code_ruby/test/maasha/seq/test_dynamic.rb

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2 $:.unshift File.join(File.dirname(__FILE__),'..','lib')
   3
   4 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   5
   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 # of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
  15
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  19
  20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28 require 'maasha/seq'
  29 require 'maasha/seq/dynamic'
  30 require 'test/unit'
  31 require 'pp'
  32
  33 class Seq
  34   include Dynamic
  35 end
  36
  37 class TestDynamic < Test::Unit::TestCase
  38   def setup
  39     @p = Seq.new("test", "atcg")
  40   end
  41
  42   def test_Dynamic_no_match_returns_nil
  43     assert_nil(@p.patmatch("gggg"))
  44   end
  45
  46   def test_Dynamic_patmatch_perfect_returns_correctly
  47     m = @p.patmatch("atcg")
  48     assert_equal(0, m.beg)
  49     assert_equal("atcg", m.match)
  50     assert_equal(0, m.mis)
  51     assert_equal(0, m.ins)
  52     assert_equal(0, m.del)
  53     assert_equal(4, m.length)
  54   end
  55
  56   def test_Dynamic_patmatch_perfect_with_ambiguity_codes_returns_correctly
  57     m = @p.patmatch("nnnn")
  58     assert_equal(0, m.beg)
  59     assert_equal("atcg", m.match)
  60     assert_equal(0, m.mis)
  61     assert_equal(0, m.ins)
  62     assert_equal(0, m.del)
  63     assert_equal(4, m.length)
  64   end
  65
  66   def test_Dynamic_patmatch_with_one_mismatch_and_edit_dist_zero_returns_nil
  67     assert_nil(@p.patmatch("aCcg"))
  68   end
  69
  70   def test_Dynamic_patmatch_with_one_mismatch_and_edit_dist_one_returns_correctly
  71     m = @p.patmatch("aCcg", 0, 1)
  72     assert_equal(0, m.beg)
  73     assert_equal("atcg", m.match)
  74     assert_equal(1, m.mis)
  75     assert_equal(0, m.ins)
  76     assert_equal(0, m.del)
  77     assert_equal(4, m.length)
  78   end
  79
  80   def test_Dynamic_patmatch_with_two_mismatch_and_edit_dist_one_returns_nil
  81     assert_nil(@p.patmatch("aGcA", 0, 1))
  82   end
  83
  84   def test_Dynamic_patmatch_with_one_insertion_and_edit_dist_zero_returns_nil
  85     assert_nil(@p.patmatch("atGcg"))
  86   end
  87
  88   def test_Dynamic_patmatch_with_one_insertion_and_edit_dist_one_returns_correctly
  89     m = @p.patmatch("atGcg", 0, 1)
  90     assert_equal(0, m.beg)
  91     assert_equal("atcg", m.match)
  92     assert_equal(0, m.mis)
  93     assert_equal(1, m.ins)
  94     assert_equal(0, m.del)
  95     assert_equal(4, m.length)
  96   end
  97
  98   def test_Dynamic_patmatch_with_two_insertions_and_edit_dist_one_returns_nil
  99     assert_nil(@p.patmatch("atGcTg", 0, 1))
 100   end
 101
 102   def test_Dynamic_patmatch_with_two_insertions_and_edit_dist_two_returns_correctly
 103     m = @p.patmatch("atGcTg", 0, 2)
 104     assert_equal(0, m.beg)
 105     assert_equal("atcg", m.match)
 106     assert_equal(0, m.mis)
 107     assert_equal(2, m.ins)
 108     assert_equal(0, m.del)
 109     assert_equal(4, m.length)
 110   end
 111
 112   def test_Dynamic_patmatch_with_one_deletion_and_edit_distance_zero_returns_nil
 113     assert_nil(@p.patmatch("acg"))
 114   end
 115
 116   def test_Dynamic_patmatch_with_one_deletion_and_edit_distance_one_returns_correctly
 117     m = @p.patmatch("acg", 0, 1)
 118     assert_equal(0, m.beg)
 119     assert_equal("atcg", m.match)
 120     assert_equal(0, m.mis)
 121     assert_equal(0, m.ins)
 122     assert_equal(1, m.del)
 123     assert_equal(4, m.length)
 124   end
 125
 126   def test_Dynamic_patscan_locates_three_patterns_ok
 127     p = Seq.new("test", "ataacgagctagctagctagctgactac")
 128     assert_equal(3, p.patscan("tag").count)
 129   end
 130
 131   def test_Dynamic_patscan_with_pos_locates_two_patterns_ok
 132     p = Seq.new("test", "ataacgagctagctagctagctgactac")
 133     assert_equal(2, p.patscan("tag", 10).count)
 134   end
 135 end