code_ruby/test/maasha/seq/test_homopolymer.rb

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2 $:.unshift File.join(File.dirname(__FILE__), '..', '..', '..')
   3
   4 # Copyright (C) 2007-2013 Martin A. Hansen.
   5
   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 # of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
  15
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  19
  20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28 require 'test/unit'
  29 require 'test/helper'
  30 require 'maasha/seq'
  31
  32 class HomopolymerTest < Test::Unit::TestCase
  33   def setup
  34     #                         0         1
  35     #                         01234567890123456789
  36     @entry = Seq.new("test", "tacgatgctagcatgcacgg")
  37     @entry.extend(Homopolymer)
  38   end
  39
  40   test "#each_homopolymer returns empty with empty sequence" do
  41     @entry.seq = ""
  42     assert_equal([], @entry.each_homopolymer)
  43   end
  44
  45   test "#each_homopolymer returns empty when none found" do
  46     @entry.seq = "AtTcCcGggGnnNnn"
  47     assert_equal([], @entry.each_homopolymer(6))
  48   end
  49
  50   test "#each_homopolymer returns correctly" do
  51     @entry.seq = "AtTcCcGggGnnNnn"
  52     assert_equal('CCC', @entry.each_homopolymer(3).first.pattern)
  53     assert_equal(3,     @entry.each_homopolymer(3).first.pos)
  54     assert_equal(3,     @entry.each_homopolymer(3).first.length)
  55   end
  56
  57   test "#each_homopolymer in block context returns correctly" do
  58     @entry.seq = "AtTcCcGggGnnNnn"
  59
  60     @entry.each_homopolymer(3) do |hp|
  61       assert_equal('CCC', hp.pattern)
  62       assert_equal(3,     hp.pos)
  63       assert_equal(3,     hp.length)
  64
  65       break
  66     end
  67   end
  68 end