code_ruby/test/maasha/test_cigar.rb

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2 $:.unshift File.join(File.dirname(__FILE__), '..', '..')
   3
   4 # Copyright (C) 2011 Martin A. Hansen.
   5
   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 # of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
  15
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  19
  20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28 require 'test/unit'
  29 require 'test/helper'
  30 require 'maasha/cigar'
  31
  32 class CigarTest < Test::Unit::TestCase
  33   test "Cigar.new with bad cigar raises" do
  34     assert_raise(CigarError) { Cigar.new("@") }
  35     assert_raise(CigarError) { Cigar.new("1M1H1M") }
  36     assert_raise(CigarError) { Cigar.new("1M1S1M") }
  37   end
  38
  39   test "Cigar.new with ok cigar dont raise" do
  40     assert_nothing_raised { Cigar.new("1M") }
  41     assert_nothing_raised { Cigar.new("1H1M1H") }
  42     assert_nothing_raised { Cigar.new("1S1M1S") }
  43     assert_nothing_raised { Cigar.new("1H1S1M1S1H") }
  44   end
  45
  46   test "#to_s returns correctly" do
  47     assert_equal("1M", Cigar.new("1M").to_s)
  48   end
  49
  50   test "#each returns correctly" do
  51     cigar = Cigar.new("10M")
  52
  53     cigar.each { |len, op|
  54       assert_equal(10, len)
  55       assert_equal("M", op)
  56     }
  57   end
  58
  59   test "#length returns correctly" do
  60     assert_equal(6, Cigar.new("1M2S3H").length)
  61   end
  62
  63   test "#matches returns correctly" do
  64     assert_equal(1, Cigar.new("1M2S3H").matches)
  65   end
  66
  67   test "#insertions returns correctly" do
  68     assert_equal(1, Cigar.new("10M1I").insertions)
  69   end
  70
  71   test "#deletions returns correctly" do
  72     assert_equal(2, Cigar.new("10M2D").deletions)
  73   end
  74
  75   test "#clip_hard returns correctly" do
  76     assert_equal(3, Cigar.new("10M3H").clip_hard)
  77   end
  78
  79   test "#clip_soft returns correctly" do
  80     assert_equal(4, Cigar.new("10M4S").clip_soft)
  81   end
  82 end