code_ruby/test/maasha/test_cigar.rb

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 require 'test/unit'
  28 require 'maasha/cigar'
  29 require 'pp'
  30
  31 class CigarTest < Test::Unit::TestCase
  32   def test_Cigar_new_with_bad_cigar_raises
  33     assert_raise(CigarError) { Cigar.new("@") }
  34     assert_raise(CigarError) { Cigar.new("1M1H1M") }
  35     assert_raise(CigarError) { Cigar.new("1M1S1M") }
  36   end
  37
  38   def test_Cigar_new_with_ok_cigar_dont_raise
  39     assert_nothing_raised { Cigar.new("1M") }
  40     assert_nothing_raised { Cigar.new("1H1M1H") }
  41     assert_nothing_raised { Cigar.new("1S1M1S") }
  42     assert_nothing_raised { Cigar.new("1H1S1M1S1H") }
  43   end
  44
  45   def test_Cigar_to_s_returns_correctly
  46     assert_equal("1M", Cigar.new("1M").to_s)
  47   end
  48
  49   def test_Cigar_each_returns_correctly
  50     cigar = Cigar.new("10M")
  51
  52     cigar.each { |len, op|
  53       assert_equal(10, len)
  54       assert_equal("M", op)
  55     }
  56   end
  57
  58   def test_Cigar_length_returns_correctly
  59     assert_equal(6, Cigar.new("1M2S3H").length)
  60   end
  61
  62   def test_Cigar_matches_returns_correctly
  63     assert_equal(1, Cigar.new("1M2S3H").matches)
  64   end
  65
  66   def test_Cigar_insertions_returns_correctly
  67     assert_equal(1, Cigar.new("10M1I").insertions)
  68   end
  69
  70   def test_Cigar_deletions_returns_correctly
  71     assert_equal(2, Cigar.new("10M2D").deletions)
  72   end
  73
  74   def test_Cigar_clip_hard_returns_correctly
  75     assert_equal(3, Cigar.new("10M3H").clip_hard)
  76   end
  77
  78   def test_Cigar_clip_soft_returns_correctly
  79     assert_equal(4, Cigar.new("10M4S").clip_soft)
  80   end
  81 end