code_ruby/test/maasha/seq/test_dynamic.rb

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2 $:.unshift File.join(File.dirname(__FILE__),'..','lib')
   3
   4 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   5
   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 # of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
  15
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  19
  20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28 require 'maasha/seq'
  29 require 'test/unit'
  30 require 'pp'
  31
  32 class TestDynamic < Test::Unit::TestCase
  33   def setup
  34     @p = Seq.new("test", "atcg")
  35     @p.extend(Dynamic)
  36   end
  37
  38   def test_Dynamic_no_match_returns_nil
  39     assert_nil(@p.patmatch("gggg"))
  40   end
  41
  42   def test_Dynamic_patmatch_perfect_returns_correctly
  43     m = @p.patmatch("atcg")
  44     assert_equal(0, m.beg)
  45     assert_equal("atcg", m.match)
  46     assert_equal(0, m.mis)
  47     assert_equal(0, m.ins)
  48     assert_equal(0, m.del)
  49     assert_equal(4, m.length)
  50   end
  51
  52   def test_Dynamic_patmatch_perfect_with_ambiguity_codes_returns_correctly
  53     m = @p.patmatch("nnnn")
  54     assert_equal(0, m.beg)
  55     assert_equal("atcg", m.match)
  56     assert_equal(0, m.mis)
  57     assert_equal(0, m.ins)
  58     assert_equal(0, m.del)
  59     assert_equal(4, m.length)
  60   end
  61
  62   def test_Dynamic_patmatch_with_one_mismatch_and_edit_dist_zero_returns_nil
  63     assert_nil(@p.patmatch("aCcg"))
  64   end
  65
  66   def test_Dynamic_patmatch_with_one_mismatch_and_edit_dist_one_returns_correctly
  67     m = @p.patmatch("aCcg", 0, 1)
  68     assert_equal(0, m.beg)
  69     assert_equal("atcg", m.match)
  70     assert_equal(1, m.mis)
  71     assert_equal(0, m.ins)
  72     assert_equal(0, m.del)
  73     assert_equal(4, m.length)
  74   end
  75
  76   def test_Dynamic_patmatch_with_two_mismatch_and_edit_dist_one_returns_nil
  77     assert_nil(@p.patmatch("aGcA", 0, 1))
  78   end
  79
  80   def test_Dynamic_patmatch_with_one_insertion_and_edit_dist_zero_returns_nil
  81     assert_nil(@p.patmatch("atGcg"))
  82   end
  83
  84   def test_Dynamic_patmatch_with_one_insertion_and_edit_dist_one_returns_correctly
  85     m = @p.patmatch("atGcg", 0, 1)
  86     assert_equal(0, m.beg)
  87     assert_equal("atcg", m.match)
  88     assert_equal(0, m.mis)
  89     assert_equal(1, m.ins)
  90     assert_equal(0, m.del)
  91     assert_equal(4, m.length)
  92   end
  93
  94   def test_Dynamic_patmatch_with_two_insertions_and_edit_dist_one_returns_nil
  95     assert_nil(@p.patmatch("atGcTg", 0, 1))
  96   end
  97
  98   def test_Dynamic_patmatch_with_two_insertions_and_edit_dist_two_returns_correctly
  99     m = @p.patmatch("atGcTg", 0, 2)
 100     assert_equal(0, m.beg)
 101     assert_equal("atcg", m.match)
 102     assert_equal(0, m.mis)
 103     assert_equal(2, m.ins)
 104     assert_equal(0, m.del)
 105     assert_equal(4, m.length)
 106   end
 107
 108   def test_Dynamic_patmatch_with_one_deletion_and_edit_distance_zero_returns_nil
 109     assert_nil(@p.patmatch("acg"))
 110   end
 111
 112   def test_Dynamic_patmatch_with_one_deletion_and_edit_distance_one_returns_correctly
 113     m = @p.patmatch("acg", 0, 1)
 114     assert_equal(0, m.beg)
 115     assert_equal("atcg", m.match)
 116     assert_equal(0, m.mis)
 117     assert_equal(0, m.ins)
 118     assert_equal(1, m.del)
 119     assert_equal(4, m.length)
 120   end
 121
 122   def test_Dynamic_patscan_locates_three_patterns_ok
 123     p = Seq.new("test", "ataacgagctagctagctagctgactac")
 124     p.extend(Dynamic)
 125     assert_equal(3, p.patscan("tag").count)
 126   end
 127
 128   def test_Dynamic_patscan_with_pos_locates_two_patterns_ok
 129     p = Seq.new("test", "ataacgagctagctagctagctgactac")
 130     p.extend(Dynamic)
 131     assert_equal(2, p.patscan("tag", 10).count)
 132   end
 133 end