on missing > in seq_name
  82 #    fasta = Fasta.new(StringIO.new("test\nATCG\n"))
  83 #    assert_raise( FastaError ) { fasta.get_entry }
  84 #  end
  85 end