code_ruby/test/maasha/test_bits.rb

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2 $:.unshift File.join(File.dirname(__FILE__), '..', '..')
   3
   4 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   5
   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 # of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
  15
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  19
  20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 require 'maasha/bits'
  30 require 'test/unit'
  31 require 'test/helper'
  32
  33 class TestBits < Test::Unit::TestCase
  34   test "#hamming_distance with uneven lengths raises" do
  35     assert_raise(StringError) { "ATCG".hamming_distance("A") }
  36   end
  37
  38   test "#hamming_distance returns correctly" do
  39     assert_equal(0, "ATCG".hamming_distance("ATCG"))
  40     assert_equal(1, "ATCX".hamming_distance("ATCG"))
  41     assert_equal(2, "ATXX".hamming_distance("ATCG"))
  42     assert_equal(2, "ATcg".hamming_distance("ATCG"))
  43     assert_equal(3, "AXXX".hamming_distance("ATCG"))
  44     assert_equal(4, "XXXX".hamming_distance("ATCG"))
  45   end
  46
  47   test "#& returns correctly" do
  48     assert_equal("ABCD", "abcd" & "____")
  49   end
  50
  51   test "#| returns correctly" do
  52     assert_equal("abcd", "ab  " | "  cd")
  53   end
  54
  55   test "#^ returns correctly" do
  56     assert_equal("ABCD", "ab  " ^ "  cd")
  57   end
  58 end